培菲康对IBS-D患者外周血清IL-18/IL-10的影响

目的 观察培菲康治疗腹泻型肠易激综合征(IBS-D)的临床疗效并探讨其可能作用机制.方法 80例IBS-D患者随机分为2个试验组:培菲康联合匹维溴铵(A组)40例,匹维溴铵(商品名:得舒特)(B组)40例,并设健康对照组(C组)30例,疗程均为4周.采用双抗夹心ELISA法分别检测两组患者治疗前后和30名健康志愿者血清中IL-18/IL-10的含量.治疗结束后4周对治愈和显效患者进行随访.结果 (1)A组总有效率为88.89％,B组总有效率为65.62％,A组明显高于B组(P＜0.05).远期疗效:停药4周后随访,A组有4例复发或加重,复发率为12.5％,B组有9例复发或加重,复发率为42.9％,两组间差异有统计学意义(P＜0.01).(2)A组和B组治疗前IL-18水平明显高于C组,A组治疗后IL-18的水平与C组比较差异无统计学意义,而B组仍高于C组.两组患者治疗前IL-10水平明显低于C组,但在药物干预后A组IL-10的水平与C组比较差异无统计学意义,而B组仍低于C组.结论 培菲康能够有效治疗IBS-D,并能预防其复发,调节免疫可能是其主要治疗机制.     

犬干扰素-γcDNA的克隆及其在鼠骨髓瘤细胞(SP2/O)中表达

干扰素(IFN)是由脊椎动物细胞产生的一类分泌型糖蛋白,它具有广谱抗病毒和增强免疫应答的作用[1].干扰素可分为Ⅰ型和Ⅱ型,Ⅱ型干扰素又称为干扰素-γ(IFN-γ)或免疫干扰素,主要由抗原刺激CD4+和CD8+T细胞所产生2].IFN-γ可使Mφ功能亢进,诱导产生特异性抗体,在免疫应答中十分重要[3].     

利用CRISPR/Cas9技术构建敲除MEIS2基因的HEK293T人胚肾细胞系

CRISPR/Cas9系统作为一种新型的基因组编辑技术,利用人工设计的向导RNA(singleguide RNA,sg RNA)介导外源表达的Cas9蛋白与基因组靶点特异性结合以实现对基因组DNA的特异性切割,切割后的基因组DNA通过非同源末端连接或同源重组的方式进行修复,从而实现基因的敲除、敲入等。MEIS2属于一类高度保守的同源盒转录因子MEIS家族,研究发现,MEIS2广泛参与胚胎的早期发育及肿瘤的发生发展,但其发挥作用的机制目前还不是很清楚。该研究针对MEIS2基因作用的功能域,设计两个靶向MEIS2基因Exon3和Exon8的sg RNA,通过SURVEYOR分析及Western blot检测,确认了所设计sg RNA的有效性。进一步通过细胞分选及Western blot检测筛选出稳定敲除MEIS2基因的HEK293T细胞株。最后,通过序列测定确认MEIS2发生了移码突变。综上所述,该研究利用CRISPR/Cas9技术成功建立了完全敲除MEIS2的HEK293T细胞株,为研究MEIS2的功能和作用机制提供了有效工具。     

BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。     

基于Petri网T不变量的PHB新陈代谢建模分析(英文)

从拓扑结构的角度分析生化反应网络是生物信息学研究中的一个热点问题。通过将两种传统的途径分析方法(基元模式和极端途径)与Petri网的T不变量分析进行了比较,结果表明:它们本质上是一致的,但是采用Petri网的T不变量分析更便捷。然后,利用Petri网技术构建了PHB代谢模型。对该模型作了结构分析,将计算得到的23个T不变量进行了分组:I组表示简单的可逆反应,II组表示循环的反应,III组可用于调控ATP/ADP比率,IV组是与PHB生产直接相关的反应,可用于代谢工程以提高PHB的产率。最后讨论了Petri网的T不变量分析在这个领域中的应用。     

鼻NK／T细胞淋巴瘤间质清道夫受体A的表达及意义

目的 观察清道夫受体A（scavenger receprorA,SR-A）在鼻NK／T细胞淋巴瘤间质中的表达,探讨其意义。方法 对鼻NK／T细胞淋巴瘤,鼻B细胞淋巴瘤以及鼻部炎症的石蜡标本进行HE染色和SP免疫组织化学染色检测SR-A的表达。结果 SR-A蛋白在鼻NK／T细胞淋巴瘤,鼻B细胞淋巴瘤和鼻部炎症中阳性率分别为92．7％,29．2％和6．25%。统计学分析发现,鼻NK／T细胞淋巴瘤中SR-A的表达与B细胞淋巴瘤和炎症中SR-A的表达均有显著差异（P〈0．001）。结论 SR-A可能在鼻NK／T细胞淋巴瘤的诊断及鉴别诊断中有一定的参考价值。     

不结球白菜Ty1-copia类逆转座子序列的克隆及表达

参照Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,分别从10个不结球白菜(Brassica campestris ssp.chinensis)品种的全基因组中均扩增出260 bp左右的目标条带. 将目的条带回收、克隆和测序后进行分析,DNAstar分析发现,这些序列存在高度的异质性,28个核苷酸序列变化范围为224～278 bp,同源性范围为16.7%～83.0%.28条序列通过核苷酸聚类分为8个家族.推导氨基酸序列有移框突变、终止子突变或二者兼有;与已登录的不同物种同一类型逆转录酶氨基酸系统进化树分析表明,不结球白菜Ty1-copia类逆转座子与芥菜型油菜、拟南芥、芜菁、甜菜可能有共同的起源.半定量和实时定量PCR检测表明,水杨酸(salicylic acid)和Peronospora parasitica均能激活不结球白菜Ty1-copia类逆转座子,逆转座子在不结球白菜叶片中的表达特征说明它可能参与寄主对病原菌的抗性.     

大肠埃希菌感染小鼠外周血中性粒细胞与 淋巴细胞比值的动态变化

目的通过观察大肠埃希菌感染小鼠模型不同时间段外周血中,中性粒细胞与淋巴细胞比值的动态变化,分析外周血中中性粒细胞/淋巴细胞比值与大肠埃希菌感染炎症程度的关系,以及中性粒细胞与淋巴细胞在大肠埃希菌感染时的可能作用机制。方法将麦氏浊度为2.73约为1×109CFU/m L大肠埃希菌通过尾静脉注射建立ICR小鼠感染模型44只、空白对照4只及阴性对照4只。实验组按1、3、6、12、24、48、72、96、120、144和168 h,共11个时间段,每次取4只小鼠,抽取外周血800μL,利用SYSMEX2100检查白细胞总数、中性粒细胞计数、淋巴细胞计数、中性粒细胞/淋巴细胞比值变化情况。结果大肠埃希菌ICR小鼠感染组1~24 h白细胞总数比对照组降低(0.01P0.05),第2天时与对照组比较差异无统计学意义,第3天至第7天白细胞总数比对照组高且差异有统计学意义(P0.01),并在第7天时略有回落;感染组中性粒细胞计数值在感染12 h到第7天比对照组高,差异有统计学意义;中性粒细胞/淋巴细胞比值对照组为0.06±0.03,感染1 h为0.07±0.04,与对照组比较差异无统计学意义(P0.05),3 h、6 h两组与对照组比较差异有统计学意义(0.01P0.05),12 h开始到第7天感染组与对照组比较差异有统计学意义,且第7天时为最高值(1.52±0.38)。结论中性粒细胞/淋巴细胞比值,比白细胞总数计数、中性粒细胞计数在大肠埃希ICR小鼠感染模型组中判断小鼠感染状况敏感,中性粒细胞/淋巴细胞比值结合白细胞总数计数、中性粒细胞计数能为临床大肠埃希菌感染的状况提供更灵敏的诊断参考数据,且易在临床推广。     

基质金属蛋白酶-2/9敏感型可跨膜融合抗氧化酶的表达、纯化和表征北大核心CSCD

融合了跨膜肽的抗氧化酶可进入细胞,保护细胞免受放射损伤。然而跨膜肽的跨膜能力没有靶向性,其也可把抗氧化酶带入肿瘤细胞进而保护肿瘤细胞,降低放疗的效果。为此,根据多数肿瘤细胞微环境中存在活性基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMP)-2或MMP-9的特点,在细胞跨膜肽R9与人铜、锌超氧化物歧化酶(superoxide dismutase 1,SOD1)和谷胱甘肽S-转移酶(glutathione S-transferase,GST)之间融合MMP-2/9的底物肽X,设计了融合蛋白GST-SOD1-X-R9。该蛋白在肿瘤微环境中可因MMP-2/9酶切底物肽X而失去跨膜肽,从而无法进入肿瘤细胞,进而只能进入正常细胞。全基因合成SOD1-X-R9序列,并将其插入原核表达载体pGEX-4T-1中,得到表达质粒,并实现了GST-SOD1-X-R9融合蛋白的可溶表达。GST-SOD1-X-R9经硫酸铵沉淀和GST亲和层析纯化,分子量约为47 kDa,与理论值一致。纯化的融合蛋白的SOD活性和GST活性分别为2954 U/mg和328 U/mg。GST-SOD1-X-R9的SOD活性或GST活性在生理条件下几乎没有变化。该融合蛋白在溶液中可被胶原酶Ⅳ部分水解。分别建立了2D和3D培养的HepG2细胞模型来检验肿瘤微环境中的MMP-2活力对该蛋白跨膜能力的影响。在2D培养模型中,HepG2的MMP-2活力极低,但在3D培养模型中,随着培养时间的增加,HepG2肿瘤球的体积变大,其胞外MMP-2活力也随之增强。GST-SOD1-X-R9在2D培养的HepG2细胞中具有和GST-SOD1-R9蛋白一样的跨膜效率,但在3D培养的HepG2细胞球中的跨膜能力大大降低。本研究为后续深入研究GST-SOD1-X-R9靶向防护正常细胞的氧化损伤效应奠定了基础。     

基于Oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集Oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]Oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P<0.05)。NCBI/GEO Profiles数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。