GAGE和GSEA在基因集研究中的有效性比较

目的:研究在基因芯片数据分析中自限性原假设和竞争性原假设两类方法的优劣性和准确型,选取各自具有代表性的GAGE(Generally Applicable Gene-set Enrichment)和GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)两种基因集分析方法筛选富集基因集的效能,并探讨其筛选效果.方法:采用两种待比较的方法在实际基因表达谱数据中分析研究,比较筛选结果的准确性和科学性,探讨两种方法筛选富集基因集的效果.结果:两方法对已知的基因表达谱数据进行应用分析表明GAGE的检验效能和筛选出的基因集生物学相关性均优于GSEA.结论:GAGE作为一种自限性原假设的基因集分析方法,由于其充分利用了表达谱数据,并将表达数据分为实验集和通路集分别进行分析处理,同时考虑到基因集的上调和下调,其检验效能优于竞争性原假设的GSEA,能够得到更为准确和科学的结果.     

子痫前期患者尿液中足细胞裂孔膜蛋白和标记蛋白的检测及意义

目的：检测子痫前期患者尿液中足细胞裂孔膜蛋白和足细胞标记蛋白的浓度并探讨其临床意义。方法：本实验以62例妊娠期妇女为研究对象,分为三组,其中正常妊娠期妇女25例为正常对照组,慢性高血压的妊娠期妇女17例为高血压组,子痫前期患者20例为子痫前期组。ELISA检测各组妊娠期妇女的尿液中足细胞裂孔膜蛋白和足细胞标记蛋白的表达;Bradford法检测各组妊娠期妇女的尿蛋白。结果：足细胞裂孔膜蛋白和足细胞标记蛋白在正常对照组尿液中含量极少,在高血压组中分泌增加,而子痫前期组患者中明显升高（P〈0．01）,且在子痫前期组尿液中足细胞裂孔膜蛋白和标记蛋白的分泌含量均成正相关（r2=0．79,P〈0．05）。子痫前期组患者中足细胞裂孔膜蛋白和足细胞标记蛋白与尿蛋白浓度成正相关（r2=0．58,P〈0．05;r2=0．79,P〈0．05）。结论：足细胞蛋白脱落主要发生于子痫前期患者,且足细胞蛋白脱落量与尿蛋白成正相关,能直接反映妊娠期患者的肾损伤程度,可作为预测罹患妊娠期高血压的指标。     

食管癌组织中HIF-1α、Survivin、CyclinD 1蛋白的表达及其意义

目的：探讨缺氧诱导因子-1α（HIF-1α）、生存蛋白（survivin）、细胞周期蛋白D1（cyclinD 1）在食管癌组织中的表达及其临床意义。方法：应用免疫组化技术检测50例食管癌组织和10例手术切除的远端正常食管组织中HIF-1α、Survivin、CyclinD 1蛋白的表达。结果：食管癌组织中HIF-1α、Survivin、CyclinD 1蛋白阳性表达率均与肿瘤浸润深度以及淋巴结转移相关（P〈0.05）,Survivin阳性表达率与肿瘤分级相关（P〈0.05）,HIF-1α与CyclinD 1的表达呈显著正相关（P〈0.05）。结论：检测HIF-1α、Survivin、CyclinD 1的蛋白的表达有助于判断食管癌的恶性程度以及推断其临床预后。     

解偶联蛋白-866G/A基因多态性与肥胖关联性的Meta分析

目的:近年来,关于UCP2-866G/A基因多态性与肥胖关系的研究较多,但各研究的结果不尽一致.本文拟采用Meta分析的方法,对已公开发表的有关UCP2-866G/A基因多态性与肥胖的研究进行系统综合定量分析,以期科学的评价UCP2-866G/A基因多态性与肥胖的关系.方法:本研究运用计算机检索万方全文数据库、中国知网、维普数据库、中国生物医学文献数据库、PubMed等数据库收集关于UCP2-866G/A基因多态性与肥胖相关的公开发表的文献,选择OR值及其95％CI作为Meta分析指标.利用Stata10.0软件对各研究结果进行异质性检验和效应值合并计算.结果:根据统一的纳入和剔除标准,纳入14篇文献,共有肥胖者5195例,对照组9735人.在总人群中,UCP2-866G/A位点A/G的OR=0.931 (95％CI:0.884-0.980),AA+GA/GG的OR=0.924 (95％CI:0.859-0.994),AA/GG的OR=0.886 (95％CI:0.797-0.985),GA/GG的OR=0.925 (95％CI:0.856-0.999),有统计学意义.在欧洲人群中,UCP2-866G/A位点A/G的OR=0.912 (95％CI:0.857-0.970),AA+GA/GG的OR=0.882 (95％CI:0.808-0.962),AA/GG的OR=0.846 (95％CI:0.743-0.963),GA/GG的OR=0.893(95％CI:0.814-0.980),有统计学意义.但在亚洲人群中均无统计学意义.结论:我们认为-866G/A基因多态性与欧洲人群的肥胖有关,与亚洲人群的肥胖无关.     

低氧对大鼠右心室肥厚及心肌中缝隙连接蛋白43表达的影响

目的:研究低氧对大鼠右心室肥厚及心肌中缝隙连接蛋白43 (Cx43)表达的影响.方法:40只健康雄性SD大鼠随机分为正常组(control)、低氧3周组、低氧4周组和低氧5周组.除正常组外,其余3组大鼠分别在低氧环境中饲养3周、4周和5周.测定和比较各组大鼠的平均肺动脉压力(mPAP)、右心室收缩压(RVSP)、右心室肥厚度[Rv/(LV+S)％],并通过免疫组化染色法观察各组大鼠左心室心肌细胞中cx43的表达.结果:与正常组相比,低氧3周、4周、5周组大鼠的mPAP、RVSP、右心室肥厚度均显著升高(P均＜0.05),与低氧3周组比较,低氧4周、5周组大鼠的mPAP、RVSP、右心室肥厚度均显著升高(P均＜0.05),而低氧5周组大鼠的mPAP、RVSP、右心室肥厚度均显著高于低氧4周(P均＜0.05).免疫组织化学结果显示:低氧组大鼠Cx43排列紊乱,端-端连接减少,侧面连接增多;随着低氧时间的延长,大鼠心肌细胞中Cx43的表达逐渐减少,差异具有统计学意义(P均＜0.05).结论:低氧可导致右心室肥厚,并随着诱导时间的延长而逐渐加重,这可能与心肌中Cx43的分布紊乱及表达减少有关.     

结核分枝杆菌耐药机制研究进展

结核分枝杆菌为结核病的病原体.最近几年,由于基因突变导致多耐药及广泛耐药结核菌株的出现,以及抗结核病药近几十年来没有换代,使之前基本得到控制的结核痛死灰复燃,成为世界上病死率最高的传染病.为了遏制其进一步的恶化,必须从根本上透彻了解其耐药分子机制.近年来,各国学者采用先进分子生物学技术对结核杆菌耐药机制进行深入研究,定位了结核分枝杆菌耐药基因的位置和基因突变位点,比如耐异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、吡嗪酰胺、喹诺酮类、外排泵等菌株新的基因突变位点引起新的功能改变有新的发现,特别是gidB基因、外排泵基因等有突破性的发现,对研制新一代抗结核病药提供了理论支持及新的方向,但仍有很多耐药机制未阐明,为后续研究者提供些许查考,故笔者就近几年来从分子水平对耐药机制的研究进展做一概述.     

基于生物信息学对部分鸡形目鸟类系统发生关系的研究

本研究从GenBank下载了31种鸡形目鸟类、2种雁形目鸟类、1种戴胜目鸟类、1种佛法僧目鸟类和1种犀鸟目鸟类的线粒体16SrRNA基因的部分序列。经比对后序列长度为1384bp,其中有400个变异位点。A+T平均含量为54.2%,C+G平均含量为45.8%。贝叶斯系统发生分析揭示出鸡形目和雁形目分别形成单系。研究表明:(1)珠鸡科是鸡形目中较为原始的一个类群;(2)传统分类中的雉亚科和鹑亚科并非分别形成单系;(3)吐绶鸡科和松鸡科与雉科的亲缘关系较近;(4)孔雀属、Francolinus和Bambusicola之间的亲缘关系较近;山鹑属与多个雉亚科的亲缘关系较近;(5)雉科内各个属的属内分化主要发生于后中新世-更新世期间。     

大数据处理扩大市场基因组医疗呼之欲出

日本生物IT市场2016年可望增长到950亿日元（1日元：0．06045元人民币,仅供参考,下同）的规模。 大量数据处理的需求不断增长,正在产生新的商机。 利用基因测序的数据进入医疗现场已纳入日程。     

新书介绍

基因测序实验技术 本书是关于基因测序技术的一部综合性著作。全面覆盖基因测序发展、RNA测序、DNA测序、基因组测序和拼接以及基因测序的应用等。本书不仅较详细地阐述了有关技术的具体操作和程序,更着力于对各种技术的基本原理及其相关理论基础进行深层次的剖析。     

超敏C反应蛋白检测对冠心病诊断价值分析

目的:探讨超敏C反应蛋白检测(hs-CRP)在冠心病诊断中的临床应用价值。方法:分别检测52例急性心肌梗死(AMI)、42例不稳定型心绞痛(UAP)、32例稳定型心绞痛(SAP)和48例正常对照者血清hs-CRP含量,比较各组间指标的水平差异。结果:AMI、UAP和SAP组患者血清hs-CRP浓度明显高于正常对照组(p0.05),冠心病患者各组浓度比较,从高到低排序为:AMI组、UAP组、SAP组。结论:hs-CRP水平的增高与冠心病的发生、发展显著相关,是预测和评价冠心病的重要指标,具有重要的临床应用价值。