刺猎蝽属种间转录组比较分析

【目的】建立刺猎蝽属Sclomina 3种的转录组数据库,分析近缘种间转录组表达差异,探讨在转录组水平的种间趋异情况。【方法】采用Illumina HiSeq^TM4000高通量测序平台进行刺猎蝽属齿缘刺猎蝽S.erinacea、兴仁刺猎蝽S.xingrensis和广西刺猎蝽S.guangxiensis 3种转录组测序;利用Nr, Swiss-Prot, COG/KOG和KEGG数据库进行基因功能注释;对种间差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。【结果】齿缘刺猎蝽、兴仁刺猎蝽和广西刺猎蝽转录组测序组装获得42 215个unigenes。21 117个基因在上述4个数据库中得到注释(各数据库注释基因数为：Nr, 20 522; Swiss-Prot, 15 550; COG/KOG, 13 969; KEGG,10 850)。兴仁刺猎蝽vs齿缘刺猎蝽转录组有3 390个DEGs (803个上调,2 587个下调),兴仁刺猎蝽vs广西刺猎蝽转录组有12 543个DEGs (6 63...     

古尔班通古特沙漠生物结皮微鞘藻分类学研究

实验研究了从古尔班通古特沙漠生物土壤结皮中分离纯化培养出的11株与微鞘藻(Microcoleus)形态接近的丝状蓝藻,通过形态特征、16S rRNA和ITS二级结构相结合的多相分析方法对其进行分类学研究。研究结果表明,实验藻株隶属于微鞘藻科(Microcoleaceae)的微鞘藻属(Microcoleus)和束脉藻属(Symplocastrum),其中包括2个中国新记录种:斯坦微鞘藻(Microcoleus steenstrupii)和细长束脉藻(Symplocastrum flechtnerii),另外还有具鞘微鞘藻(Microcoleus vaginatus)和类似斯坦微鞘藻的存疑物种。藻丝多少与排列方式、细胞大小与末端细胞形状,以及16S rRNA系统发育位置是确定微鞘藻(Microcoleus)与束脉藻(Symplocastrum)属于不同物种的关键依据, ITS二级结构是区分属内不同物种的重要参考。     

中国眼裸藻属(Euglenaria)分类学研究

为对眼裸藻属Euglenaria Karnkowska, Linton&Kwiatowski进行分类学修订,研究以采自中国的12株3种眼裸藻属物种为材料,基于形态学和分子生物学手段对眼裸藻属进行系统发育研究,鉴定了3种眼裸藻属物种,分别是尾眼裸藻Euglenaria caudata (Hubner) Karnkowska et Linton、项圈眼裸藻Euglenaria anabaena(Mainx) Karnkowska et Linton和棒形眼裸藻Euglenaria clavata (Skuja) Karnkowska et Linton,提供了它们的形态特征及分子数据。基于最大似然法和贝叶斯法构建了系统发育树,以亲缘关系较近的双鞭藻科Eutreptiaceae Hollande物种为外类群,其余的裸藻类分为扁裸藻科Phacaceae Kim, Triemer&Shin和裸藻科Euglenaceae Dujardin物种两大支,眼裸藻属位于裸藻科分支(0.84/-),共包含28株眼裸藻属物种,主要分为3个小分支,每个小支的支持率均高达99%以上,项圈眼裸藻和尾...     

卡特拉鱼形态,食性和生长的研究

观测卡特拉鱼的形态特征和1—3龄鱼主要可量性状及其比例的变动。1—3龄鱼除主食商品饲料外,同时也食较大比例的浮游生物。着重对浮游生物的种类和比例进行了分析。肠长与体长呈直线相关。Y=6.38X-89.95。1—4龄鱼体长和体重相对生长率和生长指标都随年龄增加而逐渐下降。体长与体重呈曲线相关。W=0.00002261L~(3.0569)。采用 Von.Bertalanffy 生长方程分析其生长特性。方程参数 L_∞=821.2mm,W_∞=19616.6g,t_0=0.6年,K=0.3。体长生长不具拐点,生长速度随年龄增加而递减;体重生长具拐点,其值4.3年。此时体重生长速度达最大值。4、3龄前是生长旺盛期,此后进入生长缓慢期。     

淡水育珠蚌褶纹冠蚌血细胞的初步研究

国外关于海产双壳贝血细胞形态与功能的研究虽然较多,但对于淡水育珠蚌褶纹冠蚌的血细胞却无研究报道,国内关于软体动物血细胞的研究甚少,对于育珠蚌血细胞只笼统地称之为游走细胞,颗粒细胞等,对它们的种类和形态无详细的描述。为此作者对褶纹冠蚌的血细胞进行了形态学的初步观察,以期对今后的研究工作提供参考。     

上海5条骨干人工河流鱼类本底调查及群落结构分析

为摸清上海黄浦江5条骨干人工河流开挖半个世纪以来形成的鱼类物种资源家底,文章于2021年6月(夏季)和11月(秋季)用刺网对20个断面作了采集,获得鱼类标本13379尾,经鉴定有60种,隶属于8目17科45属。其中,鲤形目有2科28属41种,鲈形目7科8属8种;洄游鱼类2种,河口鱼类8种,其余均为淡水鱼类。IRI≥1000的优势种合计有9种,刀鲚(Coilia nasus)是5条河流共有的优势种。ABC曲线反映除金汇港外,其他河流总体上以中小型鱼类为主体,鱼类群落受到了严重干扰。β_c指数和β_r指数均反映浦东川杨河与大治河之间的鱼类组成相异性最大,浦南金汇港与龙泉港之间的鱼类组成相异性最小。20个断面可分为3组, D1和Z2断面为组Ⅰ,金汇港、龙泉港和除Z2断面的大治河为组Ⅱ,川杨河和除D1断面的淀浦河为组Ⅲ,似鳊(Pseudobrama simoni)、刀鲚、鲫(Carassius auratus)和?(Hemiculter leucisculus)是造成组间鱼类群落结构差异性的主要分歧种。研究认为,这5条人工骨干支流保存了比黄浦江源头、干流...     

淡水藻种库(FACHB)库藏产2-MIB蓝藻的鉴定及其产嗅特征研究

为认识产二甲基异莰醇(2-MIB)蓝藻的形态和产嗅特征,从国家水生生物种质资源库淡水藻种库中筛选出24株可产2-MIB藻株,描述了这些藻株的形态特征和生境分布。结合形态和16S rRNA基因分析对藻株进行物种鉴定复核,修订了部分库藏藻株物种名称,例如发现库藏产2-MIB的浮丝藻属种类应当被重新鉴定为拉氏拟浮丝藻或索状气丝藻。基于mic基因系统发育树分析,显示蓝藻mic基因形成5个分支。通过2-MIB含量检测发现,不同藻株间单个细胞总2-MIB含量为6—2549 fg/cell,其含量通常为拉氏拟浮丝藻>索状气丝藻>灰假鱼腥藻。研究提供了产2-MIB蓝藻的形态、分子、生态和产嗅特性等的基础数据,首次报道气丝藻、沙丝藻、苏打丝藻种类可产2-MIB,并在国内首次报道了产2-MIB的微鞘藻,为进一步研究产2-MIB蓝藻生理生态特性提供重要的实验材料和科学依据。     

乌云伞的解剖学及花粉形态学研究

八角莲属(Dysosma)是小檗科(Berberidaceae)一个重要属,全国共有7个种,大约分布于北纬23—32°,东经94—122°之间。湖北八角莲属有4个种,其中乌云伞(Dysosma lichuanensis Z. Cheng, sp. nev., ined.)为内定种,是多年生草本,它的形态特征与八角莲(Dysosma     

莎草属果皮微形态特征及其分类学上的意义

首次报道了在立体显微镜及扫描电子显微镜下对莎草属(Cyperus Linn.)14种、2变种植物果皮微形态特征的观察结果。根据纹饰特点的不同,可分为三种类型:(1)网——瘤状复合纹饰;(2)网状纹饰;(3)疣状纹饰。莎草属植物在果皮微形态特征上存在的种间差异可为种的划分提供依据,并为探讨该属的系统演化提供有价值的资料。     

猪轮状病毒感染小鼠肠道组织的转录组分析

猪轮状病毒（Porcine rotavirus,PoRV）是在世界范围内与严重腹泻疾病相关的主要肠道病原体,是新生仔猪肠炎和腹泻致死的重要原因之一。为了深入了解猪轮状病毒感染肠道后其致病机制以及引起宿主的抗病毒和修复机制,我们分别饲喂培养基和猪轮状病毒病毒液5d后,采取5 d、10 d、15 d、20 d、25 d小鼠空肠组织进行高通量转录组测序分析。利用基因本体论（Gene Ontology,GO）数据库功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析差异表达基因（Differentially Expressed Gene,DEGs）,选取部分差异表达基因,进行qRT-PCR验证。结果显示,与对照组相比,5个时间段上调DEGs有849个,下调DEGs有824个。对DEGs进行5个功能富集,有共同差异基因15个。这些差异表达基因广泛参与脂质合成与代谢、免疫、细胞增殖、细胞凋亡等活动,主要注释到PPAR、NOD-like、IL-17等信号通路中。qRT-PCR验证上皮细胞增殖相关基因PBLD、C...