基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究策略简介

随着基于第二代测序技术的细菌基因组与转录组研究越来越广泛,选择合适的研究策略变得越来越重要.就基于第二代测序技术的细菌基因组和转录组研究策略进行综述,并简要介绍细菌基因组和转录组研究中的机遇和挑战.综述细菌基因组与转录组研究的常规方法及步骤,并简要地介绍存在的问题.细菌基因组和转录组研究策略为大多数细菌的研究提供了一个...     

东濮凹陷沙河街组(古近纪)植物活动痕迹类型及其环境与层序地层学意义

植物活动痕迹即根迹,是层序地层学中识别低位期沉积的重要标志。东濮凹陷沙河街组(古近纪)根迹发育,形态各异,可分为A、B、C、D、E五种类型,分别被解释为五类次级沉积环境下的产物。其中A型根迹、B型根迹与河口湾沉积环境相关,前者见于河口湾陆方一侧的河口沙坝(bay head bar),后者则出现于海方一侧易受海浪冲蚀的盐碱凹地。已有资料证明,植物活动痕迹,结合动物活动痕迹和古生物学、沉积学研究,可为判别河口湾沉积环境、层序界面提供重要实据,从而在层序地层学研究和储层沉积环境探索中显示重要作用。     

柔嫩艾美耳球虫孢子发育阶段虫体抑制性消减文库的构建

为了分离鉴定柔嫩艾美耳球虫（Eimeria tenella）孢子发育阶段虫体的差异表达基因,分别以柔嫩艾美耳球虫未孢子化卵囊和孢子化卵囊为驱动组、子孢子为实验组,或未孢子化卵囊为驱动组、孢子化卵囊为实验组,利用抑制性消减杂交（SSH）技术,构建了2个子孢子cDNA消减文库和1个孢子化卵囊cDNA消减文库。随机从3个cDNA消减文库中分别挑取50个克隆,经PCR鉴定2个子孢子cDNA消减文库的重组率都为96%,孢子化卵囊cDNA消减文库的重组率为98%。从每个文库中随机挑取50个克隆测序,并进行同源性比较分析,结果显示：从孢子化卵囊cDNA消减文库中获得了13个单一有效序列,其中8个EST与已知蛋白同源性很高;从2个子孢子cDNA消减文库中共获得了40个单一有效序列,其中9个EST与已知蛋白同源,其余可能为柔嫩艾美耳球虫的新基因。这些结果为分离柔嫩艾美耳球虫新功能基因和进一步探索防治球虫病的方法提供了理论基础。     

栗柄金粉蕨的黄酮类成分

从栗柄金粉蕨（ Ｏｎｙｃｈｉｕｍ ｌｕｃｉｄｕｍ ） 地上部分的甲醇抽提物中分到１０ 个成分, 经详细的一维、二维核磁数据分析, 它们被鉴定为： 木犀草甙（１） , ３ , ７ － 二甲基槲皮素（２） , 高山甙Ｂ （３） , 金粉蕨素（４） , 栗柄醇（５） , 金粉蕨醇Ｂ（６） , β－ 谷甾醇（７） , 胡萝卜甙（８） ,齐墩果酸（９） 和蔗糖（１０） 。栗柄醇系新成分。１ , ２, ９ 系首次由金粉蕨属分到。     

陕南早寒武世具口部的磷酸盐化Punctatus及其胚胎化石

报道陕西南部灯影组宽川铺段地层中发现的Punctatus锥体标本、保留精美软组织特征的口部标本和可能的胚胎标本。对Punctatus软组织及整体形态功能研究表明,Punctatus在分类上可能更接近于腔肠动物的水螅型,代表初具原始触手的腔肠动物早期演化类型。在上万枚与Punctatus共生的球状化石中,发现若干枚可能的原肠期胚胎及胚胎发育晚期标本,在此基础上提出PunctatusemeiensisHe,1980花冠状口部可能经历的胚胎发育序列。     

蕨盲蝽属二新种(半翅目,盲蝽科)

记述蕨盲蝽属2新种:宽蕨盲蝽Bryocoris(Cobalorrhynchus)latus sp.nov.和亮蕨盲蝽Bryocoris(Bryocoris)nitidus sp.nov..模式标本存放于南开大学昆虫标本室. 新种与宽垫盲蝽族内的淡足息盲蝽Sinevia pallidipes (Zheng et Liu,1992)(胡奇,郑乐怡,2003)也相象,但新种爪内面无宽扁的爪垫而与蕨盲蝽族种类爪的类型相同,并且生殖腔腹向开口,可与之区别.     

四川鹅耳枥属一新种

本文发表了四川鹅耳枥属一新种,即冕宁鹅耳枥Carpinus mian-ningensis Yi,sp.nov.     

湖南邵东中泥盆统棋梓桥组层孔虫生物群及其生态环境

湖南中部泥盆纪地层和生物礁相当发育。湖南邵东中泥盆世棋梓桥期的泥质石灰岩中层孔虫广泛分布,本文共描述邵东廉桥马鞍山棋梓桥期层孔虫12属18种,其中Stromatopora wenshanensis为一新名,代替1982年根据一个云南标本定名为Stromatopora irregularis的种名。 马鞍山礁是—发育在海底平台上的厚度稍有变化的层状礁,马鞍山礁的沉积相变化过程,是由近岸浅海到展状礁普遍发育的开阔台地,再到封闭或半封闭的泻湖或潮坪环境。生物组合和沉积物也随沉积环境的变化而发生相应的变化。     

胄蝗属一新种及其染色体组型与带型分析(直翅目:蝗总科)

胄蝗属(Stolzia Willemse)的种类,已知分布于菲律宾、印度尼西亚、马来西亚及我国等地区。在我国已知仅一种,即海南胄蝗Stolzia hainanensis(Tinkham).作者等于1985年9月,在海南省尖峰岭地区采集时,采得胄蝗属一新种,我们同时对该种蝗虫的染色体组型和带型进行了观察,现记述如下。 模式标本保存于陕西师范大学生物系蝗虫研究室。 尖峰胄蝗Stolzia jianfengensis新种 雄性:体中小型,密具皱纹和刻点。头顶近平,狭三角形,突出于触角基节之前,眼间距极狭,其最狭处狭于触角基节的宽度;颜面侧观倾斜,在触角基部之间的下方略凹曲,颜     

宏基因组文库中的组成型启动子在大肠杆菌中的克隆

启动子是决定基因表达水平的重要因素之一。组成型表达启动子被认为是工业上表达重要蛋白质的理想启动子。本研究利用蔗糖为唯一碳源的基本培养基对榨糖废水浸润的土壤微生物宏基因组文库进行筛选,获得两个阳性克隆。对其中一个克隆的柯斯质粒进行亚克隆,利用在线启动子预测和序列比对工具对其中一个亚克隆子进行分析,获得一个启动子序列。然后,利用PCR方法将该启动子和地衣芽孢杆菌的α-淀粉酶基因一起克隆到T载体上。结果表明该启动子在不加诱导剂的条件下能够在大肠杆菌中启动外源基因的高效表达。本研究结果为在生物领域中组成型启动子的应用研究提供了基础。