基于甲基化组学数据建立并验证肝细胞癌预后评价模型研究

利用甲基化CG位点建立并验证肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）预后相关模型是当前的研究热点。利用R语言平台分析肝癌基因组图谱数据库（TCGA-LIHC）和基因表达综合数据库（GSE136380）甲基化组学数据,采用limma包分析TCGA-LIHC和GSE136380数据差异甲基化CG位点,采用wgcna包对GSE136380进行加权基因共表达网络分析,确定三者交集为关键甲基化CG位点集,共获得83个甲基化CG位点。利用LASSO-COX风险比例回归分析筛选出6个甲基化CG位点,包括cg15744128、cg24282479、cg17922226、cg13090969、cg23505966和cg08708079,构建并验证HCC外科切除术后的预后模型。拟合模型在训练集中1、3和5年的AUC分别是0.756(95%CI:0.644～0.876)、0.749(95%CI:0.638～0.854)和0.797(95%CI:0.661～0.920);测试集中1、3和5年的AUC分别为0.848(95%CI:0.680～0.990)、0.833(95%CI:0....     

SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动分类分析

蛋白质折叠规律研究是生命科学领域重要的前沿课题之一,蛋白质折叠类型分类是折叠规律研究的基础。本研究以SCOP数据库的蛋白质折叠类型分类为基础、以Astral SCOPe 2.05数据库中相似性小于40%的α、β、α+β及α/β类所属的折叠类型为研究对象,完成了989种蛋白质折叠类型的模板构建并形成模板数据库;基于折叠类型设计模板建立了蛋白质折叠类型分类方法,实现了SCOP数据库蛋白质折叠类型的自动化分类。家族模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:95.00%、99.99%、0.94与90.00%、99.97%、0.92,折叠类型模板自洽性检验与独立性检验所得的敏感性、特异性以及MCC的平均值分别为:93.71%、99.97%、0.91与86.00%、99.93%、0.87。结果表明:模板设计合理,可有效用于对已知结构的蛋白质进行分类。     

北方粳稻品种识别数据库系统的设计

为借助Internet技术进行数据的共享以及开发一套基于DNA指纹信息来识别粳稻品种的计算机功能平台,设计一套北方粳稻品种识别数据库系统。根据该数据库的设计所包含的信息含量,确定本数据库包含的四个表,并根据功能需求分析,设计了用户管理,北方粳稻DNA指纹数据管理,粳稻DNA指纹查询与粳稻品种识别分析四个功能模块,同时设计了该系统的界面设计图,为北方粳稻品种识别数据库系统的构建奠定基础。     

基于设计模板的BRD-like折叠类型综合分类方法

蛋白质折叠规律研究是生命科学重大前沿课题,折叠类型分类是蛋白质折叠研究的基础。构建BRD-like折叠类型模板数据库,建立了基于多模板的综合分类方法,并用于该折叠类型的分类。对实验集的12 117个样本进行检验,结果的敏感性、特异性分别为0.923和0.997,MCC值为0.72;对独立检验集2 260个样本的检验,结果发现:敏感性、特异性分别为0.941和0.998,MCC值为0.86.结果表明:基于多模板的综合分类方法可用于蛋白质折叠类型分类。     

基于PDB数据库的三个RNA二级结构预测软件评估

随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展,RNA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键,因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件,先基于PDB数据库收录的318个RNA发夹序列进行二级结构预测,进而通过比较预测结果与实验测定结果进行软件预测性能评估。比较结果显示,RNAstructure为三个软件中性能最优的RNA二级结构预测软件。     

生物信息学数据库研究文献引文与热点分析

以Web of Science为数据源,简要概括生物信息学数据库研究的发展趋势。利用Cite Space可视化工具展现生物信息学数据库研究的知识基础和研究热点图谱,为开展生物信息学数据库领域相关的理论研究和实践活动提供借鉴,以便推动生物信息学数据库研究的发展。研究表明：1990年Altschul SF发表的＂局部比对搜索工具——BLAST＂是生物信息学数据库研究的重要知识来源文献;热点主题集中在序列库、基因组数据库、分类数据库、蛋白质数据库、数据库更新、集成系统等。     

农林院校生物信息学专业数据库技术课程教学改革刍议

生物信息学是一门交叉学科,对于现代生物学研究具有重要的意义。数据库技术是生物信息学的基础之一。本文对农林院校的生物信息学专业的数据库技术课程的教学现状做了一些介绍,对目前生物信息专业数据库教学存在的问题进行了分析。结合教学的实践,有针对性的提出了一些教学改革的具体措施。     

蛋白质组研究技术及其进展

“蛋白质组”（ｐｒｏｔｅｏｍｅ）由澳大利亚学者Ｗｉｌｋｉｎｓ和Ｗｉｌｉａｍｓ等于１９９４年提出,指的是由基因组编码的全部蛋白质［１］。今后生命科学的重点将是在蛋白质组水平上揭示生命现象的本质及活动规律。尽管蛋白质组概念的提出至今只不过四年时间,但它的...     

我国微生物学科在国际学术中的地位及前景研究--基于“基本科学指标数据库”的分析

本研究基于基本科学指标（ESI ）数据库收录的微生物学领域2003～2013年度资料,利用文献计量学方法进行统计,获得该学科有显著意义和高被引的国家（地区）、机构及期刊分布,并分析该学科的高被引论文和热点论文。结果显示,我国在微生物领域的科研产出量已逐步提升到较高水平,但论文的国际影响力有待进一步提高。     

《现代生物医学进展》被英国Global Health数据库收录

Global Health是英国国际农业与生物科学研究中心主办的、国际上权威的公共健康研究数据库。读者范围主要针对专业学术机构、研究人员、非政府组织、政策制定者、从业医师、健康机构专业人士及学生。