印迹基因修饰使孤雌胚胎干细胞获得四倍体补偿能力

孤雌胚胎干细胞(Parthenogenetic embryonic stem cells,pESCs)的遗传物质全部来源于母源基因组,因缺失父源基因而不具备四倍体补偿的能力。为了使pESCs也具备发育到个体的能力,呈现与受精卵来源ESCs类似的多能性,文中借助CRISPR/Cas9系统对孤雌来源的pESCs中的2个重要母源印迹基因的差异甲基化区域(Differentially methylated region,DMR)进行单等位基因敲除(H19-DMR,IG-DMR),获得双基因敲除的(DKO)pESCs。结果表明,pESCs虽然来源于母源基因组,但是其形态特征、多能干性标记分子的表达水平、体外神经分化能力与受精卵来源的ESCs基本一致。最后,通过基因修饰的DKOpESCs可以通过四倍体补偿获得发育到期的胎儿,表明经过印迹基因修饰的pESCs也具有发育到一个完整个体的多能性。从而为再生医学研究提供了一类具有主要组织相容性复合基因匹配且多能性良好的资源细胞。     

感染草鱼呼肠孤病毒对肠道菌群多样性的影响

为揭示草鱼呼肠孤病毒(Grass Carp Reovirus, GCRV)对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道菌群的影响, 在通过人工浸泡方式感染GCRV后, 采用针对16S rRNA基因的高通量测序技术对草鱼肠道菌群的组成和多样性进行了研究。结果显示, 感染组与对照组差异显著(MRPP, Anosim, Adonis, P<0.01), 且感染组肠道菌群的Alpha多样性指数(Shannon-Wienner、Inverse Simpson、Pielou evenness)显著低于对照组(t-test, P<0.05)。此外, 肠道菌群在感染组个体间差异显著大于对照组(Wilcoxon test,P<0.05), 表明患病草鱼肠道菌群失去原有平衡而变得紊乱。尽管病毒感染组和对照组草鱼肠道优势菌门均为Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes、Fusobacteria, 但在OTU水平仍表现出明显的变化, 如OTU_69(Pasteurellaceae)、OTU_504(Comamonadaceae)和OTU_1898(Cetobacterium)在感染GCRV组丰度显著降低(t-test, P<0.05), 也表明GCRV感染可使草鱼肠道微生态发生紊乱。肠道菌群结构稳定对于宿主健康具有重要意义, 研究患病鱼肠道菌群状况为鱼类常见疾病的防控提供科学依据, 也为健康养殖提供参考。     

东秦岭卢氏盆地新发现的旧石器

2019年6-8月,在秦岭东部南洛河流域河南卢氏盆地开展古人类和旧石器考古遗址调查,在南洛河不同阶地之上的黄土堆积地层中新发现旧石器地点27处,采集石制品123件。部分石制品采自于阶地顶部暴露的黄土地层剖面上。石制品包括石核、石片、断块、碎屑、石器等类型,整体属于简单的石核-石片工业。原料为取自河滩砾石堆积的石英、砂岩和石英岩等。石核为简单剥片的单台面石核和转向剥片石核。石器组合中既有手镐、砍砸器等重型类型,也有以石片为毛坯的中小型刮削器等。根据黄土-古土壤地层序列初步判断,多数地点的石制品出自黄土L1-S2地层堆积,年代范围涵盖中更新世晚期至晚更新世;西庄村南（19LS35）和九寨山（19LS27）两个地点的2件石制品则出自更早的S9和S13古土壤地层堆积中,它们的发现为进一步探寻南洛河流域最早的古人类活动提供了关键性的考古学证据。本次调查扩大了卢氏盆地旧石器时代遗存的时空分布范围,为本区域旧石器遗址的保护和制订研究计划提供了更为全面的依据。     

东俄洛橐吾遗传变异与分化的ISSR分析

应用ISSR标记对东俄洛橐吾（Ligularia tongolensis）的遗传多样性进行了研究。从100个引物中筛选出8个用于正式扩增。在所研究的8个居群共150个个体中检测到148个多态位点。在居群水平上,多态位点百分率（PPB）为50.45%,Nei′s基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）分别为0.1595和0.2440。在物种水平上,多态位点百分率（PPB）为88.10%,Nei′s基因多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）分别为0.2811和0.4279。居群间的遗传分化系数（Gst）达0.4355。研究结果表明东俄洛橐吾的遗传多样性水平很高,居群间遗传分化较大。这与其多样化的生态环境是有必然联系的。因适应其多样化的生态环境而形成了遗传多样性;且因其生态环境的不连续性阻碍了居群间的基因交流而产生了遗传分化,即东俄洛橐吾高水平的遗传多样性和遗传分化是适应其分布区多样化生态环境的结果。     

小鼠孤雌胚、体外培养胚与体内胚H3K9乙酰化模式的比较

孤雌胚胎的发育率比体内体外生成胚胎的发育率要慢,为研究小鼠孤雌胚、体外培养胚H3K9乙酰化(H3K9ac)模式与体内自然胚之间的差异、曲古抑菌素A(Trichostatin,TSA)对孤雌胚H3K9乙酰化模式的影响及表观遗传模式对孤雌胚、体外培养胚发育的影响,文章采用间接免疫荧光法对小鼠植入前各时期孤雌胚、体外培养胚及体内自然胚基因组组蛋白的H3K9乙酰化水平进行检测。结果显示,植入前各时期孤雌胚H3K9乙酰化模式与体内组变化趋势基本一致,但平均荧光强度较体内组普遍偏高;经TSA处理后孤雌胚H3K9乙酰化水平有所提高,原核期至8-细胞期差异显著(P0.05)。体外培养胚H3K9乙酰化荧光强度与体内组变化趋势也基本一致,但平均荧光强度较体内组普遍偏低。以上结果表明,小鼠孤雌胚H3K9乙酰化水平高于体内胚,使植入前胚胎发育过程中本应沉默的基因启动子发生超乙酰化,进而抑制胚胎发育,这可能是造成孤雌胚胎发育能力较差的重要原因之一;TSA处理可以部分弥补体外培养环境对胚胎发育带来的伤害,但TSA提高孤雌胚的发育能力可能并不完全是通过改变H3K9乙酰化水平来实现的。     

东辽河流域河湖光学吸收特性的季节变化

吸收特性是水体重要的光学特性,也是建立水色反演分析模型的基本参数.本文利用2011年6、9、10月在二龙湖和2012年10月在东辽河的实测数据,通过测定水体营养水平和颗粒物、有色可溶性有机物(CDOM)等光学活性物质的吸收系数,分析了东辽河河湖的光学物质吸收特性和季节变化.结果表明: 二龙湖水体9月处于富营养状态,6月营养水平较低,10月则处于中营养水平;东辽河随采样点位置的差异呈现不同程度的富营养化.水体各组分的吸收系数均随营养水平的增加而逐渐增大.6、10月二龙湖水体总悬浮颗粒物吸收光谱与非色素颗粒物吸收光谱相似,在总吸收中占主导作用的是CDOM;9月总悬浮颗粒物吸收光谱则与浮游植物吸收光谱类似,浮游植物的吸收对总吸收的贡献率最大.6、9月二龙湖浮游植物吸收系数[a_ph(440)]与总磷(TP)呈正相关,6月二龙湖a_ph(440)与溶解有机碳(DOC)呈正相关,非藻类颗粒物吸收系数[a_d(440)]仅与叶绿素a浓度(Chl a)具有相关性.二龙湖(9月)与东辽河a_ph(675)均与Chl a、卡尔森指数(TLI)相关性较好.东辽河流域的河湖水体光学特性存在比较明显的差异:东辽河水体的浮游植物吸收光谱曲线展现出了两种不同类型,浮游植物、非藻类颗粒物、CDOM的贡献率随采样点的不同而相差较大;营养水平较高的9月二龙湖与东辽河水体浮游植物主导了水体光谱吸收,而在二龙湖营养水平较低的月份中(6、10月),颗粒物与CDOM共同主导水体光谱吸收;6月二龙湖与10月东辽河水体CDOM的组成为大分子颗粒物,而9与10月其组成更趋向于小分子颗粒物.     

广东沿海地区拟穴青蟹呼肠孤病毒和双顺反子病毒-1 的分子流行病学调查

运用双重巢式PCR 方法于2014 年10 月和11 月份对广东省阳江市、台山市、中山市、惠州市(大亚湾地区、惠东地区)、汕尾市(东涌地区、红海湾地区)等主要拟穴青蟹(Scylla paramamosain)养殖地区的青蟹呼肠孤病毒(mud crabreovirus, MCRV)和青蟹双顺反子病毒-1(mud crab discistrovirus-1, MCDV-1)流行情况进行检测调查和序列分析。结果表明在调查的地区中, 60%-100%的拟穴青蟹至少携带一种病毒。10 月份阳江地区、台山地区、中山地区、汕尾东涌和汕尾红海湾地区拟穴青蟹MCRV 携带率分别为71.42%、68.97%、70%、72.41%和64%, MCDV-1 携带率分别为61.29%、24.14%、63.33%、13.79%和12%; 各地区两种病毒双重感染率均在50%以下。11 月份阳江地区、台山地区、中山地区、惠州大亚湾地区和惠州惠东地区拟穴青蟹MCRV 携带率分别为50%、95.65%、100%、93.1%和82.76%, MCDV-1携带率分别为10%、100%、93.1%、37.93%和27.59%, 台山和中山地区地区两种病毒双重感染率均在90%以上, 惠州、汕尾地区以单独感染为主。五个地区获得的27 株MCRV 序列中, 各个地区内获得的核酸序列同源性均在99.2%-100%之间, MCRV 序列遗传进化基本无地域差异; 获得35 株MCDV-1 序列中, 各个地区内获得的核酸序列同源性均在91.4%-100%之间, MCDV-1 序列遗传进化出现一定的地域差异。     

东大西洋热带海域拟锥齿鲨繁殖生物学特征调查

拟锥齿鲨(Pseudocarcharias kamoharai)隶属拟锥齿鲨科拟锥齿鲨属,为卵胎生鱼类,在印度洋、太平洋和大西洋近海和赤道海域均有发现。该鲨鱼被延绳钓渔业渔获, 但由于其商业价值低, 常被丢弃, 其生物学数据非常缺乏。       

一株草鱼呼肠孤病毒弱毒株的分离、鉴定及免疫原性初步分析

从江西南昌患出血病草鱼体内分离出的草鱼病毒(暂命名为JX09-01)能使草鱼肾脏细胞(CIK)、草鱼肝细胞(L8824)、草鱼吻端成纤维细胞(PSF)产生明显的细胞病变效应(CPE)。感染CIK 细胞固定后经电镜观察,发现细胞质内有大量病毒聚集, 形态和排列方式与已报道的草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus, GCRV)相似。针对GCRV 873 株S6 基因设计的简并引物可以从病料组织和感染细胞中扩增出目的条带, 而针对GCRVHZ08 株S6 基因设计特异性引物未能扩增出目的条带。对JX09-01 株的S6 全基因进行序列分析表明, 其核苷酸序列同GCRV 873 株和HZ08 株的同源性分别是99.3%和30.4%, 推导出的氨基酸序列同源性分别是98.6%和30%, 说明草鱼病毒JX09-01 株为草鱼呼肠孤病毒。用JX09-01 株接种当年8-10 cm左右的草鱼, 没有明显的临床症状, 不能致草鱼死亡。用传代至15 代的CIK 细胞病毒液进行免疫保护试验, 结果显示其对强毒株的免疫保护率达到86.7%。实验结果初步显示, 新分离到的JX09-01 为草鱼呼肠孤病毒弱毒株, 可作为弱毒疫苗的候选毒株。       

利用噬菌体展示技术淘选草鱼呼肠孤病毒的单链抗体

草鱼呼肠孤病毒（GCRV）是引起我国大面积草鱼幼鱼出血病暴发的主要病原,其外衣壳蛋白VP5和VP7在病毒入侵宿主细胞过程中起着至关重要的作用。研究以原核表达的VP7、全长VP5、VP5的N端片段及C端片段为靶蛋白,利用已构建的噬菌体展示单链抗体文库进行淘选。经过3轮淘选后,共获得7个针对VP7、VP5、VP5N和VP5C的单链抗体。经过验证,识别原核表达的VP7的两个单链抗体能够成功识别天然GCRV病毒。此结果对于进一步研究GCRV与宿主细胞的相互作用机理奠定了基础。