基于质谱技术筛选差异表达蛋白的统计学策略研究进展

随着质谱技术的快速发展,蛋白质组学已成为继基因组学、转录组学之后的又一研究热点,寻找可靠的差异表达蛋白对于生物标记物的发现至关重要.因此,如何准确、灵敏地筛选出差异蛋白已成为基于质谱的定量蛋白质组学的主要研究内容之一.目前,针对该问题的研究方法众多,但这些方法策略的适用范围不尽相同.总体来说,基于质谱技术筛选差异蛋白的统计学策略可以分为3类:基于经典统计学派的策略、基于贝叶斯学派的统计检验策略和其他策略,这3类方法有各自的应用范围、特点及不足.此外,筛选过程还将产生部分假阳性结果,可以采用其他方法对差异表达蛋白的质量进行控制,以提高统计检验结果的可靠性.     

浓核病毒分子生物学特性研究进展

浓核病毒是只感染无脊椎动物的细小病毒.该病毒颗粒直径为19～24 nm,无囊膜包裹,呈二十面体对称.病毒基因组为4～6 kb的单链线性DNA,基因组末端是与DNA复制相关的反向重复序列.浓核病毒的基因组包含编码非结构蛋白和衣壳蛋白的基因.对近年来关于浓核病毒分子生物学方面的研究取得的新进展进行了综述,介绍了浓核病毒基因组结构的分类和单双义浓核病毒的表达策略,以及浓核病毒在作为表达载体和生物防治方面的潜在应用能力.     

大肠杆菌共表达LeGGPS2、LePSY1和crtI基因合成番茄红素

利用大肠杆菌研究番茄红素的合成,不仅可以获得副产物少的高产菌株,而且可以探讨基因或基因簇的功能。文中将番茄LeGGPS2和LePSY1的cDNA序列,及欧文氏菌crtI的编码序列分别添加上核糖体结合位点后,以单独或组合的方式受控于T7启动子和终止子,在大肠杆菌菌株BL21(DE3)中进行表达和诱导番茄红素合成。结果显示,仅T7::crtI-LeGGPS2-LePSY1三价基因共表达时才能合成番茄红素,且将种子液以1∶50接种于含3%蔗糖的LB培养基(pH 6.8)中,于37℃摇8 h左右的对数生长后期加IPTG至80μmol/L,30℃诱导表达5 h的发酵条件下,获得2.124 mg/g DCW的番茄红素。该结果既验证了原核化的番茄LeGGPS2和LePSY1基因及与crtI基因协同作用的功能,又为在番茄质体中建立独立的番茄红素合成途径奠定了基础。     

作物种质资源的价值及其评估体系的初步构建

通过对作物种质资源的价值评估与核算的维度与要素的分析,提出了作物种质资源价值评估与核算理论的基本框架,初步建立起了包括作物种质资源的实物量核算、价值量核算和质量指数核算、个体核算和总体核算、数量向量核算、质量向量核算在内的多维度作物种质资源价值评估核算体系.作物种质资源的数量向量核算,首先建立种质资源的账户,以反映资源的增减量,通过作物种质资源的现行市场或既往市场价格构成因素,采取对比法、成本法和收益还原法等不同的核算方法进行价值核算;作物种质资源的质量向量的核算评估,包括质量因子核算以及遗传多样性的评估,具体采用DTOPSIS法进行多效应作物种质资源基准价值核算,运用统计学的方差分析方法和分子水平上遗传多样性相关参数的度量,进行遗传多样性评价.     

扣囊复膜孢酵母β-葡萄糖苷酶基因在毕赤酵母中的克隆与表达

利用PCR技术,从扣囊复膜孢酵母的总DNA中扩增得到β-葡萄糖苷酶（β-Glucosidase）基因 (BGL1),长度为2596 bp,连接到pGEMT载体上,用限制性内切酶切下目的基因,插入到巴斯德毕赤酵母表达载体pPIC9K中,使之位于α-因子信号肽下游,且与之同框, 构建成重组质粒pSHL9K。 通过电转化将重组质粒pSHL9K插入到Pichia pastoris GS115菌株染色体中,获得高效表达BGL1基因的毕赤酵母重组工程菌株。重组酶的最适温度为50℃,最适pH为5.4。培养基中β-葡萄糖苷酶活性最高可达47U/mL。     

基因组规模代谢网络模型构建及其应用

微生物制造产业的发展迫切需要进一步提高认识、设计和改造微生物细胞代谢的能力,以推动工业生物技术快速发展。随着微生物全基因组序列等高通量数据的不断积聚和生物信息学策略的持续涌现,使全局性、系统化地解析、设计、调控微生物生理代谢功能成为可能。而基于基因组序列注释和详细生化信息整合的基因组规模代谢网络模型(GSMM)构建为全局理解和理性调控微生物生理代谢功能提供了最佳平台。以下在详述GSMM的应用基础上,描述了如何构建一个高精确度的GSMM,并展望了未来的发展方向。     

大肠杆菌tktA基因的克隆表达

tktA是芳香族氨基酸生物合成共同途径的关键酶基因之一,在大肠杆菌中,tktA编码转酮酶A,在磷酸戊糖途径生成4－磷酸赤藓糖中起主要作用。采用PCR方法从大肠杆菌K－12株中扩增到tktA,并实现了高效表达,tktA活性提高了3．9倍,并且使芳香族氨基酸生物合成共同途径中关键中间产物DAHP的产量有所提高。     

荧光定量PCR检测干旱胁迫下长春花Crlea基因的相对表达

首次从长春花中克隆了Crlea（Crlea for Catharanthus roseus late embryogenesis abundant）的全长基因,采用荧光定量PCR方法对干旱胁迫下长春花叶片和根部Crlea基因的表达模式进行监测,结果表明,在0.5～8 h的胁迫时间中,叶片和根部的Crlea基因表现出相似的积累模式。长春花Crlea基因的表达随着胁迫时间的延长而表达增强。在叶片中,在6 h和8 h的干旱处理后,Crlea基因表达显著提高,分别是未处理材料的9.984和20.431倍。在根部, 在8 h的处理后,Crlea基因的表达量显著提高（2.831倍于对照)。初步结果表明Crlea基因的表达没有组织特异性,并且为干旱胁迫正调控。     

金鱼生长激素II基因在杆状病毒中的表达

以ｐＳＸＩＶＶＩ＾＋Ｘ３为转移载体,将编码金鱼生长激素Ⅱ的ｃＤＮＡ插入粉纹夜蛾核型多角体病毒（ＴｎＮＰＶ）基因组中,构建了重组病毒株ＴｎＮＰＶ－ＳＸ＾＋ｇｆＧＨⅡ４６。该毒株能在草地贪夜蛾离体培养细胞及银纹夜蛾幼虫中表达金鱼生长激素基因。蛋白免疫印迹表明,表达的生长激素蛋白分子量为２２．５ｋＤａ,与理论计算值相符,且表达的生长激素可分泌到感染细胞的培养基及虫体血淋巴中。ＲＩＡ结果表明,表达产物与天     

人sTNFR1基因的克隆、融合表达与生物学活性

采用RT-PCR,从Hela细胞的mRNA中扩增人sTNFR1基因,构建含有目的片段的T载体克隆及原核表达载体pMAL-c2x重组质粒亚克隆,转化入大肠杆菌,测序证实其序列与基因数据库中sTNFR1基因一致。经异丙基-β-D半乳糖苷酶（IPTG）诱导表达,淀粉树脂亲和层析法纯化,得到融合蛋白sTNFR1-MBP。结果显示：经Western-blotting检测,sTNFR1-MBP具有免疫活性;MTT检测目的蛋白可有效地封闭TNFα对QSG7701的细胞毒性作用;流式细胞术检测目的蛋白对TNF-α诱导QSG7701凋亡有抑制作用;sTNFR1-MBP具有良好的生物活性,为今后的研究打下了基础。