反转录环介导等温扩增技术对丙型肝炎病毒1b和2a基因型检测

利用反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)对中国主要的丙型肝炎病毒(HCV)1b和2a基因型进行扩增。首先,收集临床采样标本,对其进行定量和定性。第二,分别根据HCV 1b和HCV 2a序列的5’非转录区(5’UTR)设计相应的RT-LAMP引物。第三,利用与非特异模板的交叉反应以评价各引物的特异性,利用内切酶酶切产物以进一步保证扩增准确。第四,利用倍比稀释的模板以评价各引物的灵敏性,并用依赖钙黄绿素/Mn2+的可视化方法与电泳结果比较。最后,利用RT-LAMP对所有采样标本进行HCV 1b和HCV 2a两组平行反应,SPSS统计学软件对其实用性初步评价。结果显示,所设计的RT-LAMP引物特异性好,HCV 1b和HCV 2a型产物大小均与预期相同。最低可检测的模板量为100IU/mL,且可视化染色方法电泳结果相一致。统计学软件比较扩增结果表明RT-LAMP与实时荧光定量PCR之间没有统计学差异(P0.05)。综上,RT-LAMP设备简单,操作简便,具有在基层医疗机构的应用前景。     

玉米幼胚胚性愈伤组织再生能力相关性状遗传研究

本文对来源于美国、墨西哥和中国的144份不同玉米自交系幼胚胚性愈伤组织的再生能力相关性状进行了研究,发现其再生能力受到环境、基因型及环境与基因型互作三方面的影响。其中各性状之间的相关性表现为：绿点率(green embryonic callus rate, GCR)、分化率(embryonic callus differentiating rate, CDR)及再生绿苗数(the plantlet number of embryonic callus regeneration, CPN)之间呈极显著正相关,且这三者与褐化率(embryonic callus browning rate, CBR)呈极显著负相关; 两次继代的克隆指数(embryonic callus cloning index for the first subculture, CCI1; embryonic callus cloning index for the second subculture, CCI2)呈显著正相关,且CCI2与GCR有一定的正相关关系,与CBR呈负相关关系;生根率(embryonic callus rooting rate, CRR)则与GCR、CDR及CPN呈一定正相关。经过广义遗传力计算发现：胚性愈伤组织的两次继代克隆指数CCI1、CCI2和CRR的遗传力较低,其他性状的遗传力较高。此外,经Ward法双向聚类分析,共发现了11个具有高再生能力的自交系材料,且通过生根培养发现其再生绿苗的生根情况良好,因而可将它们作为玉米转基因受体的骨干自交系。     

趋化因子CX3CL1与冠心病合并2型糖尿病发病的相关关系

目的:探讨趋化因子CX3CL1与冠心病合并2型糖尿病发病的相关关系。方法:采用病例-对照的研究方法,收集冠心病合并2型糖尿病患者400例,收集对照组400例,利用免疫组化检测冠心病合并2型糖尿病患者颈外动脉旋切术后斑块组织中CX3CL1表达水平,分别检测上述2组不同人群血清中的CX3CL1表达水平,同时采用直接测序方法检测CX3CL1基因rs170364位点基因型及等位基因的分布频率在对照组和冠心病合并2型糖尿病人群的分布差异。结果:冠心病合并2型糖尿病患者颈外动脉斑块组织中CX3CL1表达明显增高,冠心病合并2型糖尿病患者血清中CX3CL1的表达水平明显高于对照人群中CX3CL1的表达。CX3CL1基因rs170364单核苷酸多态位点的三种基因型分布频率(GG型,GT型和TT型)在冠心病合并2型糖尿病患者的分布频率为42.7%,40.0%和17.2%,在对照组分布频率为50.2%,39.6%和10.2%,CX3CL1基因rs170364位点T等位基因是冠心病合并2型糖尿病发病的一个独立危险因素(P0.05)。Logistic回归校正性别、年龄、体重指数、吸烟、高血压、高脂血症等冠心病合并2型糖尿病的易患因素后,CX3CL1基因rs170364 T等位基因仍是冠心病合并2型糖尿病发病的一个独立的危险因素。结论:CX3CL1在冠心病合并2型糖尿病的患者血清和颈外动脉动脉血管组织中表达明显增高,CX3CL1基因rs170364T等位基因可能是冠心病合并2型糖尿病患者发病的独立危险因素。     

建鲤ODC1基因型与增重的相关性分析

构建了建鲤（Cyprinus carpio var. jian）鸟氨酸脱羧酶（Ornithine decarboxylase,ODC）jlODC1a基因上6个和jlODC1b基因上4个SNP位点的PCR-RFLP方法,检测了这10个位点在12个家系约900尾建鲤选育群体中的基因型,各位点的基因型频率存在差异,最小等位基因频率（MAF）为0.140.48。各位点不同基因型与增重相关分析结果,其中7个SNPs与建鲤增重显性相关的位点,ODC1s基因上与雌鱼增重相关的SNP位点（7个）较雄鱼（4个）多。标记富集结果表明富集与建鲤增重相关的优势基因型的SNP个数越多的个体增重速度越快SNP个数越多的个体增重速度越快,富集4个的平均增重显著快于富集03的个体增重,且比0标记的快约14%,这反映出生长为数量性状。进一步对所检测位点进行双倍型分析,结果显示具有四个优势基因型且全部杂合优势基因型的4567（XXXXXXACCTCTCT）组的增重最快,比0优势基因型的增重快达26.6%,可以考虑用于今后的快增长建鲤的选育计划中。此外,双倍型分析结果还表明,不同位点之间可能存在或颉抗或协同的互作,如1和4之间存在拮抗关系,因此在今后的选育计划中,在考虑标记富集的情况下还应考虑标记之间的关系。宜在选择互为协同作用优势基因型的前提下,富集尽可能多的SNP标记。       

丙型肝炎病毒基因分型及core蛋白区的分子演化分析

目前有多种方法对丙型肝炎病毒进行基因分型,但尚无一个“金标准”．为确定丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域,从GenBank中筛选出15条对各成熟肽区域有注释,来源于不同国家地区的丙型肝炎病毒全基因组序列,分别对5′UTR区、core区、E1区、E2区及NS5B区建系统进化树．结果发现,以5′UTR区建树基因分型不完全正确,而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异．计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较,结果发现,NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株间的演化关系．同时分析各序列的core区的分子演化,为发明针对core区的新的PCR-RFLP基因分型方法提供新思路．     

广西不同时期IBV分离株S1基因高变区Ⅰ的遗传变异分析

对广西1985～2007年间分离到的22株传染性支气管炎病毒(IBV)的S1基因高变区Ⅰ(HVR Ⅰ)进行序列测定,并与发表的其他IBV参考株及鸽子分离的冠状病毒株的基因序列进行比较和分析.系统进化关系显示毒株可分为5个基因群,其中有16个广西分离株属第Ⅰ群,它们与鸽子冠状病毒分离株的氨基酸序列同源性较高,与Massachusetts(Mass)型疫苗株的同源性较低.有15个分离株在33～34位和34～35之间分别有4个和3个氨基酸残基的插入,GX-NN6在33～34位和34～35位之间则均有4个氨基酸残基的插入;GX-YL1、GX-NN2与常用的Mass型疫苗株的亲缘关系最近,同属于第Ⅱ群;GX-G、GX-XD与日本同一时期分离的毒株JP Miyazaki 89亲缘关系最近,属于第Ⅲ群;GX-YL6、GX-NN7与欧洲毒株4/91亲缘关系较近,属于第V群.结果表明广西存在着多种类型IBV毒株的流行,毒株S1基因HVR Ⅰ碱基的突变或插入比较普遍,可导致其氨基酸序列的变化,绝大部分毒株与目前常用的Mass型疫苗株的亲缘关系较低.同一时期的分离株同源性较高,但无明显的地域性差异.     

放线菌的基因型及其与根面龋发生的关系

根面龋的细菌学研究始于 2 0世纪 70年代 ,早期研究集中于革兰阳性丝状杆菌 ,尤其是黏性放线菌 (以下简称“黏放”)和内氏放线菌 (以下简称“内放”)。 80年代中后期 ,变链球菌在根面龋中的作用逐渐受到重视。目前认为根面龋是以变链球菌 ,放线菌和乳杆菌为主的混合感染。根面龋细菌学研究表明根面龋的菌群很复杂 ,在不同的病损阶段优势菌的种类呈现多样化[1 ,2 ] 。有学者通过对不同病变发展阶段的根面龋有关的微生物学研究 ,指出早期根面龋中主要是乳杆菌 ,内放菌和链球菌 ;中度根面龋中菌群较复杂 ,其中内放菌比链球菌更为常见 ,但未检出…     

产β-内酰胺酶鲍曼不动杆菌基因型研究

目的了解临床科室分离的鲍曼不动杆菌耐药状况并分析多重耐药株产β-内酰胺酶基因型,为有效的临床治疗和医院感染控制提供实验室依据。方法采用纸片扩散（K-B）法测定临床分离的312株鲍曼不动杆菌对13种抗菌药物的敏感性,对其中120株多重耐药株用聚合酶链反应（PCR）扩增β-内酰胺酶基因,并对其扩增产物进行基因测序。结果鲍曼不动杆菌对美洛培南、亚胺培南、头孢哌酮/舒巴坦和替卡西林/克拉维酸的耐药率分别为0.0%、1.0%、30.8%和31.4%,其余抗菌药物耐药率在38.5%-80.1%;120株多重耐药菌株中,β-内酰胺酶基因分布AmpC型基因阳性率为66.7%（80/120）、SHV-12型基因阳性率为14.2%（17/120）,PER-1型基因阳性率为16.7%（20/120）,CTX-M-9型基因阳性率为8.2%（10/120）,TEM-1型基因阳性率为9.2%（11/120）;VER-1,CTX-M-1,CTX-M-2,OXA型均阴性。同时携带2种基因型有16株,携带3种基因型有14株。结论临床分离的鲍曼不动杆菌流行株主要是产AmpC酶,且呈多重耐药。     

猪钙蛋白酶抑制蛋白基因的基因型与肉质性状的关联性分析

钙蛋白酶抑制蛋白基因是影响猪肉质性状的候选基因之一。本研究以125头地方猪和117头外来猪为材料,研究CAST基因的多态性。结果在CAST基因上检测到一个多态性位点(A876G),并引起了氨基酸残基的改变Lys250 Arg。在地方猪种中仅检测到G (Arg)等位基因,而在外来猪种中A (Lys) 和 G (Arg)两个等位基因均检测到。基因型与肉质性状的关联性分析结果表明,CAST基因型与肌肉的嫩度,屠宰45 min后的pH值及滴水损失存在强相关,又由于地方猪种与外来猪种的肉质性状间存在显著差异。因此,在CAST基因上检测到的多态型位点Lys250Arg的基因型效应有待于进一步研究,并将其有效应用于商品猪生产中。     

“乘法法则”巧解自由组合题

在教材（人教版高中生物第二册）中,是以黄色圆粒豌豆和绿色皱粒豌豆的杂交试验为例来讲解基因的自由组合定律的。F2的基因型和表现型及其比例是以棋盘法来展示的,此法直观、明了,学生容易接受。但在解题时却显得繁琐、复杂,而且耗时也多。