最短尾短体线虫转录组及潜在效应蛋白分析

最短尾短体线虫（Pratylenchus brachyurus）是一种重要的迁移性内寄生植物病原线虫。对其转录组进行测序和分析,是进一步研究其寄生特点和致病机理的重要基础。通过转录组测序和分析,得到72 516个unigenes,其中38 266个（52.76%）unigenes注释到7个蛋白质数据库中。Cazyme分析预测到541条具有植物/真菌细胞壁降解活性的蛋白质序列,分别属于GH5、GH30、GH53、GH28、PL3、GH16、GH18和GH20家族。转录组中有56个蛋白序列与秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）的RNAi通路蛋白具有同源性。鉴定到51个与已知植物寄生线虫效应蛋白具有同源性的蛋白序列,检测了9个潜在效应蛋白在抑制植物防卫反应中的作用,其中7个能够抑制由Gpa2/Rbp-1引起的细胞程序性死亡反应。研究结果表明最短尾短体线虫转录组与同属的短体线虫基因分布特点相似,其潜在效应蛋白具有抑制植物防卫反应的特点。     

利用代谢组学研究血流剪切力对内皮细胞类二十烷酸代谢产物的影响

本文旨在研究血流剪切力对内皮细胞多不饱和脂肪酸产生的类二十烷酸代谢产物的影响,以阐明不同模式的血流剪切力对内皮细胞功能的影响及机制。首先,分别给予人脐静脉内皮细胞对照静止(Static)、层流型剪切力(laminar shear stress,LSS)、振荡型剪切力(oscillatory shear stress, OSS)处理6 h后,用新鲜的M199培养液孵育内皮细胞3 h,利用超高效液相色谱-质谱联用技术检测孵育培养液中内皮细胞分泌的类二十烷酸代谢产物的水平。结果显示:在不同的血流剪切力作用下,类二十烷酸代谢的水平有显著改变。我们筛选出OSS组相对于LSS组显著上调的10种代谢物,包括由环氧合酶产生的代谢产物PGD2、PGE2、PGF2α以及PGJ2,由脂氧合酶或自发氧化作用产生的11-HETE、15-HETE、13-HDoHE,以及由细胞色素P450氧化酶和可溶性环氧化物水解酶产生的12,13-EpOME、9,10-EpOME、9,10-DiHOME,并从离体和在体水平验证了类二十烷酸代谢酶mRNA表达水平升高。以上结果表明OSS可能通过上调代谢酶基因的转录水平促进类二十烷酸代谢产物的升高,从而在动脉粥样硬化发生与发展中起关键作用。本研究利用代谢组学技术从整体上研究了类二十烷酸代谢产物对血流剪切力的响应,为血流动力学的系统生物学研究做出了重要的补充。     

基于转录组数据的密花香薷SSR位点特征分析

利用MISA软件对密花香薷转录组42362条Unigene进行SSR位点搜索,并对其SSR序列结构及分布特征进行了分析。结果表明:(1)密花香薷转录组Unigene序列中共检测到17564个SSR重复序列,分布于11903条Unigene上,出现频率为28.10%,平均每3200 bp出现一个SSR位点。(2)单、二、三核苷酸重复类型为密花香薷转录组SSR位点的主导基序类型,占总SSR位点的97.27%,3种主导基序类型中,单核苷酸所形成基元类型数量最多,共检测到169个基元类型(51.22%),单核苷酸(A/T)n基元类型占明显优势,二核苷酸重复类型(AG/CT)n基元类型占优,分别占总SSR位点的50.60%和12.17%。(3)单核苷酸SSR位点所包含重复次数最多(49),重复次数介于10~66,同一基序类型不同重复次数所形成的SSR位点数量差异较大,随重复次数的增加,SSR位点数呈下降趋势。(4)密花香薷转录组二至六核苷酸基序SSR序列长度集中在12~30 bp区间,共包含有8190个SSR位点,占所统计SSR位点的95.60%,1589(≥20 bp)个SSR序列具有极高的多态性,占所统计SSR位点的18.54%。综合出现频率、分布密度、基元重复次数和长度变异等多个研究结果发现,密花香薷转录组检索到的SSR序列表现出较高的多态性潜能,具有较大的开发价值。该研究为后续密花香薷SSR分子标记引物开发奠定了理论基础。     

基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析

紫娟(Camellia sinensis var. Asssamica (Masters) kitamura)是珍稀茶树种质的典型代表,其叶片色泽呈现紫色,富含花青素、儿茶素以及黄酮等活性成分。为探讨紫娟茶树叶片呈色以及次级代谢过程的遗传基础,以紫娟茶树为材料,采用Pac Bio平台进行全长转录组测序,最终获得Polished consensus序列205 911个。在NR数据库有163 519个同源序列比对到914个物种;有99 503个在KOG数据库得到注释,根据其功能分为26类;有76 829个得到GO注释,分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类的54个功能组;根据KEGG数据库,109 748个被注释到216个代谢途径分支,其中氨基酸代谢的7 731个、类黄酮生物合成的有644个、单萜的合成的有57个、萜类化合物骨架生物合成487个、黄酮和黄酮醇的生物合成的有88个、花青素合成1个;同时预测到CDS有199 245个、转录因子有6 838个;此外,还检测到了180 293个SSR位点,其中以单碱基重复最丰富有103 535个,其次是双碱基43 240和三碱基30 883。本研究结果为开展紫娟茶树叶片呈色机理以及花青素、黄酮类等物质合成途径与调控机制和特异性状基因的标记性引物开发提供重要的数据支持。     

辽西下白垩统九佛堂组尾羽龙类—新属(英文)

记述了一件采自辽西热河群九佛堂组一新的窃蛋龙类:义县似尾羽龙(Similicaudipteryx yixianensis gen.et sp.nov.),并依据其和尾羽龙属的相似特征,及其匕首状的尾综骨,肠骨、踱骨和脚趾的形态等将其归入窃蛋龙类的尾羽龙科,但其所具有的一些特征也不同于该科已建立的尾羽龙属,如尾综骨的形态和较大的个体等。该化石具有许多典型的窃蛋龙类的特征,如短尾、较短的前肢等,有别于其他窃蛋龙类的特征还包括耻骨和肠骨的长度比为1.46,背椎上发育2个大而深的椎体下突、背椎侧部具孔等。义县似尾羽龙是又一类具有真正尾综骨的恐龙,表明尾综骨这一曾经被认为是鸟类特有的结构可能是在恐龙中独自演化的。它具有一些进步的特征如具尾综骨等,但同时也具有一些原始的特征如5个愈合的荐椎,耻骨联合长,表明在窃蛋龙类中存在着特征的镶嵌进化现象。似尾羽龙与驰龙类、其他窃蛋龙类等恐龙一样,脚趾并没有对握,已有的证据说明完全的对握目前还只是出现于鸟类中。根据其短尾、中部收缩的趾骨和灵巧的身体等都表明它是一类适于快速奔跑的动物。目前为止,已知的尾羽龙类化石均发现于北票四合屯地区的义县组下部尖山沟层(段),距今约125Ma。新标本发现于义县西二虎桥地点,属于九佛堂组,距今约120Ma,这也是迄今为止在九佛堂组发现的惟一一件尾羽龙类化石,对研究早白垩世窃蛋龙类的演化和热河生物群恐龙组合的特征具有重要的意义。     

酸胁迫下短乳杆菌NCL912蛋白质的差异表达及其作用

【目的】本文从蛋白质组水平,对本实验室分离的一株高产γ-氨基丁酸的短乳杆菌NCL912(Lactobacillus brevis)在酸胁迫下蛋白质的差异表达及其应激机理进行探讨。【方法】利用双向凝胶电泳技术对pH 5.0和pH 4.0条件下,不含L-谷氨酸钠的培养物的蛋白质组电泳图谱进行了分析,并对酸胁迫下差异表达的蛋白进行了比较。利用质谱检测技术和生物信息学技术对这些差异表达的蛋白进行了鉴定、功能分类和代谢途径分析等。【结果】通过双向凝胶电泳技术,可以得到均匀、背景清晰、分辨率高、重复性好的Lb.brevis NCL912的双向凝胶电泳图谱。对pH 5.0和pH 4.0条件下培养的该菌总蛋白质电泳图谱进行比较,发现有25个差异表达的蛋白点。对这25个差异表达的蛋白进行了质谱鉴定。由于缺乏短乳杆菌NCL912的全基因组,所以其中只有8个蛋白点被质谱鉴定和分析得到。它们分别参与了蛋白质的合成、核苷酸的合成、糖酵解代谢、细胞能量水平的调节等。【结论】酸应激下这些表达蛋白质可通过其相应的功能来保护细胞耐受酸胁迫,从而使菌能够在酸性环境下生存增值。这可能就是Lb.brevis NCL912的酸胁迫应激机理之一。     

快速发展的亚细胞蛋白质组学

亚细胞蛋白质组是蛋白质组学领域中的一支新生力量 ,已成为蛋白质组学新的主流方向 ,通过多种策略和技术方法 ,一些重要的亚细胞结构的蛋白质组不断的得到分析 ,到目前为止 ,几乎所有亚细胞结构的蛋白质组学研究都有报道 ,而且已经深入到亚细胞器和复合体水平 ;另外 ,不仅局限于对亚细胞结构的蛋白组成进行简单分析 ,而且更注重功能性分析 ,将定量技术和差异分析引入亚细胞蛋白质组学 ,来观察此亚细胞结构的蛋白质组在某些生理或病理条件下的变化 ,这已经成为亚细胞蛋白质组学新的发展方向 .亚细胞蛋白质组学最大的困难在于怎样确认鉴定出来蛋白质的定位 ,是在提取过程中的污染还是真正在此亚细胞结构中有定位 ?这将是亚细胞蛋白质组学需要努力解决的挑战 .文章全面介绍了亚细胞蛋白质组学的最新研究进展 ,阐述了亚细胞蛋白质组学面临的挑战 ,并对亚细胞蛋白质组学的发展方向作了展望 .     

异双聚体电泳及其在遗传学差异筛选中的应用

介绍了一种灵敏、简便、快速测定双链PCR产物或DNA片断单个碱基差异的方法。该法借助常规PAGE电泳,能区分出有单个碱基错配而发生构型改变的异双聚体与碱基互补配对的同源双聚体双链DNA分子;并判断出序列中碱基错配的百分率。     

浙江天台晚白垩世巨型长形蛋科一新属及巨型长形蛋科的分类订正

浙江天台盆地上白垩统赤城山组发现的巨型长形蛋类可鉴定为西峡巨型长形蛋(Macroelongatoolithusxi xiaensis)和一新蛋属、新蛋种——桥下巨型纺锤蛋(Megafusoolithus qiaoxiaensis oogen.etoosp.nov.)。西峡巨型长形蛋此前仅发现于河南西峡盆地,其特征为个体巨大(35cm),蛋壳外表面具瘤点状纹饰,蛋壳锥体层与柱状层界线明显,呈波浪形,锥体层与柱状层厚度之比为1:5—1:2。已记述的产自天台的张氏巨型长形蛋(M.zhangi)和产自河南西峡盆地的西峡长圆柱蛋(Longiteresoolithus xixiaensis)均为西峡巨型长形蛋的同物异名。桥下巨型纺锤蛋的特征包括蛋壳中部外表面具有棱脊状纹饰,蛋壳锥体层与柱状层界线不明显,二者厚度之比近1:3,这些特征区别于巨型长形蛋属。目前已知巨型长形蛋科仅包含巨型长形蛋属和巨型纺锤蛋属,订正的科征为:蛋化石巨大,长径大于35cm;蛋长形,两端大致对称,长宽之比约为3:1;蛋化石在蛋窝中一般两枚为一组,呈单层圆环状排列,蛋窝直径近3m;蛋壳外表面具瘤点状或棱脊状纹饰,蛋壳由锥体层与柱状层组成。这些特征明显区别于其他类型的蛋化石,因此它们代表了一个独立的蛋科:巨型长形蛋科(Macroelongatoolithidae)。     

铁线莲属单性铁线莲组修订(续）

对毛茛科铁线莲属Clematis L.的单性铁线莲组sect. Aspidanthera Spach s.l.进行了全面修订,确定此组共含72种和15变种,这些被归类于6个亚组中,其中包括首次描述的1系、5种和2变种,以及做出的2新等级。对单性铁线莲组的分类学简史和地理分布做了介绍。写出了组、亚组、系的形态特征和地理分布,分亚组检索表及各亚组的分种检索表;以及各种植物的形态描述、地理分布、生长环境等,并附有多幅插图。在研究了此组全部种类的标本之后,观察到此组几个重要形态特征的演化趋势：(1)萼片在数目上由