母乳糖复合物对新生儿肠道菌群的影响

母乳是新生儿最理想的营养来源。母乳喂养不仅维持婴儿的发育,也促进有益的肠道微生物增殖。母乳中的糖复合物,包括游离的低聚糖、糖蛋白和糖脂,因在肠道健康和菌群调节方面起着重要作用而被越来越多的人所重视。这些糖类物质不仅能预防传染病,也可作为益生元调节肠道微生态。新生儿出生时肠道是不成熟的,复杂的母乳成分确保了肠道微环境成熟。婴儿的肠道微生物群的构成在出生后会发生连续变化。出生后的细菌定植是肠道发育和免疫系统成熟的必要条件。本文将母乳中糖物质及对婴儿肠道菌群的影响作一综述。     

烟草可培养内生细菌的分离及多样性分析

采用稀释平板法, 从健康烟草的根、茎、叶组织中分离到267株内生细菌。利用细菌菌落表征性状和16S rRNA序列对这些分离物进行了多样性分析。通过数值分析比较了8个菌落形态表征性状, 以类平均连锁聚类法的方式进行聚类分析, 在2.15的水平上可分成5个聚类群和56个亚群。16S rDNA序列系统发育分析表明267株分离物可分为21个类群。研究表明同一菌落形态类型的菌株在系统发育树中不一定聚为一类, 菌落形态分类与分子生物学方法分类结果不完全一致。经克隆测序分析表明, 这267株分离物分别与GenBank中6类细菌中的21个已知种相似性达到98%?99%。其中芽孢杆菌属(Bacillus)细菌是烟草可培养内生细菌的优势种群。     

不同类型人工湿地微生物群落的研究进展

微生物是人工湿地不可缺少的成员,对湿地生态系统中物质转化、能量流动起着重要作用.本文从人工湿地微生物群落的研究方法、微生物群落结构与组成、微生物群落调节作用与环境因素的关系等方面,综述了人工湿地微生物的研究进展.各种新颖的分子生物学方法已经成为研究人工湿地的微生物多样性的有力工具,其中最常见的是变性梯度凝胶电泳(DGGE)和寡核苷酸荧光探针原位杂交(FISH);人工湿地微生物群落的调节作用主要取决于湿地的水文条件、废水的特点(包括组成成分,污染物的特点和利用性)、湿地的过滤材料或土壤类型、植物和各种环境因素;不同人工湿地类型的微生物群落组成,从多到少依次是变形菌、噬纤维菌.黄杆菌菌群、放线菌和厚壁菌.如何进一步加深对氮循环相关微生物多样性的研究,提高废水中氮的去除效率依然是未来人工湿地技术需要解决的重要问题之一.     

环境样品中DNA的分离纯化和文库构建

采用研磨 /冻融和SDS/蛋白酶K热处理等理化方法 ,直接从性质不同的环境样品中提取和纯化混合基因组DNA。所获得纯品DNA的产量为每克样品 2～ 1 6μg。对纯品DNA进行限制性内切酶处理后 ,构建了以pUC1 8为载体的DNA文库。建库效率为从每克环境样品获得约 1 0 3～ 1 0 4 个含 3～ 8kb外源随机插入片段的克隆。通过DNA序列测定和基因注释 ,对从文库中随机选取的克隆进行了分析 ,发现外源插入片段均含序列未见报道的新基因。本文所做的尝试对于保存、研究和开发未培养微生物基因资源具有意义     

耐热嗜盐菌的分离及16S rRNA基因序列分析

从位于西藏自治区澜沧江边一个47℃的盐井中分离筛选到一株耐热嗜盐菌菌株 YJ0238.对其进行了生理生化特性研究,采用PCR方法扩增其16S rRNA基因序列,并进行了测定.基于生理生化特性和16S rRNA基因序列的同源性比较,以及系统发育分析,发现菌株YJ0238是Idiomarina属中成员zobellii的一个亚种,其16S rRNA基因序列已被GenBank数据库收录,序列号为EF693953.迄今为止,国内极少有关高温、高盐环境中微生物研究的报道,本研究可为今后研究同类极端环境中新的物种资源以及微生物多样性提供素材和参考.     

以达托霉素产生菌菌株改造为主线的微生物工程综合实验的探索和实践

为使本科学生更好地掌握微生物工程的基本实验操作技能和前沿研究技术,探索将教师的科研成果转化为教学实验,构建了以达托霉素产生菌菌株改造为主线的微生物工程综合实验。在教学模式、实验内容设计、教学安排和考核方式等方面进行实践,取得了较好的教学效果,培养了本科学生的科研技能、科研思维和研究素质。     

五种温带森林土壤微生物生物量碳氮的时空格局

土壤微生物是森林生态系统中的重要分解者,在碳和氮循环中起着重要作用,同时也是对环境变化的敏感指示者。采用氯仿熏蒸浸提法测定了我国东北地区5种温带森林土壤微生物生物量碳(Cmic)和氮(Nmic)的季节动态及其在土壤中的垂直变化。结果表明:林型之间Cmic和Nmic差异显著(P0.01)。落叶松林、红松林、蒙古栎林、杨桦林、硬阔叶林的Cmic的变化范围依次为:278937mgkg-1、2181020mgkg-1、313891mgkg-1、5101092mgkg-1、4401911mgkg-1;其Nmic的变化范围依次为:1872mgkg-1、18103mgkg-1、2495mgkg-1、43125mgkg-1、40208mgkg-1。所有林型的Cmic和Nmic均随土壤深度的增加而下降。Cmic和Nmic基本上呈现出生长季开始之前下降、生长季结束时上升、其中出现12个峰值的季节变化格局,但峰值大小和出现时间随林型和土壤层次而变。010cm土层的Cmic和Nmic季节变化较大。Cmic和Nmic与凋落叶量、土壤有机碳含量和土壤总氮含量呈显著正相关。Cmic与土壤含水量呈正相关,而与土壤温度呈负相关。不同林型凋落物数量和组成、土壤理化性质的差异是导致其土壤微生物生物量时空格局差异的主要因素。     

核酸条形码技术：扩展蛋白质-蛋白质相互作用检测通量的新方法

蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)几乎参与了机体内所有重要的生物学过程,在细胞的基本生命过程中扮演了至关重要的角色,开发高通量的PPI检测新方法具有重要的生物学意义。目前,下一代测序技术(next-generation sequencing, NGS)发展快速,能在几天内测定超过10亿个模板的DNA序列。由于并行DNA测序技术所特有的敏感性、特异性、高通量和多路复用优势,其已被用作广谱分子计数器,应用于基因组测序和转录物组测序等领域。核酸条形码技术通过将寡核苷酸标签与目标蛋白质连接起来,从而标记编码蛋白质。之后,利用高通量的测序方法检测相互作用的蛋白质,实现了PPI的高通量检测。这一技术推动了PPI检测方法的飞速发展,提升了单次实验检测的通量,为构建PPI网络提供了强有力的技术支持。本文详细阐述了核酸条形码在PPI检测方法中的设计、生成和读取;通过分析核酸条形码技术在PPI研究中的应用范例,探讨了各自的优势和不足,并评估了数据的可靠性,讨论了基于核酸条形码技术的PPI检测方法未来的发展趋势。     

Biological characteristics of dengue virus and potential targets for drug design

Dengue infection is a major cause of morbidity in tropical and subtropical regions, bringing nearly 40% of the world population at risk and causing more than 20,000 deaths per year. But there is neither a vaccine for dengue disease nor antivirai drugs to treat the infection. In recent years, dengue infection has been particularly prevalent in India, Southeast Asia, Brazil, and Guangdong Province, China. In this article, we present a brief summary of the biological characteristics of dengue virus and associated flaviviruses, and outline the prowess on studies of vaccines and drugs based on potential targets of the dengue virus.