整合分析中结合效应值和总异质性的介绍

整合分析(meta-analysis)是对同一主题下多个独立实验结果进行综合的统计学方法,被认为是到目前为止最好的数量综合方法,其统计量为效应值。结合效应值(cumulative effect size)和总异质性(total heterogeneity)分别是整合分析中描述效应值中心趋向和变异程度的两个指标,是在整合分析中最重要的两个参数。在整合分析中随数据结构的不同又有多种求结合效应值和总异质性的方法。介绍了与三种数据结构(无结构数据、分类数据、连续数据)相对应的这两个指标的计算方法。     

杭白菊花水提物的UHPLC-ESI-Orbitrap质谱联用分析

为阐明杭白菊花水提物的药效物质基础,采用超高压液相-高分辨质谱联用技术对杭白菊(Chrysanthemum morifolium)花水提物的化学成分进行分析和鉴定。结果表明,从杭白菊花水提物中鉴定出376种化学成分,其中相对含量大于0.1%的成分有152种,相对含量较高的有绞股蓝皂苷XXⅦ、含羞草碱-O-β-葡萄糖苷、甲基-β-葡萄糖苷、D-1-O-甲基粘质肌醇、L(+)-甲基肌醇、过氧化苯甲酰、甲基-β-半乳糖苷、甲基-α-果糖苷、芒柄醇、松醇、(E)-2-己烯-α-阿拉伯糖-(1→2)-β-葡萄糖苷、米瑟毒苷等。杭白菊花水提物主要以黄酮类和生物碱类成分为主,分别有40和53种,相对含量分别为22.68%和26.57%,是杭白菊花发挥功效的主要物质基础。     

南京市市域热场分布与景观格局的关联分析

为探讨景观中热场格局的形成机制,以南京市为例,基于Landsat/ETM+遥感影像,获取研究区土地利用和地表温度信息,在1、2.5和5 km三个分析粒度上,分别计算了各景观单元的地表温度均值、温度变异系数与土地利用类型(耕地、林地、水体和聚落)的关联关系,并对景观组成特征、结构特征、空间区位特征等对热场格局影响的相对重要性进行了定量分析。结果表明:水体和林地具有显著的降温效应,耕地降温效应不显著。景观组成与结构因子是热场分布最重要的预测变量,点位特征和与到中心城区距离对热场的解释率较小。在3个分析粒度上,地类水平的结构特征对地类温度均值和变幅的解释能力均最强,且在较大分析粒度上优势显著;组成特征对温度均值与变异系数的解释能力次之,但独立影响较低;景观水平的结构特征对温度均值的解释能力较弱但对温度变幅的解释能力较强,且在2.5 km的分析粒度上独立作用显著。结果表明,对土地利用结构特征的调控可作为缓解城市热岛效应的有效途径。     

微卫星DNA及其在鱼类中的应用

生物的遗传可变性和多态性是生物自组织管理中的重要一环,也正是这一环使得生物得以适应变化的环境,为了更有效的管理和利用生物资源,就必须在遗传多态的水平上对生物种群进行认识和分析。这种分析需要有遗传标记,即需要生物体的某些性状和物质,它们能够稳定的遗传且方式简单,可用以反映生物个体或群体的特征。尽管现在已经有一些分子水平的遗传标记方法可以采用,但是对于一些濒危物种的研究和保护而言,仍需要多态信息含量更大的分子标记体系。       

热点地区与GAP分析研究进展

生物多样性保护的优先性研究是目前资且机构和保护专家关注的热点,热点载欠 ＧＡＰ分析是进行生物多样优先笥分析的两种方法。热点地区分析是根据物种丰富度和特有度,探讨怎样以最小的代价,最大限度地保护区域的生物多样性。ＧＡＰ分析综合考虑区域阱生脊椎动物物种、土地覆主土地所有权和保护状况等方面信息,在保护土地管理实践中,使具有代表性的植被类型、重要物种都得到保护。本文介绍了热点地区和ＧＡＰ分析的概念、基本假     

CLUE-S模型在南京市土地利用变化研究中的应用

土地利用/覆盖变化模型是研究区域景观动态并解释其驱动机制的重要技术手段.应用CLUE-S模型,在Landsat TM影像等相关数据支持下,对南京地区1998-2006年土地利用的时空动态变化进行了研究.结果表明:各土地利用类型变化受地形因素影响最大,人均GDP与城镇用地和农业用地的分布呈显著相关,城乡主干道对土地利用变化的贡献显著大于省级及以上道路;海拔较高区域林地的发生比率较高,而地形低平区域农田、城建用地的发生比率较高.经检验,在300 m空间分辨率水平,对南京地区2003年、2006年土地利用状况模拟的精度分别达到了85.7%和84.1%;而通过将研究区分成若干子区,分别修正模型参数并重新模拟,准确率提高到89.7%和88.3%,分区赋值法有效地提高了模拟精度.研究表明,CLUE-S模型对城市发展的空间结构也有较强的预测能力,对指导城市规划、分析景观动态的驱动机制有重要参考价值.     

云南萝芙木pnae基因全长克隆及其序列分析

根据已知的其他物种PNAE酶cDNA序列设计引物,采用RT-PCR技术从云南萝芙木叶片中扩增获得pnae基因部分cDNA序列即PNAE酶基因中间大片段,再用RACE技术获得其两端序列。序列拼接得到完整的1 004 bp的PNAE酶基因,根据获得的序列,分析得到795 bp的开放阅读框,编码264个氨基酸。序列分析显示,云南萝芙木中PNAE酶氨基酸序列与蛇根木中的该酶氨基酸序列同源性高达90%,但和其他植物物种中的PNAE酶氨基酸序列,以及其他物种间的PNAE酶氨基酸序列同源性都不高,在40%-60%之间,表明不同物种中PNAE酶氨基酸序列不具有全序列的高度同源性。进一步序列分析发现,在各植物的PNAE酶氨基酸序列中都存在两个高度保守的氨基酸区域,表明不同物种中PNAE酶存在共同的高度保守区段。     

黑曲霉脯氨酸蛋白内肽酶基因的克隆与序列分析

以黑曲霉(A.niger)TCCC41013的总RNA作为模板,通过RT-PCR扩增出含自身信号肽的脯氨酸蛋白内肽酶基因,将其插入pUCm-T载体上,经PCR和酶切鉴定后进行测序并分析.所克隆的PEP基因全长为1 581bp,编码526个氨基酸残基,成熟肽为504个氨基酸残基.与GeneBank中已报道的A.niger CBS513.88的PEP序列同源性最高,达到99.75%.脯氨酸蛋白内肽酶是一种新型的丝氨酸蛋白酶,黑曲霉PEP与已克隆的其他菌种的PEP同源性不高.     

大豆倒伏性相关QTL的整合及Overview分析

倒伏性是影响大豆产量的重要因素,发掘与大豆倒伏相关的基因对于培育抗倒伏优良高产大豆品种具有重要意义。目前利用不同群体所构建的遗传图谱已经定位了大量与大豆倒伏性相关的QTLs。本研究在对已报道的QTLs进行物理整合的基础上,选择元分析方法将这些倒伏性相关的QTLs进一步整合,鉴定出位于C2(6号染色体)、F(13号染色体)、L(19号染色体)这3个连锁群上重复次数较多的QTL区间6个。选用基于统计学原理的Overview方法进行优化,获得了这些QTL在各个连锁群上的有效遗传位置,这些QTL的置信区间长度最小可缩至0.2 cM。通过在这些区间内进一步筛选,获得一个稳定性较好的标记Satt277。本研究可为大豆抗倒伏基因发掘及分子标记辅助选择育种提供理论依据。     

湖北地区宫颈癌组织中人乳头瘤病毒16型E7基因的分离、克隆和序列分析

采用加端聚合酶链反应技术,从湖北地区一宫颈癌患者癌组织ＤＮＡ中分离出人乳头瘤病毒１６型（ＨＰＶ１６）Ｅ７基因,并在ｐＵＣ１８载体中克隆。经限制性核酸内切酶分析和ＤＮＡ序列分析,确认了含ＨＰＶ１６Ｅ７重组克隆质粒,命名ｐＨＰＶ１６Ｅ７─ＨＢ。ＤＮＡ序列分析表明,ＨＰＶ１６Ｅ７─ＨＢ基因全长２９４ｂｐ（与报道的标准株基因长度相同）,但其核苷酸顺序中有两处发生了Ｃ→Ｔ突变,即第４３位密码子ＣＡＡ变为ＴＡＡ,第７６位ＣＧＴ变为ＴＧＴ;前者使谷氨酰胺密码子变为终止密码,即无义奕变（ｎｏｎｓｅｎｓｅｍｕｔａｔｉｏｎ）。这种突变发生在２９４个碱基的ＤＮＡ扩增产物之中,不像是ＰＣＲ本身的错配,而很可能是湖北株与标准株之间的结构差异。