濒危平胸龟两个自然居群的ISSR分析

利用22个ISSR引物研究了28个来自广东从化居群和21个来自福建寿宁居群的野生平胸龟(Platysternon megacephalum)的遗传多样性。结果表明,分布于这两个地区的平胸龟总居群和居群内均具有较高的遗传多样性,而广东从化居群遗传多样性高于福建寿宁居群。居群间的遗传变异度FST=0.3715(P<0.001),遗传分化系数Gst为0.2059。NJ树聚类分析显示,广东从化居群和福建寿宁居群各自聚成两个类群,有较明显的居群分化,具有一定的地理区域性,但基因流Nm为1.9279,这表明平胸龟两自然居群间存在一定基因流。此外,结合BSA技术,从11条引物中筛选出11个可作为鉴别广东从化居群或福建寿宁居群的分子标记。     

基于转录组的肝豆状核变性调控网络的构建和分析

本研究旨在利用生物信息学方法构建经铜诱导的ATP7B基因敲除HepG2细胞系的转录调控网络。探讨关键转录因子在肝豆状核变性发生、发展中的潜在作用机制。收集公共基因表达数据库(gene expression omnibus, GEO)中包含野生型、ATP7B基因敲除型、铜诱导的野生型和铜诱导的ATP7B基因敲除型HepG2细胞系数据。筛选由铜诱导产生的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)后进行基因本体论(gene ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析。基于蛋白相互作用网络,识别疾病关键基因和功能模块,并对关键功能模块中的基因进行富集分析。最后,构建转录调控网络,筛选核心转录因子。共筛选出1 034个差异表达基因,其中上调525个,下调509个。上、下调关键功能模块分别包括了3785个和3931个基因。关键功能模块中的基因主要定位于细胞-基质连接、染色体、剪接复合体、核糖体等区域,共同参与了mRNA加工、组蛋白修饰、RNA剪切...     

河流着生藻类多样性对城镇化的响应——以深圳市为例

着生藻类是河流生态状况的重要指示生物,然而关于城镇化对着生藻类多样性影响的研究还较缺乏。基于深圳市9条主要河流74个样点2020年雨、旱季的调查数据,对比了城区、郊区河流样点的着生藻类α、β多样性。两次调查共鉴定出着生藻类301个分类单元,其中硅藻门种类最多。谷皮菱形藻(Nitzschia palea)、隐头舟形藻(Navicula cryptocephala)、平庸菱形藻(Nitzschia inconspicua)等污染指示种在城区组相对丰度更高,而清洁指示种微小曲丝藻(Achnanthidium minutissimum)在郊区组相对丰度更高。城镇化对着生藻类物种丰富度、香农维纳多样性指数、Pielou均匀度指数等α多样性指数均无显著影响,但对着生藻类群落结构有显著影响。城区组样点的着生藻类β多样性(用主坐标分析质心指示)低于郊区组,城区组与郊区组藻类β多样性差异在旱季更为显著。两组样点的藻类β多样性差异主要来源于物种周转组分。与城区组着生藻类群落显著相关的环境因子包括总氮、高锰酸钾指数、电导率、pH、浊度和水深,而与郊区组着生藻类群落显著相关的是总氮、溶解性无机磷和电导率。研究...     

半枫荷调控RA模型的非靶向代谢组学研究

为探讨半枫荷干预类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)模型大鼠血浆内容物代谢轮廓的变化和特征,该研究以半枫荷正丁醇提取物给药前后RA模型大鼠血浆为研究对象,借助超高效液相色谱联用四极杆飞行时间质谱(UPLC-QTOF/MS)技术进行非靶向代谢组学检测,并用SIMCA-P软件对代谢物测定结果进行多元变量统计分析,筛选差异代谢物并作通路富集分析。结果表明：(1)给药前后大鼠血浆代谢轮廓存在显著差异,与模型组相比,给药组在正负离子模式合并后筛选出321种差异代谢物,其中负离子模式鉴定到174种代谢物,正离子模式鉴定到192种代谢物。(2)鉴定到的所有代谢物根据其化学分类归属信息归为12种类型,有机酸及其衍生物和脂类及类脂分子这2类代谢物数量占比较高。(3)通路富集获得37个代谢通路且呈显著性差异(P<0.05),给药组中蛋白质的消化和吸收、肿瘤胆碱代谢通路和ABC转运蛋白通路出现较大扰动且富集到的差异代谢物数量最多,所有通路均显著上调(P<0.05)。这对阐明半枫荷调控RA症状的变化机制具有一定指导价值和理论意义。     

乳腺癌组织及正常乳腺组织基因表达差异分析

[目的]基于GEO数据库中乳腺癌相关基因表达谱芯片,探讨乳腺癌组织及正常乳腺组织基因表达差异.[方法]收集2016年10月～2017年10月于医院进行乳腺癌根治术患者乳腺癌组织及其对应正常乳腺组织,共213对样本.GEO数据库提取乳腺癌相关基因表达谱芯片数据,根据筛选基因对应基因差异倍数(FC)对数值,定义表达上调和下...     

基于F3Net显著性目标检测的蝴蝶图像前背景自动分割

[目的]具有复杂背景的蝴蝶图像前背景分割难度大.本研究旨在探索基于深度学习显著性目标检测的蝴蝶图像自动分割方法.[方法]应用DUTS-TR数据集训练F3Net显著性目标检测算法构建前背景预测模型,然后将模型用于具有复杂背景的蝴蝶图像数据集实现蝴蝶前背景自动分割.在此基础上,采用迁移学习方法,保持ResNet骨架不变,利...     

采用数据挖掘技术对湖北省人类狂犬病开展生物信息学研究

狂犬病作为一种急性人畜共患疾病,其致死率接近100％.而湖北省作为我国中部狂犬病高发地之一,开展该省狂犬病的流行病学调查不仅有助于了解我国当前面临的狂犬病疫情风险,还能为当地及全国狂犬病防控工作提供有效的参考意见.首先运用描述性分析发现湖北省狂犬病发病人数随时间呈下降趋势,而狂犬病暴露人数则呈上升趋势,且近年来中西部地...     

两个种源木荷幼苗对干旱-复水的生理生态响应

为探讨不同种源树木对干旱-复水的生理生态响应,该研究以广东与福建种源木荷为对象,通过盆栽控水方式模拟干旱及复水条件,研究两个种源木荷的水力及碳生理特征、脯氨酸(Pro)及超氧化物歧化酶(SOD)对干旱-复水的响应。结果表明:(1)对照情况下,广东种源木荷的茎木质部水势(Ψ_xylem)、叶片相对含水量(RWC)、光合速率(A_sat)与气孔导度(G_s)均低于福建种源木荷的。(2)两个种源木荷的水力特征、Pro与SOD对干旱-复水的响应呈一致趋势,其中Ψ_xylem、RWC与Pro均能较快恢复至对照水平,而茎木质部栓塞程度与SOD未恢复至对照水平。(3)福建种源木荷叶片的A_sat对干旱的敏感性较广东种源的高且复水后恢复至对照水平需要更长时间。(4)复水后福建种源木荷非结构性碳水化合物(NSC)的恢复速率高于广东种源木荷。综上认为,福建与广东两个种源木荷均不能通过短期复水(30 d)来修复被栓塞的木质部。尽管广东种源木荷的光合速率能够更快地恢复至对照水平,但其光合速率低于福建种源木荷,并且其NSC的恢复能力较福建种源荷的低。因此,在未来干旱加剧背景下,广东种源木荷的生长及存活可能受到更大威胁。该研究结果有助于了解种源地气候条件对树木抗旱性的影响,为未来森林的经营与管理提供了理论参考。     

用差异显示PCR法筛选与血管外膜细胞表型转化相关的基因

为筛选血管外膜成纤维细胞（adventitial fibroblast,AF）与肌成纤维细胞（myofibroblast,MF）间表型转化有关的基因,实验建立了大鼠胸主动脉AF和MF两种细胞模型,用差异显示聚合酶链反应（DD－PCR）技术获得表达差异片段,对差异片段进行克隆和测序分析,并用定量PCR和Northern blot对差别显示结果进行验证。用反义核酸转染技术观察骨桥蛋白（osteopontin,OPN）对AF迁移的影响。结果表明,两种表型细胞存在明显的基因表达差异,其中一个在MF下调的差异片段与GenBank中NADH脱氢酶亚单位5（NADH dehydrogenase subunit 5,Nd5）基因高度同源。另一个在MF上调的差异片段与OPN基因同源。上述差异表达结果被定量PCR及Northern blot证实。此外还有4个表达序列标志（expressed sequence-tag,EST）在GenBank中未查到同源序列。反义OPN寡脱氧核甘酸可抑制AF的迁移活动。结果提示,AF转化为MF可能与ND5基因下调、OPN上调及其它未知基因的表达改变有关。应用反义技术适度抑制OPN表达在防治血管重塑中具有重要作用。     

用RDA技术寻找肝再生相关基因的初步研究

利用表达性差异显示分析 (RDA)技术 ,研究大鼠 2 /3肝部分切除后 1h肝组织中基因的选择性表达 ,建立了大鼠 2 /3肝部分切除术后 1h再生肝组织选择性表达基因EST库。该库约含 3× 10 4 个独立克隆 ,其中 95 %以上的克隆含有插入片段 ,长度约 2 0 0～ 70 0bp不等 ,对随机挑出的 5 2个克隆的序列分析表明其中大多数基因与肝再生调控相关 (38/5 2 )。 10株未报道序列经RNA杂交证实 ,其中 6株与肝再生相关。