基于转录组数据的密花香薷SSR位点特征分析

利用MISA软件对密花香薷转录组42362条Unigene进行SSR位点搜索,并对其SSR序列结构及分布特征进行了分析。结果表明:(1)密花香薷转录组Unigene序列中共检测到17564个SSR重复序列,分布于11903条Unigene上,出现频率为28.10%,平均每3200 bp出现一个SSR位点。(2)单、二、三核苷酸重复类型为密花香薷转录组SSR位点的主导基序类型,占总SSR位点的97.27%,3种主导基序类型中,单核苷酸所形成基元类型数量最多,共检测到169个基元类型(51.22%),单核苷酸(A/T)n基元类型占明显优势,二核苷酸重复类型(AG/CT)n基元类型占优,分别占总SSR位点的50.60%和12.17%。(3)单核苷酸SSR位点所包含重复次数最多(49),重复次数介于10~66,同一基序类型不同重复次数所形成的SSR位点数量差异较大,随重复次数的增加,SSR位点数呈下降趋势。(4)密花香薷转录组二至六核苷酸基序SSR序列长度集中在12~30 bp区间,共包含有8190个SSR位点,占所统计SSR位点的95.60%,1589(≥20 bp)个SSR序列具有极高的多态性,占所统计SSR位点的18.54%。综合出现频率、分布密度、基元重复次数和长度变异等多个研究结果发现,密花香薷转录组检索到的SSR序列表现出较高的多态性潜能,具有较大的开发价值。该研究为后续密花香薷SSR分子标记引物开发奠定了理论基础。     

基于Illumina HiSeq测序技术研究吡虫啉对意大利蜜蜂雄蜂的影响

[目的]雄蜂对蜂群繁衍有着非常重要的作用.本研究旨在探究吡虫啉对意大利蜜蜂Apis mellifera Ligustica雄蜂生长发育和基因表达产生的影响.[方法]以意大利蜜蜂雄蜂为研究对象,分别以0.00001、0.0001和0.001 μg/μL浓度的吡虫啉对雄蜂幼虫进行连续饲喂处理.每天观察并记录幼虫的发育形态及死亡率,在雄蜂幼虫后期(移虫后6d)测量幼虫体重.利用Illumina HiSeq测序技术对经吡虫啉处理的雄蜂进行转录组测序,进而对差异表达基因进行深入分析.[结果]取食吡虫啉后的雄蜂幼虫,体重低于正常雄蜂,当浓度高于0.0001μg/μL时差异显著;雄蜂幼虫取食吡虫啉后出现死亡现象,且死亡率随吡虫啉浓度的升高而增大;差异表达基因分析结果上调与下调基因数量分别为390个和130个.GO富集分析结果上调基因共分布于55个GO条目,富集基因数量最多的是细胞进程、细胞、细胞组件、细胞膜、细胞膜组件、结合,下调基因共分布于48个GO条目,富集基因数量最多的是细胞进程、细胞、细胞组件.富集在有关生殖功能的差异表达基因中,上调基因数量为21个,下调基因数量为5个.KEGG代谢通路富集分析结果上调基因富集在159个通路上,其中富集基因数最多的是蛋白质消化吸收和神经活性配体-受体相互作用通路.下调基因富集在71个通路上,其中富集基因数最多的是溶酶体、胰液分泌、神经活性配体-受体相互作用通路.[结论]吡虫啉能抑制意大利蜜蜂雄蜂的生长发育,甚至造成幼虫死亡,同时,可以影响雄蜂的神经系统、代谢系统和生殖系统等.本研究结果为蜜蜂资源保护提供理论依据.     

PCR和生物素探针对HFRSV的检测和分型的探讨

分析比较肾综合征出血热病毒（ＨＦＲＳＶ）７６／１１８株和Ｒ＿（２２）株的核苷酸序列,根据引物设计原则及检测分型的目的,设计并合成了３对引物。１对引物取于两毒株间的高同源区段,作为共同引物和外引物;另两对引物取于两毒株间的低同源区段,分别作为野鼠型引物、家鼠型引物和内引物。建立了ＤＮＡ聚合酶链反应（ＰＣＲ）和ＮｅｓｔＰＣＲ方法,并用ＮｃｓｔＰＣＲ合成了两种型特异的生物素探针。ＰＣＲ检测７６／１１８、Ａ＿９、陈、Ｒ＿２、Ｒ＿２２５个毒株,用外引物时均扩增出１条约３００ｂｐ的条带;用内引物的野鼠型引物时,除Ｒ＿（２２）株之外,其余４株均扩增出１条约７０ｂｐ的条带。斑点杂交试验证实了ＰＣＲ检测分型的准确性。ＮｅｓｔＰＣＲ和生物素探针斑点杂交试验可以测出１－１０ｂｇ的目的ｃＤＮＡ。     

一株产酶真菌Phaeophlebiopsis sp.转录组分析

对从药渣中分离的真菌ZYJHYZ254进行鉴定及产酶活性研究,从转录组分析菌株不同生长时期差异表达基因对其生长发育及产酶调控的影响,以筛选高产木质纤维素水解酶真菌,寻找调控关键基因。鉴定ZYJHYZ254为拟暗射脉菌Phaeophlebiopsis sp.,产酶在第5-7天最高。从生长3 d与7 d的菌丝中共检测到1 232个差异基因,以3 d的菌丝为对照,显著上调、下调基因分别有826及406个,基因注释和GO、KEGG功能富集分析结果表明差异表达基因主要与蛋白质合成、代谢及酶合成相关。此外,共有387个CAZymes基因表达,GH数量最多,约占49.61%,其次为AA (97)与GT (62),约占25.06%与16.02%。GH16 (24个)占GH的12.50%,含量最多,主要编码葡萄糖苷酶、木聚糖酶等,AA中AA3 (37个)占比38.14%,编码氧化酶、脱氢酶等。结果表明ZYJHYZ254中生长3 d与7 d的菌丝经功能富集分析发现差异表达基因主要与蛋白质合成、代谢,以及酶合成相关。进一步研究发现在两个生长时期中CAZymes基因表达最多的是GH16与AA3,预示了该菌葡萄糖苷酶、木聚糖酶、β-半乳糖苷酶、氧化酶与脱氢酶含量最丰富,对降解特殊生物质中的木质纤维素具有重要意义。     

新疆吉木萨尔大龙口剖面锅底坑组新发现的兽头类和迟滞鳄类（英文）

锅底坑组是重要的二叠—三叠系过渡序列,本组在新疆吉木萨尔大龙口出露广泛,产出吉木萨尔兽以及水龙兽两类二齿兽类。本文报道了在大龙口剖面首次发现的兽头类和迟滞鳄类,这也是此二类群在锅底坑组的首次报道。新发现的兽头类被命名为付氏大龙口兽(Dalongkoua fuae)。其鉴定特征包括上颌骨犬后齿齿槽外边缘向背向凹入;切齿有圆形和匙形;切齿和犬齿有微弱的锯齿;齿骨冠状突有显著的收肌窝;反折翼近三角形,有两个平滑的凹陷。锅底坑组目前有3~4属二齿兽类、1属兽头类和1属迟滞鳄类,这一发现增加了其多样性。这些类群都在二叠纪末的大灭绝中幸存下来,直到中晚三叠世才消失。     

山茶属山茶组的细胞地理学研究

本文总结了山茶组植物的细胞学资料,结合形态和地理学特征讨论了该组植物扩散及分化的规律。山茶组具有相同的染色体基数,变化较大的倍性。其中子房无毛的种类除Ｃ．ｃｈｅｋｉａｎｇｏｌｅｏｓａ Ｈｕ,Ｃ．ｊａｐｏｎｉａｃａ Ｌ．的个别居群外都是二倍体;多倍体主要出现在苞,萼,后发脱落,子房被毛的种类中,分布于南岭以西至西南地区,南岭及南岭在东,以南地区未发现多倍体。     

深圳南山区天然植物群落的聚类分析

运用组平均聚类法,以44个样方中80个种的重要值为数据,对深圳南山区天然植物群落进行聚类分析。根据聚类结果,南山区天然植物群落可划分为8个群系19个群丛,较全面地反映了群落的组成结构以及群落的生境,为南山区植物群落的保护和管理提供了科学依据。     

异双聚体电泳及其在遗传学差异筛选中的应用

介绍了一种灵敏、简便、快速测定双链PCR产物或DNA片断单个碱基差异的方法。该法借助常规PAGE电泳,能区分出有单个碱基错配而发生构型改变的异双聚体与碱基互补配对的同源双聚体双链DNA分子;并判断出序列中碱基错配的百分率。     

酸胁迫下短乳杆菌NCL912蛋白质的差异表达及其作用

【目的】本文从蛋白质组水平,对本实验室分离的一株高产γ-氨基丁酸的短乳杆菌NCL912(Lactobacillus brevis)在酸胁迫下蛋白质的差异表达及其应激机理进行探讨。【方法】利用双向凝胶电泳技术对pH 5.0和pH 4.0条件下,不含L-谷氨酸钠的培养物的蛋白质组电泳图谱进行了分析,并对酸胁迫下差异表达的蛋白进行了比较。利用质谱检测技术和生物信息学技术对这些差异表达的蛋白进行了鉴定、功能分类和代谢途径分析等。【结果】通过双向凝胶电泳技术,可以得到均匀、背景清晰、分辨率高、重复性好的Lb.brevis NCL912的双向凝胶电泳图谱。对pH 5.0和pH 4.0条件下培养的该菌总蛋白质电泳图谱进行比较,发现有25个差异表达的蛋白点。对这25个差异表达的蛋白进行了质谱鉴定。由于缺乏短乳杆菌NCL912的全基因组,所以其中只有8个蛋白点被质谱鉴定和分析得到。它们分别参与了蛋白质的合成、核苷酸的合成、糖酵解代谢、细胞能量水平的调节等。【结论】酸应激下这些表达蛋白质可通过其相应的功能来保护细胞耐受酸胁迫,从而使菌能够在酸性环境下生存增值。这可能就是Lb.brevis NCL912的酸胁迫应激机理之一。     

甘肃玉门下沟地区早白垩世下沟组介形类

甘肃玉门下沟地区下沟组介形类化石十分丰富,该地区下沟组介形类化石共计9属4亚属,21种,本文描述了其中4新种,即Cypridea(Cyamocypris)xiagouensissp.nov.,Cypridea(Cypridea)subunicostatasp.nov.,Stenestroemiasubpeculiarissp.nov.和Stenestroemiaxiagouensissp.nov.。该介形类化石组合尤以Cypridea最为繁盛,通过分析介形类属种的形态特征和化石组合特征并结合岩性特征,推断下沟组的地质时代为早白垩世巴列姆期;并认为下沟组为水动力较弱的淡水-微咸水河湖相沉积。