一株小鼠诺如病毒的分离和鉴定及全基因组序列分析

小鼠诺如病毒(Murine norovirus,MNV)属于杯状病毒科诺如病毒属成员,是2003年新发现的感染实验小鼠的病毒,也是目前已知的小鼠病毒中感染率最高的一种病毒。本研究利用RAW264.7细胞从MNV感染小鼠的盲肠内容物中进行病毒分离,采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法、病毒空斑试验、TCID50试验、电镜观察、间接免疫荧光试验和测序分析等方法对分离到的病毒进行鉴定,结果显示RAW264.7细胞接毒24~48h后出现明显的细胞病变,表现为细胞圆缩、变亮、聚集,最后大部分细胞死亡脱落。分离株在RAW264.7细胞上传代至第2~3代时可出现稳定的细胞病变。经病毒空斑试验获得一株纯化病毒,病毒滴度TCID50为105.25/0.1mL。电镜观察可见明显的病毒颗粒,颗粒呈球形,无囊膜,直径约30~35nm。分离株经鉴定后命名为MNV Guangzhou/K162/09/CHN。采用RT-PCR技术分段扩增基因组开放阅读框(ORF),同时应用3′-RACE和5′-RACE技术扩增基因组的3′-UTR和5′-UTR,分别对扩增片段进行克隆和测序,经拼接后获得分离株全基因组序列。结果显示分离株基因组序列全长7 380个核苷酸(GenBank登录号:HQ317203),将分离株全基因组序列与GenBank登录的国外参考毒株进行同源性比较,结果表明该毒株与其他MNV分离株核苷酸同源性为87.4%~89.7%。基于VP1蛋白核苷酸序列绘制MNV毒株系统发生进化树,结果表明该分离株与来自日本(S7-P2和S7-PP3)、美国(CR3和CR18)、韩国(K4)和德国(Berlin/04/06/DE和Berlin/05/06/DE)的毒株进化距离较近,同属一个进化分支。本研究是国内首次对MNV病毒进行分离鉴定和全基因组序列分析的报道。     

土地利用变化对土壤真菌群落结构的影响

应用PCR-RFLP和测序分析对川西亚高山米亚罗林区不同土地利用类型的土壤真菌18S rDNA基因进行了多样性和系统发育研究,探讨了土地利用变化对土壤真菌群落结构的影响。在20a龄云杉(Picea likiandensis var balfourianan)人工林和菜地两种类型土壤中,共得到238个阳性克隆,限制性内切酶MspI和RsaI进行RFLP分析后得到56个不同的分类操作单元(OTUs),其中20a龄云杉人工林样地获得137个阳性克隆和37个OTUs,而菜地样地获得101个阳性克隆和19个OTUs。在两类样地中具有不同的优势种群,其中20a龄云杉人工林样地有1个明显优势种群,占总克隆数的20.4%;菜地样地有2个明显优势种群,分别占总克隆数的25.7%和21.8%。对14个克隆进行了序列测定,序列的相似性在86%~99%之间,与GenBank数据库中的序列进行比对,与已知序列的相似性在92%~100%之间。系统发育分析表明,所有的18SrDNA基因被分为3个主要的簇,其中20a龄云杉人工林样地的克隆都聚集在第一和第三簇中,而菜地样地的克隆都聚集在第二簇中。结果说明,两类土壤中具有较为丰富的真菌多样性,而土地利用变化引起了土壤真菌群落结构的明显变化。     

湖北省三品种猪27个微卫星座位的遗传变异

采用国际动物遗传学会（ISAG）和联合国粮农组织（FAO）共同推荐的27个微卫星标记,对湖北省3个主要地方猪种（通城猪、清平猪和阳新猪）的遗传变异进行了检测。计算出各个品种的基因杂合度、各个座位的多态信息含量及品种间的遗传距离。结果表明,3个地方猪种的平均基因杂合度分别为0.7489、0.6987和0.6273,遗传多样性比较丰富;通城猪和清平猪亲缘关系较近,而两者与阳新猪亲缘关系略远。     

我国落叶松林生物量碳计量参数的初步研究

通过整理归纳落叶松(Larix)天然林和人工林的生物量文献数据,研究探讨了有关生物量碳计量参数,结果表明:1) 落叶松生物量转化与扩展因子(Biomass conversion and expansion factor, BCEF)的平均值为0.683 4 Mg·m^-3 (n=113, SD=0.355 1),其中天然林为0.555 1 Mg·m^-3 (n=56, SD=0.058 2),明显小于人工林的0.809 5 Mg·m^-3 (n=57, SD=0.465 0)(p<0.05);生物量扩展因子(Biomass expansion factor,BEF)的平均值为1.349 3 (n=134, SD=0.384 4),其中天然林为1.176 3 (n=63, SD=0.039 9),也明显小于人工林的1.502 9 (n=71, SD=0.478 0)(p<0.05)。天然林与人工林的BCEF和BEF随林龄(Stand age, A)、平均胸径(Diameter at breast height, DBH)和林分密度(Stand density, D)的增加呈现相反的变化趋势。天然林的BCEF和BEF随A和DBH的增加而增加,随D的增加而呈降低趋势。人工林随A和DBH的增加呈指数降低并趋于稳定值,随D的增加而呈增加趋势。2) 根茎比(Root∶shoot ratio,R)的平均值为0.245 6 (n=156, SD=0.092 6),其中天然林为0.237 6 (n=64, SD=0.061 8)),人工林为0.251 1 (n=92, SD=0.109 0),二者无明显差异(p<0.05)。天然林的R随A和DBH的增加分别呈明显的指数和幂函数增加,而随D的增加呈幂函数下降,而人工林的R与A、DBH和D没有显著相关性(p<0.05)。3) 群落生物量扩展因子(Community biomass expansion factor,CBEF)的平均值为1.079 2 (n=49, SD=0.100 5),其中天然林为1.103 9 (n=29, SD=0.114 9),明显大于人工林的1.043 4 (n=20, SD=0.061 4) (p<0.05)。由于天然林和人工林的某些碳计量参数(如BCEF、BEF、CBEF)间存在明显差异,在进行落叶松林生物量碳计量时需分别天然林和人工林计算,在使用有关参数时还需考虑A、DBH和D等因素,有利于降低计量中的不确定性。但是人工林的有些参数(如人工林BCEF和BEF与D的关系、天然林和人工林的CBEF等)尚需进一步研究。     

影响侧脑室脑膜瘤手术疗效的多因素分析

目的：探讨影响侧脑室脑膜瘤手术疗效的因素,从而更好的促进侧脑室脑膜瘤的手术治疗。方法：回顾性分析侧脑室脑膜瘤显微手术30例的临床病理特征与顸后情况,其中KPS〉70分表示为预后良好,KP懿70分表示为预后不良。对各性别、年龄、部位、肿瘤大小、病理分型及术后有无并发症因素与预后进行χ^2检验与用Logistic回归分析其影响因素。结果：单因素分析表明肿瘤部位、病理分型及术后有无并发症对侧脑室脑膜瘤的预后有明显影响,P〈0．05,差异有统计学意义。经Logistic回归分析,最终进入模型的影响因素有2个,它们分别是肿瘤部位和术后有无并发症,其P值均小于0．05。结论：在显微手术下,侧脑室脑膜瘤大部分可以全切并取得了较好的远期疗效。肿瘤部位和术后有无并发症是影响预后的一个重要因素,及时处理并发症能显著地改善预后。     

中国壳斗科植物属的空间多样性及差异

该文采用地理信息系统技术,以县为空间数据的基本单元,以壳斗科植物为研究对象,制作属的空间分布图,计算空间相似性系数,分析壳斗科各属的空间多样性及其差异。结果表明,三棱栎属为连续分布,与其他属的空间分布最不相似,其他属均为间断分布,其中锥属、青冈属、柯属空间分布最相似,这3个属的多样化中心均有云南南部,水青冈的多样化中心比前3个属偏北,栎属多样化中心是四川西南部和云南西北部,西北地区东南部是联系南方与北方栎属植物的重要通道。     

林分结构对桂西南蚬木种群天然更新的影响

研究垂直结构(树冠指数、大树比例、小树比例和树高)及密度因素(基面积、乔木密度、灌木密度、灌木盖度和蚬木比例)对桂西南喀斯特山地典型蚬木种群天然更新的影响.结果表明: 群落平均更新密度为1742～3861株·hm^-2,密度相对较低.垂直结构和密度因素对蚬木幼龄植株个体数影响不显著,对地径和株高生长有一定影响.在垂直结构变量中,树冠指数与蚬木幼苗株高呈显著负相关,与幼苗地径的相关性不显著;大树比例和树高与幼苗的地径和株高均呈显著负相关,小树比例与幼苗地径和株高呈显著正相关.在密度变量中,乔木密度与幼苗地径、株高呈显著正相关;蚬木比例与幼苗地径呈显著负相关.多元回归分析显示,林分结构因子与蚬木幼龄植株个体数的拟合较差(P>0.05),蚬木幼苗的数量分布在一定程度上受到垂直结构的综合影响;林分结构因子模型对蚬木幼苗地径和株高的拟合较好(P<0.01),幼苗地径生长主要受乔木密度影响,株高生长主要受乔木密度和基面积的共同影响.     

不同生境中桂花和夹竹桃叶际细菌的群落结构

植物叶际微生物多样性是目前植物-微生物关系研究的热点之一,但影响叶际微生物群落结构的主要因素目前还存在很大争议.本研究以生长在3处生境的桂花和夹竹桃为对象,基于高通量测序技术,分析2种植物叶际细菌的群落结构,探讨影响植物叶际细菌群落结构的主要因素.结果表明:来自3处生境的2种植物叶际细菌多样性无显著差异,构成叶际细菌群落的优势门主要包括放线菌门、拟杆菌门、衣原体门、蓝细菌门、厚壁菌门和变形菌门,优势属主要包括甲基杆菌属、鞘氨醇单胞菌属、薄层杆属、Polaromonas和无毛螺旋体属.植物种类、生境及二者的交互作用均能显著影响叶际细菌群落结构,其中生境的影响最大.     

2000-2012年京津风沙源治理区植被覆盖时空演变特征

植被是陆地生态系统的主体,分析长时期植被覆盖变化,有助于揭示陆地生态环境的演变规律。研究以京津风沙源重点治理区的MODIS02B产品为数据源,通过数据处理获得2000—2012年的NDVI(Normalized difference vegetation index)时序数据集,采用线性趋势分析、标准差、Hurst指数和相关系数等方法,分析京津风沙源重点治理区植被覆盖的时空变化特征及影响因子。结果显示:(1)近13年来,治理区植被覆盖总体呈上升趋势(R2=0.70),2012年NDVI值达最大值0.324,比2000年增加了135.62%。但增加速率和幅度各异:北部干旱区(Bbghq)增加速度最快,浑善达克区(Hsdkq)次之,农牧交错区(Nmjcq)植被变化相对稳定。(2)工程区地表植被覆盖改善区域的面积明显大于退化区域,其中得到改善且通过显著性检验(P=0.10)的区域约占总面积的94.31%;Hurst指数分析表明,工程区植被变化整体呈中强持续性特征,面积合计约占64.48%;综合分析表明,工程区植被变化以良性发展为主,特别是强持续性的退化区和弱持续性的改善区值得关注,二者合计占35.27%。(3)人类活动是京津风沙地区植被覆盖上升的重要驱动因素;自然因素中,降水是控制工程区植被生长的主要因子,温度的影响相对较弱。     

高通量细菌鉴定方法研究进展

高通量细菌鉴定是微生物领域的重要研究课题,对于疾病诊断和环境监测具有重要意义。相比传统的表型鉴定方法,分子遗传学鉴定方法具有稳定性高、检测周期短以及成本较低等特点,成为了主流的鉴定方法。特别是下一代DNA测序技术、核酸分子检测基础上的细菌检测芯片、质谱技术基础上的蛋白质图谱分析为高通量、快速、准确乃至定量的细菌鉴定提供了可行性方案。