溶藻弧菌群体基因组学研究

溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)是一种能够对人类以及鱼、虾、贝类等水产品致病的弧菌,给人类健康带来威胁,也给水产养殖业造成巨大的经济损失.目前该物种基于全基因组的遗传多样性和重要遗传元件研究报道较少.本研究对采集自全国4个省份的68株溶藻弧菌进行高通量测序,获得全基因组序列,并结合113株公开发表的...     

陕西食源性沙门氏菌耐药及相关基因

【目的】研究食源性沙门氏菌对常用抗生素的药敏性及相关耐药基因,更好的了解耐药性的产生和传播途径,确保食品安全。【方法】使用the Clinical and Laboratory Standards Institute推荐的琼脂稀释法测定沙门氏菌的药敏性,PCR和基因序列测定方法确定耐药沙门氏菌中整合子及其携带的耐药基因、与头孢菌素抗性相关的基因、沙门氏菌基因岛及与氟喹诺酮类抗生素耐药相关的基因突变。【结果】359株沙门氏菌中,67%的菌株对磺胺甲恶唑产生抗性,对甲氧苄啶/磺胺甲恶唑、四环素、卡那霉素、萘啶酮酸、氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸、链霉素、氯霉素和庆大霉素、环丙沙星、头孢曲松、头孢西丁和头孢哌酮的耐药率分别为58%、56%、37%、35%、33%、32%、29%、26%、21%、16%、9%和8%。284株耐药菌中,79%的菌株可抗至少1种抗生素,25.9%可抗10种以上抗生素,2.5%可抗14种抗生素。耐药的Ⅰ类整合子以1.4kb最为常见,携带的耐药基因有aadA1、aadA2、aadA5、tetR、blaPSE-1、blaDHA-1、blaVEB-1、dhfrⅠ、dhfrⅤ、dhfrⅦ和dhfr17等。62株耐头孢曲松和/或头孢哌酮的沙门氏菌中,blaTEM和blaCMY-2基因的检出率分别为51.6%和56.5%。13.6%的沙门氏菌中检出了沙门氏菌基因岛。35株耐氟喹诺酮类抗生素的沙门氏菌的gyrA、parC和parE基因中共检出68个点突变,gyrA基因中常见突变为Ser83Phe、Ser83Tyr、Asp87Gly和Asp87Asn,parC基因中为Ser80Arg。parE基因中检出了Lys441Ile、Lys428Gln、Asp494Asn、Lys428Gln和Gly442Ser突变,这些点突变均为首次在食源性沙门氏菌中检出。【结论】陕西食源性沙门氏菌耐药状况严重,整合子、沙门氏菌基因岛和β-内酰胺酶编码基因的存在及解旋酶和拓扑异构酶基因突变是导致沙门氏菌耐药的重要机制。     

封育对科尔沁沙地小叶锦鸡儿群落植被特征及空间异质性的影响

以科尔沁沙地小叶锦鸡儿群落为对象,分析了放牧和不同封育年限下小叶锦鸡儿群落的植被特征及植被分布的小尺度空间异质性.结果表明:放牧和封育样地内植被均以1年生草本植物为主,物种数没有明显差异;封育6年、封育12年样地的植株密度分别为(124.46±5.22)株·m~(-2)和(203.05±10.38)株·m~2,显著高于放牧样地(P<0.05);封育样地的Shannon-Wiener多样性指数、Simpson多样性指数、Pielou均匀度指数均低于放牧样地,并随着封育年限的增加而减小;封育样地植被分布的小尺度空间异质性小于放牧样地,并且封育年限越长,空间异质性越小.

Abstract：

This paper studied the vegetation characteristics and small-scale spatial heterogeneity of Caragana mirophylla community in Horqin Sandy Land in northeast Inner Mongolia of China under grazing and under 6-and 12 years enclosure, aimed to assess the effects of grazing and enclosure on vegetation restoration. In the sampling plots of grazing and different years enclosure, the species composition of C. mirophylla community all dominated by annual herbaceous plants. The species richness in grazed plot and in the plots enclosed for 6 and 12 years was 22, 19, and 20, respectively, with no significant difference. In the plots enclosed for 6 and 12 years, the plant density was (124.46±5.22) plants·m~(-2) and (203. 05±10. 38) plants·m~(-2), respec- tively, being significantly higher than that in grazed plot, which suggested that enclosure was an effective method to accelerate the vegetation restoration in Sandy Land. The Shannon-Wiener index, Simpson species diversity, and Pielou evenness in enclosed plots were lower than those in grazed plot, and decreased with increasing enclosure duration. The small-scale spatial heteroge-neity of vegetation in enclosed plots was smaller than that in grazed plot. The longer the enclosure duration, the smaller the spatial heterogeneity was.     

匍匐茎草本植物形态可塑性、整合作用与觅食行为研究进展

综述了匍匐茎型克隆植物在形态可塑性、整合作用及觅食行为方面的研究进展。资源斑块性分布是生境异质性的特征之一,适应于异质性生境,匍匐茎植物对环境资源表现了一系列可塑性反应。本文着重从匍匐茎植物对光、水、肥的可塑性反应及其整合作用以及觅食行为等方面的研究进行总结分析,以期对匍匐茎型克隆植物进行更广泛深入的研究。     

单细胞RNA测序技术在病毒研究中的应用

单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)技术已经成为不同领域中研究细胞异质性的有效工具。在病毒研究领域中,利用该技术分析病毒和细胞的转录组,可以在单细胞水平上检测病毒感染的动态变化,了解病毒与细胞间复杂的相互作用。本文简述了scRNA-seq技术,着重介绍病毒感染宿主细胞后scRNA-seq研究的最新进展,同时也描述了细胞周期、基因表达、细胞状态等细胞异质性对病毒感染过程的影响,以及病毒变异对其本身感染过程的影响。此外,本文还分析了scRNA-seq在研究病毒–宿主互作动态变化方面具有的独特优势,及其在病毒研究领域中广阔的应用前景,为揭示病毒的感染与致病机制、抗病毒靶标的开发等提供参考。     

山区鸟类多样性保护与保护区规划

由于拥有极高的生物多样性及大量濒危物种,山区多为世界生物多样性保护热点地区。中国科学家研究云南中部哀牢山鸟类空间和时间分布规律发现：鸟类组成的空间异质性极高,沿海拔梯度的变化最快,坡向次之;低海拔地区鸟类组成的空间异质性要比高海拔地区高。这些结果表明设计山区保护区时,不能仅保护位于山顶部的成熟林,还要注意保护不同海拔带以及坡向的植被。     

肿瘤遗传异质性

尽管大多数自发性肿瘤源于单细胞, 但人们逐渐认识到个体肿瘤的内部存在异质性, 这种差异涉及分化程度、细胞增殖率、侵袭和转移能力及治疗反应等众多方面。分子生物学研究也证实肿瘤演进过程中不断产生新的突变, 为肿瘤内部存在异质性增加了更有力的佐证。文章综述了关于肿瘤遗传异质性研究的主要进展。鉴于遗传异质性分析可为揭示肿瘤细胞的产生、扩散、转移的时间段提供重要信息, 文章以瘤内异质性为主线, 列举了遗传异质性存在的实验依据; 阐述了遗传多样性在人类个体肿瘤发展进化史中的研究价值; 介绍了遗传异质性产生的两种模式, 包括肿瘤干细胞模型和克隆进化模型; 总结了遗传异质性在肿瘤转移、治疗中的重要临床意义。文章最后展示了常用的遗传异质性的研究方法, 包括特定基因的分析方法和基于基因组水平的方法, 并对各自的优缺点进行了分析。     

MRP1活性与其NBDs结构域构象变化的相关性

用专一性标记蛋白分子中半胱氨酸(Cys)的荧光探针MIANS标记MRP1(multidrug resistance protein)的实验结果表明, MIANS与MRP1中的2个Cys结合, 结合后不仅荧光强度增加, 而且发射波长蓝移, 表明所标记的位点处于相对疏水的环境. 荧光共振能量转移实验进一步表明, MIANS标记的Cys与MRP1核苷酸结合结构域(NBDs)很接近, 其中１分子MIANS标记在NBD1附近, 另一分子标记在NBD2附近. ATP, ADP以及化疗药物能阻止MIANS对MRP1的标记. 猝灭剂丙烯酰胺、Cs⁺和I^&#8722;对MIANS-MRP1荧光猝灭实验又表明, MIANS标记的Cys位点处于一个带正点电荷的区域. 同时, 巯基结合试剂MIANS和NEM对MRP1 ATP酶的活性具有明显的抑制, 而化疗药物却有明显的激活作用. 上述实验结果提示, 核苷酸和化疗药物都能引起MRP1的NBDs的构象变化, 核苷酸可直接与NBDs结合, 而化疗药物可能通过改变MRP1的跨膜结构域(TMDs)的构象进而影响NBDs的构象, 从而调控MRP1 ATP酶的活性并影响对化疗药物的转运. 结果对于深入揭示MRP1的ATP的结合和水解与其转运化疗药物之间的偶联提供了较直接的实验证据.     

细菌对喹诺酮类抗菌药的分子耐药机制

喹诺酮类是目前临床上应用较多的抗菌药。然而,喹诺酮类耐药菌时有出现。就细菌对喹诺酮类抗菌药主要耐药机制从分子水平作一综述。(1)一般认为,喹诺酮类抗菌药通过结合细菌Ⅱ类拓扑异构酶,干扰细菌复制,而发挥抑菌作用。Ⅱ类拓扑异构酶变异时,细菌可逃脱喹诺酮类的抑菌作用。高水平的耐药由DNA回旋酶和拓扑异构酶Ⅳ同时发生变异造成。(2)细菌细胞壁是抗菌药进入的屏障。细胞壁组分脂多糖和孔蛋白的改变,可减少喹诺酮类的通透。(3)有些细菌可利用“外排泵”主动将喹诺酮类排出,降低喹诺酮类在菌体内的积累浓度。(4)细菌的其他一些代谢因素也可影响喹诺酮类的抑菌作用。