柯萨奇病毒B组3型基因组剪切片段的序列分析

柯萨奇病毒B组(Coxsackievirus B,CVB)感染细胞时其基因组RNA存在不稳定现象,但产生机制尚不清楚。本研究将柯萨奇病毒B组3型(CVB3)感染细胞后,利用5′ cDNA末端快速扩增技术(5′ rapid amplification of cDNA ends,5′ RACE)扩增并克隆细胞内CVB3基因组片段,并对每条序列及其5′端的二级结构进行分析。结果获得的20条CVB3基因组片段,长度为 2 067～5 547 bp,片段断端主要分布于2Apro和2C编码区。RNAfold分析显示,这些片段多数在5′断点端形成二级茎-环结构。本研究显示,CVB在宿主细胞感染时可形成大量不完整基因组RNA片段,这些片段可在5′断点端形成局部双链结构,提示片段不是随机产生,可能是RNA酶剪切产物。此发现有助于理解CVB基因组不稳定的机制。     

一类具有时滞和基于比率的阶段结构捕食扩散模型

讨论了一类具有时滞和基于比率的阶段结构捕食扩散模型,其中捕食种群具有两个阶段结构,并且成年捕食种群可以在两斑块间扩散.利用比较原理证明了系统在适当的条件下是持续生存的;通过构造Lyapunov泛函,得到了系统存在唯一全局渐近稳定的正周期解的充分条件.     

枣麦间作枣园主要蚧虫复合种群结构及生态位

为了有效地控制枣树蚧害,2002年在太谷地区对枣麦间作枣园的康氏粉蚧(Pseudococcus comstock Kuwane)、日本蜡蚧(Ceroplastes japonicus Green)和梨园蚧(Quadraspidiotus perniciosus Comstock)的复合种群结构及其生态位进行了系统研究.结果表明,在枣树发育早期,3种蚧虫分布范围主要在下、中部的东、南方位,康氏粉蚧的时空二维生态位的宽度较大,是该时期的优势种.到中期3种蚧虫复合种群的分布聚集在树冠上部的西、北方位,时 空二维生态位的宽度以日本蜡蚧较大,种间相似程度和竞争不明显.后期3种蚧虫的复合种群结构在各部位的各个方位的分布无明显差异,但梨园蚧的虫口密度较大,日本蜡蚧在生态位上占据较大的空间.与枣树发育的中期相比,3种蚧虫复合种群结构的相似性与种间竞争系数的平均值要小.蚧害预防应早期控制康氏粉蚧,中期调治3种蚧虫的危害,后期应采取措施压低越冬虫源.     

一种基于主成分分析的混杂人群祖代信息遗传标记选择算法

鉴定群体的结构可以帮助追溯群体的发展史,定位疾病的易感基因．结构相关是一种常用的群体结构鉴定和关联作图方法．结构相关应用中的一个主要问题是它的统计效力高度依赖于所使用的祖代信息遗传标记．目前主要的祖代信息遗传标记选择方法大多要求已知研究样本的祖代信息,但是实际研究中个体的祖代信息大多未知或者难以确定．为了解决这个问题,本研究开发了一种新的基于主成分分析的祖代信息遗传标记选择算法．该方法不需要事先已知研究样本的祖代信息．模拟研究和真实的遗传数据分析提示,与传统的随机挑选祖代信息遗传标记的方法相比,新方法可以显著提高群体结构推断的准确性．本方法可以容易地应用于全基因组数据,挑选出富含群体结构信息的遗传标记．这些遗传标记可被广泛用于鉴定群体的结构和校正关联作图中群体混杂引起的统计偏差．     

The structure-function relationship of MSI7, a matrix protein from pearl oyster Pinctada fucata

We previously identified a matrix protein, MSI7, from pearl oyster Pinctada fucata. According to the structural analysis, the DGD site in the N-terminal of MSI7 is crucial for its role in the shell formation. In this study, we expressed a series of recombinant MSI7 proteins, including the wild-type and several mutants directed at the DGD site, using an Escherichia coli expression system to reveal the structure-function relationship of MSI7. Furthermore, in vitro crystallization, crystallization speed assay, and circular dichroism spectrometry were carried out. Results indicated that wild-type MSI7 could induce the nucleation of aragonite and inhibit the crystallization of calcite. However, none of the mutants could induce the nucleation of aragonite, but all of them could inhibit the crystallization of calcite to some extent. And all the proteins accelerated the crystallization process. Taken together, the results indicated that MSI7 could contribute to aragonite crystallization by inducing the nucleation of aragonite and inhibiting the crystallization of calcite, which agrees with our prediction about its role in the nacreous layer formation of the shell. The DGD site was critical for the induction of the nucleation of aragonite.     

猪胸膜肺炎放线杆菌flic蛋白二级结构与B细胞表位预测

目的:预测和分析猪胸膜肺炎放线杆菌(Actionobacillus pleuropneumoniae,APP)鞭毛蛋白(flic)的二级结构和B细胞表位.方法:利用生物信息学方法对flic基因推导的氨基酸序列进行结构特征和B细胞表位预测分析.结果:flic蛋白为非稳定型脂蛋白,含有2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点(39-42 SirD,164-167 SvkD)和3个蛋白质激酶C磷酸化位点(39-41 SiR,161-163 TsR、164-166 SvK).该蛋白无信号肽,在21Ala～38Ala处存在跨膜区的可能性最大.fljc蛋白的二级结构主要由无规卷曲区域、α-螺旋和β-折叠组成,而形成较少的转角结构.该蛋白的B细胞表位可能位于55～61和152～158区段内或其附近区域.结论:预测结果将有助于确定file蛋白的B细胞表位,为进一步研究flic基因功能及研制APP基因工程疫苗提供参考.     

二种萤火虫幼虫捕食行为及头部功能性结构观察比较

对短角窗萤Diaphanes sp.和胸窗萤Pyrocoelia pectoralis Olivier幼虫的捕食行为进行观察。发现短角窗萤捕食蚯蚓而胸窗萤则捕食蜗牛。利用扫描电镜对短角窗萤和胸窗萤幼虫的头部及口器进行观察比较。发现2种幼虫均具有1对侧单眼,1对发达的、左右对称的3节触角。2种幼虫口器非常发达,具1对锋利的、中空的镰刀状上颚,1对下颚须,1对下唇须,1对内颚叶。2种萤火虫口器最具特别的结构在于:短角窗萤上颚的2/3处内侧着生1个球形结构,上面着生1层齿状结构,而胸窗萤则在上颚基部内侧弯曲成齿状突起。     

鄱阳湖具刚毛荸荠居群遗传多样性和克隆结构的初步研究

采用ISSR标记对鄱阳湖的2个具刚毛荸荠(Heleocharis valleculosa f.setosa)居群共120个个体的遗传多样性和克隆结构进行了研究.5条ISSR引物共检测到85个位点,其中49个为多态位点,占57.65%.具刚毛荸荠具有较高的遗传多样性(在物种水平上,Nei's基因多样性指数H=0.1545,Shannon信息指数I=0.2400),两居群间遗传分化很小.具刚毛荸荠的克隆多样性很高(D=0.9975),两居群不具有共同的基因型.空间自相关分析表明,具刚毛荸荠居群内遗传变异为随机分布格局.