电子通讯与生物大分子序列分析

交互网络(Internet)的发展为联网的计算机用户之间进行信息交流提供了有效途径.就分子生物学家而言,他们不仅可以利用电子邮件系统发送和接收信息,而且更重要的是能够存取大量的分子生物学数据库和软件.利用Internet可以开展多种序列分析作业,包括序列数据库的类似性检索、基因编码区鉴定和蛋白质二级结构分析等.一个数据库,例如GenBank,可以通过多种方式来存取:a.电子邮件文件服务器,b.文件传送协议(FTP),c.Gopher,WAIS或WWW等服务器-客户机(Server-Client)系统.专为分子生物学家设计的BIOSCI电子公告牌为研究人员开展学术讨论、寻求别人帮助和与数据库人员交流提供了极大的方便.     

外显子和内含子的序列复杂性

引入了两个新的关于序列复杂性的测度,并以此为指标分析比较了结构基因序列中的外显子和内含子的复杂性差异。     

人生长激素基因在小鼠细胞中的调节表达

我们已经提过,在人生长激素基因周围是否存在着一些序列,它们使生长激素基因可以被糖皮质激素所诱导。用同转化法将含有人生长激素基因的重纽克隆引入鼠成纤维细胞染色体,在有糖皮质激素存在下,同转化体可被诱导出8到5倍的人生长激素mRNA,对人生长激素蛋白的分泌也有相似的诱导。诱导所需的DNA序列位于DNA5’端,有500个核苷酸。把该DNA6’端片段融合到一个非激素敏感基因的结构基因中,例如胸苷激酶,可使该基因对糖皮质激素的诱导产生反应。     

用于聚合酶链式反应(PCR)引物设计的计算机程序

 本文报道了两个用于PCR引物设计的计算机程序PCRDESN和PCRDESNA。PCRDESN程序主要从以下4个方面评价用户自己设计的一对引物的质量:(1)引物内的碱基反向重复或发夹结构,(2)两个引物之间的碱基互补配对,(3)两个引物之间的同源性,(4)引物的碱基组成及特点和T_m值计算。通过用多例文献发表的及本院有关实验室提供的引物对序列的验证,确定了程序的运算参数,证明该程序能较好地检验引物对的质量和解释某些PCR实验失败的原因。PCRDESNA程序采用逐级优化的方法和比PCRDESN所选用的更严紧的引物选择参数对用户提供的核酸序列进行快速检索,以确定所有可能的和合适的引物对。     

根癌病土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)Ti质粒的传递性研究及其在遗传工程中的应用

一、Ti质粒的发现 根癌病土壤杆菌是引起许多植物(据文献记载有83属300余种)冠瘿(crown gall)肿瘤的病原体。有关它的研究是从1907年Smith和Townsend提出该病的病原学开始的,40年代While和Braun等人用无菌冠瘿组织证明肿瘤的发生基于肿瘤基因的转化以后,吸引了越来越多的人去进行这种基因的分离和转化研究。特别是60年代,Schilpcroort等人用免疫学和分子杂交的技术,在无菌冠瘿细胞中分别测到了细菌的抗原和细菌Ti质粒的DNA序列以后,这方面的文章更是指数地增加。     

当前人类基因研究存在缺陷

澳大利亚研究人员完成的一项研究显示，无脊椎动物——一种珊瑚虫具有许多同脊椎动物人类相同的基因。让研究人员更加感到意外的是，在苍蝇和蠕虫这类动物身上并没有找到某些珊瑚虫和人类相同的基因。新的发现导致人们对利用苍蝇和蠕虫作为模式生物揭示人类基因的某些研究提出了疑问。     

两种独行菜序列特征差异比较

以宽叶独行菜和钝叶独行菜为材料,采用CTAB法提取总DNA,参照文献中引物对两物种nrITS基因、trnL-trnF基因及psbA-trnH基因进行PCR扩增和测序,获得两物种的3个基因片段,并分析其序列特征。结果显示,nrITS基因序列中A+T含量低于G+C含量,而两叶绿体基因序列的碱基组成则相反,A+T含量显著高于G+C含量。用DNAMAN软件对两独行菜物种进行同源性分析,结果表明宽叶独行菜和钝叶独行菜nrITS、trnL-trnF及psbA-trnH基因序列同源性分别为95.65%、97.97%及99.25%。本研究首次扩增获得宽叶独行菜和钝叶独行菜psbA-trnH基因序列,为独行菜属植物分子遗传学积累了研究资料。     

蝴蝶兰PhNAC1基因序列分析及对低温胁迫的响应

为探讨NAC转录因子在蝴蝶兰低温胁迫响应中的分子调控机理,该研究以蝴蝶兰的叶片为材料,运用RT-PCR及RACE技术克隆得到一条蝴蝶兰的NAC转录因子基因完整的cDNA序列,命名为PhNAC1(GenBank登录号MF797909),并分析了其在两种低温条件下的表达模式。结果表明:PhNAC1基因cDNA序列全长1 442 bp,ORF全长942 bp,编码313个氨基酸。预测其蛋白分子量为35.22 kDa,等电点为6.95,属于稳定亲水性蛋白。二级结构预测表明,无规则卷曲和延伸链为该蛋白的主要结构元件,与三级结构预测结果基本相符。PhNAC1编码的氨基酸序列与其他已登录的兰科植物NAC蛋白进行同源序列比对,表明与小兰屿蝴蝶兰(XP_0205763790)亲缘关系较近,序列一致性达97%,其次为铁皮石斛(XP_020695081),一致性为84%。实时荧光定量PCR分析表明,PhNAC1基因在营养器官和生殖器官中均有表达,在蕊柱中的表达量最高。在11℃/6℃低温条件下,PhNAC1基因的转录表达水平在前5天随着处理时间逐渐升高,到第7天开始下降;在4℃低温条件下,PhNAC1基因的表达水平在处理0.5 h时表达量有所下降,1 h后表达量上升至对照水平,之后无明显变化,在处理24至48 h又逐渐升高,推测PhNAC1基因参与蝴蝶兰低温胁迫响应。