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本文简单介绍了Hartree-Fock-Green矩阵方法的基本原理,对该方法的大型程序包进行了移植。移植后的程序对一维含H局域杂质Li链模型的计算结果与文献一致。为进一步研究实际生物多聚物分子打下了基础。 相似文献
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生态学中的尺度问题——尺度上推 总被引:7,自引:0,他引:7
尺度推绎是生态学理论和应用的核心。如何在一个异质景观中进行尺度推绎仍然是一个悬而未决的科学难题,是对当今生态学家在全球变化背景下研究环境问题的重大挑战。就目前的研究,一般可分为四大类尺度推绎途径:空间分析法(如分维分析法和小波分析法)、基于相似性的尺度上推方法、基于局域动态模型的尺度上推方法、随机(模型)法。基于相似性的尺度上推方法来源于生物学上的异量关联,可将其思想延伸至空间上,研究物种丰富度、自然河网、地形特征、生态学格局或过程变量和景观指数等。基于局域动态模型的尺度上推方法需要首先确定是否进行跨尺度推绎,以及是否考虑空间单元之间的水平相互作用和反馈,然后再应用具体的方法或途径,如简单聚合法、有效值外推法、直接外推法、期望值外推、显式积分法和空间相互作用模拟法等。随机(模型)法以其它尺度上推方法为基础,根据研究的是单个景观,还是多个景观,采用不同的途径。理解、定量和降低尺度推绎结果的不确定性已经变得越来越重要,但相关研究仍然极少。以上所有有关尺度推绎的方法、途径和结果分析共同构成了尺度推绎的概念框架。 相似文献
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利用RT-PCR克隆获得牛凝乳酶原基因的cDNA序列, 测序后与GenBank中凝乳酶原基因进行序列比对和生物信息学分析。序列比对统计分析显示, 该基因为牛凝乳酶原B基因, 与已知牛和其他哺乳动物的凝乳酶原基因具有很高的同源性,18种哺乳动物凝乳酶原基因密码子一、二、三位点的碱基偏倚度分别为:6.227、1.042和1.456。这表明该基因具有整体保守性和突变位点偏倚性两个特征, 可以作为哺乳动物系统进化的研究对象。采用多种方法构建的该基因系统进化树一致表明, 偶蹄动物与灵长动物的亲缘关系比偶蹄动物与啮齿动物的亲缘关系更近, 比偶蹄动物与食肉动物的亲缘关系更远, 并且18种哺乳动物的亲缘关系与动物种系进化关系一致, 为哺乳动物系统进化关系研究提供了分子水平的佐证和依据。 相似文献
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基因组学研究中一些常用软件的概述 总被引:1,自引:0,他引:1
基因组学是以一个物种的全部遗传信息为研究对象,在整体上研究遗传信息的分子组成、组织结构、表达调控和进化等内在机制的基础性学科。基因组学研究中海量数据的存储、管理和检索,以及对这些数据进行挖掘等过程, 必须借助于生物信息学的方法。 目前,大量成熟的软件广泛地应用在基因组学研究中,它们大都可通过互联网免费访问或索取。本文拟对人类基因组计划中常用的一些软件如序列比对、序列组装、重复序列鉴定和基因预测等软件的原理作一介绍,并结合典型软件加以说明。
Abstract:Genomics is a novel subject that has been developed accompanying with the progress of human genome project.Genomics deals with the chemistry component,structure organization and evolution of genome at global level.As genomics associated with huge data,bioinformatics plays an important role in these processes of data production,data management and data mining.At present,many reliable programs have been used in genomic research successfully,which are usually accessible and downloaded freely.We address here the principles of some programs used wildly in genomics such as sequence alignment,sequence assembly,repeat identification and gene prediction,which are exemplified with typical programs respectively. 相似文献
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莪术醇是近年来发现的重要的新的抗肿瘤中药单体之一。分析莪术醇与转运蛋白—血清白蛋白之间的相互作用能够帮助研究者更好的理解药物的作用机制。本文通过用多序列分析、进化关系和分子对接技术等分析莪术醇与人血清白蛋白相互作用位点及其在其他亲缘关系较近的物种中的特点。结果表明,莪术醇与人血清白蛋白相互作用的结合位点II和III处周围几乎都是疏水性的氨基酸,分子间的疏水作用起着很重要的作用,其最低结合能分别是-7.22 Kcal/mol和-8.34 Kcal/mol。莪术醇与人血清白蛋白之间的作用位点在其他亲缘关系较近的狼(Canis lupus)、绵羊(Ovine)、牦牛(Bos mutus)、家牛(Bos Taurus)物种中都较为保守,少数有变化的氨基酸基本是在极性相同的氨基酸之间发生的。与分子相互作用前的结构相比,莪术醇中的羟基的结构在活性位点处发生了最明显的变化。 相似文献