近交系小鼠微卫星DNA多态性的研究

随机选择位于小鼠不同染色体上的微卫星引物42对,用PCR技术对C3H、C57、BALB/c、DBA、TA2、T739、B615、BACB/c－nu－nu和SCID等9种实验室常用近交系小鼠微卫星DNA多态性进行了研究。结果显示有信息的40对引物中,9种近交系小鼠在各基因座上均出现一条清晰条带,28个基因座表现为多态性。其中D3Mit22、D7Nds1、D11Mit12、D12Nds2、D15Mit17、D16Mit3、D16Mit4基因座表现为显著多态性。T739、B615和TA2的遗传背景相近,其相似系数分别为90％和85％;其次为TA2、SCID和B615,其相似系数分别为80％和82.5％。结果表明所检测的小鼠符合近交要求,筛选出的引物能典型地反映9个近交系小鼠的品系特异性和遗传背景,可用于常规检测小鼠品系来源和遗传背景等。 Abstract：Forty-two microsatellites DNA loci on different chromosomes in nine kinds of inbred strain mice including C3H,C57,BALB/c,DBA,TA2,T739,B615,BALB/c-nu-nu and SCID were investigated by PCR analysis.It showed that all these mice tested display single allelic gene band with forty pairs of informative primers.Twenty-eight loci are polymorphisms,among which the polymorphisms of D3Mit22,D7Nds1,D11Mit12,D12Nds2,D15Mit17,D16Mit3,and D16Mit4 loci are significant.The genetic background of T739 was similarity with that of B615 and TA2 ,the similarity indices were 90％ and 85％ respectively;and that of TA2 was similarity with SCID and B615,the similarity indices were 80％ and 82.5％.These results suggest that these mice tested meet the request of inbred strain.Screened primers showing marked polymorphisms topically reflect the speciality of strains and genetic backgrounds,which could be used in determining the strains origin and genetic background of mice.     

运用套式PCR检测传染性喉气管炎病毒核酸

选择鸡传染性喉气管炎病毒保守TK基因的蛋白编码区域,设计并合成了一对外引物和一对内引物,建立并优化了检测鸡传染性喉气管炎病毒DNA的套式PCR法.通过检测ILTV感染的鸡胚绒毛尿囊膜、实验室病料和临床病料,结果表明,套式PCR法能检测出ILTV感染后的非免疫鸡胚和SPF鸡胚绒毛尿囊膜研磨液中的被稀释了105倍的病毒(约1fg的ILTVDNA),攻毒后第10天还能从非免疫鸡和SPF鸡气管拭子中检出ILTV,第10天非免疫鸡气管拭子中ILTV的最大检出率为7/10,第10天SPF鸡气管拭子中ILTV的最大检出率为8/10.对非免疫鸡和SPF鸡的气管拭子中ILTV最佳检出时间均在攻毒后第5天.对临床样品中的ILTV的最大检出率为7/7.经过核酸杂交验证,套式PCR法具有很高的特异性和敏感性,为从分子水平探讨ILTV的发病机理、临床早期快速诊断提供了新的研究手段.     

变异性咳嗽病人肺通气功能检测结果分析

目的分析肺通气功能检测在变异性咳嗽患者诊断中的价值。方法选择2013年1~12月在我院呼吸科门诊确诊为变异性咳嗽的患者80例(发作组),行肺通气功能检测,内容包括用力肺活量(FVC),第一秒最大时间肺活量(FEV1)一秒率(FEV1/FVC)测定,呼气流量峰值(PEF%)和最大呼气中段流量(FEV25%,FEV50%,FEV75%)等指标,并与同期健康体检者50例(对照组)对照分析。结果发作组肺通气功能指标低于对照组,小气道指标FEV25%,FEV50%,FEV75%,MMEF较大气道指标FEV1,MEFV,FEV1/FVC下降较明显。结论肺通气功能的检测可以评价变异性咳嗽患者的小气道功能障碍,为其诊断和病情的动态观察提供依据。     

利用绿色荧光蛋白基因gfp研究芽胞杆菌的启动子活性

利用绿色荧光蛋白基因gfpmut3,分别标记苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis)的cry3A启动子Pcry3A、BtI_BtII启动子PBtI_BtII和来自蜡状芽胞杆菌特异启动子P44-12以研究其表达差异。其中,Pcry3A和PBtI_BtII分别与gfpmut3构成融合基因,以调控gfpmut3在苏云金芽胞杆菌中的表达。将重组质粒pGFP_304(含P44-12)、pGFPExpA(含Pcry3A_ gfpmut3融合基因)和pGFPExpB(含PBtI_BtII_ gfpmut3融合基因)分别导入大肠杆菌(Escherichia coli)和苏云金芽胞杆菌后发现,P44-12和PBtI_BtII在大肠杆菌与苏云金芽胞杆菌中均可表达gfpmut3,其中PBtI_BtII在大肠杆菌中具有极强的启动基因表达的能力。而Pcry3A不能启动gfpmut3在大肠杆菌中表达,在苏云金芽胞杆菌中启动的gfpmut3表达的荧光强度也较弱。进一步通过荧光显微镜和生物活性检测器对含重组质粒pGFP_304、pGFPExpA和pGFPExpB的转化子分别进行荧光检测及微量热检测。结果表明,3种启动子驱动下的gfpmut3基因均可在苏云金芽胞杆菌无晶体突变株BMB171中表达并检测得到不同的发光类型。微量热法检测发现P44_12和PBtI_BtII启动gfpmut3表达的代谢热低于Pcry3A驱动gfpmut3表达的代谢热。     

华南地区瓜类疫霉对甲霜灵的田间抗药性

【目的】了解华南地区瓜类疫霉(Phytophthora melonis)对甲霜灵的田间抗药性。【方法】2007-2010年从广西、广东两省(区)9个市冬瓜和黄瓜产区采集疫病样品,分离纯化瓜类疫霉,分别采用菌落生长速率法和叶盘漂浮法测定瓜类疫霉对甲霜灵的敏感性,并用药剂驯化方法从敏感性菌株诱导瓜类疫霉抗甲霜灵突变体。【结果】从9个市24个样点共分离纯化获得193株瓜类疫霉,抗药性检测结果表明,敏感菌株、中等抗性菌株和抗性菌株分别占测试菌株的29.0%、18.1%和52.8%;不同地区、不同寄主分离的菌株的抗性频率和抗性水平差异较大,来源于广东的菌株抗性频率和抗性水平一般高于来源广西的菌株,分离自黄瓜的菌株高于分离自冬瓜的菌株,大部分样点抗性菌株占据优势群体,个别菌株的抗性指数高达4226.9,叶盘漂浮法测定结果和菌落生长速率法相似;在含药平板上对敏感菌株进行甲霜灵抗性诱导结果表明,从60%的敏感菌株中成功诱导出对甲霜灵抗性稳定的突变体,突变体的抗性水平为敏感性亲本的189-407倍;9株来源于未施用过甲霜灵等苯基酰胺类杀菌剂样点的菌株均为敏感性菌株,其EC50值为0.0429-0.5461μg/mL,将它们EC50的平均值0.3200±0.1617μg/mL确定为华南地区瓜类疫霉对甲霜灵的敏感性基线;对两个样点的监测结果表明,瓜类疫霉抗甲霜灵菌株的频率及抗性指数有逐年增高趋势。【结论】华南广西和广东两省(区)瓜类疫霉对甲霜灵抗性普遍发生,瓜类疫霉对甲霜灵抗药性产生与其和药剂的接触密切相关。瓜类疫霉敏感性基线的建立,可为今后瓜类疫霉抗甲霜灵的评价和进一步监测提供科学依据。     

国家种质库保存大豆和菜豆种质的种传病毒检测

以国家种质中期库提供的300份大豆、100份菜豆种质为材料,分别采用血清学和分子生物学方法,对种传病毒的种类进行了检测。结果表明:在大豆种质中检测出大豆花叶病毒(SMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)、苜蓿花叶病毒(AMV)3种病毒,阳性检出率分别为25.33%(76份)、13.67%(41份)和4.67%(14份)。大豆种质中还存在大豆花叶病毒与黄瓜花叶病毒、大豆花叶病毒与苜蓿花叶病毒的复合侵染。在菜豆种质中检测出菜豆普通花叶病毒(BCMV)阳性材料92份,种质带毒率高达92%。这些信息将会对今后采取相关措施提高国家种质库保存的豆类种质的质量提供帮助。     

应用两种基因组快速扩增方法进行病毒芯片杂交鉴定

为了摸索均衡的病毒基因组扩增方法,建立高通量的病毒检测基因芯片技术平台,本研究以甲病毒属的辛德比斯病毒作为检测模型,分别以随机PCR扩增法和MDA( Multiple Displacement Amplification)扩增法扩增病毒基因组,并以两种扩增产物作为模板,扩增辛德比斯病毒的特异基因片段以验证基因组扩增的均衡性;然后将两种基因组扩增产物标记荧光染料后与基因芯片进行杂交;结果表明从两种基因组扩增产物中正确扩增出了辛德比斯的特定基因片段,作为探针可与基因芯片上的靶标基因特异性结合;基因组扩增产物与基因芯片进行杂交,可成功检测到甲病毒属的特异性信号,充分说明随机PCR扩增法和MDA扩增法用于扩增病毒基因组均具有良好的均衡性,扩增产物可用于病毒性病原体的基因芯片检测。     

Y盒结合蛋白1单克隆抗体的研制、表位测定及其免疫学应用

建立稳定分泌抗人Y盒结合蛋白1单克隆抗体(anti-YB-1 mAb)的杂交瘤细胞株,鉴定其表位与免疫学应用。将重组YB-1蛋白免疫BALB/c小鼠,取脾细胞与Sp2/0骨髓瘤细胞融合。经ELISA法筛选鉴定、定株后采用腹水诱生法制备anti-YB-1 mAb;Protein G亲和层析法纯化mAb,ELISA法测定mAb效价、亚型及相对亲和力。采用抗原表位预测法鉴定anti-YB-1 mAb识别表位所在区域。Western blot和免疫组化鉴定mAb识别内源性YB-1的特异性。经筛选鉴定获得2株稳定分泌anti-YB-1 mAb的杂交瘤细胞(1-D9,3-E8);腹水抗体效价均≥1×10-6,亚型均为IgGl;1-D9和3-E8单抗识别表位分别位于(134-160aa)与(266-303aa)肽段。Western blot、免疫组化结果证实anti-YB-1 mAb能特异性识别内源性YB-1。该研究为YB-1免疫学定性、定量检测方法的建立、肿瘤靶向抗体治疗及进一步探讨YB-1的生物学功能奠定了基础。     

一种显微图像的拼接方法

描述了一种显微图像拼接的方法,共包括特征检测、特征匹配、空间坐标转换和图像混合等四个步骤。实验结果显示本方法对重叠面积在50％以上的显微图像,能够进行拼接并且都没有出现明显的缝隙、错位、变形、图像模糊、图像重影等错误。     

基于高通量测序技术的微生物检测数据分析方法

高通量测序技术的发展正在逐渐改变诸多生物学领域的研究方法.为应对突发疫情以及新发未知微生物威胁的需求,微生物鉴定技术逐渐从传统的物理化学方法及核酸杂交等分子水平方法进一步走向利用无需培养的测序数据进行快速分析检测.随之而来的是对高通量数据分析在精度及速度的要求.基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法在近些年得到了快速的发展.本文分析了目前基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法,对其数据分析的处理流程和计算方法进行了研究,比较了各个微生物检测数据分析方法的特点及适用场景.最后结合本实验室工作总结微生物检测数据分析方法在实际应用中可能遇到的问题,希望对该应用领域的研究有一定的参考意义.