基于二层特征筛选的HIV-1蛋白酶特异位点预测

在抗艾滋病治疗中,HIV-1蛋白酶抑制剂发挥着重要作用。对于HIV-1蛋白酶裂解作用位点的研究有助于找到新的治疗靶点。为了对HIV-1蛋白酶特异位点进行预测,本研究用氨基酸索引数据库(Amino Acid Index,AAIndex)中的531个氨基酸物理化学性质参数直接表征肽样本的结构,通过二层特征筛选,最终将4248个表征参数降为57个表征参数。分别采取四种核函数进行HIV-1蛋白酶特异位点的支持向量机(SVM)建模,并通过10折交叉验证及外部测试集方法来验证建模的准确性。结果表明选取NormalizePolyKernel核函数进行SVM建模效果优于其他核函数(PolyKernel、PUK、RBFKernel),所建立的模型对于训练集的10组交叉验证预测准确率达到93.947%,对于外部测试集的预测正确率达到93.684%。     

大豆种质资源SRAP分子标记中的引物筛选

以113个大豆栽培品种和20个野生品种为材料,从288对引物组合中筛选出12对多态性丰富、条带清晰、可重复性好的SRAP引物组合。用筛选出的12对引物组合对大豆品种进行PCR扩增,获得了带型丰富和清晰可辨的DNA的PAGE指纹图谱;共扩增出251条谱带,其中多态性条带220条,多态性谱带比率为87.6%,平均每个引物扩增出18.3条谱带。结果显示,所筛选出的12对引物组合可以有效的应用于大豆种质资源的SRAP分析。     

一株脂肪酶产生菌的筛选及产酶条件优化研究

通过利用溴甲酚紫显色培养基初筛和酶活测定法复筛得到产脂肪酶的一株细菌HP2,经形态学观察和生理生化测定初步鉴定该菌株为不动杆菌属。并对该菌株的摇床培养产酶条件进行了初步研究,采用正交试验对HP2菌株发酵产脂肪酶的条件进行了优化,得到最佳发酵条件为初始pH为7.7,培养温度为35℃,接种量(V/V)为1.5%,发酵周期为48 h,酶活力达到129.7 U/mL。     

植物表达单克隆抗体的研究进展

单克隆抗体作为一种重要的药用蛋白,在疾病的预防、诊断、治疗和体外研究等方面有着广泛的应用.利用植物反应器替代传统表达体系生产单克隆抗体有着巨大的优势,而种子作为天然的蛋白质储藏器官有着诸多的优点.本文将通过对表达策略、内质网定向表达和糖基化等方面的研究进展进行阐述,分析目前存在的问题以及利用植物种子表达单克隆抗体的前景     

一株产常温葡甘聚糖酶的芽孢杆菌的分离、鉴定及产酶发酵条件的研究

以魔芋生粉为唯一碳源的筛选培养基,从魔芋废渣中分离筛选出一株可以降解魔芋生粉的细菌菌株,编号为LS-6。根据16SrDNA序列和生理生化特性,将该菌株鉴定为枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis。胞内外葡甘露聚糖酶酶活分析结果表明,LS-6产生的葡甘聚糖酶为胞外酶。LS-6产生葡甘聚糖酶的最佳培养基组分和条件是:1%魔芋生粉,0.5%酵母粉,0.5%NaCl,培养基初始pH为6.0,最佳发酵条件是25℃,摇床转速200r/min,培养48h。酶解产物的高效液相色谱分析结果表明,LS-6粗酶液的酶解产物主要为葡萄糖和甘露糖。LS-6的分离为进一步克隆常温葡甘聚糖酶基因和产酶工程菌的构建奠定了基础。     

节能型实验动物屏障设施的新型设计及应用

随着国内、外实验动物的发展,屏障设施的建立和应用越来越广泛。因此,许多单位投入大量资金搞硬件建设,但对设施运行后的节能考虑较少。目前,国内屏障设施的设计多采用分区控制、变频风机、换热器等来考虑节能,但在送、回风形式上并未改变传统的顶送风、四角回风形式,该送、回风形式由于受到平板饲养架的限制,设计上房间的换气次数多为15-20次/h,实际上动物饲养笼内的换气次数远远低于房间的换气次数,不能有效的保证笼内换气。本作者根据国内、外实验动物设施发展趋势,创新研制出定向流系统（已获得实用新型专利证书,专利号：ZL200520069682.8）饲养动物,同时采用动物饲养系统和房间送、回系统分开控制进行节能设计,有效的保证动物笼内换气和节能。该设计为国内首创,应用本设计夏季可节电47.4 kW.h,按工业用电0.8元/h计算,每小时节约运行成本近38元。     

以耐草甘膦2mG2-epsps基因为选择标记的玉米转化体系的建立

转化细胞的筛选和再生是植物遗传转化体系中重要的组成部分,筛选剂的选择和筛选压力的高低直接影响着外源基因的转化率。以草甘膦异丙胺盐为筛选剂,通过比较在不同的草甘膦浓度及筛选时间的条件下,玉米愈伤组织生长和分化情况,发现经1mM的草甘膦异丙胺盐筛选15d后玉米愈伤组织分化受到明显抑制,故以此作为玉米遗传转化实验中的筛选压力。通过基因枪轰击,将构建好的pMAGUHM载体（其上携带有抗草甘膦基因2mG2-epsps基因）转化到玉米愈伤组织,利用草甘膦筛选得到耐草甘膦植株80株,其中PCR检测阳性植株为36株,转化率为45％。     

一株耐盐细菌的16S rRNA基因序列分析

从舟山群岛滩涂土壤中获得了海水和底泥样品,并从中提取到了一株耐盐细菌,通过用不同盐浓度的培养基培养,挑取单菌落,反复划线纯化,得到了耐盐菌的单菌落。通过菌株基因组DNA的提取、菌株的抗性实验、质粒的提取、16S rRNA的PCR扩增及克隆、16S rRNA的全序列分析等手段,对该菌株的16S rRNA的基因序列进行了研究。     

产低温脂肪酶非极端细菌的筛选、产酶发酵及粗酶性质研究

目的：筛选产低温脂肪酶非极端细菌菌株,扩大脂肪酶的应用范围。方法：利用维多利亚蓝B平板显色法和摇瓶发酵法,从土壤中筛选产脂肪酶菌株,通过菌落形态和菌体特征观察初步对菌种进行鉴定,并对该菌株的产酶发酵培养基进行了优化。结果：得到一株产低温脂肪酶非极端细菌菌株sybc—li一1,该菌株适宜产酶培养基（％）为淀粉1、牛肉浸膏1、NaNO3 0．08、CaCl2 0．04、MgSO4 0．04、橄榄油2和OP1;初始DH8、30℃、200r／min培养72h,脂肪酶活力可高达到30．2U／mL;所产脂肪酶粗酶最适作用温度20℃,最适pH9．5,0℃时仍能保持70％的酶活性,属于低温酶;该酶与目前报道的低温脂肪酶相比,有较好的热稳定性,粗酶在pH8．5、70℃条件下保温60mla,酶活力损失30％。结论：该菌株为自然环境中筛选的非极端细菌,所产脂肪酶为低温脂肪酶,在开发应用上有良好的前景。     

一株嗜盐细菌的16SrRNA基因序列分析

目的:从舟山深海海泥中获得了底泥样品,并从中提取到了一株嗜盐细菌.方法:通过用不同盐浓度的培养基培养,挑取单菌落,反复划线纯化,得到了嗜盐菌的单菌落,通过菌株基因组DNA的提取、菌株的抗性实验、质粒的提取、16SrRNA的PCR扩增及克隆、16SrRNA的全序列分析等手段.结果:得到该菌株的16SrRNA的基因序列.结论:该株嗜盐菌是一株新色盐杆菌.