SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测

通过对有关SARS—Cov文献的调研,指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗,对SARS—CoV(BJ01)重新进行了基因预测和功能推测。比较12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣,选用Heuristic models、Gene Identification、ZCURVE—CoV和ORF FINDER4种较好的方法来预测基因,然后运用AT—Gpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则,同时搜索转录调控序列,以提高基因预测的准确性。共预测出34个ORF,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的13个,得到21个大于50个氨基酸的可能新基因。对于预测出的蛋白质,运用ProtParam分析它们的物理化学特征,用SignaIP分析蛋白是否有信号肽,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体,以提高基因功能推测的可靠性。根据4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别,将21个可能的新基因按出现可能性分为4类。同时对结果进行了讨论。     

基于深度最大输出网络的抗体种型特异性B细胞表位预测

B细胞表位研究有助于肽段疫苗研制,抗体研制以及疾病诊断和治疗研究.不同的B细胞表位诱导免疫系统产生不同的抗体种型,探索研究能够诱导特异性抗体产生的B细胞表位具有重要意义.基于二肽组成特征,利用深度最大输出网络算法训练构建三个二类分类器,分别对应诱导三种不同特异性抗体的B细胞表位,即IgA表位,IgE表位以及IgG表位.通过五折交叉验证训练和测试这三个分类器,获得AUC的值分别为0.78,0.93以及0.78.IgA表位和IgE表位分类器的预测能力优于其它IgA表位和IgE表位分类器,IgG表位分类器和其它IgG表位分类器的预测能力相当.     

2500例脑血管意外预测的结果分析

脑血管意外又叫中风,是中老年人多发病。死亡率和致残率极高,严重危害中老年人健康。我科从88年以来,采用无锡石塘湾医疗电子仪器厂生产的,血液流变学系列仪器,根据临床上18个危险因子和血液流变学多项指标及血三脂检查数值,对2500例患者及表面健康者开展了中风预测,结果显示:脑溢血后遗症阳性率>高血压,脑血栓>高血压、冠心病>脑血管供血不足>其它疾病。充分说明脑血管意外的疾病其阳性率明显大于其它组,中风预测及时发现和检出危险因子,为探讨其临床工作中的应用价值,现将结果分析如下:     

应用化学基因组信息预测小分子化合物的潜在生物靶标的理论方法

在后基因组时代,化学基因组技术在药物作用靶点的确认、小分子化合物对通路的作用,以及小分子先导化合物的识别等方面都有着广泛的应用,为新药研发提供了新的技术方法。本文主要介绍了当前几种基于化学基因组信息来预测小分子化合物潜在生物靶标的理论方法（包括化学相似性搜索方法、反向分子对接方法、数据挖掘方法以及生物活性谱图分析方法）,并分析了这些方法的优缺点以及应用前景。     

1 830例女性阴道炎患者阴道微生态调查

目的 调查分析本地区阴道炎患者的阴道微生态状况。方法 回顾性分析我院2017年1月至2017年12月妇科门诊就诊的1 830例阴道炎患者阴道菌群分布,并探讨阴道菌群分布与年龄、季节以及复发性阴道炎之间的关系。结果 1 830例患者中菌群正常者547例（29.89%）,细菌性阴道病（BV）319例（17.43%）,阴道假丝酵母菌病（VVC）331例（18.09%）,滴虫性阴道炎（TV）13例（0.71%）,混合性阴道炎（MCVI）94例（5.14%）。共有90例（4.92%）患者在治疗后复发,混合感染者复发率最高（10.64%）。阴道菌群异常者的年龄主要集中于30~40岁（73.00%）和41~50岁（76.06%）,混合性阴道炎、VVC和BV主要集中于30~40岁和41~50岁的患者。秋冬季患者菌群异常的检出率高于春夏季,春季BV检出率最高,秋季VVC和菌群抑制检出率最高。结论 阴道炎患者阴道菌群分布既可表现为正常,也可表现为失调状态,其中混合性阴道炎最容易复发不同年龄段,不同季节患者阴道菌群分布不同。     

MicroRNAs研究进展

MicroRNAs是一组21-25 nt长的非编码蛋白质的短序列RNA,能通过碱基配对与mRNA分子的3′非翻译区相结合来降解mRNA或抑制靶基因的翻译。MicroRNAs的主要功能是调控基因的表达,在生物体的生长、发育及疾病发生中扮演着重要的角色。最初绝大多数microRNA都是通过大量的克隆和测序发现的,信息学只用来验证克隆的序列是否具有发夹结构,然而这些方法无法检测低丰度或组织特异性的microRNAs。目前依赖计算机的精密的microRNAs预测技术和有效的生物学鉴定技术在mi- croRNAs的识别及其功能的阐明方面起着极其重要的作用。本文主要对microRNAs的生物信息学预测及鉴定技术进行综述。     

火棘不同组织内生细菌群落多样性

为了解火棘不同组织内生细菌群落多样性,该研究采用高通量测序技术对火棘内生细菌16S rRNA V5～V7可变区进行测序,分析火棘不同组织部位内生细菌群落多样性。结果表明:(1)从火棘根、茎、叶组织中共获得内生细菌OTU 1 818个,其中根部754个,茎部 308 个,叶部756个,三者共有 OTU 152 个。(2)物种分类显示,不同火棘组织内生细菌具有丰富的群落多样性,火棘根部内生细菌种类隶属于23门53纲137目216科373属557种,其中异样根瘤菌属(Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium)和链霉菌属(Streptomyces)为优势属,其相对丰度分别为 10.57%和 8.00%; 茎部内生细菌种类隶属于21门32纲76目126科204属270种,其中马赛菌属(Massilia)和未知分类的丛毛单胞菌科属(unclassified_f_Comamonadaceae)为优势属,其相对丰度分别为31.10%和12.82%; 叶部内生细菌种类隶属于21门52纲130目210科380属581种,其中土芽孢杆菌属(Geobacillus)和假单胞菌属(Pseudomonas)为优势属,其相对丰度分别为12.31%和9.84%。(3)PICRUSt功能预测表明,根部内生细菌物种最丰富,参与各种代谢调控的细菌丰度最高。该研究结果为进一步探讨植物内生细菌功能,挖掘新的有益微生物资源提供了参考。     

稻秆蝇预测预报方法

稻秆蝇ChloropsoryzaeMatsumura,又名稻黄潜秆蝇、稻秆潜蝇,是我县中、高山区新上升的水稻害虫,一年发生3代,1～2此为害水稻。全县水稻受害国积约15万亩,受害平均损失率4.9%,重的达14%以上。大田防治为降低成本,提高防治效果,用甲胺磷等农药取代味哺月,必须掌握在卵孵化盛期内施药,时间性极强。为了有效地指导防治,几年来我们应用以下几种方法进行幼虫发生期预测预报,收到了较抒的效果。1肾饲养法据田间调查,稻拜蝇幼虫侵入寄生后一般不转株,l～2代发生比较整齐,化蛹期内,凡被害水稻一般也可剥查到蛹。蛹在饲养中发育较稳定…     

早期复发性流产患者血浆维生素D水平及其与D-二聚体的相关性研究

目的：检测复发性流产（RSA）患者血清维生素 D（维生素D）水平并探讨其与D 二聚体（D DI）表达的相关性。 方法：回顾性分析179例（包括对照组 49 例、RSA组65例及不孕组65例）患者血浆总维生素D水平和D DI水平。结果：RSA组和不孕组患者血浆维生素D水平低于对照组,差异有统计学意义（P＜0.05）,但RSA组和不孕组两组患者间维生素D水平无显著性差异。RSA组血浆D DI水平显著高于不孕组及对照组（P＜0.05）;RSA组维生素D水平与D DI呈负相关,但无统计学意义。结论：RSA 患者及不孕患者中维生素D不足的比例较高;RSA组维生素D水平不足及其与之相关的血浆D DI增高倾向,可能参与早期复发性流产的发生。     

复发性外阴阴道念珠菌病的免疫学研究新进展

<正>1复发性外阴阴道念珠菌病的概况复发性外阴阴道念珠菌病（recurrent vulvovaginal candidiasis,RVVC）是指一年内有症状并经真菌学证实的外阴阴道念珠菌病（vulvovaginal candidiasis,VVC）发作4次或以上者[1]。Blostein[2]等对7个国家RVVC新患病例数展开调查,发现RVVC的发病率居于14%～28%（平均23%）。RVVC的高发病率说明RVVC是一种常见病。有些患者无明显易感因素却反复发作,RVVC严重影响了患者的生活质量、心理健康和性生活[3],RVVC患者躯体功能、角色生理、躯体疼痛、一般健康、活力、社会功能、角色情绪、心理健康SF-36维度的平均分值显著低于对照组,RVVC患者的生理、心理综合评分均明显低于对照组（P<0.05）[4]。RVVC不仅给患者带来精神、心理压力,也给社会增加了经济负担。故我们需要重视RVVC的防治,积极寻找RVVC的危险因素。