基于RNA-seq分析美洲大蠊提取物对结直肠癌细胞信号通路的影响

美洲大蠊Periplaneta americana提取物能够抑制多种肿瘤细胞生长,甚至能使肿瘤细胞发生凋亡,但是其对结直肠癌细胞信号通路的影响尚不清楚。本文基于RNA-seq技术初步分析了美洲大蠊提取物联合顺铂处理结直肠癌细胞后,细胞内信号通路的变化。结果表明:30μM顺铂和0.6%康复新液联合处理组与对照组相比,共有1 901个差异基因,其中1 555个基因表达上调,346个基因表达下调;30μM顺铂和0.8%精粉酵解液联合处理组与对照组比,共有2 587个差异基因,其中2 183个基因表达上调,404个基因表达下调;30μM顺铂和100μg·m L-1精粉联合处理组与对照组相比,共有1 488个差异基因,其中1 164个基因表达上调,324个基因表达下调。用WEGO和DAVID进行差异基因的GO和KEGG富集分析发现,美洲大蠊提取物联合顺铂处理组与对照组相比,表达上调的差异基因主要富集在p53、细胞粘附分子、MAPK、细胞凋亡等信号通路;表达下调的差异基因主要富集在氨基酰-tRNA生物合成、氨基酸生物合成、抗生素生物合成、一碳代谢等信号通路。     

小菜蛾热休克蛋白基因的鉴定及其表达模式分析

热休克蛋白(heat shock protein, HSP)在昆虫应对外界胁迫刺激时起着重要作用。为了系统研究小菜蛾Plutella xylostella HSP基因家族, 根据家蚕的HSP蛋白序列, 采用本地Blast程序对小菜蛾全基因组数据库进行同源序列检索, 从小菜蛾基因组数据库中鉴定了25个HSP基因, 包括2个HSP90、 8个HSP70和15个sHSP（small heat shock protein, sHSP）基因。小菜蛾、 家蚕Bombyx mori、 黑腹果蝇Drosophila melanogaster和赤拟谷盗Tribolium castaneum的HSP系统进化分析显示, 昆虫的小分子量热休克蛋白sHSP具有很强的种属特异性, HSP70家族的保守性比sHSP强。小菜蛾HSP基因表达模式分析显示, 与敏感品系对比, 抗性品系（抗毒死蜱和抗氟虫氰品系）中HSP基因具有不同的表达模式。小菜蛾1, 2和3龄幼虫HSP基因表达模式较为接近, 而与4龄幼虫中的表达模式相差较大; 4龄幼虫和蛹中的表达模式相近; 雌成虫和雄成虫中的表达模式显著不同, 与果蝇精子形成有关的两个热休克蛋白HSP23和HSP27基因［分别为CCG003980.1 (Px23.5)和CCG005412.2 (Px27.5)］, 在小菜蛾雄成虫中的表达量显著高于雌成虫。研究结果表明小菜蛾HSP基因不仅在杀虫剂抗性、 发育分化, 甚至在生殖上均可能起着重要的作用。本研究为深入研究小菜蛾HSP与生长发育、 抗逆行为的相互关系奠定了基础。     

Identification of aberrant cell cycle regulation in Epstein-Barr virus-associated nasopharyngeal carcinoma by cDNA microarray and gene set enrichment analysis

Previous studies have revealed that Epstein-Barr virus （EBV） was closely associated with nasopharyngeal carcinoma （NPC）. This study aimed to characterize the global pathways affected in the EBV-associated NPC. Combined with microdissection, gene expression profries in 22 NPCs and 10 non-tumor nasopharyngeal epithelial （NPE） tissue samples were analyzed. All NPC specimens served in the microarray analysis were positive for EBV, as judged by identification of the expression of EBV nuclear antigen 1 （EBNA1）. Through gene set enrichment analysis （GSEA）, we found that cell cycle pathway was the most disregulated pathway in NPC （P = 0.000, false discovery rate q-value = 0.007）, which included some aberrant expressed components. We first found that overexpression of CDK4, cyclin D1, and Rb proteins, and loss of expression of proteins p16, p27, and p19 were statistically significant in NPC tissues compared with non-cancerous NPE （P〈 0.05） by real-time RT- PCR and tissue microarray. EBV-encoded small RNA-1 （EBER-1） hybridization signals in the NPC showed significant associations with the overexpression of Rb （P = 0.000）, cyclin D1 （P = 0.000）, CDK4 （P = 0.000）, and the loss of expression of p16 proteins （P = 0.039）. In the final logistic regression analysis model, EBER-1 and abnormal expression of p16, Rb, cyclin D1, and E2F6 were inde- pendent contributions to nasopharyngeal carcinogenesis. Through survival analysis, only cyclin D1 could predict the prognosis of NPC patients. These results suggested that cell cycle pathway was the most disregulated pathway in the EBV-associated NPC, and EBER-1 was closely associated with p16, CDK4, cyclin D1, and Rb. cyclin D1 could be the prognosis biomarker for NPC.     

播散性浅表性光线性汗孔角化症DSAP1位点的精细定位和候选基因的突变检测

播散性浅表性光线性汗孔角化症(DSAP)是一种以多个浅表的角化性皮损,边缘轻微嵴状角化性隆起为特征的少见的慢性角化性皮肤病,呈常染色体显性遗传。以往的研究将该病基因定位于12q23．2—24．1区域(DSAP1)和15q25．1-26．1区域(DSAP2)。本研究对2个无关的六代DSAP家系进行了全基因组扫描和连锁分析,结果显示,这2个DSAP家系在D12窝4位点的最高累积LOD值为8．28(θ=0．00)。单倍型分析结果显示,这2个DSAP家系致病基因位于12q24．1-q24．2(D12S330和D12S354)之间8．0cM的区域内。该区域与DSAP1的致病区域部分重叠。对重叠区域内6个候选基因(CRY1,PWP1,ASCL4,PRDM4,KIAA0789和CMKLR1)的编码区进行序列分析,在DSAP病人中未发现突变位点。提示该6个候选基因可能与这2个DSAP家系的发病机理无关。     

细菌整合子与移动性基因盒的研究进展

整合子是由整合酶基因、基因盒和基因盒附着位点三者组成的遗传元件.在整合酶介导下,整合子通过位点特异的重组系统获取并交换外源DNA(基因盒),即将基因盒整合到整合子上或将之从整合子上剪切下来,但是整合子本身不能够移动.本文综述了国外近年来关于整合子与基因盒的结构特征及其分类的研究近况,对了解整合子及与之密切相关的移动性基因盒在细菌的多重耐药和毒力研究中,尤其是在适应选择性压力下细菌基因组进化中的作用具有重要的意义.     

植物大片段 DNA 的研究进展

植物大片段 DNA 的研究成为了基因组学研究的一个重要方面．对它的研究得益于容纳大片段 DNA 片段载体的发展．对构建植物大片段 DNA 的载体、植物大片段 DNA 的提取方法、植物大片段 DNA 的主要应用领域的最新进展进行了介绍．     

猪瘟DNA疫苗在猪体及环境的生物安全性研究

DNA疫苗生物安全性是其走向临床所须解决的关键问题之一。以猪瘟DNA疫苗为研究对象 ,探讨了其两个方面的生物安全性问题。一方面 ,将两种不同的猪瘟DNA疫苗质粒免疫猪后 ,利用PCR技术分析了其与猪细胞基因组整合的可能性 ,结果在灵敏度为 30拷贝的检测条件下 ,未发现猪瘟DNA疫苗整合到细胞基因组 ;另一方面 ,以PCR技术检测了免疫现场环境样品 ,以分析猪瘟DNA疫苗上的E2基因、CMV启动子基因和抗性基因是否在环境细菌中发生转移和扩散。结果未发现DNA疫苗转化环境细菌的直接证据。因此认为DNA疫苗对猪体和环境是安全的。     

乙型肝炎病毒HBV基因组的物理结构

在Dane颗粒(乙肝病毒)的核壳体中存在环状DNA分子和内源性DNA聚合酶。该基因组为3200个核苷酸长并且有特征性的结构,即有长度不等的单链区。Summer等提出了两条不等长度链的模型,即一条具有固定长度的长链(L链)和一条可变长度的短链(S链)。最近的实验证实了此模型并使其更加精细了(图3)。     

甾体激素对C6细胞摄取甘氨酸的快速作用

目的 :探讨甾体激素对C6细胞摄取甘氨酸快速作用的非基因组织机制。方法 :应用液体闪烁技术 ,通过检测C6细胞在加入了甾体激素和 /或其它试剂后摄入标记甘氨酸量的改变 ,确定甾体激素的作用。结果 :C6细胞高亲合力的甘氨酸依赖于钠离子和氯离子。皮质酮 ,孕酮 ,地塞米松可快速抑制这种摄取 ,雌二醇 ,脱氧皮质酮无显著的抑制作用 ,表明甾体激素作用有特异性。皮质酮的作用在 10 4 -8～ 10 -6 mmol/L范围内效应与浓度成正相关。皮质酮偶联牛血清蛋白后作用依然存在。RU38486 能部分阻断皮质酮的效应。细胞外液钙离子缺乏时皮质酮的作用基本消失。结论 :虽然皮质酮 ,孕酮 ,地塞米松神经胶质细胞和神经元摄取甘氨酸的快速作用不一样 ,但均是非基因组机制。     

小麦—中间偃麦草抗条锈衍生系的分子细胞遗传学研究

应用缺体回交法,以部分阿勃缺体为母本,中4为父本,培育出1个对目前条锈病优势小种和新小种高抗至免疫的小麦－－中间偃麦草衍生系N9025－3－3－2－1－1。研究表明,该选系在形态学和细胞学上已经基本稳定,染色体构型为2n=42=21“,抗病性来自中间偃麦草（Thinopyron intermedium）。以中间偃麦草DNA为探针,对N9025－3－3－2－1－1进行基因组原位杂交分析结果证明,它为小麦－中间偃麦草异代换－易位系。