进境美国加州脐橙中丁香疫霉Phytophthora syringae的截获

从产自美国加利福尼亚州的新鲜脐橙样品中发现多个腐烂病果,通过分离培养得到3个疑似丁香疫霉Phytophthora syringae菌株,对3个菌株进行形态学研究、致病性测定和分子序列比对分析。结果表明病菌在V8A培养基上菌落稀疏、平铺,呈星状,菌丝紧贴培养基生长或埋于基质内生长;在PDA培养基上菌落呈菊花花瓣状,菌丝致密,乳白色;游动孢子囊和菌丝膨大体在无菌水和土壤浸出液中黑暗条件下48h后产生;菌株为同宗配合,卵孢子在带有新鲜脐橙果实组织或杜鹃叶片的V8A培养基中大量产生;创伤接种脐橙果实,7d后接种脐橙出现典型的褐腐症状;通用引物ITS1/ITS4扩增测序,Blastn分析表明序列与GenBank中P. syringae序列相似性为99%。依据上述研究结果,将分离获得的3株菌鉴定为丁香疫霉Phytophthora syringae,系国内首次截获的一种植物检疫性真菌病害。     

母代雌蜂数、进果时间及非传粉小蜂对传粉榕小蜂后代数量及性比的影响

【目的】对性比的研究有助于我们理解自然界生物的选择压力及其所产生的原因和结果,榕树和榕小蜂之间的互惠共生关系以及生物学和生态学特性使其成为研究性比和局域配偶竞争模型（local mate competition）的理想材料。本研究旨在探明榕小蜂性比调节和进化机制。【方法】对分布于西双版纳地区的鸡嗉子榕Ficus semicordata进行了人工控制性放蜂实验。测定了母代雌蜂数量及其进果时间间隔、非传粉小蜂Sycoscapter trifemmensis数量对传粉榕小蜂Ceratosolen gravelyi后代数量（成蜂数量）和性比的影响,并分析了小蜂后代数量和性比的相关性。【结果】在榕果发育期一致的前提下,随着母代雌蜂数量的增加,每头雌蜂的平均后代数量明显下降(P<0.001),后代性比显著升高(P<0.001),后代数量和性比呈显著负相关(P<0.05);随着雌蜂进果间隔的延长,后代数量亦呈现下降趋势,且性比增大,放2头雌蜂和3头雌蜂的处理呈同样趋势,但差异均不显著(P=0.87; P=0.49),小蜂后代数量与性比无显著相关性(P=0.86)。此外,非传粉小蜂数量与传粉小蜂后代数量呈显著负相关(P<0.001),与传粉小蜂性比呈正相关(P<0.001),小蜂后代数量和性比同样呈现显著负相关(P<0.001)。【结论】本实验模拟了自然界中榕 蜂的相互作用,所得结果有助于我们理解自然状态下榕小蜂性比调节模式和机制,以及榕 蜂互利共生系统的进化机制。     

CHKD在我院局域网上的应用和检索方法的探讨

21世纪人类进入了知识经济时代,知识经济是以信息化、网络化和数字化为基础,以知识化、全球化为特征、现代信息是以电子计算机和数据库为依托,采用网络化的协作服务方式展开的。在信息爆炸的今天,医务工作要在自己的学科前沿进行科研,就必须查阅大量的献,掌握学科动态,了解学科动向。因此,对信息的要求越来越迫切,我院图书馆认清形势,改变观念,整合资源,及时地引进了“中国医院知识仓库”(China Hospital Knowledge Database,简称CHKD),在院内局域网上应用,实现了信息资源存储数字化,传输网络化,资源共享化,为医院的临床、科研、教学提供信息服务,通过一段时间的使用,收到了很好的效果。     

中华蜜蜂气味受体基因AcOr170的克隆与序列分析

本研究采用自行设计的引物对中华蜜蜂Apis cerana cerana雄蜂触角中气味受体基因(Odorant receptors 170)Ac Or170的c DNA序列进行了克隆和序列分析,以探寻中华蜜蜂雄蜂气味受体Ac Or170基因在近缘种昆虫间的进化差异。结果表明:中华蜜蜂雄蜂气味受体基因Ac Or170的c DNA序列总长度为1356 bp,编码区序列长度为1188 bp,共编码396个氨基酸,其分子量为46.272 k Da,等电点8.96,Genbank登录号:KX264359。结构域的分析结果显示,该蛋白具有7tm-6一个保守结构域。经序列比对后发现,Or170的序列在中华蜜蜂、西方蜜蜂和大蜜蜂间的亲缘性很近。     

用Perl实现在Windows下本地化运行BLAST

通过编写Perl脚本实现BLAST的本地化运行,使不懂编程的人也能在windows下进行自己的BLAST。     

MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用——序列比对(二)

序列比对是基因序列分析中的一项重要工作.本文以人和鼠的基因为对象,介绍MATLAB 7.X生物信息工具箱中的序列比对方法,内容包括从数据库获取序列信息,查找序列的开放阅读框,将核苷酸序列转换为氨基酸序列,绘制比较两氨基酸序列的散点图,用Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法进行比对,以及计算两序列的同一性.     

西双版纳鸡嗉果榕内一种非传粉小蜂的性比调节

对西双版纳广泛分布的鸡嗉果榕(Ficus semicordata)雄树上寄生的一种非传粉榕小蜂Apocryptophagus sp.进行控制梯度放蜂实验,结合产卵行为、交配行为观察,定量研究了该种非传粉榕小蜂的性比率.结果表明: Apocryptophagus sp.雌蜂在传粉榕小蜂(Ceratosolen gravelyi)产卵后的第3天开始访问榕果,从果外完成产卵,产卵时间持续2 d左右.发育成熟以后,其雄蜂几乎与传粉榕小蜂雄蜂同时羽化,雄蜂咬开寄生有其雌蜂的瘿花并进行交配,雌蜂交配后从瘿花内羽化出来离开榕果,去寻找新的处于接受期的榕果,而雄蜂一直留在其寄生的榕果内直至死亡.后代性比与局域配偶竞争理论预测一致：性比偏雌,随着在同一榕果产卵的繁殖雌蜂数量的增加,后代性比上升;同时,单个榕果内的后代数量也上升,而平均后代数量却显著下降.在个体水平上,当1头雌蜂在榕果上产卵时,后代性比与后代数量呈显著的负相关关系.     

核苷酸序列比对在生物系统发育研究中的应用

作为确定分子数据初级同源性(primary homology)的过程,比对的重要性在于后续算法的选择.本文对其在生物系统发育研究中的作用及其基本步骤与算法做了简要说明;从理论与实践相结合的角度介绍了使用最为广泛的软件,讨论了其中的空位(gap)问题、参数问题和比对结果校正等问题;并且对此领域中前沿的基因组比对研究进展做了概述.     

一种基于关键路径法的DNA计算用寡核苷酸序列设计算法

在原有的生物大分子序列比对算法的基础上,结合图论中的关健路径法,提出了一种新的计算两寡核苷酸序列间最大配对程度的算法。采用此算法结合生成并测试的方法,能够寻找给定长度的一组适用于DNA计算的寡核苷酸序列。同时采用DNA芯片杂交方法验证了用该算法设计的一组序列的杂交特异性。     

基于模板的蛋白质结构预测

基于模板的蛋白结构预测和不依赖模板的蛋白结构预测是计算预测蛋白质三维结构的两种方法,前者由于具有快速和较高准确性的优点,而得到了广泛的应用.基于模板的结构预测是通过寻找与目标蛋白序列相似并且有实验测定的结构作为模板,进而构建目标序列的结构模型的方法.文章详细综述了基于模板的结构预测方法的步骤、关键环节,并对影响结构预测...