生防细菌CNY-04筛选、鉴定及其对灰霉病菌的防效

【目的】为研究土壤细菌对蔬菜灰霉病的生防价值, 从辽宁、山东等地区的蔬菜种植基地采集土壤样本56份, 分离、筛选出对灰霉病具有稳定拮抗作用的细菌9株。【方法】采用平板对峙培养法进行初筛、复筛, 用抑菌圈法测定其抑菌效果, 并进行离体果实试验验证其对蔬菜灰霉病的防治效果, 通过形态学特征、生理生化特征及16S rRNA基因序列分析研究其分类地位。【结果】细菌CNY-04对蔬菜灰霉病的拮抗能力最强且遗传稳定, 抑菌圈直径达到34 mm; 初步鉴定该菌株为格氏沙雷菌(Serratia grimesii), 尚未见该菌在生防上的报道; CNY-04液体菌剂对离体番茄果实灰霉病的防效为69.23%, 50%多菌灵防效为75.39%, 24 h时接种CNY-04处理的番茄发病率为40.0%, 而48 h时接种处理的发病率为51.1%。【结论】CNY-04是一株较为理想的拮抗菌, 丰富了生防资源。     

噬菌蛭弧菌简易保藏方法的研究

本文报道了细菌寄生菌——噬菌蛭弧菌在自来水宿主软琼脂中于4℃冰箱至少可存活3个月以上,一般为5—8个月左右,最长可达18个月。但在自来水宿主双层琼脂平板上形成的噬斑数目,随着保存时间的延长,则有不同程度的减少。     

RNA干扰茄病镰刀菌ALP基因及其基因沉默菌株的制备

目的构建RNA干扰质粒载体抑制茄病镰刀菌碱性丝氨酸蛋白酶(ALP)基因,通过检测ALP的表达及酶活性变化筛选出基因沉默菌株。方法构建2个ALP的干扰载体,转化茄病镰刀菌孢子,获得ALP基因沉默菌株△ALP1、△ALP2,通过RT-PCR检测△ALP1、△ALP2的ALP基因mRNA变化,并通过蛋白琼脂廓清率培养基检测ALP酶活性变化,对所得菌株的毒力进行判断。结果 RNA干扰后所获基因沉默菌株中,ALP的mRNA表达量显著低于标准茄病镰刀菌株(F=184.67,P<0.01),其中ΔALP2抑制效果较好、酶活性显著低于标准菌株及△ALP1(q=5.276、5.463,P<0.01)。结论通过LiAc转化法对茄病镰刀菌ALP进行RNA干扰,可有效抑制茄病镰刀菌ALP的表达;ALP基因沉默茄病镰刀菌株的获取,为进行动物体内实验、深入研究ALP在茄病镰刀菌性角膜炎发病机制中的作用、探索新型治疗方法提供思路。     

两株四环素降解菌的分离鉴定及降解条件优化

为发掘四环素高效降解菌株,本研究从以四环素为唯一生长碳源的养鸡场粪便堆肥样品中分离筛选到2株四环素降解菌TC-04和TC-09,并通过形态特征、生理生化特征和16SrRNA基因序列分析,对其进行鉴定.采用单因素试验分别探究不同碳源、氮源、微量元素这3个培养基成分和培养时间、接种量和装液量这3个培养条件对两株菌降解四环素...     

基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌转录因子、融合基因及RNA编辑事件的鉴定

【目的】本研究旨在利用已获得的PacBio单分子实时(single molecule real-time, SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝(AaM)和孢子(AaS)中的转录因子(TF)、融合基因和RNA编辑事件进行鉴定和分析,以期丰富蜜蜂球囊菌的相关信息,并为进一步探究它们的功能提供理论依据。【方法】利用BLASTx工具将AaM和AaS的全长转录本序列比对到Nr, Swiss-Prot和KEGG数据库以获得一致性最高的蛋白序列,再利用hmmscan软件将上述蛋白序列比对到Plant TFdb数据库以获得TF的分类及注释信息。采用TOFU软件中的fusion_finder.py程序进行融合基因的预测,进而分析融合基因的序列和位置信息。使用SAMtools预测AaM和AaS中的RNA编辑事件,再利用ANNOVAR软件对RNA编辑事件进行注释,进而采用相关生物信息学软件对RNA编辑位点基因进行GO功能和KEGG通路注释。【结果】在AaS中共鉴定到17个TF家族的213个TF,其中C2H2家族包含的TF成员最多。在AaM和AaS中分别鉴定到921和510个融合基因,二者共有的融合基因为510个,特有的融合基因分别为411和0个。在AaM和AaS中分别鉴定到547和191次RNA编辑事件,其中AaM中同义单核苷酸突变的数量最多,AaS中非同义单核苷酸突变的数量最多。此外,在AaM中鉴定到12种碱基替换类型,其中发生C->T的RNA编辑事件数量最多,达到158次;在AaS中鉴定到9种碱基替换类型,其中发生C->T和G->T的RNA编辑事件数量最多,均有42次。AaM和AaS中RNA编辑位点基因分别涉及19和24个GO功能条目;此外还能注释到11和20条KEGG通路。【结论】蜜蜂球囊菌的菌丝和孢子中含有丰富的TF、融合基因和RNA编辑位点;转录因子C2H2家族与蜜蜂球囊菌菌丝和孢子的生长发育和细胞活动具有潜在关联;RNA编辑事件的碱基替换类型在蜜蜂球囊菌和其他物种中具有物种特异性;RNA编辑可能在蜜蜂球囊菌菌丝和孢子的生长和代谢中发挥作用。     

普通脱硫弧菌D-2氢化酶的提纯与性质

从全国土壤腐蚀网站长辛店分离纯化到－株氢化酶活性较高的菌株D-2。经鉴定为普通脱硫弧菌(Desulfovibrio vulgaris)。该菌氢化酶主要位于菌体的周质空间。 用pH9．0的0．1mmol／L Tris—EDTA缓冲液将酶洗脱,经硫酸铵沉淀、DEAE-纤维素和sepbadex G-150柱层析纯化,酶活力达到205μmolH2·min-1·mg蛋白-1,得率为17．6％,纯化33．1倍。经SDS—PAGE和梯度-PAGE测定,该酶为一条肽链,分子量49 000道尔顿。该酶吸收光谱具有铁硫蛋白特征．Ε400nm和8 280Nm分别为34．8mM-1·cm-1和120mM-1·cm-1,每个酶分子含有12个铁原子和11个硫原子。N-溴代丁二酰胺完全抑制酶活力,Hg2+件的抑制率也达54％,但该酶对巯基封闭性试剂具有抗性。     

菌紫质的Ser和Lys残基修饰对BR结构和功能的影响

用化学修饰研究了菌紫质（ＢＲ）的结构和功能的变化。用氮氧自由基分别对赖氨酸和丝氨酸进行修饰,研究结果表明在圆二色谱上（ＣＤ谱）,与天然紫膜样品比较,两种自由基分别修饰赖氨酸（Ｌｙｓ）和丝氨酸（Ｓｅｒ）残基２４小时后的ＣＤ谱中均只有负峰,分别在５９６ｎｍ和６０２ｎｍ,５３５ｎｍ的正峰已消失,７２小时后５３５ｎｍ的正峰部分地恢复,但１２０小时后均未见进一步恢复。与未修饰的紫膜相比,两种自由基修饰的紫膜在Ｒａｍａｎ光谱上观察到中间体Ｍ４１２的相对量要明显增加。本文对这二种化学修饰引起的ＢＲ结构和功能变化进行了初步讨论。     

ICU下呼吸道多重耐药菌医院感染的病原学临床特征及易感因素分析

摘要 目的：研究ICU下呼吸道多重耐药菌医院感染的病原学临床特征及易感因素。方法：选择2020年1月到2022年12月于我院ICU住院治疗的216例下呼吸道感染者,按照是否发生多重耐药菌感染分为研究组113例,对照组103例。分析两组患者感染相关因素的数量分布情况,通过Logistic回归分析多重耐药菌医院感染的危险因素。采用全自动细菌鉴定仪对菌种进行鉴定,采用K-B纸片法进行药敏试验,并分析多重耐药菌感染的病原学分布及对常用抗菌药物的耐药性。结果：（1）与对照组相比,研究组患者感染相关因素的分布率更高;（2）住院时间>3个月、使用糖皮质激素治疗、应用机械通气治疗、其他细菌感染、血红蛋白含量<100 g/L、抗菌药物使用时间>15 d、抗菌药物使用种类>4种、使用免疫抑制剂是ICU下呼吸道多重耐药菌感染的危险因素;（3）113例研究组共培养出细菌菌株93株,其中革兰氏阴性菌52株（55.91%）,革兰氏阳性菌25株（26.88%）,革兰氏阴性菌中较多的是铜绿假单胞菌（22株）、鲍曼不动杆菌（13株）、肺炎克雷伯菌（12株）;革兰氏阳性菌中最多的是肺炎链球菌（11株）和金黄色葡萄球菌（11株）;（4）耐药情况：铜绿假单胞菌对莫西沙星耐药率较低（15.83%）,肺炎克雷伯菌对亚胺培南耐药率较低（17.56%）,鲍曼不动杆菌对头孢哌酮/舒巴坦耐药率较低（16.37%）,金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌对万古霉素无耐药性。结论：住院时间>3个月、使用糖皮质激素治疗、应用机械通气治疗、其他细菌感染、血红蛋白含量<100 g/L、抗菌药物使用时间>15 d、抗菌药物使用种类>4种、使用免疫抑制剂是多重耐药感染的独立危险因素。本院ICU下呼吸道感染以革兰氏阴性杆菌为主,应根据病原菌选择耐药性低的药物,并针对危险因素采取有效措施。     

西瓜食酸菌与黄瓜互作转录组分析

【背景】细菌性果斑病是一种严重的种传细菌病害,其病原菌为西瓜食酸菌。截至目前对该病病原菌与寄主的互作机制认识极为有限。葫芦科的模式植物黄瓜易被西瓜食酸菌侵染发病,对西瓜食酸菌-黄瓜互作体系进行转录组分析,可以为探究西瓜食酸菌与寄主互作机制奠定重要基础。【目的】解析西瓜食酸菌-黄瓜互作时的相互响应规律。【方法】以细菌悬液注射接种6d黄瓜子叶,处理48 h的子叶作为转录组测序样本。利用RNA-Seq技术分析西瓜食酸菌FC440菌株与黄瓜9930品种互作时基因的表达特征。【结果】测序数据质量分析发现,各样品不同重复间相关性较强,与参考基因组比对率达95%以上,聚类分析发现对照组与处理组表达模式相反,样品处理达到一定效果,表明数据整体质量较高。选取6个差异表达基因进行RT-qPCR验证,结果显示6个基因的表达模式与转录组结果基本一致,表明转录组测序结果比较可靠。西瓜食酸菌和黄瓜互作48 h后,在转录组水平分别检测到1 618个和8 698个差异表达基因。Gene Ontology (GO)功能注释显示,细菌的差异基因显著富集在细胞组分中的细胞膜(37.5%)和膜部分(27.0%),生物过程中的氧化还原过程(66.7%)以及分子功能中的水解酶活性(66.5%);黄瓜的差异基因显著富集在细胞组分中的质体(22.2%)和叶绿体(21.3%),分子功能中的催化活性(70.0%)以及生物过程中的碳水化合物衍生物代谢(32.2%)。Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)分析显示,细菌中致病相关基因显著富集在群体感应及细菌趋化性途径,而且群体感应系统基因下调更显著。黄瓜中调控钙依赖蛋白激酶(Calcium-Dependent Protein Kinase,CDPK)、钙调素和类钙调素(Calmodulin and Calmodulin-Like,CaMCML)及呼吸氧暴发激酶(Respiratory Burst Oxidase Homologne,Rboh)的基因总体上调,调控苯丙氨酸裂解酶(Phenylalanine Ammonia-Lyase,PAL)的基因和谷胱甘肽S-转移酶(Glutathione S-Transferase,GST)的基因在相应代谢途径中数量最多且上调程度明显。【结论】获得较高质量的西瓜食酸菌与黄瓜互作的转录组测序结果。群体感应与西瓜食酸菌FC440菌株致病力密切相关;寄主黄瓜应对西瓜食酸菌侵染以Ca~(2+)信号激活的防御反应为主。PAL和GST在黄瓜抵抗西瓜食酸菌侵染中发挥重要作用。本研究为进一步深入解析西瓜食酸菌与寄主互作的机制奠定了基础。