淀粉酶链霉菌BAC基因组文库的构建及鉴定

提取淀粉酶链霉菌SM33基因组DNA,用Hind III部分酶解后回收40 kb～60 kb大小的高分子量DNA,与质粒载体pIndigoBAC536连接,电击转化EPI300感受态细胞,经蓝白斑筛选共挑取了5 184个白色克隆.从文库中随机挑选10个克隆,酶切检测平均插入片段约为50 kb,覆盖了32.4倍基因组.并且插入片段均具有9～15个Not I酶切位点,符合链霉菌基因组特征.通过对BAC文库的筛选,获得苹果酸脱氢酶基因(mdh)的保守序列,与已知的链霉菌mdh具有很高的相似性.淀粉酶链霉菌BAC基因组文库的建立,对基因克隆、基因组物理图谱、次级代谢途径、新抗生素的发现以及工业用酶的应用等研究均有重要意义.     

一个新的粗糙脉孢霉基因组DNA制备方法

粗糙脉孢霉基因组DNA的制备多数费工费时,并且需要液氮研磨。而一般实验室没有液氮设备。本文提供了一个不需要液氮研磨就可以快速制备粗糙脉孢霉基因组DNA的方法,使用裂解液、石英砂和苯酚振荡裂解细胞壁,然后用苯酚／氯仿抽提DNA。利用PCR从基因组扩增出粗糙脉孢霉Ⅰ号染色体右臂上的校孔转运蛋白基因片段。     

一种适于转基因水稻PCR检测的微量DNA快速提取法

对已报道的小麦基因组DNA快速提取方法的部分步骤进行了简化,在水稻上进行了尝试。结果表明,简化法提取的水稻基因组DNA完整性好,PCR扩增效果与试剂盒提取法无明显的差异,结果稳定可靠;而且整个提取过程操作简单、花费时间少,样品用量少,仅需5-10mg,适用于大规模转基因水稻的PCR检测。     

高等植物叶绿体基因组的转化

介绍了高等植物叶绿体基因组转化技术的原理和优点,外源基因导入叶绿体基因组的方法,外源基因与叶绿体基因组的整合及其表达,常用的叶绿体基因组转化的筛选标记基因及其去除的研究进展.     

贻贝养殖海域表底层的鱼类组成比较

为了解贻贝养殖生境表底层水体的鱼类组成差异,利用2013年11月和2014年2月在枸杞岛贻贝养殖海域采集的鱼类数据,采用多样性和相对渔获率指标结合聚类和排序方法,对表底层的鱼类组成、多样性、密度以及群落格局差异进行了分析。结果表明:鲻(Mugil cephalus)和斑鰶(Konosirus punctatus)为秋冬季贻贝养殖区表层水体的优势鱼类,而褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)和小黄鱼(Larimichthys polyactis)、龙头鱼(Harpadon nehereus)和皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)分别为底层水体秋季和冬季的优势种;其中小黄鱼在养殖区的表底层皆有较大数量的分布;渔获率上,两季皆呈现表层高于底层的特征,除冬季的丰度渔获率外,其余皆有显著差异;鱼类在养殖区表层水体的平均丰度和生物量皆高于底层;多元分析显示,无论秋冬,表底层的鱼类群落格局皆有显著差异。可见,贻贝养殖设施相当于规模庞大的浮鱼礁系统,在泥质海域建设海洋牧场时,可结合类似浮体结构以增加海域立体养护能力;另一方面,可在养殖区底部增设人工鱼礁,以进一步发挥其海洋牧场效应。     

耐低温酵母Curvibasidium rogersii菌株在松萝样品中的首次分离鉴定及基于基因组分析的生物特性探究

【目的】对西藏松萝地衣来源的两株非常规酵母进行分离鉴定,并通过基因组序列分析探究其生物学特性和应用潜力。【方法】从西藏来源的松萝地衣样品内部分离得到2株耐低温酵母菌株,通过26S D1/D2和ITS序列比对分析以及生理生化实验进行菌种鉴定;通过全基因组序列分析和验证探究菌株的生物特性。【结果】两株酵母菌株经鉴定均为Curvibasidium rogersii,可以在10℃低温良好生长,在20℃生长最佳,25℃及以上温度生长缓慢或不生长。对其进行基因组测序和基因组挖掘,测序结果发现,其基因组注释出功能的部分与产油脂的低温酵母白冬孢酵母Leucosporidium creatinivorum具有最高相似性,尼罗红染色发现两株酵母都能够生产油脂,另外在基因组序列中还发现了可能参与木糖代谢的相关蛋白编码基因,实验证明两个酵母菌株可以利用木糖生长。【结论】首次分离鉴定了来自西藏松萝的酵母C. rogersii,为充分开发利用松萝和其他地衣来源微生物,以及利用可代谢木糖的新资源酵母生产微生物油脂提供了基础。     

宝天曼国家级自然保护区三种林型土壤的亮孢黏菌多样性

黏菌是土壤原生生物的重要组成部分,但其群落组成与多样性格局信息目前还不全面。本研究采用18S rRNA基因高通量测序的方法,研究了宝天曼自然保护区内落叶阔叶林、针叶林和针阔混交林土壤中的亮孢黏菌多样性,并通过多元统计方法分析了其群落结构与土壤环境因子之间的关系。结果表明,30份土壤样品中共获得26个亮孢黏菌的可操作分类单元（OTUs）,隶属团毛菌目Trichiales下的7个属。4个OTUs可注释到种,分别为球圆团网菌Arcyria globosa、蛇形半网菌Hemitrichia serpula、刺丝团毛菌Trichia scabra和高山团毛菌Trichia alpina。亮孢黏菌群落α多样性在不同林型间有显著差异,其中在针叶林最高,落叶阔叶林最低。不同林型土壤的亮孢黏菌群落结构也显著不同,冗余分析显示,不同林型间黏菌群落结构差异与土壤含水量、碳氮比、有效钾和有机碳显著相关,但总体土壤环境因子对群落结构差异的解释量有限,占比10.18%。本研究丰富了土壤黏菌多样性信息和生态分布理论。     

兴化湾和闽江口海域春夏季鱼类区系特征

为反映我国亚热带河口和海湾鱼类区系特点,作者于2008年春季(4月)和夏季(9月)在闽江口和兴化湾海域,采用单拖网进行鱼类学调查,并分析了两个海域鱼类种类组成和生态适应性等,进一步运用Ochilai相似性系数分析两个海域鱼类种类相似性.结果表明,在兴化湾共捕获鱼类108种,其中春季出现48种,夏季出现81种.春季竹筴鱼(Trachurus japonicus)是关键种,矛尾虾虎鱼(Chaeturichthys stigmatias)等是常见种;夏季六指马鲅(Polynemus sextarius)是关键种,赤魟(Dasyatis akajei)等是常见种.闽江口共捕获鱼类77种,其中春季出现36种,夏季出现57种.春季,凤鲚(Coilia mystus)和龙头鱼(Harpodon nehereus)是优势种,赤鼻棱鳀(Thryssa kammalensis)等是常见种;夏季凤鲚是优势种,横纹东方鲀(Takifugu oblongus)等是常见种.温度适应上,兴化湾和闽江口鱼类均以暖水种为主,分别占总种数的76.62%和75.00%,其余是暖温种;在盐度适应方面,则是沿岸种和近海种居多,分别占总种数的91.67%和87.01%.闽江口的河口种多于兴化湾.两个海域鱼类种类组成的相似度较高,而各自水体不同季节之间的相似度较低.由此推测,季节变化是导致兴化湾或闽江口鱼类种类组成变化的主要因素,盐度差异是次要因素.     

豆皮水溶性多糖组分SHP-3的物化性质研究(英文)

对豆皮采用热水浸提得到豆皮水溶性多糖,通过DEAE-cellulose离子交换柱洗脱,得到3个组分。本文主要研究了采用0.3 M NaOH溶液洗脱纯化得到的组分SHP-3的物化性质。对SHP-3进行凝胶渗透色谱、气相色谱分析、紫外光谱及高碘酸氧化-Smith降解分析,结果表明:SHP-3的分子量为45554,其糖醛酸含量为26.71%(wt.%),单糖组成摩尔比为Rah:Fuc:Ara:Xyl:Man:Gal:Glu=3.55:0.44:11.58:1:7.45:5.12:1.12,紫外光谱在260～280 nm没有吸收峰,表明没有蛋白质或核酸等物质;高碘酸氧化-Smith降解结果表明SHP-3的连接结构以为(1→4)糖苷键为主,其摩尔比例占68.9%,(1→2)糖苷键占11.4%,(1→6)糖苷键占19.7%。     

棉铃虫中肠P450CYP6B6基因5'上游序列的克隆及序列分析

已证实2-十三烷酮等植物次生物质的胁迫会诱导棉铃虫(Helicoverpa armigera)CYP6B6基因的过量表达[1].为探明棉铃虫P450 CYP6B6基因的表达调控机制,根据棉铃虫中肠P450 CYP6B6基因cDNA序列(GenBank登录号:AY950636),运用基因组步移的方法获得其5'上游区的序列,用启动子区的分析软件进行比对分析,结果得到棉铃虫P450CYP6B6基因5'上游区域1 333 bp的基因片段.分别运用NNPPv.2.2和TRANSFAC v.6.0预测转录起始位点及分析了转录因子结合位点,结果显示,该序列不仅包括TATA盒等这一类核心结构序列,还含有多个转录因子的结合位点,如GATA-1、Dfd、C/EBP、HSF、cytR和AhR(芳香烃受体化合物应答元件)等.该结果为深入研究棉铃虫P450 CYP6B6的表达调控机制及其参与杀虫剂抗性的研究奠定分子基础.