Identification of Semaphorin 5A Interacting Protein by Applying Apriori Knowledge and Peptide Complementarity Related to Protein Evolution and Structure

In the post-genomic era, various computational methods that predict proteinprotein interactions at the genome level are available; however, each method has its own advantages and disadvantages, resulting in false predictions. Here we developed a unique integrated approach to identify interacting partner（s） of Semaphorin 5A （SEMA5A）, beginning with seven proteins sharing similar ligand interacting residues as putative binding partners. The methods include Dwyer and Root- Bernstein/Dillon theories of protein evolution, hydropathic complementarity of protein structure, pattern of protein functions among molecules, information on domain-domain interactions, co-expression of genes and protein evolution. Among the set of seven proteins selected as putative SEMA5A interacting partners, we found the functions of Plexin B3 and Neuropilin-2 to be associated with SEMA5A. We modeled the semaphorin domain structure of Plexin B3 and found that it shares similarity with SEMA5A. Moreover, a virtual expression database search and RT-PCR analysis showed co-expression of SEMA5A and Plexin B3 and these proteins were found to have co-evolved. In addition, we confirmed the interaction of SEMA5A with Plexin B3 in co-immunoprecipitation studies. Overall, these studies demonstrate that an integrated method of prediction can be used at the genome level for discovering many unknown protein binding partners with known ligand binding domains.     

在巨喙的统治下(下)

更荒唐的故事 在说真正的主角之前,我先说几个比"大鹏"更荒唐的故事来轻松轻松(我真的累了),它们来自陆、海、空.     

北京西山石炭-二叠系蜚蠊类化石的发现兼论北京地区昆虫化石的时代

报道产于北京西山门头沟区色树坟石炭-二叠系太原组的一块蜚蠊类前翅化石,可归入Phyloblatta,代表一新种Phyloblatta beijingensis sp. nov.,以狭小的爪区别于该属其他已知种类。Phyloblatta蜚蠊类在我国山西省下二叠统山西组曾发现多种类型。对北京地区以前报道的昆虫化石所属时代和地层均进行厘定,如土城子组、大灰厂组、夏庄组的昆虫化石。     

一些新生代地质年代术语翻译之我见

笔者曾在《中国科技术语》(学术双月刊)上发表过"新生代地质年代术语的音义双译"和"地质年代术语的商榷"二文。由于该刊太专业化,没引起大多数人注意。我想把我们《化石》杂志上及其他刊物上遇到的一些问题在这里提一下。新生代的年代术语和其他古老年代的术语有很大的不同。首先"新生代"(Cenozoic)这个术语的"前缀""Ceno-"就是由"Cene"变来的、在古希腊语中就是"新"、"现在"的意思,而它的发音也接近于汉语的"新",所以,就有宝贵的"音义双译"效果。     

人类对DNA的探索

DNA分子双螺旋结构的发现,促使人类破译了遗传密码,并导致了基因工程的迅速崛起,以及人类基因组计划的实施、后基因组时代的到来,对人类和社会的影响是非常深远的,因此与相对论、量子力学一起,被称为人类在20世纪最伟大的三大科学发现。从人类对DNA的探索历程可以感悟科学发展的基本规律。     

四川盆地自流井组东岳庙段植物化石及下-中侏罗统的界线

对采自四川盆地云阳一带自流井组东岳庙段14属18种植物化石进行了研究,其中描述1个新种Stachypteris? anomala Meng(sp．nov.)和1个首见于区内的种Klukia exilis(Phillips)。东岳庙段植物组合的重要分子是从下伏珍珠冲段延续而来的,这表明此组合基本承袭了珍珠冲段的组合面貌。依据Dictyophyllum nilssoni,D．nathorsti,Otozamites hsiangchiensis等尚未见于中侏罗世和自流井组明显分为两大沉积旋回,指出东岳庙段的时代属早侏罗世托尔期(Toarcian)和四川盆地下-中侏罗统的界线以划在自流井组东岳庙段与马鞍山段之间为宜。     

大航海时代的香料传奇

15世纪末至16世纪初,欧洲人为寻找香料而发起了一系列大航海行动,最终促成了发现美洲,直航印度及首次环球航海等诸多历史事件,一举改变了人们对世界的认识,重新书写了人类的历史。     

后基因组时代的植物蛋白质组学

蛋白质组学是后基因组时代功能基因组学研究的新兴学科和热点领域。简要介绍了蛋白质组学产生的科学背景、研究内容和研究方法。重点综述了植物个体水平、组织、器官和亚细胞水平蛋白组研究 ,植物蛋白质组学在植物遗传多样性、遗传突变体、植物的逆境生理等方面的研究进展。最后展望了今后的发展前景。     

后基因组研究中蛋白结构与功能的预测

阐述蛋白质结构建模和功能预测的基本方法以及最新研究进展,展望了蛋白质预测技术的前景。