番茄 DEAD-box RNA 解旋酶基因 SlDEAH1 的克隆及表达分析简

DEAD-box RNA解旋酶是一种特殊的RNA分子伴侣,参与了RNA代谢,包括前体RNA剪接、核糖体合成、RNA降解以及基因表达,并对植物的发育和抗性等也具有重要作用。根据已报道的拟南芥DEAD-box蛋白,通过同源比对,在NCBI据库中筛选得到一个DEAD-box RNA解旋酶同源蛋白,命名为SlDEAH1,并根据其基因序列设计特异引物,应用RT-PCR方法从野生型番茄（Solanum lycopersicum）AC⁺⁺中克隆得到了该基因的全长编码区序列。利用生物学网站、软件及实时荧光定量PCR方法,对其进行生物信息学、表达模式、胁迫及激素处理分析。结果表明：SlDEAH1包括2 073 bp的开放阅读框,编码690个氨基酸残基,其编码蛋白有9个保守结构基序,其所涉及到的ATP结合、ATP水解及RNA结合等功能对于解旋酶活性是至关重要的;表达模式分析表明SlDEAH1基因可能在野生型番茄萼片、叶片发育及果实成熟方面起到重要作用;高温、低温、脱水、伤害、盐胁迫不同程度的诱导了SlDEAH1的表达,但在根中该基因的表达受盐胁迫抑制;ABA、ACC、IAA、GA₃、MeJA和ZT均不同程度诱导了SlDEAH1的表达,其中ABA诱导效应最为明显。这些结果为进一步研究SlDEAH1在番茄发育和胁迫响应中的功能奠定了基础。     

基于免疫磁分离的三重荧光定量PCR检测食品中沙门氏菌、志贺氏菌和金黄色葡萄球菌

【目的】开发一种同时对食品中沙门氏菌、志贺氏菌和金黄色葡萄球菌快速、灵敏、准确的检测方法。【方法】利用特异性免疫磁球,在37°C条件下从250 m L猪肉增菌液体系中边富集边循环捕获目标菌。快速提取DNA后,利用特异性的引物与探针,对3种食源性致病菌进行三重荧光定量PCR检测。【结果】针对沙门氏菌、志贺氏菌和金黄色葡萄球菌的检测限分别达到2.0、6.8和9.6 CFU/g。方法总体灵敏度、特异性和准确度达到99.2%、100%及99.5%。对151份实际样品进行检测,与国标(GB/T 4789.4-2010、GB 4789.5-2012和GB/T4789.10-2010)方法的检测结果相比,金黄色葡萄球菌有一例阴性偏差。【结论】开发的基于免疫磁分离的三重荧光定量PCR方法,能够在8 h内完成对食品中3种致病菌检测,并且灵敏度高、特异性好、检测准确,可以作为快速应对此类食品安全突发事件的检测手段。     

香菇dsRNA病毒LeV的RT-PCR检测

香菇病毒HKB(Lentinula edodes mycovirus HKB,LeV)是一种具有潜隐性特点的真菌病毒,广泛存在于香菇菌株中。为了快速、准确地检测出LeV,根据LeV病毒基因组序列(AB.429556.2)的信息,设计合成一对引物,对25个香菇菌株进行RTPCR检测,在20个香菇菌株中分别扩增出LeV病毒基因组特有的条带,在5个香菇菌株中未能扩增出条带。通过对25个香菇菌株进行dsRNA提取检测,结果也表明不存在扩增片段的菌株提取不到dsRNA,存在扩增片段的菌株能够提取得到dsRNA。因此建立的RT-PCR方法可以快速检测到香菇dsRNA病毒LeV,能够对香菇的质量检测提供技术支持。     

产NDM-5大肠埃希菌的鉴定及特征分析

对分离自血液标本的1株碳青霉烯类耐药大肠埃希菌(Escherichia coli)SCNJ06进行特征分析,以期为临床耐药菌株感染的防治提供理论参考。采用全基因组测序以及生物信息学分析,该菌株属于序列型167(ST167),含有11种耐药基因,分别是rmtB、aph(3″)-Ib、aph(6)-Id、bla_(NDM-5)、bla_(TEM-1B)、bla_(CTX-M-55)、fosA3、floR、sul2、tet(A)和mdf(A)。其中,bla_(NDM-5)位于IncX3型质粒pNDM5_SCNJ06上,mdf(A)位于染色体上,其余耐药基因位于IncFII型质粒prmtB_SCNJ06上。接合试验显示,pNDM5_SCNJ06和prmtB_SCNJ06均能够发生接合转移。应加强抗菌药物临床应用管理和医院感染防控措施,重视细菌耐药监测工作。     

用磁性分离RNA直接进行逆转录PCR

逆转录PCR(RT-PCR)技术是将提取的IRNA先逆转录为cDNA,然后再对该cDNA进行PCR扩增。该技术不仅可用于各种内源及外源性正常及异常RNA的分析或检测,而且还常用于cDNA文库的构建及特定基因的制备。RT-PCR所用RNA模板一般是未经纯化的总RNA,若RNA模板含量较低便难以     

基于质谱技术筛选差异表达蛋白的统计学策略研究进展

随着质谱技术的快速发展,蛋白质组学已成为继基因组学、转录组学之后的又一研究热点,寻找可靠的差异表达蛋白对于生物标记物的发现至关重要.因此,如何准确、灵敏地筛选出差异蛋白已成为基于质谱的定量蛋白质组学的主要研究内容之一.目前,针对该问题的研究方法众多,但这些方法策略的适用范围不尽相同.总体来说,基于质谱技术筛选差异蛋白的统计学策略可以分为3类:基于经典统计学派的策略、基于贝叶斯学派的统计检验策略和其他策略,这3类方法有各自的应用范围、特点及不足.此外,筛选过程还将产生部分假阳性结果,可以采用其他方法对差异表达蛋白的质量进行控制,以提高统计检验结果的可靠性.     

PCR技术检测单核细胞增生李斯特氏菌研究进展

单核细胞增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)是危害公共卫生和食品行业的一种重要人畜共患病致病菌.PCR技术是近年来被广泛地运用到食源性致病菌快速检测的分子生物学方法之一.就PCR技术检测单核细胞增生李斯特氏菌中的特异性鉴别基因、模板DNA制备等关键因素及多重PCR、巢式PCR、反转录PCR与定量PCR等主要技术进行了综述.     

人源μ型阿片受体与激动剂慢性作用介导的cAMP上调作用研究

μ型阿片受体是阿片类药物镇痛与成瘾的分子基础。从人脑组织总RNA通过RT-PCR法扩增获得μ型阿片受体的cDNA,将其克隆至pcDNA3．1( )中,转染CHO细胞后筛选单克隆细胞株,检测重组细胞株表达的μ型阿片受体与激动剂慢性作用介导的胞内信号转导能力。通过激动剂慢性作用信号转导分析证实,DAMGO能够明显抑制吗啡慢性给药引起的重组细胞株胞内cAMP水平的上调作用,初步揭示了阿片受体与特异性配体相互作用的信号转导机制。     

细菌多重耐药性的转移与基因盒-整合子系统

细菌的多重耐药已成为临床治疗的难题,近年来耐药基因转移的新机制与基因盒-整合子系统密切相关。本文就该系统的发展历史、整合子的结构与分类、基因盒的种类与表达、基因盒．整合子的检测方法及其多重耐药性传递的相关性作一全面阐述。