CBSG-PPI:基于图神经网络的蛋白质-蛋白质相互作用的预测算法

为提高蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)预测的准确性,并深入探索细胞信号传导和疾病发生的生物学机制,本文提出一种简称为CBSG-PPI的预测算法。该算法首先利用3层前馈网络来处理蛋白质的k-mer特征,采用CT方法和Bert方法提取蛋白质的氨基酸序列以及使用卷积神经网络提取蛋白质的序列特征,再结合图神经网络和多层感知机来准确预测PPI。与现有的预测技术相比,CBSG-PPI在准确率、 F1分数、召回率和精确率等多个关键性能指标上展现了明显的优势,在公开数据集上分别达到了0.855、 0.853、 0.840和0.866的高分。此外,本算法采用了一种改进的参数调整方法,显著提高了计算效率,其预测速度比传统算法快了约140倍。这一显著的性能提升,不仅证实了CBSG-PPI在预测PPI方面的研究价值,也为未来蛋白质间相互作用网络的构建和分析提供了有用的计算工具。     

行道树冠形对街谷内流场及PM10浓度场的影响

城市道路绿化通常被作为应对机动车污染物排放和改善空气质量的主要措施。但近年来研究表明,城市街谷中行道树的种植易导致内部空气流动受阻并引发污染物堆积。为进一步揭示行道树冠形特征对街谷颗粒污染物分布的影响,采用城市微气候数值模拟软件ENVI-met,模拟分析了平行、斜交、垂直3种来流风向下4种典型行道树冠形对街谷内流场及PM₁₀浓度分布的影响。结果表明,无论在何种来流风向下,4种行道树树冠对街谷空气流动均存在阻塞效应;树木冠层的叶面积密度分布是影响阻塞效应的重要因素,通常在叶面积密度最大的冠层高度风速降幅最为显著;行道树冠形在不同来流风向下对两侧行人高度PM₁₀扩散的影响存在一定差异,其中平行、斜交风向下对PM₁₀积聚程度的强弱顺序为:圆锥形树冠>球形树冠>卵形树冠>倒卵形树冠,而垂直风向下为:倒卵形树冠>球形树冠>卵形树冠>圆锥形树冠;未来在街谷行道树种植管理过程中,应当结合街谷来流风向选择适宜的行道树或对行道树树冠进行修剪整形,从而降低街谷两侧行人的污染暴露风险。研究结果可为行道树种植...     

负重越野训练对战士心功能的影响

目的：通过对某军事院校战士在负重越野训练前后的心音图、心电图、血压检测,评估战士心功能变化,为训练提供参考依据。方法：选取59名（男41,女18）,年龄17~23岁,分别检测两次越野（男5 km,负重11 kg,时限25 min;女1.5 km,无负重,时限10 min）前、运动后即刻及48 h后进行心音图和心电图。结果：两次运动后即刻较运动前心率、第1心音幅值/第2心音幅值比值显著升高（P<0.01）;舒张期/收缩期时限比值下降（P<0.01）;收缩压略有上升,舒张压有所下降,未出现运动高血压。运动48 h后,各指标均基本恢复至运动前水平。心电图无异常。本次研究观察到13人（男8,女5）在运动前未屏气状态下出现第1、2心音幅值倒置现象。结论：该强度越野训练对心功能无损伤,是一种安全的高强度训练方法。     

内蒙古图牧吉冬季大鸨调查初报

大鸨(Otis tarda)属大型草原鸟类,过去曾广泛分布于黑龙江省西部及内蒙古的东部,目前已经处于濒危状态。图牧吉自然保护区是大鸨的主要栖息地,繁殖数量约200多只。1998年开始记录到越冬大鸨个体,2003年冬季,本区越冬数量达到165只(其中保护区内记录到85只)。本文对图牧吉自然保护区大鸨的越冬数量分布进行了调查,并对大鸨越冬行为及食性进行了初步的观察和分析,对大鸨越冬地管理及越冬鸟类的保护提出了建议。     

心阻抗血流图对儿童心功能的评价

目的：评价学龄前和学龄期儿童的心功能特点。方法：采用无创性心功能检测方法测定108例健康儿童和126例健康成年人的心脏功能。结果：SV、CO、PEP等九项指标随年龄的增长而增大,且三组间有差异（P〈0.0l）;CI、HI、C-dZ/dt、O-dZ/dt、Q-Z间期等五项指标在两儿童组间无差异（P〉0.05）,但在儿童与成人组间有差异（P〈0.0l）,EF、PEPI、LVETI、PEP/LVET、O/C等五项指标在三组间均无差异（P〉0.05）。结论：学龄前儿童的心功能指标有些与成年人差异很大,所以需要一套特殊指标作为参考,而不宜采用已有的成人标准值来判定儿童的心脏功能。     

优秀射箭、射击、花泳运动员的脑波涨落图特征之比较

目的：研究运动员的脑波涨落图的特征。方法：实验研究法,数理统计法,脑波涨落图技术。结果：花泳、射箭运动员的S谱线有显著的特异性。结论：运动员脑涨落图特征与运动项目的训练特点相关。     

基于SAFLP的我国常见索线虫科昆虫病原线虫亲缘关系分析

本研究建立并优化了索线虫科(Mermithidae)SAFLP体系,构建了我国常见索线虫科昆虫病原线虫6属11种/亚种的指纹图谱。采用EcoRⅠ和MseⅠ两种限制性内切酶单酶切,结果显示EcoRⅠ酶更适合作为索线虫科线虫SAFLP的内切酶。3个带有3个选择性碱基的EcoRⅠ引物进行扩增共得条带225个,片段大小为250～1 650 bp。通过NTsys-PC2.1软件计算了索线虫科6属11种/亚种的Nei-Li遗传距离(0.1980～034554)和相似系数,利用NTsys-PC2.1软件中的UPGMA方法构建其聚类图。索线虫科这6属11种/亚种从属级阶元可以分为两大类群：罗索属Romanomermis和八腱索属Octomyomermis聚为一支构成第一大类群;六索属Hexamermis与卵索属Ovomermis先聚在一起然后与多索属Agamermis聚在一起,再与两索属Amphimermis聚在一起构成第二大类群。在八腱索属和两索属中属内不同种/亚种间线虫采集地相距较近的其遗传距离较近。优化的索线虫科线虫SAFLP体系能够反映索线虫科线虫种属间的亲缘关系,并与形态学的研究结果基本相符,可以用于属种的分类和亲缘关系的研究。     

通过图像分析方法作出的薏苡定量染色体图

薏苡染色体数目为2n=20,由于中期染色体的长度差异不大,相邻染色体难以区分,而薏苡前中期的染色体相对较长,经DAPI染料染色后染色体上显示明显不同的深染区和浅染区,深染区和浅染区分别相当于染色体上染色质纤维较浓缩和较伸展的区域。前中期染色体上染色深浅不一的染色区可以作为识别薏苡特定染色体的重要标志,也可用于辨别同源染色体。用MetaMorph软件定量分析了薏苡每条前中期染色体上(从短臂到长臂)DAPl信号强度的变化,结合染色体的长度和臂比作为辅助参数,构建了薏苡前中期染色体的定量染色体图。该定量染色体图不仅描述了每条染色体不同区域浓缩程度的不同,而且也反应出不同浓缩区域所占染色体长度的比例。因此该定量染色体图是实际的前中期染色体的一种直观模式,可作为识别薏苡基因组中每条染色体的有力依据。     

链格孢属小孢子种的RAPD分析

用筛选出的12个随机引物,对链格孢属Alternaria13个小孢子种和作为对照的3个大孢子种共55个分离系(isolates)进行RAPD分析。大孢子种Alternariasolani、A.porri和形态独特的A.leucanthemi在树状聚类图上遗传距离0.44处与所有供试小孢子种区分开,它们彼此之间在遗传距离0.25处相区分,表明所采用的RAPD分析方法适于链格孢种间亲缘关系的研究。所有供试的链格孢小孢子种在遗传距离0.31水平上被聚在一起,表明它们之间的亲缘关系较近。A.infectoria与其它链格孢小孢子种之间遗传距离较远;A.longipes的3个分离系和A.brassicicola的7个分离系在较低的遗传距离上被聚在一起,表明它们是独立的种。其它供试链格孢小孢子种的不同分离系在树状聚类图上未显示明确区分。     

一个新的小鼠被毛突变位点（Uncv）的高分辨遗传图谱和物理图谱的构建

迄今为止 ,人们已经发现了 10 0多个影响小鼠和人的毛发发育的基因 ,在以前的研究中 ,Uncv被证实是一个新的影响小鼠被毛的位点 ,具体表现为纯合突变体为无毛 ,杂合突变体表现为稀毛。除此之外 ,纯合的突变体还表现为生长和发育的迟缓。克隆这一突变基因将有助于更好地了解人类毛发发育异常相关的疾病。尽管这一位点已经被定位在小鼠 11号染色体上 ,但是没有该区域的精细遗传图谱和物理图谱直接克隆该基因有一定的难度。利用了两组杂交方式 ,[BALB/c(Uncv/Uncv)×C3H ( / ) ]×BALB/c (Uncv/Uncv)和 [BALB/c (Uncv/Uncv)×C5 7BL/6 ( / ) ]×BALB/c(Uncv/Uncv) ,共 2 0 74个F2代个体 ,通过对 11号染色体上的 16个微卫星标记的基因分型连锁分析 ,最终把该基因定位于11号染色体上位于D11Mit337和D11Mit338之间的约 1.4cM之间的区域。随后 ,利用BAC文库杂交和BAC末端序列PCR锚定的方法 ,构建了由 35个BAC构成的高分辨的BAC重叠群 ,这一高分辨的遗传图谱和物理图谱的构建 ,为进一步克隆这一突变基因打下了基础。