串联质谱图谱从头测序算法研究进展

近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节．由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势．简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状．归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点．总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向．     

棕点湍蛙皮肤分泌液中促胰岛素释放肽的分离纯化、基因克隆及活性分析

通过分离纯化棕点湍蛙(Amolops loloensis)皮肤分泌液中的生物活性物质,得到有促胰岛素释放活性的分离峰,并鉴定其结构.采用葡聚糖Sephadex G-50凝胶层析和反相高效液相(RP-HPLC)等手段对棕点湍蛙皮肤分泌液进行分离纯化,利用胰岛素释放实验进行活性检测,Edman降解法测定活性峰的氨基酸序列,反转录法构建cDNA文库并克隆其基因.得到一个具有显著的促胰岛素释放活性的十六肽,测得其氨基酸序列为:FMPIvGKsMSGLSGKL-NH2,命名为amolopin-1.由cDNA(开放阅读框为192bp)推导的氨基酸一级结构显示,其前体由64个氨基酸残基(aa)组成,包括高度保守的信号肽(22aa),酸性肽以及成熟肽.经过数据库序列比对,从棕点湍蛙皮肤中得到一个新的促胰岛素释放肽,进一步分析其作用机理和药代动力学,极有可能得到一个新的治疗糖尿病的降糖药物.     

不同剂量大豆蛋白对大鼠抗疲劳和运动能力的影响

大豆蛋白具有降低胆固醇、抗氧化、提高机体免疫等多种生物功能。为了探究不同剂量大豆蛋白对大鼠抗疲劳和运动能力的影响,本研究对SD大鼠灌胃不同剂量(200 mg, 400 mg, 800 mg)的大豆蛋白,4周后对大鼠进行力竭游泳实验,并检测大鼠血液、肝脏和骨骼肌的血糖(Glu)、乳酸(Lac)、尿素氮(BUN)、游离脂肪酸(NEFA)、肌酸激酶(CK)、天冬氨酸转氨酶(AST)、丙氨酸转氨酶(ALT)、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)和丙二醛(MDA)水平。研究显示,补充大豆蛋白可按照剂量依赖方式提高大鼠的力竭游泳时间。补充大豆蛋白可降低大鼠血清的Lac和BUN水平,并提高血清NEFA水平。补充大豆蛋白可降低大鼠血清的CK、AST和ALT水平。补充大豆蛋白可提高大鼠血清SOD及肝脏和骨骼肌组织CAT水平,并降低肝脏和骨骼肌组织中的MDA水平。研究结论初步表明,大豆蛋白可有效提高大鼠的抗疲劳能力、改善能量代谢方式、提高抗氧化能力、减轻运动损伤,从而提高大鼠的运动能力。大豆蛋白补充剂有望成为提高运动员抗疲劳能力和运动能力的功能饮料,具有较高的开发价值。     

枯草芽孢杆菌抗菌肽生物合成的研究进展

革兰氏阳性菌模式生物--枯草芽孢杆菌能分泌多种肽类及由肽类衍生的抗菌活性物质,按合成途径不同,可分为核糖体肽和非核糖体肽。其中,非核糖体肽分子量较小,一般为3000Da以下,其生物合成是通过多功能复合酶系--非核糖体肽链合成酶来完成的,多发生在菌体生长停止之后;而核糖体肽分子量较大,其合成多于菌体快速生长时期。非核糖体肽链合成酶和核糖体肽的合成及其调控均需基因参与,而这一系列基因就构成了各种抗菌肽生物合成的基因簇。对核糖体肽和非核糖体肽的生物合成及其相关调控机制进行了综述。     

色钉菇粗多糖对小鼠DA能神经元MPTP损伤的保护作用

以C57BL/6J小鼠为实验材料,研究色钉菇粗多糖对多巴胺能神经元损伤的保护作用,并用体外实验方法测定其抗氧化活性。用MPTP（1-甲基-4-苯基-1,2,3,6-四氢吡啶）方法复制了帕金森病小鼠模型,模型复制前,预先给予小鼠100mg/kg、200mg/kg、400mg/kg不同剂量的色钉菇粗多糖,通过行为学检测方法和免疫组化技术观察小鼠的行为变化以及黑质中多巴胺能神经元的数量变化;用抑制小鼠肝脂质过氧化能力的方法测定色钉菇粗多糖的抗氧化活性。结果显示,预先给予200mg/kg和400mg/kg剂量的色钉菇粗多糖能显著地改善帕金森病模型小鼠的行为症状,并能显著地降低MPTP所致的小鼠多巴胺能神经元的凋亡,这可能与该多糖的抗氧化活性有关。提示色钉菇多糖有开发成防治帕金森病药物的应用前景。     

三株亚肉座菌乙酸乙酯提取物生物活性及GC-MS分析

采用乙酸乙酯提取3株亚肉座菌菌丝体,测试虫生真菌乙酸乙酯提取物（EAE）的抗肿瘤、抗菌和抗氧化活性,并借助GC-MS方法分析各提取物中的化学成分。结果发现2株亚肉座菌的菌丝体EAE对HepG2细胞的抑制活性较强,IC₅₀均小于9μmol/L;抗菌结果表明2株真菌的提取物具有抑制细菌生长的作用;1株供试菌的EAE表现出较强的DPPH自由基清除活性（清除率可达85%）。GC-MS分析表明从亚肉座菌JXJG201717、JXJG201720和ARSEF7697的EAE中分别鉴定出21、35和39种成分,主要成分为酯类、醇类和酸类;盘状亚肉座菌JXJG201720与ARSEF7697有相同化合物13个,与暹罗亚肉座菌JXJG201717存在7个相同化合物。本研究表明虫生亚肉座菌具有产生丰富活性成分的能力,彰显出多种利用价值。     

肽转运载体的分子特征及其分布

动物体内的肽转运载体目前发现的至少有五种,其中研究最为广泛的是：PepT1和PepT2。PepT1和PepT2都是依质子的寡肽转运载体(POT)家族的成员。PepT1是低亲和力／高容量的肽载体,PepT2高亲和力／低容量的肽载体。PepT1主要在消化道中表达,在肾脏中也有微弱的表达;PepT2主要在肾脏中表达。这些肽载体的分子结构特征主要有：(1)有12个假想的穿膜区,在9区和10区之间有一大的胞外环,且所有穿膜区内的序列都高度保守,胞外环上的序列保守的很少;(2)被编码的蛋白上有多个N-糖基化和蛋白激酶的识别位点,它们可能参与肽转运的调控;(3)PepT1上的His-57和PepT2上的His-87是最关键的组氨酸残基,它们可能是转运蛋白发挥吸收功能时最关键的结合位点;(4)不同动物肽转运蛋白的氨基酸范围在707到729之间,且不同动物相同器官肽转运载体的同源性高(大约80％),同种动物不同器官肽转运载体的同源性低(大约50％)。了解肽载体的分子特征和组织分布,可以更好地理解肽吸收的分子机制并有利于肽类药物的研发。     

春小麦不同发育阶段抗氧化系统对田间缓慢干旱的响应

研究了两种抗旱性不同的春小麦(Triticum aestivum L.)品种定西24(抗旱性较强)和品种8139(抗旱性较弱)不同发育阶段体内抗氧化系统对田间缓慢干旱的响应情况。结果表明,在田间自然干旱条件下,随着土壤水分含量的逐渐降低,两品种小麦叶片水势和含水量均缓慢降低,叶片色素及可溶性蛋白含量也于幼苗期显著降低,植株生长受抑。叶片抗氧化酶系统如SOD、：POD、CAT以及GSH—ASC循环中的两种关键酶APX和GR活性,均在小麦发育前期如幼苗期和拔节期显著升高而于后期下降。主要抗氧化物质ASC含量也表现出相似的变化趋势。虽然抗氧化系统在两春小麦品种不同发育阶段对田间干旱的响应行为大体相同,而且干旱较敏感品种8139各物质对干旱的响应强于干旱较耐受品种定西24,但后者减轻干旱导致的氧化损伤的效率高于前者。试验还表明,在作物的不同发育阶段,抗氧化系统对田间缓慢干旱响应的策略不同,前期如幼苗期和拔节期主要表现为积极应对,后期如抽穗期和灌浆期主要表现为被动忍耐。     

新型戊型肝炎诊断试剂盒的研制及其应用

用ＨＥＶＯＲＦ３合成肽及ＯＲＦ２重组抗原研制成新型ＨＥＶＥＩＡ诊断试剂盒。与ＧｅｎｌａｂｓＨＥＶＥＩＡ检测比较,灵敏度和特异性均达１００％（６０／６０）。三批试剂精密性测定均＜１０％。该试剂盒置４℃８个月或３７℃４ｄ保持稳定。检测不同肝炎患者ＨＥＶ抗体,发现急性非甲非乙非丙肝炎中有６３．２％,甲肝有１３．４％,乙肝有８．３％,丙肝有６．６％,正常人群为２．９％。所研制的戊型肝炎诊断试剂盒,灵敏度高,特异性强,精密性好,稳定性合格。适用于戊型肝炎诊断及戊肝病毒感染的流行病学调查     

GLP-1-IgG4-Fc融合蛋白的表达与鉴定

将合成的人胰高血糖素样肽-1(glucagon-like peptide-1,GLP-1)突变体基因与IgG4抗体的Fc部分进行融合获得GLP-1-IgG4-Fc片段,获得的基因片段与pXC17.4载体进行连接,用电转化方法将线性化质粒稳定转染CHO-K1细胞,通过Clone Pix 2筛选出高表达细胞株,产量达1.5g/L。收集培养上清并经Protein A和Source 30Q纯化,得到的GLP-1-IgG4-Fc融合蛋白,SDS-PAGE纯度高于95%,高效液相色谱(high performance liquid chromatography,HPLC)纯度和毛细管区域凝胶电泳(capillary zone electrophoresis,CZE)纯度均不低于80%,尺寸排阻层析(size-exclusion chromatography,SEC)纯度高于99%。经质谱和肽图谱测定,分子量与理论值一致,肽图谱序列与对照品高度一致。生物学活性分析表明,GLP-1-IgG4-Fc融合蛋白具有促进表达有GLP-1受体的HEK293细胞分泌环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,c AMP)的活性,并且该活性与对照品高度相似。