甘露聚糖酶的多样性分析

不同来源的甘露聚糖酶在组成、结构形式、理化性质以及催化功能等方面表现出丰富的多样性,其原因主要在于底物多样性的选择、编码基因的差异、翻译后加工修饰的差异以及酶作用微环境的影响,对此进行了综述.     

正电性氨基酸残基K129对细菌视紫红质光循环动力学的影响

光驱动质子泵细菌视紫红质(bacteriorhodopsin, bR)是存在于嗜盐杆菌(Halobacterium salinarum)细胞膜上的一种七-跨膜蛋白,其视黄醛发色团与螺旋F上的赖氨酸216(K216)共价结合形成希夫碱。光激发后,视黄醛由全反式构型向13-顺式构型的异构化驱动蛋白进入光循环,在经历了一系列具有特定紫外吸收的光循环中间态后将质子由胞内泵出到胞外,形成质子梯度差驱动ATP酶合成ATP。荷正电的赖氨酸129(K129)是bR胞外界面上唯一的一个赖氨酸残基,它对胞外侧质子传输半通道氢键网络以及整个光循环的调控作用目前仍不甚明了。为弥补这一研究上的空白,本研究通过基因定点突变技术并结合紫外-可见光吸收光谱、动力学闪光光解光谱、酸碱滴定等手段,通过与重组表达的野生型bR的对比,深入探究不同极性的K129E和K129L突变对bR质子释放基团(proton release complex, PRC)的调制作用以及对整个光循环的影响。研究结果表明,K129作为胞外侧的荷正电性氨基酸残基,对于稳定质子释放基团的电荷和质子传输通道氢键网络具有重要的调控作用,直接影响着bR的光循...     

结合三代测序与二代测序技术揭示蜜蜂球囊菌孢子转录组的复杂性

【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。本研究旨在利用PacBio单分子实时(singlemoleculereal-time,SMRT)测序技术对蜜蜂球囊菌孢子(AaS)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)以及长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)进行鉴定和分析,进而揭示蜜蜂球囊菌孢子中转录组的复杂性。【方法】采用Suppa软件对蜜蜂球囊菌孢子中基因的AS事件进行鉴定。通过RT-PCR对不同类型的AS事件进行验证。采用TAPIS pipeline对蜜蜂球囊菌孢子基因的APA位点进行鉴定。利用MEME软件分析孢子全长转录本的poly(A)剪接位点上游50bp的序列特征并鉴定motif。联用CPC和CNCI软件和比对Swiss-prot数据库的方法预测lncRNA,取三者的交集作为高可信度的lncRNA集合。进一步比较lncRNA和mRNA的转录本长度,外显子数量与长度,内含子长度,GC含...     

长链非编码RNA在神经系统发育及神经性疾病中的作用

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度在200至数千个核苷酸序列,且不具有蛋白质编码潜能的非编码RNA。相较于研究较多的微小RNA（microRNA,miRNA）和干扰小RNA（small interfering,siRNA）等非编码小RNA,lncRNA的许多功能仍尚不清楚。但越来越多的研究发现,lncRNA可通过多种方式调控中枢神经系统发育,包括表观遗传组蛋白甲基化、转录辅因子调控、可变剪接调控等途经。而以上途经的异常均与多种人类重大疾病的发生密切相关,例如,阿尔兹海默症（Alzheimer’s disease,AD）、自闭症（autism spectrum disorder,ASD）、精神分裂症（schizophrenia,SZ）等。本文就lncRNA在表观遗传水平、转录水平、转录后水平和翻译水平上调控神经系统发育以及其在人类神经性疾病中的作用进行综述。     

Sabin2型脊髓灰质炎病毒适应人胚肺二倍体细胞不同代次病毒滴度与5′端非编码区变异关系

脊髓灰质炎病毒(Poliovirus)是一类无包膜单股正链RNA病毒,基因组长约7．5kb。其5′端非编码区由约742个核苷酸长,主要与病毒RNA复制、蛋白翻译起始、病毒颗粒的装配及病毒的细胞适应减毒及神经毒力密切相关。我们研究发现,脊髓灰质炎病毒(Sabin株)在人胚肺二倍体细胞(KME17)上致细胞病变较猴肾细胞慢,病毒产量亦明显低于恒河猴肾细胞培养,国内外也有类似的报道。     

Novel Natural Allelic Variations at the Rht-1 Loci n Wheat

Plant height is an important agronomic trait. Dramatic increase in wheat yield during the ＂green revolution＂ is mainly due to the widespread utilization of the Reduced height （Rht）-1gene. We analyzed the natural allelic variations of three homoeologous loci Rht-A1, Rht-B1, and Rht-D1 in Chinese wheat （Triticum aestivum L.） micro-core collections and the Rht-B1/D1 genotypes in over 1,500 bred cultivars and germplasms using a modified EcoTILLING. We identified six new Rht-A1 allelic variations （Rht-Alb-g）, eight new Rht-B1 allelic variations （Rht-Blh-o）, and six new Rht-D1 allelic variations （Rht-Dle-j）. These allelic variations contain single nucleotide polymorphisms （SNPs） or small insertions and deletions in the coding or uncoding regions, involving two frame-shift mutations and 15 missenses. Of which, Rht-Dle and Rht-Dlh resulted in the loss of interactions of GID1-DELLA-GID2, Rht-Blicould increase plant height. We found that the Rht-Blh contains the same SNPs and 197 bp fragment insertion as reported in Rht-Blc. Further detection of Rht-Blh in Tibet wheat germplasms and wheat relatives indicated that Rht-Blc may originate from Rht-Blh. These results suggest rich genetic diversity at the Rht-1 loci and provide new resources for wheat breeding.     

《自然》：研究阐明控制平顺讲话的神经编码

试着念一下”黑化肥发灰会挥发,灰化肥挥发会发黑”：就在这一瞬间,你身体的许多部位一嘴唇、舌头、下巴与喉咙一刚刚表演了一场复杂的舞蹈。然而,很少有人知道大脑如何协调这些声道运动,从而帮助哪怕是最笨的人也不会被自己的舌头所”绊倒”。     

长链非编码RNA RLM通过影响AMPK的磷酸化调节HepG2细胞中的脂质沉积

长非编码RNAs（long noncoding RNAs,lncRNAs）是一类长度大于200 nt、不能编码蛋白质的RNA分子,可通过AMPK、胰岛素受体等多种信号通路,调节细胞糖脂代谢。本研究发现,HepG2细胞中一条未报道的长链非编码RNA,命名为lnc-RLM（lnc-regulate lipid metabolism）。通过敲低HepG2细胞中lnc RLM,检测细胞中甘油三脂含量及脂质代谢相关调节因子表达量。结果显示,实验组较对照组甘油三酯含量显著升高（P<0.05）;AMPK磷酸化水平显著下调,脂质合成相关因子SREBP 1c和FAS表达量上调;同时,细胞中乙酰辅酶A羧化酶（ACC）活性较对照组显著上调（P<0.05）。在lnc RLM敲低的HepG2细胞中,利用AMPK激动剂（A-769662）作用细胞24 h,结果显示,降低的AMPK磷酸化水平并不会因AMPK激动剂的作用而显著升高。本研究结果说明,HepG2细胞中敲低lnc-RLM表达量,可通过影响AMPK磷酸化水平,调节HepG2细胞中脂质沉积。这为今后研究AMPK活性调节提供新的可能,也为代谢性疾病的治疗提供了新思路。