双链RNA病毒诱导的牙鲆胚胎细胞差减cDNA文库的构建

以紫外线灭活的dsRNA病毒草鱼出血病病毒(GCHV)诱导和模拟诱导的牙鲆胚胎细胞为材料,利用抑制性差减杂交(SSH)技术,成功构建了双链RNA病毒诱导的牙鲆胚胎细胞(FEC)差减cDNA文库.以管家基因α-tublin作为差减指标,经检测,该文库差减效率达2 10倍,表明经病毒诱导后某些差异表达基因也得到了相应倍数的富集.将获得的cDNA片段连接到pGEM-T载体,PCR检测显示差减片段在250bp～2 000bp之间.该差减cDNA文库的构建为从分子水平研究牙鲆培养细胞对dsRNA病毒的免疫反应、以及进一步鉴定和克隆差异表达基因打下了坚实基础.     

一种新的EST聚类方法

该研究发展了一种EST（expressed sequence tag）聚类方法（ESTClustering）,用于分析大规模EST测序中所产生的大量数据,以获得高质量,非重复表达序列,该方法在聚类过程中采用MEGABLAST工具对一致序列进行序列同源比较,并用phrap程序对每一EST簇进行拼接检验。这一聚类策略能降低测序错误带来的影响,有效识别基因家族成员,并避免选择性剪接的干扰,与NCB（National Center for Biotechnology Information）的UniGene clustering）方法相比,ESTClustering的聚类结果可以更好地反映表达序列的多样性,用ESTClustering对112256条拟南芥EST聚类测试,产生23581个EST簇,其中13597个EST簇有对应拟南芥基因组编码序列,与该基因组中有EST作为依据的预测基因数目接近。应用该方法对收集的147191条水稻EST序列进行聚类,形成33896个EST簇。     

东亚三角涡虫Rab蛋白cDNA序列的克隆与生物信息学分析

通过构建东亚三角涡虫(Dujesia japonica)cDNA文库,随机挑选重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行引物步移法测序,获得1个三角涡虫新基因——Rab蛋白基因(DjR),涡虫Rab蛋白cDNA全长2 141 bp,开放性阅读框(ORF)621bp,编码206个氨基酸,相对分子量为23.1 kD,等电点6.59,属亲水性蛋白,主要定位于细胞质中,在氨基酸第20和21位之间有信号肽剪切位点。有8个磷酸化位点。含有小G蛋白家族5个保守的鸟苷酸结合区域。同源性比较分析结果表明,其碱基序列与已经报道的其他23个物种的相似性为53%-90%,且符合种属之间的进化关系。     

全长cDNA克隆的三种方法的比较研究

为了得到一段EST所在基因的全长,采用了快速扩增cDNA末端（RACE）、cDNA文库构建、λphage测序引物与特异性引物结合,非放射性探针进行噬菌体原位杂交等方法分别对该基因进行了克隆,结果得到了一致的全长cDNA,三种不同实验方法的应用,为更方便、有选择性地克隆全长cDNA基因奠定了基础。     

抗黄矮病小麦-中间偃麦草易位系基因组可转化人工染色体文库的构建及初步筛选

利用抗黄矮病小麦 -中间偃麦草易位系HW6 4 2的细胞核DNA构建了一个可转化人工染色体 (transformation competentartificialchromosome,TAC)文库 ,文库由 2 .3× 10 6 克隆构成 ,重组率为 90 .4 8% ,平均插入片段大小为 2 2kb左右 ,约覆盖普通小麦单倍体基因组 2 .5倍 ,在该文库中分离得到单拷贝DNA序列的几率约是 95 .77%。文库保存在 2 4块 96孔板中 ,每个孔中约含有 10 0 0个不同的重组克隆 ,可以采用PooledPCR的方法对文库进行筛选。用来源于小麦的简单重复序列 (simplesequencerepeat,SSR)引物wms37扩增中间偃麦草、抗病易位系及感病材料 ,得到一条与抗性共分离的特异条带 ,约 4 5 0bp。将此特异标记条带转化为SCAR(sequencecharacterizedamplifiedregion)标记 ,用于筛选HW6 4 2基因组TAC文库 ,得到 12个阳性克隆。对阳性克隆进行了PCR Southern验证 ,以中间偃麦草基因组总DNA为探针与限制酶HindⅢ消化后的阳性克隆杂交 ,其中 10个阳性克隆分别有 1～ 6条杂交带 ,结果表明 ,这 10个阳性克隆可作为抗黄矮病相关基因筛选的候选克隆     

水稻中与盐碱适应性相关的VB12不依赖型蛋氨酸合成酶基因的克隆和表达

水稻中与盐碱适应性相关的VB12不依赖型蛋氨酸合成酶广泛在于高等植物中，它可催化高半光氨酸甲基化而生成蛋氨酸，为生物体内的甲基化反应和多胺，乙烯的合成提供中间产物。以水稻品种日本晴为材料，在碱性条件下利用cDNA-RAPD法，在水稻中首次报道了VB12不依赖型蛋氨酸合成酶基因的克隆和表达，结果表明：VB12不依赖型蛋氨酸合成酶cDNA基因全长为2740bp，在水稻基因组中以单或低拷贝存在，编码765个氨基酸，与Mesembryanthemum cystallinum (784889)和Cathararanthus roseus(C83499)的同源性分别为92％和83％，水稻在受到碳酸钠胁迫12h和24h后，其转录较氯化钠明显增强，而到48h后下降，暗示它可能与水稻的盐碱适应性有关。     

黑色素瘤细胞单域抗体文库的构建及鉴定

黑色素瘤作为一种多发于皮肤部位的恶性肿瘤,严重危害着动物和人们的健康。与传统抗体比较,单域抗体具有结构简单、分子量小、免疫原性弱等特点,使其在疾病的诊断及治疗方面具有广阔的应用空间。本研究以B16-F10细胞蛋白质为研究对象,通过反复冻融与超声破碎相结合的方式获得B16-F10蛋白质作为抗原,免疫成年雄性羊驼。采用噬菌体单域抗体展示技术,构建了质量优良的B16-F10细胞蛋白质单域抗体免疫文库,其库容为5.76 × 10¹⁰,VHH重组率为96%,文库丰度为3.00 × 10¹⁰个/mL。该结果为研究黑色素瘤的生物学特性提供了新思路,同时也为后续筛选B16-F10单域抗体奠定了基础。     

蝶兰胚珠的cDNA文库构建及其特异基因表达的研究

以蝶兰（Ｐｈａｌａｅｎｏｐｓｉｓ＂Ｍｔ．Ｋａａｌａ”ｃｖＳＭ９１０８）为材料,分别提取大孢子母细胞时期胚珠和成熟胚珠的ＰｏｌｙＡＲＮＡ,反转录成ｃＤＮＡ,构建起两个ｃＤＮＡ文库。克隆筛选采用差异杂交法。从上述两个ｃＤＮＡ,对其在植物体不同器官和不同发育时期的胚珠内的表达进行了分析。结果表明该两个ｃＤＮＡ均为胚珠特异,并且分别在胚珠发育的特定时期表明。推测该两个ｃＤＮＡ的表达受胚珠内部的不同因子调控     

用λ－ZAPⅡ作载体构建豌豆卷须cDNA文库

用改进的异硫氰酸胍－苯酚－氯仿抽提法提取了豌豆卷须总ＲＮＡ并纯化了ｍＲＮＡ,合成双链ｃＤＮＡ后加上人工接头,Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ２Ｂ柱层析去掉小片段,最后连入载体λ－ＺＡＰⅡ并用噬菌体包装蛋白进行体外包装,经稀释测定出含有重组子的文库大小为９．２×１０~５．原位杂交筛选出了肌动蛋白阳性克隆。