果蝇非经典剪接位点的生物信息学预测

目的:计算识别果蝇中新的非经典剪接位点,以探索未知的剪接机制。方法:基于黑腹果蝇表达序列标签(EST)与其基因组序列比对数据重构基因结构,从中发现非经典的剪接位点,并采用Weblogo软件分析非经典剪接位点上下游序列,以期发现剪接相关的特异性元件。结果:共得到265个非经典的剪接位点,这些剪接位点落在195个蛋白编码基因上。结论:应用生物信息学方法在果蝇中发现了上百个非经典剪接位点,为研究非经典剪接机制奠定了基础。     

牙齿发育相关基因Osr2 的生物信息学分析

目的:为生物学实验研究Osr2与牙齿发育的关系提供思路和参考.方法:本文运用生物信息学的同源比对、进化分析等方法,对Osr2及其编码蛋白的生物信息学特征进行分析.结果:结果显示Osr2蛋白质无信号肽,是非跨膜的疏水性蛋白,具有C2H2型、CHY型锌指结构域,是一类进化保守,高度同源的转录因子.结论:这一结果可为Osr2深入的结构与功能分析及利用提供进一步的信息与参考.     

犬肾细胞MDCK无血清贴壁及单细胞悬浮培养

旨在挖掘用于鉴定金黄色葡萄球菌的高特异性靶点及其PCR检测引物。采用C++语言编程,以金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus MRSA 252基因组编码序列为对象,对2 656个可编码区进行分析,获得特异性靶点序列,并设计PCR扩增引物。对包括葡萄球菌属11个种及其他细菌属在内的共计137株细菌验证引物特异性,筛选获得9个DNA序列,并设计了4对引物。经验证2对引物的特异性较好,其中引物SA3的基因组DNA检测限为13.7 fg/μL,菌体检测限为9.25×102 CFU/mL。结果验证     

基于局域统计量的黑龙江省多尺度森林碳储量空间分布变化

基于黑龙江省一类样地和生态公益林监测样地(共4163块)数据,应用局域Moran I及局域统计量(局域均值及局域标准差)检验4个尺度(25、50、100和150 km)下黑龙江省森林碳储量的空间分布模式、空间变异和空间相关性,并研究了2005和2010年森林碳储量的变化.结果表明: 黑龙江省森林碳储量空间分布存在显著空间正相关,森林碳储量均为相似的变化,而且都不是空间随机发生的;研究区森林碳储量受周围环境因子影响,空间分布存在异质性,且变异较大.2005—2010年,年均森林碳储量空间分布变化存在较大差异,呈增长趋势.局域统计量是描述森林碳储量随着空间和时间变化的有效方法,可以通过ArcGIS使结果可视化.     

来源于瘤胃菌Ruminococcus sp.的D-阿洛酮糖3-差向异构酶的底物结合位点分析

【目的】研究来源于瘤胃菌Ruminococcus sp.的D-阿洛酮糖3-差向异构酶的底物结合机制。【方法】通过同源模拟和同源序列比对,筛选与其底物结合相关的关键位点,进而通过定点突变构建突变体并对其动力学性质进行研究。【结果】筛选得到关键位点Y6和A109,构建了突变体Y6F、Y6I、A109P及A109L。【结论】Y6既与底物结合又与催化能力相关,其-OH只与底物结合相关,芳香环则与催化能力和结合能力均相关;而A109则只是底物结合的位点。该研究结果为D-阿洛酮糖3-差向异构酶的催化机理研究及分子改造提供了借鉴。     

甘油磷酸二酯酶家族蛋白的分子进化

甘油磷酸二酯酶(glycerophosphodiesterrase,GDE)是原核和真核生物中高度保守的一类酶,然而不同物种存在不同数量的蛋白成员。本文以8种模式生物的甘油磷酸二酯酶家族蛋白为基础,通过邻接法构建该家族的进化树,以了解GDE家族成员的进化关系。采用多序列比对、RNA剪接位点(外显子/内含子)分析以及跨膜结构域预测对所建树进行信息挖掘。通过上述方法,提出并初步验证了GDE家族分为3个亚族的观点,即第一亚族为GDE5,第二亚族包括GDE4和GDE7,第三亚族含有GDE1、GDE2、GDE3、GDE6四个成员。     

参加CAP真菌检验室间质评结果分析

目的能力比对检验(Proficiency testing,PT)是室间质评的重要方案,通过参加美国病理家学会(College of American Pathologist,CAP)能力比对检验,监控实验室检验能力,确保检测结果的准确性、可重复性和可比性,促进实验室质量改进。方法中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院检验科实验室于2009年参加CAP真菌检测能力验证活动。实验室收到标本后,按照常规真菌标本进行真菌学检查和免疫学测定,在规定的时间内将检测结果回报给CAP。CAP在同方法组内对检测结果进行评估,并提供所有参与实验室的结果统计报告。结果截至目前完成2009年3次共17份标本,回报结果正确率:F-A和F-C为100%,F-B为80%,结果评价均为满意。结论通过参加CAP能力比对检验,实现对检验结果准确性的持续性监测,提高真菌感染实验室诊断水平。     

浙江乐清铁皮石斛rDNA ITS序列的克隆及序列比对

为判断浙江乐清铁皮石斛(Zhejiang Dendrobium officinale)与石斛属(Dendrobium)其它物种的亲缘关系,本文提取了该石斛鲜样的DNA,利用真核生物ITS序列通用引物ITS4/ITS5进行了扩增,并将扩增产物连接转化至大肠杆菌,在对阳性克隆测序。将得到的序列与GenBank上我国石斛属12个组中34个种的rDNAITS进行了比对,并在此基础上构建了系统发育树。序列比对结果表明浙江乐清铁皮石斛的rDNAITS与黄石斛(D.tosaense)一致,其次与铁皮石斛(D.officinale)最相近,序列相似性99%。系统发育树也表明浙江乐清铁皮石斛的rDNAITS序列与黄石斛(D.tosaense)的相似程度高于其与铁皮石斛(D.officinale)的相似程度。本研究将为利用ITS序列鉴别石斛物种种属关系提供参考。     

例析“理想化方法”在高中生物学教学中的应用

理想化方法是通过建立理想化模型,把原始问题化繁为简,纯化为一种理想化状态.“理想化模型”和“真实”生命现象的比对分析,两者鲜明的“反差”,让学生迅速抓住了研究问题的实质,并获取生命活动的规律.以实例分析了理想化方法在生物学教学中的应用.     

植物LTR类反转录转座子序列分析识别方法

LTR类反转录转座子(Long terminal repeat retrotransponson)是真核生物中的一类重要转座元件,具有分布广泛、异质性高等特点,在真核生物基因组进化中起着重要作用,现广泛应用于植物的基因功能分析和遗传多样性研究等方面。LTR类反转录转座子的序列识别是其应用的前提条件,因此对LTR类反转录转座子的序列鉴定和分析方法的研究具有重要的理论意义和实际应用价值。LTR类反转录转座子序列的生物信息学分析软件按原理可大致分为序列比对分析和相关序列保守区域识别鉴定两类。比对软件如BLAST、DNAstar等,是一种序列相似性搜索程序,通过与已知的反转录转座子序列比对后的序列相似性来判断未知序列是否是反转录转座子序列,但这类软件不能直接获得具体的LTR等特征序列的相关信息,不能对反转录转座子序列的全长进行识别。识别鉴定软件按原理可分为从头算起法、比较基因组法、同源搜索法和结构基础法4种,如LTR-Finder等基于从头算起法的识别鉴定软件,可对LTR类反转录转座子全序列进行较准确地预测和注释,RepeatMasker等基于同源搜索法的软件,通过与数据库中的序列的相似性比对后发现可能存在的LTR类反转录转座子。文章对不同的LTR类反转录转座子预测方法进行了比较和分析,在此基础上归纳总结出一套分析LTR类反转录转座子序列的操作流程,旨在为LTR类反转录转座子序列的分析提供参考。