体液蛋白质组学的研究和应用

蛋白质组学是目前生命科学的研究热点之一.体液中的蛋白质是来源于与其密切接触组织或者细胞的分泌或渗漏,体液蛋白质组的变化能反映这些组织的生理或者病理改变,因此以寻找疾病相关生物标记为主要目标的比较蛋白质组学是蛋白质组学研究的核心内容之一.对近年来各种体液蛋白质组学的研究状况和应用及存在挑战作一综述.     

A platform to standardize,store, and visualize proteomics experimental data

With the development of functional genomics research, large-scale proteomics studies are now widespread, presenting significant challenges for data storage, exchange, and analysis. Here we present the Integrated Proteomics Exploring Database （IPED） as a platform for managing proteomics experimental data （both process and result data）. IPED is based on the schema of the Proteome Experimental Data Repository （PEDRo）, and complies with the General Proteomics Standard （GPS） drafted by the Proteomics Standards Committee of the Human Proteome Organization. In our work, we developed three components for the IPED platform： the IPED client editor, IPED server software, and IPED web interface. The client editor collects experimental data and generates an extensible markup language （XML） data file compliant with PEDRo and GPS; the server software parses the XML data file and loads information into a core database; and the web interface displays experimental results, to provide a convenient graphic representation of data. Given software convenience and data abundance, IPED is a powerful platform for data exchange and presents an important resource for the proteomics community. In its current release, IPED is available at http：//www. biosino.org/iped2.     

大鼠2/3肝切除72 h后再生肝脏质膜比较蛋白质组学研究

大鼠2/3肝切除模型为研究肝细胞增殖和生理性血管生成提供了一个很好的活体内模型.为了揭示肝再生过程中与肝细胞增殖终止相关及与血管生成启动相关的质膜蛋白质,本研究对大鼠肝2/3部分切除72 h后的肝脏质膜进行了研究：利用两步蔗糖密度梯度离心法对切除组和假手术组的肝脏质膜进行纯化;然后通过双向电泳和质谱技术对肝切除样品进行了比较分析并对几个关键蛋白程序性凋亡相关蛋白-6和丝蛋白-A进行了免疫印迹验证.相对于假手术对照组(Sham组),21种蛋白质在切除后72 h的肝脏中上调,15种蛋白质下调.所鉴定的差异表达蛋白参与了血管生成、细胞分裂增殖和凋亡、细胞分化调控、肝脏组织重新构建、代谢及应急反应.本研究为肝脏再生及其血管生成的研究提供了理论依据.     

核仁的蛋白质组学

核仁是胞核内高度紧密的结构,参与转录、剪接、核糖体合成等重要生命过程,并与细胞分裂、衰老有关。1963年虽已从哺乳动物肝脏提纯核仁,并鉴定了所含的一些蛋白质,但还有不少核仁蛋白质迄今尚未阐明。2002年英国、丹麦的两实验室首次完成了核仁的蛋白质组学分析。本文就近年报道有关核仁蛋白质组的分离和检测、检出的271种核仁蛋白质的分类,蛋白质在胞核内迁移以及核仁蛋白质组学检测技术的问题和发展前景等方面作一简介。     

干细胞的蛋白质组研究

干细胞研究和蛋白质组研究同属于21世纪生命科学的热点领域。将蛋白质组学技术应用于干细胞的研究,能够为了解干细胞提供蛋白质水平的信息,揭示干细胞的增殖、定向分化和迁移的机制,为人们更好地将干细胞技术应用于组织工程、基因治疗及药物开发等领域奠定基础。     

蛋白质组学技术在研究AdIL-24抗癌机制中的应用

目的：探讨蛋白质组学技术在研究AdIL-24抗宫颈癌CaSki细胞作用机制的应用价值。方法：前期研究已成功构建AdIL-24,可抑制宫颈癌CaSki细胞生长,促进凋亡。在此基础上,通过双向凝胶电泳分离AdIL-24处理前后细胞总蛋白,并对胶条（pH3-10NL、pH4-7）、SDS-PAGE浓度（10％、12％）、电泳时间（6h、7h）进行优化,PDQuest图像分析,MALDI-TOF质谱鉴定,经Mascot、MS-fit软件查询SWISS-PORT数据库鉴定差异蛋白。结果：获得分辨率高、重复性好的CaSki细胞双向电泳图谱,质谱鉴定的差异蛋白点经Mascot、MS-fit软件搜索到同一种蛋白质。结论：已建立的蛋白质组学技术,为进一步研究AdIL-24的抑癌机制奠定基础。     

中国蛋白质组学第四届学术大会（第一轮通知）

为了积极促进我国蛋白质组学的研究与发展,由中国生物化学与分子生物学会中国人类蛋白质组组织（CNHUPO）（筹）和蛋白质组学专业委员会主办,第四军医大学、西北大学和北京蛋白质组研究中心共同承办的中国蛋白质组学第四届学术大会定于2006年8月22-23日在西安市建国饭店召开。     

化学交联质谱技术的研究进展

化学交联质谱技术是解析蛋白质结构和研究蛋白质相互作用的重要工具。近5年以来,该技术在方法和应用上都取得了很大的进步。方法上,一方面可断裂交联剂与新型分离富集方法展现了较好的应用前景,另一方面更加高效的交联肽段搜索引擎和质量控制方法为交联质谱数据分析提供了有力的工具。应用上,一方面与冷冻电镜技术结合解析了大量蛋白质的结构,另一方面从研究蛋白质复合物的相互作用发展到研究全蛋白质组水平的相互作用网络。化学交联质谱技术在方法和应用上的蓬勃发展,体现了这一技术的重要作用。本文对化学交联质谱技术的各个环节进行了详细的综述,包括交联剂选择、交联反应、酶切、交联肽段富集、液质联用、交联肽段鉴定、质量控制和生物学应用,重点介绍了最近5年的研究进展。最后,讨论了化学交联质谱技术面临的挑战及未来的发展方向。     

冷泉港生物科技股份有限公司

冷泉港生物科技股份有限公司成立于上世纪 80年代 ,总部设在台湾。经过 2 0多年的发展 ,它已经成为一家专业的生命科学仪器代理公司 ,其代理的产品可以分为 5个部分 :微生物学仪器、分子生物学仪器、蛋白质组学仪器、生物芯片仪器和常规仪器。在这五部分科研仪器中 ,大部分是高     

Nature:研究发现与肝硬化相关肠道菌群的遗传特征

<正>近日,浙江大学医学院附属第一医院传染病诊治国家重点实验室、感染性疾病诊治协同创新中心主任李兰娟院士及其科研团队,找到了汉族人和肝硬化相关的肠道菌群的遗传特征,为检测晚期肝疾病提供了方法。该研究成果在学术期刊《自然》发表。目前,部分病毒性肝炎及脂肪性、酒精性、药物性、免疫性肝病患者会经历肝炎、肝硬化、肝癌"三部曲"。尽管有些研究表明,肠道微生物的改变在终末期肝硬化并发症中起重要作用,但一直缺乏肠道菌群和肝脏病变的确切关联证据。李兰娟院士及其科研团队通过收集181个来自于中国人肠道菌群的样本,其中包括98个中国肝硬化患者及83个健康中国志愿者的粪便样本,用宏基因组学的研究方法,开展了肝硬化肠道菌群的深度测序及关联分析研究,从中获得269万个非冗余的人体肠道微生物菌群的基因集,