人类Y染色体常染色质部分DNA YAC重叠克隆构建

人类基因组研究的目标在于人类基因组全部DNA的核苷酸顺序的测定,及在此基础上的对所有基因的编码及其生化功能的研究。全基因组DNA的完全的物理图谱构成,包括全基因组DNA的大片段克隆,及覆盖完整基因组的克隆重叠排序是达成这一目标的首要步骤。     

肿瘤表达谱基因芯片数据的混合效应模型分析

目的:研究混合效应模型(Mixed Effects Model)在肿瘤表达谱基因芯片数据分析中的检验效能,并探讨其分析效果。方法:采用混合效应模型分析肿瘤实例基因芯片数据,并以基因集富集分析方法(GSEA)作为参照比较分析结果的有效性和科学性,探讨其检验效果。结果:通过混合效应模型和基因集富集分析(GSEA)两种方法对肿瘤基因芯片数据的分析和比较,两种方法筛选出共同的差异表达通路外,混合效应模型额外地筛选出来GSEA未能检验到的8条差异表达通路,且得到文献支持;混和效应模型筛选出的前10个差异表达通路中有6个已有生物学证明而基因集富集分析方法(GSEA)筛选出的前10个差异表达通路中仅有4个已有生物学证明。结论:混合效应模型作为top-down方法中的典型代表,其优势在于通过构建潜变量达到降维目的,可有效地减少多个复杂的变异来源从而保证了结果的准确性和科学性,其检验效能优于基因集富集分析方法(GSEA),是一种行之有效的筛选肿瘤基因芯片数据的分析方法。     

北京植物园不同功能型植物叶经济谱

通过对北京植物园不同功能型植物的叶片光合参数、叶绿素荧光参数、叶面积、叶干质量以及叶氮含量等性状参数进行测定,分析了不同功能型植物的叶经济谱.结果表明: 生活型中草本植物、生活史中一年生植物、光合型中C4植物靠近叶经济谱中快速投资-收益型物种的一端,而生活型中乔木和灌木、生活史中多年生植物、光合型中C3植物位于缓慢投资-收益型物种的一端,表明不同功能型植物通过叶片性状间的权衡采取不同的环境适应策略,验证了不同功能型植物叶经济谱的存在.不同功能型植物叶片性状具有明显差异,其中不同生活型间的叶片比叶面积(SLA)、叶氮含量(N_mass)、最大净光合速率(A_mass)、光合氮利用效率(PNUE)均表现出草本植物>藤本植物>灌木>乔木;不同生活史间一年生植物的SLA、N_mass、A_mass、PNUE均显著高于多年生植物;不同光合型间植物的A_mass、PNUE、PSⅡ实际光化学效率(Φ_PSⅡ)均表现出C4>C3.N_mass、A_mass、SLA两两之间呈显著正相关,而PSⅡ有效光化学量子产量(F_v′/F_m′)与SLA呈显著负相关;PNUE与SLA呈显著正相关.     

凝胶板植酸酶活力检测

将１ｍｍ厚凝固于复印膜上的水琼脂（１５％～２．０％）凝胶板侵入含１２ｍｍｏｌ／Ｌ植酸钠的Ｇｌｙ—ＨＣｌ缓冲液中达１ｈ以上,取出干至胶表面无水迹,于上加Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓｓｐ．５９—２植酸酶或与电泳后的凝胶板紧贴１０～６０ｍｉｎ。然后水平置于恒温水浴锅中反应一定时间,取出浸入１ｍｏｌ／ＬＨ_２ＳＯ_４－２％（ＮＨ_４）_６Ｍｎ_７Ｏ_２４－１０％ＦｅＳＯ_{４相似文献}   

SARS康复患者血浆蛋白谱的双向凝胶电泳分析

以蛋白质双向凝胶电泳（2-DE）比较了不同中和抗体效价的SARS康复患者血浆样本（试验组）与正常人单采血浆样本（对照组）蛋白谱的异同。结果显示：对照组9份样本的2-DE 图谱出现蛋白斑点338±24个,试验组9份样本出现蛋白斑点348±45个,二者主要斑点的位置与数量基本一致;对照组中少量蛋白斑点的出现频度不同,且有4个蛋白点群的灰度值存在明显的差异;试验组有6个蛋白点群与对照组出现差异,并在相同区域Ⅲ内有4个蛋白斑点的灰度值出现变化,且灰度值与样本的中和抗体效价呈正相关性。结果表明,试验组与对照组的蛋白谱存在差异,且与SARS病毒中和抗体效价呈现相关性。     

小麦抗病基因表达谱中的文库构建与筛选方法研究

以抗白粉病品系“百农 32 17×Mardler”BC5F4为材料 ,构建了白粉病菌诱导的普通cDNA文库和抑制消减杂交(SSH)cDNA文库。分别对两文库进行了一定规模的测序 ,获得普通cDNA文库不重复ESTs 387条和SSHcDNA文库ESTs 76 0条。将获得的ESTs与GenBank序列进行了BLASTn、BLASTx同源性分析。结果表明 :在普通文库中 ,一些参与光合作用与核糖体构成等的基因出现频率较高 ,而获得的抗病相关基因则较少。消减文库在构建方法、抗病相关基因的富集等方面具有明显的优越性 ,是目前抗病基因表达谱研究中的较好方法。利用高密度点阵膜杂交技术对两文库的筛选结果表明 ,该方法具有相对简便易操作、杂交膜可反复使用等优点 ;但也存在mRNA及同位素用量大等问题。经筛选 ,消减文库中有 5 4 1%的功能已知ESTs为抗病相关基因 ,被证明参与了小麦抗白粉病反应     

小鼠泛素结合酶UBE2W的抗体制备及组织表达谱分析

泛素结合酶(E2)是蛋白泛素化修饰所需的第二个连接酶, 在泛素转移和底物特异性识别过程中发挥着重要作用。UBE2W是一种新发现的E2酶, 其果蝇属同源蛋白可能在光转导或视网膜变性过程中发挥作用, 鼠和人同源蛋白功能未见报道。生物信息学分析UBE2W鼠源氨基酸序列, 发现UBE2W具有典型的UBC结构域并在多种物种高度保守。通过构建UBE2W原核表达质粒, 在大肠杆菌中表达并纯化了GST-UBE2W融合蛋白。以此纯化蛋白作为抗原免疫新西兰白兔制备抗UBE2W多抗血清, 并利用制备的UBE2W抗原柱亲和纯化UBE2W多抗。为了检测纯化抗体特异性, 在真核细胞中瞬时表达了myc-UBE2W融合蛋白, 分别用myc单抗和UBE2W多抗进行Western blotting分析, 结果表明获得了特异性的UBE2W抗体。利用此特异性抗体在小鼠脑、心脏、肾脏、肝脏、肺、肌肉、脾脏和睾丸等组织中均检测到了UBE2W的表达, 且在小鼠睾丸中成年期表达最高。     

中药前胡核磁共振氢谱法鉴定

使用＾１Ｈ－ＮＭＲ法对１９种前胡乙醚提取物进行了测试和解析,其中９种前胡的化学成分未见报道。根据主要化学成分香豆素的类型,将含角型二氢吡喃香豆素的１０种前胡归入白花前胡类;含线型二氢吡喃香豆素或线型二氢呋喃香豆素的８种前胡归秋紫花前胡类。研究结果表明,＾１Ｈ－ＮＭＲ法是鉴别中药前胡的快速、简便而可靠的检测方法。     

乌金猪FTO基因的克隆和表达分析

目的:克隆乌金猪脂肪和肥胖相关基因(FTO)编码区序列(CDS),分析其序列组成特征及在乌金猪不同组织中的表达情况。方法:采用反转录PCR方法从乌金猪脂肪组织中克隆FTO基因CDS,利用生物信息学方法分析其序列组成特征;采用实时PCR方法分析乌金猪FTO基因mRNA在不同组织中的表达情况。结果:克隆的FTO基因全长1518 bp(已提交至GenBank数据库,登录号为JQ031263),编码由505个氨基酸残基构成的蛋白,推测的相对分子质量为58.16×103,等电点为5.18;乌金猪与牛、羊、人和大鼠的FTO蛋白的氨基酸序列同源性分别为91%、90%、89%和83%;进化树分析显示,推测的乌金猪FTO蛋白的氨基酸组成与牛、羊的亲缘性较近,其次是人、大鼠;推测的氨基酸组成中无跨膜区,无信号肽,为亲水蛋白;分析发现该蛋白有22个磷酸化修饰位点,包括10个丝氨酸蛋白激酶磷酸化位点、7个苏氨酸蛋白激酶磷酸化位点、5个酪氨酸蛋白激酶磷酸化位点,200、246、302位氨基酸残基有糖基化位点;二级结构预测发现该蛋白共有201个螺旋、33个伸展链和271个卷曲结构;实时PCR检测的组织表达谱表明,FTO基因mRNA在乌金猪肝脏组织中的表达量最高,在脂肪、肾、脾中也有大量表达,在心脏、肌肉中的表达量最少。结论:为深入探讨乌金猪FTO基因的生物学功能奠定了重要基础。     

昆虫TMED基因进化及家蚕TMED基因表达模式分析

跨膜p24 (transmembrane emp24 domain, TMED)基因与哺乳动物的免疫反应、信号传导、生长发育和疾病发展等密切相关。然而,昆虫中仅有果蝇TMED的报道。本研究从基因组鉴定了家蚕、赤拟谷盗、烟草天蛾和意大利蜂的TMED家族基因,并发现1个α类、1个β类、1个δ类和多个γ类的TMED家族基因成员构成模式产生于膜翅目分化前昆虫的共同祖先,而果蝇类TMED家族成员构成在进化中形成了独特模式。昆虫TMED家族γ类基因进化速度较快,分化成了TMED6-like、TMED5-like和TMED3-like这3个独立的亚类。TMED5-like基因在膜翅目昆虫发生了丢失,在鳞翅目昆虫祖先中发生了复制,在果蝇类发生了重复。昆虫TMED蛋白除具有典型的TMED结构特征外,还有明显的信号肽。家蚕7个TMED基因分布在6条染色体上,1个基因为单外显子,6个基因为多外显子。从幼虫组织克隆了家蚕7个TMED基因的开放阅读框(open reading frame, ORF)全序列并登录到GenBank数据库。BmTMED1、BmTMED2和BmTMED6在家蚕各个时期和组织中均表达,所...