SNP与基因检测及表达中的RCA技术

滚环扩增(rollingcircleamplification,RCA)技术是一种新的分子生物学检测方法。该方法不仅可以在体外等温条件下对核酸进行高度特异性的检测,而且还可通过线性或指数扩增来进行信号级联放大,其灵敏度能达到1个拷贝的核酸分子,因此,可用于痕量分子的检测。目前,滚环扩增技术广泛应用于全基因组DNA检测、核酸测序、单核苷酸多态性、DNA芯片及蛋白质芯片分析等领域。     

两种过滤特征基因选择算法的有效性研究

对基因表达谱进行特征基因选择不仅能改善疾病分类方法的效能,而且为寻找与疾病相关的特征基因提供新的途径．通过比较用调整p值的t检验、非参数评分两种特征基因选择算法后和未进行选择时支持向量机(SVM)分类器的分类性能、支持向量(SV)的吻合度、错分样本ID的吻合度和对样本均匀翻倍后的稳定性．结果发现：特征选择后线性、核函数为二阶多项式和径向基的SVM分类性能明显提高;特征选择前后的SV及错分样本ID的吻合度均较高;SVM的稳定性较好．由此得出结论：这两种特征选择算法具有一定的有效性．     

苦参碱引起C6胶质瘤细胞凋亡及其对TRADD表达的影响

目的:应用一系列分子生物学检测技术采检测苦参碱对胶质瘤细胞中TRADD表达的影响,以进一步推测其诱导胶质瘤细胞凋亡的作用机制.方法:采用MTT法测定不同浓度苦参碱作用于C6胶质瘤细胞后的吸光值以计算其抑制率:采用Annexin/FITC染色进行流式细胞术检测来测定不同浓度苦参碱诱导C6胶质瘤细胞的凋亡率;采用ICC(免疫细胞化学)、Westem-blotting及Real-timePCR array(实时定量PCR芯片)方法来检测苦参碱对胶质瘤细胞TRADD表达的影响.结果:MTT结果显示细胞抑制率随着药物剂量的增加而增加;Annexin/FITC染色进行流式细胞术的检测结果显示胶质瘤细胞的凋亡率随着药物剂量的增加而增加;ICC、Western-blotting及Real-time PCR array结果显示苦参碱可诱导胶质瘤细胞TRADD基因及蛋白表达的上调.结论:苦参碱可以诱导胶质瘤细胞凋亡,其诱导胶质瘤细胞凋亡可能是通过上调TRADD的表达,以死亡受体途径来实现的.     

微流控芯片对乳腺癌细胞MDA-MB-231的捕获及再培养研究

目的:利用实验室构建的微流控芯片对乳腺癌细胞(MDA-MB-231)进行捕获,提高捕获率并保证细胞活性,实现再培养。抗肿瘤药物阿霉素处理正常培养和再培养的细胞,分析细胞内的基因表达变化。方法:对微流控芯片进行基底修饰,利用MUC1抗原与抗体特异性结合捕获肿瘤细胞,优化捕获条件提高捕获率。对微流控芯片捕获的细胞进行分离、收集和再培养。用1μmol/L阿霉素对正常培养和再培养的细胞分别孵育24h,然后提取RNA并逆转录合成c DNA。选择乳腺癌细胞中高表达及与肿瘤转移相关的基因FN1、ITGA6和LAMB3设计引物,以c DNA为模板分别进行RT-PCR扩增,对琼脂糖凝胶电泳结果进行灰度分析。结果:经MUC1抗体修饰的微流控芯片能有效地捕获肿瘤细胞,捕获率达80%±3%,释放率约98%,细胞释放后存活率高实现再培养。阿霉素对正常培养和再培养的乳腺癌细胞中FN1、ITGA6和LAMB3的基因表达均有抑制作用。结论:MUC1抗体修饰的微流控芯片能有效捕获乳腺癌细胞并实现再培养,捕获前后细胞内基因表达无显著差异,均能产生药物敏感性。     

应用多重标记引物增强寡核苷酸芯片的荧光信号强度

寡核苷酸芯片技术是一种高通量发掘和采集生物信息的强大技术平台,目前已广泛应用于生物科学领域 . 为改善寡核苷酸芯片的分析性能,对影响芯片杂交结果的因素,如片基表面的化学处理、探针的长度、间隔臂的长度、杂交条件等,进行了深入的研究和优化 . 对寡核苷酸芯片而言,仍有待解决的问题是如何产生更强的荧光信号来改善其检测灵敏度 . 利用两种类型的多个荧光分子标记的引物,来增强二维寡核苷酸芯片平面上的荧光信号强度 . 两种引物分别命名为：多标记线性引物和多标记分支引物 . 通过增加标记在目标 DNA 片段上的荧光分子数,可以显著增强寡核苷酸芯片上相应捕获探针的信号强度 . 实验表明,使用多标记引物能将所用的寡核苷酸微阵列的检测限 ( 以能够检测的最低模板量计算 ) 降低至单荧光标记引物的 1/100 以下,多重标记技术是一种有效增强微型化探针矩阵检测灵敏度的信号放大方法 .     

63例慢性乙肝e抗原阴性HBV基因多态性检测结果报告

用地高辛标记引物酶显色法,检测了63例e抗原阴性慢性肝炎HBV基因多态性。结果突变率为53.9%(34/63)。前C/C区1896位突变率最高为49.2%(31/63),1814位38.1%(24/63);BCP区1762位、1764位均为39.7%(25/63),552位突变率为14.3%(9/63)。该检测方法灵敏度高,简便易行。严格控制杂交温度及显色温度是检测操作的关键。     

一种标记cDNA芯片探针的新方法

探讨mRNA长片段反转录PCR技术(RT-LDPCR)在cDNA芯片微量探针标记和信号放大中的应用.首先提取BEP2D细胞的总RNA,然后用两种不同的方法进行标记,一种为RT-LDPCR,用荧光素Cy3-dCTP进行标记;另一种为传统的RNA反转录,用荧光素Cy5-dCTP进行标记.将两种方法标记好的探针等量混合后与含有440个点(44个基因)的cDNA芯片同时杂交,发现二者具有很高的一致性(0.5＜Cy3/Cy5＞2.0).由于RNA反转录法为cDNA芯片探针标记的传统方法,从而验证了RT-LDPCR用于cDNA芯片探针标记的可行性.RT-LDPCR具有对样品总RNA的需要量少和可对样品中信号进行放大的优点,特别适合于对材料来源受到限制的RNA进行标记.     

微阵列（microarrays）技术及其应用

微阵列分为cDNA微阵列和寡聚核苷酸微阵列,微阵列上“印”有大量已知部分序列的DNA探针,微阵列技术就是利用分子杂交原理,使同时被比较的标本（用同位素或荧光素标记）与微阵列杂交,通过检测杂交信号强度及数据处理,把他们转化成不同标本中特异基因的丰度,从而全国比较不同标本的基因表达水平的差异,微阵列技术是一种探索基因组功能的有力手段。     

后基因组时代的结核新疫苗研究

利用蛋白质组技术、生物信息学的DNA芯片等技术筛选适当的保护性抗原,重点在亚单位疫苗的DNA疫苗方面构建预防性和治疗性的疫苗,并配合使用亚单位疫苗,DNA疫苗和减毒活疫苗是值得重视的方向。     

人桥本甲状腺炎甲状腺组织中miRNAs表达谱的差异性分析

目的：桥本甲状腺炎是一种自身免疫性甲状腺疾病,且其发病率呈逐年上升趋势,在医疗实践中,HT 被认为是原发性甲状腺功能减退最常见的原因,同时较易发生甲状腺癌和淋巴瘤。另外,HT 缺乏早期诊断标准,临床上发病隐匿且表现多样,病人多不易察觉而延误治疗。本文旨在应用microRNA 芯片技术系统筛查HT病变甲状腺组织,以此研究并揭示其HT 的miRNA 表达谱变化。方法：本研究首先采用microRNA芯片技术,对正常甲状腺组织及桥本甲状腺炎甲状腺组织中microRNA 的表达进行比较,筛选桥本甲状腺炎中差异性表达的miRNAs。结果：与正常甲状腺相比,在桥本甲状腺炎及其合并甲状腺乳头状癌的一侧桥本甲状腺炎中分别有39 个和25 个miRNAs 分子发生了差异性表达（P<0.05）,比较2 组中共有的miRNAs 发现,miR-142-3p、miR-338-3p、miR-454、miR-146a、miR-29b-1*、miR-150、miR-223 表达上调,miR-654-5p、miR-601、miR-198、miR-1226* 表达下调（log2 FC≥ 2,P＜0.05）;而miR-142-5p 在原发性桥本甲状腺炎中表达显著性升高近8 倍（log2 FC=7.959,P＜0.01）。结论：我们通过microRNA芯片,首次直接系统筛查了桥本甲状腺炎病变组织相关miRNA 表达谱,总体上初步掌握了与正常甲状腺相比,桥本甲状腺炎及合并甲状腺乳头状癌时其miRNA 表达谱的变化情况,为我们后续的研究提供了方向与基础。