山东平邑盆地晚白垩世介形类

山东平邑盆地固城组、卞桥组共发现介形类化石21属21种4比较种13未定种,本文记述了其中的17属16种4比较种9未定种。卞桥组一段下部的介形类可称为Talicypridea reticulata-Mongolocypris longa-Frambocythere fangjiaheensis介形类动物群,含化石地层的时代被确认为晚白垩世最晚期,即马斯特里赫特期的晚期。该动物群的发现,为平邑盆地白垩系/古近系界线的确定提供了十分重要的依据。     

利用分析Unigene在转录组中表达模式的方法拼接盐角草铵转运基因

RNA-seq技术能够全面快速地获得物种在某一状态下的转录本序列信息,但测序并组装后的大量Unigene往往不包含完整ORF(Open reading frame)。转录组库具有一定的冗余性,存在着属于同一个转录本的Unigene,这些Unigene因为无重叠区不能拼接而存在转录组库中。基于这种情况,为了拼接铵转运蛋白家族Unigene,首先挑选注释为AMT(Ammonium transporter)且ORF不完整的所有Unigene(5条),通过分析Unigene在4个转录组的表达模式,其中2条Unigene(Uni4和Uni5)具有相同的表达模式,推测可能来自同一转录本。然后通过NCBI blastx将这2条Unigene与参考物种的AMT蛋白质比对,确定其在转录本的位置及序列相互间没有交叠(如果两条编码序列相互交叠则不能组成同一个转录本)。结果发现Uni4和Uni5分别位于参考转录本5′端和3′端位置,因此假定它们属于同一个转录本,中间空缺约120 bp未知序列。通过试验验证,分别在Uni4和Uni5上设计单正向引物和单反向引物,PCR扩增得到约800 bp片段,将其测序并与两条Unigene比对,证实Uni4和Uni5属于同一转录本且获得了缺失的未知序列。最终拼接得到1 667 bp序列,包含1 482 bp完整ORF,编码494个氨基酸,通过系统进化分析将其归类为amt1亚家族,命名为Seamt1。生物信息学手段预测Se AMT1蛋白与已知的其他物种AMT性质相似。本研究采用转录组Unigene表达模式聚类的方法挖掘潜在的同一转录本Unigene,并且通过另外两组Unigene检验了该方法的可行性。这一便捷方法有助于转录组中Unigene的延伸和拼接,有助于完整ORF的获得及后期基因功能研究。     

甲烷氧化菌20Z利用Embden-Meyerhof-Parnas途径高效同化甲烷

为了探究γ-变形菌纲 (Gammaproteobacteria) 甲烷氧化菌Methylomicrobium alcaliphilum 20Z的甲烷同化代谢过程。文中整合RNA-seq、LC-MS技术并结合13C标记策略对核酮糖单磷酸途径 (Ribulose monophosphate pathway) 及下游途径展开系统组学分析。M. alcaliphilum 20Z代谢物组定量分析表明Entner-Doudoroff (EDD) 途径的中间代谢物6-磷酸葡萄糖的浓度是(150.95±28.75) μmol/L,2-酮-3-脱氧-6-磷酸葡糖酸浓度低于质谱定量分析检测限,而Embden-Meyerhof-Parnas (EMP) 途径中果糖1,6-二磷酸、甘油醛-3-磷酸/二羟丙酮磷酸和磷酸烯醇式丙酮酸的浓度分别是 (1 142.02±302.88) μmol/L、(1 866.76±388.55) μmol/L和 (3 067.57±898.13) μmol/L。通过EDD和EMP途径的代谢物13C同位素动态富集研究,进一步揭示3位标记丙酮酸丰度是1位标记丙酮酸丰度的4~6倍。最后,基因表达比较分析发现EMP途径的关键基因 (如：fbaA、tpiA、gap和pykA) 的表达水平 (RPKM) 分别是2 479.2、2 493.9、2 274.6和1 846.0,而EDD途径中基因 (如：pgi、eda和edd) 的RPKM仅是263.8、341.2和225.4。综合上述结果阐明EMP途径才是M. alcaliphilum 20Z进行甲烷同化的关键通路。EMP途径代谢功能的全新阐述不但改变对Gammaproteobacteria甲烷氧化菌甲烷同化模式的传统认知,而且为甲烷高效生物催化转化提供重要的理论基础。     

闭花耳草的化学成分研究

从闭花耳草(Hedyotis cryptantha )全草中分离得到11个化合物,经波谱数据分析鉴定为车叶草苷(1),车叶草苷酸(2),车叶草苷酸甲酯(3),车叶草酸乙酯(4),3,4-二氢-3-甲氧基车叶草苷(5),山奈酚(6),kaempferol 3,7-di-O -β-D-glucoside(7),kaempferol 3-O -β-D-galactopyranosyl-(1→3)-β-D-galactopyranoside(8),乌索酸(9),豆甾醇(10),β-谷甾醇(11)。所有化合物均为首次从闭花耳草植物中分离得到,其中化合物7和8首次从耳草属(Hedyotis )植物中分离得到。     

中国人类蛋白质组计划全面启动

<正>中国人类蛋白质组计划(CNHPP)近日全面启动实施,主要目标是以我国重大疾病的防治需求为牵引,发展蛋白质组研究相关设备及关键技术,绘制人类蛋白质组生理和病理精细图谱、构建人类蛋白质组"百科全书",全景式揭示生命奥秘,为提高重大疾病防诊治水平提供有效手段,为我国生物医药产业发展提供原动力。     

响应曲面法优化蕨麻多糖的提取工艺

以藏药蕨麻为试材,优化蕨麻多糖的提取工艺。在单因素实验的基础上,利用响应曲面法考察提取时间、温度和液料比对蕨麻多糖提取得率的影响,优化提取工艺,得到最优提取工艺条件:提取温度72℃、液料比28mL/g、提取时间102 min。提取2次,验证得到蕨麻多糖提取得率可达21.28%,接近于模型预测理论值21.44%。     

Import Determinants of Organelle-Specific and Dual Targeting Peptides of Mitochondria and Chloroplasts in Arabidopsis thaliana

Most of the mitochondrial and chloroplastic proteins are synthesized in the cytosol as precursor proteins carrying an N-terminal targeting peptide （TP） directing them specifically to a correct organelle. However, there is a group of proteins that are dually targeted to mitochondria and chloroplasts using an ambiguous N-terminal dual targeting peptide （dTP）. Here, we have investigated pattern properties of import determinants of organelle-specific TPs and dTPs combining mathematical multivariate data analysis （MVDA） with in vitro organellar import studies. We have used large datasets of mitochondrial and chloroplastic proteins found in organellar proteomes as well as manually selected data sets of experimentally confirmed organelle-specific TPs and dTPs from Arabidopsis thaliana. Two classes of organelle-specific TPs could be distinguished by MVDA and potential patterns or periodicity in the amino acid sequence contributing to the separation were revealed, dTPs were found to have intermediate sequence features between the organelle-specific TPs. Interestingly, introducing positively charged residues to the dTPs showed clustering towards the mitochondrial TPs in silico and resulted in inhibition of chloroplast, but not mitochondrial import in in vitro organellar import studies. These findings suggest that positive charges in the N-terminal region of TPs may function as an ＇avoidance signal＇ for the chloroplast import.     

多羽实蕨胚胎发育的研究

利用人工培养和石蜡切片法研究了多羽实蕨(Bolbitis angustipinna(Hayata)H.Ito)胚胎发育过程。合子第一次分裂面垂直于原叶体纵轴且平行于颈卵器颈部;第二次分裂面平行于原叶体纵轴且垂直于颈卵器颈部;第三次分裂面同时平行于原叶体纵轴和颈卵器颈部。经多次分裂形成球形胚胎,球形胚胎的外上和外下区域几乎同时分别发育出第一叶顶端细胞和第一根顶端细胞,继而分别斜向分裂产生第一叶原基和第一根原基。随后,第一叶原基迅速分裂,最早突破帽状体形成第一幼叶;第一根原基的分裂速度稍慢,晚于第一叶突破帽状体形成第一根。并讨论了胚胎发育的系统学问题。     

康复新液联合表皮生长因子预防急性放射性肠炎的疗效研究

目的:探讨康复新液联合表皮生长因子保留灌肠对盆腔肿瘤放疗后并发急性放射性肠炎的预防作用及其机制。方法:86例盆腔恶性肿瘤行放射性治疗的患者随机分为观察组和对照组,2组患者均行外照射治疗,观察组康复新液与表皮因子联合保留灌肠,每次50 mL,每日一次,对照组不加任何预防用药。比较2组急性放射性肠炎的发生率以及发生时间,并于放射治疗10次、20次后静脉采血,酶联免疫吸附法检测血清TNF-α、IL-6、IL-8,黄嘌呤氧化酶法检测MDA、SOD的含量。结果:观察组、对照组的急性放射性肠炎发生率分别为9.31%、53.49%,组间差异有统计学意义(P0.05),且观察组出现急性放射性肠炎的时间迟于对照组。观察组放射治疗10次及20次后,MDA含量明显低于对照组,SOD含量高于对照组(P0.05)。TNF-α、IL-6、IL-8含量明显低于对照组(P0.05)。结论:康复新液联合表皮生长因子可预防急性放射性肠炎的发生,其机制可能与抗细胞炎性因子与氧自由基释放有关。