面向蛋白质功能位点识别的机器学习平台构建

有关蛋白质功能的研究是解析生命奥秘的基础,机器学习技术在该领域已有广泛应用。利用支持向量机(support vectormachine,SVM)方法,构建一个预测蛋白质功能位点的通用平台。该平台先提取非同源蛋白质序列,再对这些序列进行特征编码(包括序列的基本信息、物化特征、结构信息及序列保守性特征等),以编码好的样本作为训练数据,利用SVM进行训练,得到敏感性、特异性、Matthew相关系数、准确率及ROC曲线等评价指标,反复测试,得到评价指标最优的SVM模型后,便可以用来预测蛋白质序列上的功能位点。该平台除了应用在预测蛋白质功能位点之外,还可以应用于疾病相关单核苷酸多态性(SNP)预测分析、预测蛋白质结构域分析、生物分子间的相互作用等。     

薇甘菊入侵扩散机制研究进展与改进思考

从薇甘菊(Mikania micrantha H B.k)的入侵分布、入侵能力以及群落可侵入性等方面对其入侵机制研究进展进行了分析和总结.以往的研究工作没有重视对薇甘菊入侵过程的整体性研究、对入侵扩散影响因素分析、空间尺度约束影响分析,以及分析方法和技术手段的缺陷.因此,未来应重点开展薇甘菊入侵扩散过程重建及潜在危害区域预测、景观结构对薇甘菊入侵危害的影响等研究,并完善薇甘菊入侵扩散的动态监测网络及风险评估体系.     

基于多源遥感数据的景观格局及预测研究

以TM、中巴资源卫星和环境与灾害监测预报小卫星等遥感影像为数据源,利用ENVI 4.7、ARCGIS 9.2、IDRISI 15等软件,研究了西安市辖区的景观特征与空间格局,预测了未来的景观变化,提出了景观格局预测的数据转化和多距离空间分析的精简步骤.结果表明:研究区的景观本底是一个由林地和耕地构成的复合景观基质,建设用地在研究时段内呈现持续增加趋势,且2004-2011年间的增加量高于2000-2004年间的增加量;林地面积略有降低,林地和草地总面积略呈增长趋势,水域和未利用地面积变化较小.研究时段内的景观破碎化程度在降低,林地景观的连通性增强了,耕地的降低了.各景观类型在所设定的最大预期研究尺度下均呈现显著的聚集空间格局;各年和各景观类型之间的聚集、随机和离散的临界阈值差别相对比较大;水域和未利用地的空间聚集强度明显高于耕地、林地、草地和城乡建设用地;耕地和草地空间分布存在一个异质性最大的特征尺度,且均出现了聚集分布、随机分布和离散分布3种分布格局,以2011年最为明显.利用景观指数法和多距离空间聚类分析方法研究景观格局特征的效果要比单一的景观指数法较理想.CA-Markov模型模拟的结果基本能够反映未来的景观格局状况.     

基于分组重量编码的蛋白质功能预测

从蛋白质序列出发,采用分组重量编码(Encoding Based on Grouped Weight,简记EBGW),并结合最近邻居算法对蛋白质功能进行预测。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的1826条序列进行预测,整体预测准确率与其他基于序列信息的蛋白质功能预测方法相当。实验结果表明基于EBGW编码方案的新方法可有效地应用于蛋白质功能预测。     

CyclinE-CDK2相关蛋白与细胞周期调控

细胞周期蛋白(cyclin)E和周期蛋白依赖性激酶(CDK)2的复合物CyclinE-CDK2为细胞从G1期进入S期的关键激酶复合物,在细胞从G1期进入S期过程中起着至关重要的作用.它通过磷酸化其下游一系列底物如Rb、CDC6、NPAT和P107等而使细胞启动DNA合成,从而使细胞不可逆转地进入S期.CyclinE-CDK2除了受到其下游RB/E2F通路的正调控外,同时也受细胞中其他一些因子的调控,如CIP/KIP家族蛋白的负调控作用,以及Skp2-SCF介导的泛素化降解作用等.     

油棕（Elaeis guineensis）中果皮发育过程中miRNA的表达动态分析

以CTAB法提取油棕（Elaeis guineensis）中果皮5个不同发育时期（G1～G5）的小RNA。从前期研究获得的油棕小RNA测序数据库中筛选12个候选miRNA,实时荧光定量PCR法（qRT-PCR）检测其在果实发育过程中的表达量变化,并进一步对显著差异表达的miRNA进行靶基因预测。结果表明：中果皮5个不同发育时期小RNA的OD260/OD280比值在1.7～2.0之间;浓度分别是289、364、476、213、390 ng/μL;qRT-PCR检测结果显示,12个候选miRNA在5个发育时期均显著性差异表达,特别是在中果皮发育第4个时期（G4）和第5个时期（G5）表达量极显著增高,其中miR395和miR156在第4个时期表达量最高;miR395和miR528在发育第5时期表达量最高;靶基因预测结果显示差异表达的部分miRNA,其靶基因可能参与了脂肪酸代谢通路,如磷脂酸磷酸脂酶和磷脂酶D。本研究筛选的与脂肪酸代谢相关的miRNA为今后油棕脂肪酸代谢调控通路研究提供了可能的线索。     

血清孕酮诱导阻断因子对早产的预测价值研究

通过分析母体血清中孕酮诱导阻断因子(PIBF)的浓度,对采样和早产之间的时间间隔进行预测。对37名有先兆早产孕妇和41名健康孕妇在孕第24～28周期间进行了一项前瞻性的研究工作。在37名患有征兆子痫的患者中有11名患者早产。研究中将所有孕妇分为3组:早产孕妇、先兆早产孕妇和健康孕妇。在分娩前5天内采集的样本的PIBF浓度(22.17±6.19) ng/mL明显低于之前采集的样本浓度(31.33±6.78) ng/mL,并且明显低于健康孕妇采集的样本浓度(69.65±12.38) ng/mL;采样和分娩之间的平均时间间隔为(4.1±1.8)d。多元回归分析每个观测值对早产起到的作用,结果表明PIBF的缺乏对早产有显著影响(p=0.002)。采用受试者工作特征(ROC)分析来评估PIBF的诊断准确性。ROC曲线的面积(AUC)为0.956 (95%CI=0.884～0.989;p0.000 1),因此PIBF在预测早产上具有优异的诊断价值。在分娩前5天内,可以通过低于正常妊娠的PIBF值来预测妊娠终止,因而有助于有助于早产的诊断。     

床旁超声联合血乳酸对感染性休克患者容量反应性的预测价值分析

目的:研究床旁超声与血乳酸(LAC)联合应用于感染性休克患者容量反应性预测中的效能。方法:选取2015年10月~2017年10月于我院接受治疗的120例感染性休克患者进行研究。对所有患者均开展补液试验,并按照试验结果的差异将其分作反应组63例和无反应组57例。对两组人员均实施床旁超声检查以及LAC水平检测,并对比相关指标水平。通过Pearson相关性分析明确感染性休克患者床旁超声指标与LAC水平的关系。采用受试者工作特征(ROC)曲线分析床旁超声与LAC联合预测上述患者容量反应性的效能。结果:两组补液后平均动脉压(MAP)、中心静脉压(CVP)均高于补液前(P<0.05),反应组补液前下腔静脉呼吸变异率(△IVC)、主动脉峰值流速呼吸变异率(△VpeakAO)、肱动脉最大速度变异率(△VpeakBA)高于补液后及无反应组(P<0.05)。两组补液后LAC水平均低于补液前,且反应组低于无反应组(P<0.05)。经Pearson相关性分析可得:感染性休克患者LAC水平与△IVC、△VpeakAO、△VpeakBA均呈正相关(P<0.05)。经ROC曲线分析可知:床旁超声联合LAC预测感染性休克患者容量反应性的曲线下面积、灵敏度、特异度以及约登指数均高于床旁超声和LAC单独预测。结论:感染性休克患者补液后LAC水平降低,床旁超声联合LAC预测感染性休克患者容量反应性的效能较高,具有一定的临床应用价值。     

一种pH稳定的黄色漆酶的快速纯化和性质特征

通过丙酮沉淀和 DEAE- cellulose DE52 柱层析, 快速、有效地从一株白腐菌 Trametes sp. SQ01 的发酵液中纯化了漆酶。纯化的漆酶并非传统漆酶那样呈现蓝色, 而是一种黄色蛋白。以 ABTS 为底物时, 该酶的最适 pH 和温度分别是 pH 4.5 和 70°C, Km 为 0.029 mmol/L。T. SQ01 漆酶在 pH 3.0~11.0时, 酶活相对稳定, 在 pH 5.0 时最为稳定, 是目前报道的 pH 稳定性最好的漆酶。低浓度的金属离子(1 mmol/L) Cu2+、Mg2+ 、Ca2+ 和Co2+ 对漆酶有促进作用, 而高浓度(5 mmol/L)的Co2+、Zn2+、 Mn2+、Mg2+ 却抑制漆酶酶活。SDS 对该酶有激活作用, 当其浓度为1 mmol/L时, 漆酶相对酶活达到128%。DTT对漆酶强烈抑制, 即使是浓度为1 mmol/L, 亦可完全抑制漆酶酶活。纯化后的漆酶对亮蓝(RBBR) (100 mg/L)的脱色能力显著, 0.5 U/mL 的漆酶在 10 min内即可达到 80%的脱色率。T. sp. SQ01 漆酶的快速纯化以及高效脱色的能力表明该酶在染料脱色降解方面有着广阔的应用前景。     

血清肿瘤标志物与宫颈癌病理特征的关系及对术后复发的预测研究

摘要 目的：探讨血清肿瘤标志物与宫颈癌病理特征的关系及对术后复发的预测研究。方法：选择2015年1月至2017年12月来我院诊治的宫颈癌患者82例作为观察组,选择同期来我院体检的健康女性者50例,两组均使用电化学发光免疫分析法检测血清中的CA125、CA153、CA199、CEA水平,观察组患者随访时间截至2022年12月。对比两组血清CA125、CA153、CA199、CEA水平,分析观察组患者血清CA125、CA153、CA199、CEA水平与临床病理特征的关系,分析观察组患者术后随访复发情况,宫颈癌根治术后患者复发的单因素与多因素Cox回归结果,血清CA125、CA153、CA199、CEA水平对宫颈癌根治术后复发的预测价值。结果：观察组的血清CA125、CA153、CA199、CEA水平明显较对照组高（P<0.05）。宫颈癌患者不同FIGO分期、间质浸润深度及是否存在淋巴结转移间血清CA125、CA153、CA199、CEA水平对比有统计学意义（P<0.05）。82例患者随访时间为13~60个月,中位生存时间为39个月,截止2022年12月末次随访,82例患者术后复发18例（21.95%）。单因素及多因素Cox回归分析表明,FIGO分期在ⅡA期、间质浸润深度≥1/2、有淋巴结转移、CA125≥307.41 U/mL、CA153≥185.89 U/mL、CA199≥153.23 U/mL、CEA≥30.15 ng/mL是影响宫颈癌术后复发的独立危险因素。ROC曲线显示,CA125+CA153+CA199+CEA预测宫颈癌术后复发的AUC明显较CA125、CA153、CA199、CEA单独指标预测价值高（P<0.05）。结论：宫颈癌患者血清CA125、CA153、CA199、CEA高表达,其与间质浸润深度、FIGO 分期、淋巴结转移、术后复发有关,四者联合可作为宫颈癌术后复发的预测指标。