基于支持向量机的蛋白质同源寡聚体分类研究

基于支持向量机和贝叶斯方法,从蛋白质一级序列出发对蛋白质同源二聚体、同源三聚体、同源四聚体、同源六聚体进行分类研究,结果表明：基于支持向量机, 采用“一对多”和“一对一”策略, 其分类总精度分别为77.36%和93.43%, 分别比基于贝叶斯协方差判别法的分类总精度50.64%提高26.72和42.79个百分点.从而说明支持向量机可用于蛋白质同源寡聚体分类,且是一种非常有效的方法.对于多类蛋白质同源寡聚体分类,基于相同的机器学习方法（如支持向量机）,采用“一对一”策略比“一对多”效果好.同时亦表明蛋白质同源寡聚体一级序列包含四级结构信息.     

低能氮离子注入同源四倍体水稻的生物学效应

以低能氮离子束为诱变源,对同源四倍体水稻进行注入处理后,对其生物学效应进行了研究。研究结果表明,同源四倍体水稻比二倍体水稻对低能氮离子束注入处理更敏感。在注入离子剂量为3×1017N+/cm2时,同源四倍体水稻所受到的损伤比二倍体水稻所受到的损伤更严重。4份同源四倍体水稻(即IR36(4)、IR28(4)、紫血稻(4)、明恢63(4))的成苗率分别是2.0%、3.5%、3.0%和4.0%,致死率非常高。在同样条件下,4份相应的二倍体水稻(即IR36(2)、IR28(2)、紫血稻(2)、明恢63(2))的成苗率分别是33.0%、31.5%、29.0%和24.5%,致死率也比较高。在经过注入处理后的当代群体内,4份同源四倍体水稻的平均变异频率为32.5%,而4份相应的二倍体水稻的平均变异频率为9.5%。在同源四倍体水稻IR36(4)和IR28(4)的变异群体内分别发现22株和14株结实率均达到75.0%以上的单株,其中在IR36(4)群体内有1单株的结实率高达91.89%;在紫血稻(4)的变异群体内发现2株具有双胚苗性状的单株;在二倍体水稻明恢63(2)的变异群体内发现1株具有红心米性状的单株。在第二代群体中,除了叶鞘变异和米质变异这两个变异性状能稳定遗传之外,其它变异性状在群体内都发生了明显的性状分离现象。同源四倍体水稻的高结实率特性和双胚苗特性表现出一定的可遗传性。     

人MCP cDNA在NIH3T3细胞中表达及功能研究

通过构建表达人膜辅因子蛋白ＭＣＰ编码区全长ｃＤＮＡ的重级载体ｐｃＤＮＡ３ＭＣＰ,以磷酸钙沉淀法转染ＮＩＨ３Ｔ３细胞,用Ｇ４１８筛选阳性克隆,并鉴定ＭＣＰ ｃＤＮＡ在细胞中的表达。将血清梯度稀释并与细胞孵育,然后检测细胞活力：灭活的人血清不能引起对照细胞与ＭＣＰ转染细胞的胞毒作用,而新鲜人血清可使对照细胞发生补体依赖的细胞毒反应,ＭＣＰ转染细胞由于ＭＣＰ蛋白的合成,细胞受到保护不发生该反应。另外,Ｍ     

番茄和桃基因组的微同线性研究

番茄和桃是茄科和蔷薇科的重要模式植物.近年来, 随着它们基因组测序工作的展开, 相关基因组序列快速累积, 为番茄和桃遗传图谱和物理图谱的比较分析及深入了解其进化关系提供了可能.文章对番茄和桃的基因组进行了比较, 通过番茄遗传图谱与桃物理图谱、番茄物理图谱与桃遗传图谱以及番茄物理图谱与桃物理图谱等3个层面的数据比对分析, 结果揭示在这两个基因组间存在着大量的微同线性片段.这些同线性片段中所包含的保守同源基因对的数目较少(总计297个同线性片段中仅有36个片段包含有两个以上的同源基因对).这些同线性片段都是小范围的, 并且有部分微同线性片段在不同的染色体或者BAC contig之间构成了一个相互关联的网络结构.通过与番茄的EST文库比对, 发现了9个与果实发育和成熟相关的微同线性基因.这些微同线性基因的发现对于进一步研究这两个亲缘关系比较远的物种在果实发育与成熟方面的共性提供了线索.     

RNAi技术及其在真菌基因功能研究中的应用

<正>近年来,随着分子生物学技术的不断发展,真菌基因组的研究进展迅速。随着稻瘟病菌Magnaporthe oryzae等多种真菌的基因组测序计划的完成,GenBank中积累了大量功能未知的真菌     

医酒同源

<正>改革开放以来,洋酒纷纷打着"健康"的旗帜进入中国,如啤酒进入中国市场的时候,号称"液体面包";红酒进入中国市场的时候,则称"液体蛋糕";威士忌进入中国市场时,亦称"生命之水"。洋酒在中国如     

卡托普利对高血压大鼠动脉血管平滑肌细胞内质网相关因子葡萄糖调节蛋白78和C/EBP同源蛋白表达的影响

目的:研究卡托普利对早期高血压大鼠动脉血管平滑肌细胞内质网相关因子葡萄糖调节蛋白78(glucose-regulated protein of 78kd,GRPT8)和C/EBP同源蛋白(CAAT/enhancer binding protein homologous protein,CHOP)表达的影响.方法:将18只成年雄性Sprague-Dawley(SD)大鼠随机分为对照组、模型组和卡托普利组(n=6),模型组和卡托普利组均采用大鼠腹主动脉结扎建立高血压大鼠模型.4周后测量血压,应用免疫组化方法检测主动脉血管平滑肌细胞GRP78和CHOP的表达;缺口末端标记法(TUNEL)检测细胞凋亡.结果:(1)模型组平均动脉压(mean arterial blood pressure,MAP)明显增加,卡托普利组血压低于模型组,高于对照组,差异具有统计学意义(P<0.05);(2)模型组内质网因子GRP78、CHOP表达均增加,卡托普利组GRP78、CHOP表达低于模型组,高于对照组,差异具有统计学意义(P<0.01);(3)模型组血管平滑肌细胞凋亡率减少,卡托普利组血管平滑肌细胞凋亡率高于模型组,低于对照组,差异具有统计学意义(P<0.01).结论:卡托普利可降低高血压大鼠动脉血管平滑肌细胞GRP78和CHOP的表达,增加细胞凋亡.可能与其减弱高血压所致内质网反应,维持血管平滑肌细胞的增殖/凋亡平衡有关.     

雌核发育银鲫子代中微卫星特异序列分析

雌核发育个体的基因型基本上完全与母本相同,这是源于卵子发生过程中没有经过减数分裂.父本的遗传物质是在随机水平、亚基因组水平或基因组水平参与到子代的遗传重组过程,从而对长期突变积累的雌核发育生物基因组进行补偿,一直是遗传学家关注的问题.本文对雌核发育银鲫特异个体及父母本5个微卫星位点的扩增条带进行了克隆测序,相似性比对结果显示,特异个体所表现的父咎匾霥NA条带,序列结果与父本完全相同或相似(SCM4、SCM9、YJ5),并在某些位点上保留了母本的特异条带(YJ5),而个体本身特异的DNA条带与父母本的相似性均较高(SCM13).同时,所检测到的个体经越冬后查验为雌性个体,进一步进行同源繁育,研究变异条带在繁殖中的命运.连续2代的繁育检测结果表明,融合了父本特异性条带的银鲫个体在繁殖过程中仍行雌核发育的生殖方式,变异来的条带能够传递给子代,进一步证实同源雌核发育银鲫通过小概率两性融合事件丰富银鲫种群的遗传多样性[动物学报 53(3):537-544,2007].     

稻属谷氨酰胺合成酶家族的系统分析

比较籼粳栽培稻和野生稻中谷氨酰胺合成酶(GS)基因和蛋白质的结果表明,水稻GS蛋白编码区序列高度保守,而非编码序列变异较大。GS2基因的进化比GS1基因保守。短药野生稻中GS基因进化主要是内含子的变异,但此种内含子的变异在籼粳栽培稻中幅度要小得多。     

FHFs在心律失常中作用及机制的研究进展

成纤维细胞生长因子同源性因子(fibroblast growth factor homologous factors,FHFs)作为一类特殊的成纤维细胞生长因子,因发现其不能分泌到细胞外且可以调节电压依赖性钠通道而倍受关注,先前的研究发现FHFs对神经系统具有重要影响并与多种神经系统疾病有关,最近的研究证明FHFs在心脏中也具有重要作用并可能与某些心律失常的发生相关。本文将通过综述FHFs在蛋白结构、心肌中的表达、对心肌钠、钙通道蛋白的调节、对心肌兴奋性和传导性的影响等方面来重点阐述FHFs在心律失常中的作用及其机制。