支持向量机方法预测蛋白质结构中的二硫键

在蛋白质结构预测的研究中,一个重要的问题就是正确预测二硫键的连接,二硫键的准确预测可以减少蛋白质构像的搜索空间,有利于蛋白质3D结构的预测,本文将预测二硫键的连接问题转化成对连接模式的分类问题,并成功地将支持向量机方法引入到预测工作中。通过对半胱氨酸局域序列连接模式的分类预测,可以由蛋白质的一级结构序列预测该蛋白质的二硫键的连接。结果表明蛋白质的二硫键的连接与半胱氨酸局域序列连接模式有重要联系,应用支持向量机方法对蛋白质结构的二硫键预测取得了良好的结果。     

血红蛋白水平对慢性阻塞性肺疾病患者院内死亡的临床预测价值

目的:在明确贫血对慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者产生不良预后的前提下,进一步探讨贫血时的血红蛋白水平对COPD患者器官和功能的影响,以利于对COPD合并贫血的患者进行干预提供临床数据。方法:我们回顾性的研究了北京地区三个三级甲等医院4960例住院COPD患者血红蛋白水平对COPD患者的存活的预测价值。结果:①在4960例COPD患者中,血红蛋白<110 g/L的COPD患者为1009例,1009/4960,占20.34%;②肺栓塞、充血性心力衰竭和慢性肾功能衰竭的患病比例在Hb水平<110 g/L和≥110 g/L的COPD患者组有显著差异(P<0.05),其它临床基线特征无显著性差异(P>0.05);③年龄、吸烟、呼吸衰竭、缺血性心脏病、肺原性心脏病、充血性心力衰竭、房颤、肺栓塞、急性肾功能不全、慢性肾功能不全、PaCO2、PaO2和Hb水平在存活与死亡两组之间均有显著性差异(P<0.01);④逐步筛选变量法多因素非条件Logistic回归结果显示,除肺栓塞、PaCO2和房颤与死亡的相关性无统计学差异外(P>0.05),年龄、吸烟史、Hb水平、PaO2、呼吸衰竭、慢性肾功能衰竭、急性肾功能衰竭、肺源性心脏病、充血性心力衰竭和缺血性心脏病均与死亡密切相关(均P<0.05);⑤血红蛋白水平与死亡密切相关(P<0.01)。结论:低血红蛋白水平(<110 g/L)与死亡密切相关,可以作为预测院内死亡的危险因子之一。     

第三代二化螟(兼性滞育)成虫发生期的预测探讨

<正> 三化螟Tryporyza incertulis(Walker)是水稻主要害虫之一。在我县一年发生3～4代,第三代部分幼虫滞育越冬,形成局部的下一世代。目前对三化螟成虫发生期的中短期预测多采用分龄分级推算法,即根据田间调查幼虫、蛹发育进度(分龄、分级),统计各龄、级虫数占调查总虫数的百分率,然后从最高发育期(蛹壳)向下依次逐级(龄)累加百分率,以调查日期加上累加百分率达16％、50％、84％的蛹级(或虫龄)的相应历期(不足部分从下级蛹或虫龄取出补足),推算出成虫羽化始盛、高峰和盛末期。这种预测方法,是以当代幼虫全部能转化为蛹并羽化为依据的。在本地,用此法预测越冬代及     

血清NSE、SCCA及CEA在肺癌早期诊断和预后预测中的应用价值研究

目的:研究血清神经元特异性烯醇化酶(NSE)、鳞状细胞癌抗原(SCCA)及癌胚抗原(CEA)在肺癌早期诊断和预后预测中的应用价值。方法:选择我院2013年1月~2017年1月收治的110例肺癌患者(肺癌组)及同期96例肺部良性疾病患者(肺良性病组)和85例门诊健康体检者(对照组)。比较各组血清NSE、SCCA及CEA水平,采用受试者工作特征(ROC)曲线分析以上指标对肺癌的诊断价值。结果:肺癌组血清NSE、SCCA、CEA水平高于肺良性病组及对照组,肺良性病组血清NSE、SCCA、CEA水平高于对照组(P<0.05)。肺癌Ⅲ+Ⅳ组血清NSE、SCCA及CEA水平高于Ⅰ+Ⅱ组(P<0.05)。小细胞肺癌组血清NSE水平高于鳞癌组、腺癌组,鳞癌组血清SCCA水平高于腺癌组及小细胞肺癌组,腺癌组血清CEA水平高于鳞癌组及小细胞肺癌组(P<0.05)。NSE<16.0μg/L者平均无疾病进展生存期(PFS)长于NSE≥16.0μg/L,SCCA<1.5μg/L者平均PFS长于SCCA≥1.5μg/L,CEA<5.0μg/L平均PFS长于CEA≥5.0μg/L(P<0.05)。NSE、SCCA和CEA及三者联合诊断肺癌的ROC曲线下面积分别为0.880、0.651、0.830及0.937,NSE+SCCA+CEA联合诊断的曲线下面积高于单个指标单独诊断(P<0.05)。结论:血清NSE、SCCA及CEA对肺癌的诊断有重要的参考价值,且有利于肺癌的分期、分型及预后评价。     

样地数量对气候变化背景下树种分布预测的影响

基于不同景观破碎化程度下的中性景观,探讨了气候变化背景下样地数量对景观尺度树种分布预测的影响.采用模型耦合的方法进行树种分布预测,设置了3个样地数量预案与1个参考预案.分别在每一破碎化程度下检验3种样地数量预案的预测结果与参考预案之间的差异.结果表明:样地数量会影响树种分布预测结果,具有不同生活史属性的树种对样地数量的需求不同,对普适性树种进行分布预测需要的样地数量较多;除极度特异种外,景观的破碎化程度也会影响样地数量对树种分布预测的影响;随着模拟时间的增加,样地数量对景观尺度树种分布预测的作用会发生变化,对于一些普适种树种来说,长期模拟需要较多的样地.     

不明原因复发性自然流产夫妇MTHFR C677T位点多态性分析

目的：分析不明原因复发性自然流产（URSA）夫妇与亚甲基四氢叶酸还原酶基因C677T（MTHFR C677T）位点多态性的关 联性研究。方法：采用聚合酶链式反应- 限制性片段长度多态性( PCR-RFLP)对URSA 组和对照组各50 对夫妇的外周血进行 MTHFR C677T 的位点多态性进行检测分析。结果：URSA 组MTHFR 基因677 位点的T/T、C/T+T/T 基因型的发生频率显著高于 对照组,差异具有统计学意义(P<0.05),而对照组MTHFR 基因677 位点的C/C 基因型发生频率显著高于URSA 组（P<0.05）,两 组MTHFR 基因677 位点的C/T 基因型比较无明显差异（P>0.05)。另外URSA 组等位基因T 明显高于C 的频率,且URSA 组等 位基因T 发生频率显著高于对照组,对照组等位基因C 发生频率显著高于USRA 组,差异均具有统计学意义（P<0.05）。结论： MTHFR C677T 位点的多态性与URSA 的发生密切相关,是该病的重要遗传风险因素。     

基于三类特征融合的O-糖基化位点预测

糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ~2-pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ~2-pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.     

植物炭疽病真菌金属硫蛋白的三级结构预测

根据实验测定的Ⅰ类金属硫蛋白(metallothionein, MT)三级结构的实验数据,给出该类蛋白质的两种特征结构(CXC、CXXC一级结构,半胱氨酸-金属络合簇三级结构)的原子间距离约束条件,然后运用距离几何算法计算出一系列可能的构象.从这些构象中经统计分析筛选出目标函数值显著较小的结构作为所预测蛋白质的三级结构模型.用已知结构的蓝蟹MT对方法进行检验证实其可行性后,对植物炭疽病真菌金属硫蛋白CAP3进行了三级结构预测.     

以小时为步长的大兴安岭典型林分地表死可燃物含水率模型预测及外推精度

地表死可燃物含水率是火险天气和火行为预报中的重要指标.本研究基于时滞平衡含水率法(Nelson和Simard方法)及气象要素回归方法,于2010年9—10月对黑龙江省大兴安岭地区盘古林场不同郁闭度的山杨-白桦混交林、红皮云杉纯林,以及采伐迹地(原1∶1樟子松-白桦混交林)地表死可燃物含水率进行以小时为步长的连续测定,建立其预测模型,得到预测误差,并使用相应的模型对其他林分地表死可燃物含水率进行外推精度分析.结果表明:采用Nelson平衡含水率法构建的地表死可燃物含水率变化模型的平均绝对误差、平均相对误差和均方误差根(0.0154、0.104和0.0226)低于Simard法(0.0185、0.117和0.0256)和气象要素回归法(0.0222、0.150和0.0331).在外推效果方面,气象要素回归法的平均绝对误差、平均相对误差和均方误差根(0.0410、0.0300和0.0740)低于Simard法(0.610、0.492和0.846),但前两者均高于Nelson法(0.034、0.021和0.0660),说明以小时为步长的时滞平衡含水率法,尤其是Nelson法适用于大兴安岭地区所测林分.外推虽不能降低误差,但有助于提高现有模型应用至不同林分条件或大尺度范围内的地表死可燃物含水率预测精度和利用率.模型建模和外推误差与不同树种和郁闭度条件差异有关,研究时应根据不同林分和地点选择合适的平衡含水率模型.