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稀疏标准化是定量古生物工作中矫正多样性统计偏差的常用方法。相比基于样本大小的传统稀疏化,基于采样充分度的改进能更忠实反映多样性信息。然而一些案例对于稀疏化的适用性不够重视,尤其是改进的方法鲜有国内文献介绍。本文阐述了稀疏化的原理,强调了应用的注意事项和改进方法的优势。稀疏化的原理是从大小不同的样本中二次抽样出彼此“公平”的子样本,以比较其分类单元丰富度。传统方法据样本大小衡量公平,改进的方法据采样充分度评估公平,要求子样本在群落中代表的个体频率总和相等。两种思路均可通过计算机模拟多次重复二次抽样或公式推导来计算,已有PAST和iNext等软件可以实现。采样是否充分代表了古生物群落是有效应用该方法的首要前提。 相似文献
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《植物遗传资源学报》2014,(5):947
《中国生态农业学报》由中国科学院遗传与发育生物学研究所和中国生态经济学会主办,中国科学院主管,科学出版社出版。系中国期刊方阵双效期刊、中国科技精品期刊、中文核心期刊、RCCSE中国权威学术期刊,为中国学术期刊综合评价数据库、中国期刊全文数据库、中国学术期刊文摘、中国科学引文数据库、中国科技论文与引文数据库、CNKI中国期刊全文数据库源刊,并被国际农业生物学文摘(CABI)、美国化学文摘(CA)、哥白尼索引(IC)、美国乌利希国际期刊指南等国际数据库及检 相似文献
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《微生物学免疫学进展》2022,(1)
目的 了解不同分离来源铜绿假单胞菌的全基因组基本特征,以此分析基因组多态性及其遗传进化关系。方法 选择10株医源性和食源性来源的铜绿假单胞菌代表性菌株,应用Solexa高通量测序技术对其进行全基因组测序,以此进行多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST),比较各菌株基因组中携带的耐药基因、毒力基因及插入序列(insertion sequence, IS)元件,并通过比较基因组学分析方法拟合泛基因组和核心基因组积累曲线,筛选核心基因SNP构建系统发育分子进化树。结果 10株菌的基因组从6.3~7.0 Mbp大小不一,包含5 868~6 598个基因,平均G+C含量为67.1%;发现10个菌株各具不同的ST型。在这10个菌株的基因组中,共检测到75种耐药基因,包括抗β-内酰胺酶类、抗氨基糖苷类、抗氟喹诺酮类等;共发现188种毒力基因,不同来源菌株间无明显差异;各菌株之间IS元件种类和数量差异较大。分析发现,铜绿假单胞菌具有开放型泛基因组和稳定型核心基因组;10株菌可分为3个进化分支,且不同分离时间和来源无明显相关性。结论 本研究获得10株不同分离来源的铜绿假单胞菌的全基因组序列,初步证实食品及患者分离来源菌株基因组数据无明显相关性,为后续铜绿假单胞菌的分子流行病学和致病性机制研究提供数据参考。 相似文献
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大麦主栽品种亲缘系数和对叶斑病的抗性分析 总被引:2,自引:0,他引:2
为明确我国大麦主栽品种的遗传多样性及其对叶斑病的抗性来源,采用亲缘系数(COP,coefficient of parentage)分析方法对155个主栽大麦品种的遗传系谱进行聚类分析,同时对其中79个供试大麦品种在苗期和成株期分别接种2个强毒性菌株进行抗性鉴定。结果显示,155个品种聚为6个类群,有亲缘关系的品种占全部品种14.77%。在品种间组成的11935个组合中,1763个组合间存在亲缘关系,其COP值变化范围在0~0.7500之间,亲缘系数总和为157.5867,平均值为0.0132。根据系谱分析发现了不同育种单位所育品种的核心亲本,并追溯其主要的祖先亲本。此外,通过对叶斑病的抗性鉴定,发现大多数供试的大麦品种感叶斑病,高抗品种主要集中在垦啤麦系列品种和蒙啤麦3号,部分华大麦和驻大麦系列的品种在苗期或成株期中抗叶斑病。系谱分析及抗性鉴定结果揭示了我国大麦叶斑病抗性基因存在不同来源,分析结果有利于提高抗叶斑病基因筛选效率和缩小筛选范围,也将促进抗叶斑病新基因资源的发掘和利用。 相似文献
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本文旨在获得纯化丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白(HCV-C)及抗HCV-C多克隆抗体,为深入研究HCV-C与肝细胞相互作用的分子机制奠定基础。首先以HCV1b亚型HC-J4-91全基因组质粒为模板,聚合酶链反应(PCR)扩增HCV-C基因,构建重组质粒pQE31-HCV-C。融合蛋白经原核表达、纯化后,免疫BALB/c小鼠,制备抗HCV-C多克隆抗体。利用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测抗体效价,蛋白免疫印迹(Westernblot)和间接免疫荧光染色鉴定抗体特异性。结果显示,表达HCV-C的原核表达质粒pQE31-HCV-C构建正确,获得相对分子质量约22000的纯化融合蛋白。ELISA检测重组蛋白免疫小鼠的抗血清效价达1:12800。结果显示,自制的抗HCV-C多克隆抗体能特异性识别HCV-C。本研究获得了纯度较好、原核表达的HCV-C,并成功制备了抗HCV-C多克隆抗体,为深入研究HCV-C的致病机制提供了有实用价值的研究工具。 相似文献
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沿岸鲸豚类栖息地易受人类活动的干扰,导致其分布和核心栖息地发生变化。珠江口-漠阳江口中华白海豚种群是目前所知全球范围内最大的种群,其中伶仃洋水域是其重要的栖息地。近年来,珠江口伶仃洋周边城市发展带来的人类活动增加,白海豚的生存压力日益增大,分析伶仃洋中华白海豚对栖息地环境变化的响应,研究对应的保护策略显得非常迫切。以多源陆地资源卫星Landsat为数据源,通过影像分析近43年珠江口伶仃洋围填海造成的海域流失,结合近20年来采用截线抽样法收集的海豚观测数据,运用含障碍核插值(Kernel interpolation with barriers)方法,分析白海豚的分布及核心栖息地的变化。结果显示:1986-2015年期间,研究区域内流失的海域面积为344.08km2;目击分布离人工海岸线的平均距离大于自然海岸线的平均距离,目击分布到自然海岸线和人工海岸线的平均距离均在减小,表明过去20年白海豚的栖息地使用选择发生了一些变化,被迫适应人类活动的干扰;1997-2016年白海豚的分布范围呈现先增加后减小,白海豚栖息地使用的重心偏向伶仃洋东部水域,核心栖息地趋向主航道和无人海岛附近水域萎缩,可能是海豚因海域食物资源减少而迫不得已的选择。不同时期,珠江口中华白海豚国家级自然保护区所覆盖的核心栖息地比例呈递减趋势,占比由79.9%下降到49.4%,当前有必要对保护区范围和功能区作出一些优化调整,以适应栖息地使用的变化格局。 相似文献
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均衡独立样本设计是一种把独立样本设计与差异显著性检验相结合的试验设计.它基本上可以保证参试的优劣个体在所分样本(或组)间的分布相对均匀一致,使所分样本既具有独立性又具有均衡性,以增强对处理效果反应的灵敏度,提高试验的准确度. 相似文献