森林砍伐对苦槠种群遗传结构的影响

人类活动严重干扰着自然生态系统,其中砍伐是对森林生态系统最常见的干扰之一,它导致森林退化,植物种群变小,甚至灭绝,遗传多样性也随之下降。当被破坏的森林未被转换性利用时,则会逐渐恢复,但由于瓶颈效应,恢复起来的生态系统中植物种群的遗传结构可能会改变。恢复种群遗传组成的改变一方面与干扰的强度、频度和持续时间有关,另一方面,也受植物生活史特点的深刻影响。然而,我国对于砍伐后恢复起来的森林生态系统中生物多样性的改变,尤其是遗传多样性的改变的研究并不多见。研究在浙江省宁波市天童国家森林公园及周边地区选择了5个苦槠种群,采用SSR微卫星标记来分析砍伐对苦槠种群遗传结构的影响。5对多态SSR引物共得到了29个等位基因。种群内维持了较高的遗传多样性,种群间遗传分化程度较低,基因流达8．68。恢复林和成熟林种群的遗传多样性相差不大,以阿育王寺地区恢复种群的最高;表明砍伐对于苦槠种群遗传多样性的影响不大,这与苦槠较强的萌条能力有关。尽管如此,在恢复种群中观察到近期的种群瓶颈,显示出砍伐对种群遗传组成的影响;而在一个成熟林中也观察到种群瓶颈,这是因片断化导致种群变小之故。植被保存最好的天童国家森林公园内苦槠种群的遗传多样性却较低,这可能与成熟林中苦槠优势度较低有关。     

勐养保护区亚洲象微卫星位点筛选及种群遗传多样性分析

本文以亚洲象肌肉样品提出的DNA为模板,从非洲象31个微卫星位点和5个已知亚洲象微卫星位点中筛选勐养亚洲象的微卫星位点,进而对在西双版纳勐养保护区3年采集到的191 份亚洲象粪便样品中提出的DNA进行特异性PCR扩增、基因分型、检测位点信息和遗传多样性分析.结果表明:36个位点中有14个位点能在亚洲象肌肉样品提出的DNA中成功扩增,且经测序证实为微卫星位点.其中9个多态位点能在185份粪便样品DNA中稳定扩增.勐养种群中,3个位点可能偏离Hardy Weubberg平衡,至少8个位点间无明显连锁存在,平均等位基因数3.78±1.72,平均期望杂和度0.32 ± 0.06,平均观察杂和度0.36±0.02,平均多态信息含量0.28 ,说明这9个位点适用于勐养亚洲象的遗传学研究.根据微卫星位点的杂合度和等位基因频率,相比于其他亚洲象种群,勐养亚洲象种群遗传多样性较低且等位基因频率具有特异性.     

猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)检测

以3个品种（长白猪、大白猪、松辽黑猪）16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座（quantitative trait loci,QTL）进行了检测．通过似然比检验,并以自由度为2的卡方分布作为检验统计量的分布,共发现22个在P〈5％水平下显著的QTL,其中在2号染色体上有9个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞体积、血红蛋白含量、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、平均血小板体积、血小板分布宽度和血小板压积,在7号染色体有7个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞血红蛋白浓度、血红蛋白含量、血小板总数、平均红细胞体积和红细胞分布宽度变异,在8号染色体上有6个,分别影响中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、血小板压积和平均红细胞体积．为尽可能地避免由于多重检验所造成的假阳性率的升高,我们采用了控制假检出率（false discovery rate,FDR）的方法来对这22个QTL进行进一步检验,发现有14个达到FDR〈5％显著水平,其中又有9个达到FDR〈1％显著水平．     

粪便微卫星DNA在种群大小评估中的应用及若干问题的探讨

对于易受伤害或濒危物种的有效管理需要准确评估种群大小.传统的调查方法是直接计数和无线电跟踪,这些方法对于偏僻地区的珍稀动物来说是困难和低效率的.非损伤性DNA技术作为一种个体识别的工具打开了种群调查的新方法.本文以粪便微卫星技术为例,概述了其在种群大小评估中的应用,并且就如何获得准确种群大小的各个实验相关步骤加以讨论.     

赤拟谷盗全基因组和EST中微卫星的丰度

微卫星是近年大力开发的一种分子标记,为了推进赤拟谷盗Tribolium castaneum(Herbst)遗传学相关研究,对赤拟谷盗全基因组和EST中由1~6个碱基重复单元组成的简单序列重复进行分析,进而对其微卫星的丰度和分布进行比较分析。微卫星在赤拟谷盗EST中的分布频率为1/0.87kb,其中单碱基重复序列占71.25%,是最丰富的重复单元,而六、三、四、二,五碱基重复单元序列分别占23.93%,2.94%,1.56%,0.17%,0.15%。全基因组中微卫星的分布频率为1/3.65kb,其中六碱基重复序列占61.96%,是最丰富的重复单元,而三,四,一,五,二碱基重复单元序列分别占14.35%,13.75%,4.68%,3.60%,1.69%。同时发现富含A和T碱基的微卫星占主导地位,富含G和C碱基的微卫星数量较少。进一步的分析显示,微卫星在每条染色体上的丰度存在很大的相似性。     

中国人结肠癌nm23H1基因遗传不稳定性的研究

采用石蜡包埋组织抽提DNA、PCR-单链构象多态性(SSCP)、常规银染、Envision免疫组织化学和Leica-Qwin计算机图像分析等方法,研究中国人17号染色体D17S396位点微卫星不稳定性和杂合性缺失,对nm23H_1基因表达的影响,阐明nm23H_1基因遗传不稳定性与结肠癌进展的关系,为临床治疗提供实验依据。实验中,30例结肠癌D17S396位点MSI、LOH检出率和nm23H_1蛋白阳性率分别为26.67%、20.00%和53.33%。在肿瘤TNM分期中,Ⅰ+Ⅱ期的MSI检出率和nm23H_1蛋白阳性率分别为43.75%和81.25%,高于Ⅲ+Ⅳ期的7.14%(MSI,p<0.05)和21.43%(nm23H_1,p<0.01)。而LOH检出率在Ⅲ+Ⅳ期35.71%高于Ⅰ+Ⅱ期6.25%(p<0.05)。随着结肠癌病理Duke’s分期的升高,LOH检出率呈现增加趋势。nm23H_1蛋白阳性率在管状腺癌组为60.00%,明显高于粘液腺癌组的20.00%(p<0.01)。随着管状腺癌分化程度的升高,其阳性率呈增高趋势。此外,nm23H_1蛋白阳性率在MSI阳性组为75%,也高于MSI阴性组的45.45%(p<0.05)。计算机图像定量分析显示,nm23H_1蛋白在各临床病理参数影响下的表达强度没有差异。实验结果提示MSI和LOH通过相互独立的途径调控散发性结肠癌的进展。LOH多发生于散发性结肠癌的晚期阶段并赋予散发性结肠癌细胞高侵袭、低预后的表型。相反,MSI是散发性结肠癌的早期分子标志,提高结肠癌局部nm23H_1蛋白表达量可有效抑制结肠癌转移并改善散发性结肠癌患者预后。     

喜马拉雅旱獭种群微卫星变异及遗传多样性

为了解不同地理种群喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)的种群数量变化并探讨其内在的遗传学机制,通过构建部分基因组文库的方法筛选出8个高变异微卫星位点,根据微卫星位点的测序结果设计相应引物,PCR扩增检测了青藏高原4个地理种群(德令哈、乌兰、沱沱河、安多)喜马拉雅旱獭的遗传多态性及其种群结构.研究结果显示:8个位点在喜马拉雅旱獭种群中均为高度多态,观察等位基因数、有效等位基因数、多态信息含量分别为4.75、3.033 2、0.610 2;喜马拉雅旱獭种群总的期望杂合度和观察杂合度分别为0.670、0.699;3个喜马拉雅旱獭种群显著(P＜0.05)或极显著(P＜0.01)偏离H-W平衡状态,且这些偏离平衡的位点均由杂合过度导致(FIS＜0);喜马拉雅旱獭种群的部分位点已经偏离了突变-漂移平衡.结论:筛选出的8个微卫星位点适合于喜马拉雅旱獭种群遗传多样性的研究,所研究的喜马拉雅旱獭种群有较高的遗传多样性,安多地理种群在近期可能经历过瓶颈效应,种群数量曾经下降.     

大河猪76个STR基因座的遗传多态性

大河猪是中国西南中海拔地区代表性猪种之一,长期以来在当地养猪生产中发挥了重要作用。为了阐明其群体遗传变异情况,为进一步有效保护和合理利用提供科学依据,采用分布在家猪19对染色体上的76个微卫星标记对该猪种60个随机抽样个体进行了微卫星PCR–聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。共检测到347个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在3—10个之间,平均每个座位等位基因数4.57个,有效等位基因数3.50个,群体平均杂合度及平均多态信息含量分别为0.696 2±0.071 6和0.644 1±0.091 4。结果表明,大河猪群体遗传多样性较丰富,选择潜力较大。     

分子生态学研究揭示中国飞蝗种群的进化关系

飞蝗是一种重要农业害虫,具有很强的迁飞能力,其分布区比任何其他蝗虫都更广阔,几乎覆盖了东半球的整个温、热带地区。然而,基于生物学或形态学差异,飞蝗仅在中国就鉴定出了3个亚种,而在世界范围内则存在至少9个亚种———这跟其迁飞能力是相矛盾的,学术界对此也一直存留争议。张德兴教授的研究团队（中国科学院动物研究所分子生态学和进化研究组）运用分子生态学的研究手段,从多个独立微卫星DNA位点对覆盖飞蝗中国分布区的25个样点的1300多个标本进行综合分析。他们发现,尽管飞蝗具有很强的迁飞扩散能力,中国的飞蝗确实分为北方种群、南方种群和西藏种群3个具有显著遗传差别的种群,但是与传统认识不同的是,广布于中国中、东部的飞蝗并非东亚飞蝗,而是应隶属于亚洲飞蝗亚种。该研究成果一方面验证了飞蝗经典分类的一些结论,另一方面则指出对由Boris Petrovitch Uvarov（1889~1970）（被学界誉为“蝗虫之父”）在20世纪30年代建立的关于东亚飞蝗的有关权威观点进行修正的必要性。该研究团队还进一步分析飞蝗在中国形成和维持3个具有显著遗传差别的种群的原因,指出：历史生物地理学因素可能是导致形成这3个地理种群的关键原因,特别是更...     

中国板栗自然居群微卫星（SSR）遗传多样性

采用8对微卫星分子标记对中国板栗(Castanea mollissima)的28个自然居群进行了遗传多样性与遗传结构分析。在849个个体上扩增得到128个等位基因, 每位点平均等位基因数(A)为16。中国板栗居群的平均预期杂合度(H_E)为0.678, 平均观察杂合度(H_O)为0.590。华中地区的中国板栗居群遗传多样性最高(A = 8.112, H_E = 0.705, H_O = 0.618), 其次为西北地区和华东地区, 而西南地区遗传多样性最低(A = 6.611, H_E = 0.640, H_O = 0.559)。基于无限等位基因模型(IAM)和基于逐步突变模型(SMM)的遗传分化系数分别为F_ST = 0.120和R_ST = 0.208。分子方差分析(AMOVA)结果表明中国板栗野生居群的遗传变异主要存在于居群内(87.16%)。Mantel检测揭示遗传距离与地理距离之间无显著相关性, 表明基因流不是主导中国板栗居群遗传结构的关键因素。华中地区(尤其是神农架及其周边地区)是中国板栗遗传多样性的现代分布中心, 因而应该得到优先保护, 同时该区域的野生板栗居群可优先作为栽培板栗遗传育种的材料和基因库。