家蚕浓核病毒中国株非结构蛋白1(NS1)的表达

利用PCR技术扩增出BmDNV-3 NS1基因,将目的基因与原核表达载体pET-30a进行连接,转化BL21 star菌并在该菌中表达,经Western blot鉴定表达的产物为BmDNV-3 NS1蛋白,纯化NS1蛋白并制备兔多克隆抗体.同时BmDNV-3 NS1基因亚克隆到杆状病毒转移载体pFastBae-HTb-eGFP中,转化BmDH10BAC感受态细胞,提取的重组Bacmid通过脂质体包埋转染家蚕BmN细胞,再以收获的重组病毒感染家蚕幼虫.家蚕BmN细胞和幼虫感染重组病毒2d后均观察到绿色荧光,经SDS-PAGE分析真核表达的产物与预测的NS1-eGFP融合蛋白大小不一致,说明NS1-eGFP融合蛋白被昆虫内源性的蛋白酶降解.降解的产物用NS1蛋白抗体进行Western blot鉴定为BmDNV-3 NS1蛋白.     

FMDV 3C蛋白酶基因的克隆及在昆虫细胞中的表达

口蹄疫病毒3C蛋白酶在病毒的致病机理、聚蛋白前体的加工和RNA的复制上起着很重要的作用,是当前抗病毒研究的一个重要靶点.本研究从Asia Ⅰ型FMDV适应细胞毒中提取RNA,用RT-PCR技术扩增3C基因,首先克隆到pGEM-T载体,再亚克隆到杆状病毒转移载体pMelBac B中,构建出重组转移载体pMel-3C.最后将含有目的基因的转移载体与线性化的杆状病毒DNA共转染Sf9细胞,通过噬斑筛选和PCR鉴定,获得了重组杆状病毒.重组病毒经扩增后以10个MOI感染Sf9细胞,接种病毒72 h后收获细胞,样品经SDS-PAGE和Western blot证实3C蛋白获得表达,分子量约23kDa,与预测蛋白大小一致,且能被FMDV感染阳性血清所识别.本研究为空衣壳的体外组装及新型抗病毒药物设计的研究奠定了基础.     

胰岛素受体底物活性调控的分子机制

胰岛素受体底物(insulin receptor substrate,IRS)是胰岛素信号转导通路中一个极其重要的信号分子,对胰岛素信号级联效应具有至关重要的作用。目前有关胰岛素受体底物活性调节的研究主要集中在两个方面,一方面是磷酸化水平的调节机制,另一方面是细胞因子信号阻抑剂(suppressor of cytokine signaling,COCS)所介导的直接和间接调控。了解胰岛素受体底物活性调节机制将有助于进一步探索胰岛素抵抗和Ⅱ型糖尿病的发病机制。     

隐半马氏模型在3'剪接位点识别中的应用

新近的基因识别软件比先前的软件有着显著的提高,但是在外显子水平上的敏感性和特异性仍然不十分令人满意.这是因为已有软件对于剪接位点,翻译起始等生物信号位点的识别还不够有效.如果能够分别提高这些生物信号位点的识别效果,就能够提高整体的基因识别效率.隐半马氏模型能够很好地刻画3'剪接位点(acceptor)的结构.据此开发的一套对acceptor进行识别的算法在Burset/Guigo的数据集上经过检验,获得了比已有算法更好的识别率.该模型的成功还使得我们对剪接点上游的分支位点和嘧啶富含区的概貌有了一定的认识,加深了人们对于acceptor的结构和剪接过程的理解.     

隐半马氏模型在 3′剪接位点识别中的应用(英文)

新近的基因识别软件比先前的软件有着显著的提高 ,但是在外显子水平上的敏感性和特异性仍然不十分令人满意 .这是因为已有软件对于剪接位点 ,翻译起始等生物信号位点的识别还不够有效 .如果能够分别提高这些生物信号位点的识别效果 ,就能够提高整体的基因识别效率 .隐半马氏模型能够很好地刻画 3′剪接位点 (acceptor)的结构 .据此开发的一套对acceptor进行识别的算法在Burset/Guigo的数据集上经过检验 ,获得了比已有算法更好的识别率 .该模型的成功还使得我们对剪接点上游的分支位点和嘧啶富含区的概貌有了一定的认识 ,加深了人们对于acceptor的结构和剪接过程的理解     

嗜酸氧化亚铁硫杆菌doxDA操纵元的鉴定与分析

本文利用RT-PCR方法从转录水平上分别对A.ferrooxidans ATCC 23270基因组中可能编码硫酸盐-硫代硫酸盐结合蛋白基因sbp、膜结合硫代硫酸盐-辅酶Q氧化还原酶基因doxDA以及类硫氰酸酶基因p21等开放阅读框所在的基因座之间的联系进行了鉴定和分析,结果表明它们分别从属于预测的doxDA-1操纵元和doxDA-2操纵元.在此基础上,本文对doxDA操纵元的可能启动子序列也进行了预测和分析.     

RNA干扰介导原核细胞适应性免疫

RNA干扰广泛存在于真核细胞中, 其作用机制已得到比较清楚阐明.虽然在原核细胞中已发现微小RNA(miRNA)参与的基因沉默调节细菌基因表达, 但尚未发现小干扰RNA (siRNA)参与的基因沉默机制.近年在原核细胞基因组中发现一类新的成簇的规律间隔的短回文重复序列 (clustered regularly interspaced short palindromic repeat, CRISPR)和与其相关的基因.生物信息学分析和预测表明两者构成的CRISPR相关系统介导原核细胞RNA干扰, 进而发挥免疫防御功能.这一假说新近得到了实验证实, 与此同时首次揭示了原核细胞的适应性免疫机制.这种防御机制不同于真核细胞适应性免疫机制, 除具特异性外, 还具有遗传性.     

白及丝氨酸羟甲基转移酶(SHMT)基因的序列分析

丝氨酸羟甲基转移酶（SHMT）是植物细胞光合作用和一碳代谢的关键酶之一,研究SHMT基因的序列信息对揭示其蛋白结构与功能具有重要指导意义。从白及转录组数据库中分离得到SHMT基因（NCBI登录号：MG544187）,运用生物信息学软件对该基因进行序列分析。结果显示：该基因长度为1 953 bp,编码的蛋白质长度为471aa、分子量为51.861 06 kD、理论等电点为7.17,SHMT二级结构主要由无规则卷曲结构和α螺旋结构组成,核苷酸和氨基酸序列与铁皮石斛SHMT相似性最高,达93%,结构域分析发现该蛋白具有高度保守结构域,三级结构预测为四聚体结构,跨膜区及信号肽分析发现该蛋白无跨膜区及信号肽,亚细胞定位分析发现该蛋白主要位于细胞质、叶绿体亚细胞器位置。本分析结果为白及SHMT的应用研究提供了基础数据,也为植物SHMT基因的分子研究提供了理论依据及基础资料。     

冠心病患者PCI术后对比剂肾病发生的预测因素的临床研究

目的:探讨冠心病患者PCI术后发生对比剂肾病(Contrast Media Induced Nephropathy,CIN)的预测因素。方法:入选2015年1月至2015年9月长海医院确诊为冠心病并接受PCI治疗的≥75岁老年患者共计317例,根据CIN评分分成CIN评分低分组(4-10分)、CIN评分中分组(11-16分)、CIN评分高分组(≥16分),分析比较不同CIN评分组患者的术后对比剂肾病的发生情况;对相关危险因素进行单因素及多因素分析,探讨冠心病PCI患者发生对比剂肾病的独立预测因子。结果:317例冠心病PCI患者中,14例发生CIN(4.4%),CIN评分高分组比例最高(4例,11.8%,P=0.042)。单因素分析表明,CIN风险评分、术前GFR、术前肌钙蛋白、术前总胆固醇、急性心肌梗死、Syntax评分在术后CIN发生中存在显著的统计学差异(P0.05),为独立的风险预测因素。多因素Logistic回归分析结果显示,CIN风险评分在术后CIN发生中存在显著的统计学差异(95%CI:1.37-7.78,P0.05),术前GFR在术后CIN发生中存在显著的统计学差异(95%CI:1.01-1.07P0.05),两者均为独立预测因子。结论:CIN风险评分、术前GFR是高龄冠心病患者PCI术后发生CIN的独立预测因子。     

牦牛MT-I/-Ⅱ cDNA分子克隆及其蛋白质结构分析

利用基因特异引物YMTSP1和YMTSP2,通过RT-PCR从牦牛肝脏组织RNA中克隆出了牦牛MT-Ⅰ(Genbank Accession NoAY513744)和MT-Ⅱ(Genbank Accession NoAY513745)基因编码区全长.将牦牛MT-Ⅰ和MT-Ⅱ cDNA序列在CBI上进行同源性搜索发现,牦牛MT-Ⅰ/-Ⅱ编码区序列在不同哺乳动物中相当保守.牦牛MT-Ⅰ和MT-Ⅱ编码的MT-Ⅰ和MT-Ⅱ蛋白分别由61个氨基酸组成,其具有保守的短肽结构如C-X-C,C-C-X-C-C,C-X-X-C等,其决定MT蛋白分子的整个三维结构,在分子进化上十分保守.同时对牦牛MT的疏水性和跨膜区分析表明,牦牛MT蛋白可能不存在跨膜区,也不存在信号肽,是1种非分泌蛋白.并通过同源比较模建,预测和构建了牦牛MT-Ⅰ和MT-Ⅱ蛋白的分子空间结构,表明牦牛MT-Ⅰ和MT-Ⅱ由α-和β-两个结构域组成,在α-结构域含有5个Cys短肽结构,β-结构域有4个Cys短肽结构,且2个结构域由保守的三肽序列KKS相连.