NCBI的数据库资源及其应用

NCBI是美国的一个大型生物信息学系统,它主要通过NCBI网站为全世界的科学家服务,它拥有GenBank,RefSeq,UniGene,dbSNP等等多种大型生物学数据库,并且提供了多种数据库查询工具,如：Entrez,PubMed,LocusLink,TaxonomyBrowser等等,以及多种数据库分析资源,对于我们查询文献,人类基因组信息、基因表达、蛋白质结构、肿瘤遗传信息,以及不同种属遗传信息等等有非常大的帮助。是一个非常重要的生物医学资源。     

两种大吴风草的耐荫特性研究

本文通过田间试验和叶绿素分析对上海地区两个品种大吴风草的耐荫性进行初步研究,结果表明大吴风草是喜半荫,耐荫的植物。大吴风草在遮光率达86.4%环境中生长良好,因此在完全郁闭度的树林或灌木丛下作地被具有良好的景观效果。     

蛋白质组学在去泛素化酶研究中的应用

泛素-蛋白酶体系统是细胞内蛋白质特异性降解的主要途径,参与并调控细胞周期、免疫应答、信号传递和DNA修复等真核生物体内几乎所有的生命活动。去泛素酶的存在使泛素化修饰成为可逆过程,保证了泛素系统及其相关生理过程的动态平衡,其表达紊乱也是诱发多种疾病的主要原因。对去泛素化酶进行系统、全面的研究是理解其作用机制并将其作为治疗药物靶点的前提。蛋白质组学技术的快速发展为系统深入研究去泛素化酶提供了条件,特别是在去泛素化酶的相互作用网络和底物特异性研究等方面发挥了独特的作用。因此,文中结合课题组研究工作,对去泛素化酶的分类及功能进行介绍并总结了蛋白质组学在去泛素化酶研究中的应用进展。     

低压低氧延迟预适应小鼠海马差异表达蛋白的分离及鉴定研究

目的:探索低压低氧延迟预适应(HHDP)小鼠海马差异表达蛋白。方法:建立小鼠海马HHDP动物模型后,用含尿素的细胞裂解液提取海马总蛋白质。经等电聚焦、SDS-PAGE电泳、考马斯亮蓝R250染色,比较对照组及HHDP组双向电泳图谱上蛋白质点的差异。切取HHDP组表达增高的蛋白质点,经脱色、胰蛋白酶酶切、提取肽片段,进行MALDI-TOF-MS检测。结果:在正常对照组和HHDP组海马总蛋白双向电泳图谱上,分别检测到481±38和477±21个点,匹配点为169±6个。其中HHDP组比对照组增高大于2倍的有33±10个点,降低大于2倍的有21±12个点。电泳图谱平均相关系数为0.7748±0.0267。有12个点在HHDP组显著增高(P<0.05,n=4),对其进行了肽质量指纹图谱分析,其中8个蛋白点得到相应的肽质量指纹图谱。数据库检索显示其中一个为果糖二磷酸醛缩酶A。3个在蛋白质数据库中没有检索到与之相匹配的任何蛋白,可能为新蛋白。另外4个可找到与其有部分匹配的氨基酸序列,但分子量和等电点与对应蛋白相差悬殊,它们可能具有同源性。结论:小鼠海马HHDP时,果糖二磷酸醛缩酶A等多种蛋白表达发生改变,可能是产生HHDP的重要机制之一。     

HBx与宿主蛋白质的相互作用

HBx是哺乳动物嗜肝性HBV的X读码框所编码的HBV中唯一具有多种调控功能的病毒蛋白质。这些调控作用包括：激活宿主细胞和病毒自身基因的转录、调控凋亡、抑制细胞中受损DNA的外切修复反应以及激活细胞中信号转导通路如：MAPK、JAK、STAT的级联反应等;HBx通过这样的多种调控作用直接或间接地对病毒自身的复制与增殖以及宿主细胞中基因的表达与调控、细胞的凋亡与癌变等过程都产生了广泛的影响。     

帕金森病和正常人外周血单个核细胞的蛋白质组差异分析

目的:通过研究帕金森病和正常外周血单个核细胞(PBMC)的蛋白质组差异,初步探讨外周免疫系统与帕金森病的病理联系.方法:用固相pH梯度双向凝胶电泳分离人帕金森病和正常单个核细胞总蛋白质,考马斯亮蓝染色,PDQuest 2-DE软件分析,对部分差异蛋白质点进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)测定其胶内酶解后的肽质指纹图谱,用Mascot查询系统查询SWISS-PROT数据库.结果:获得了分辨率和重复性均较好的双向电泳考染图谱,对其中的21个差异蛋白质点分别进行肽质指纹分析,经数据库查询,初步鉴定为一些与蛋白降解、抗氧化应激、信号转导、细胞骨架、细胞周期调控等有关的蛋白质.结论:建立了帕金森病PBMC的双向凝胶电泳图谱,提示帕金森病和正常的PBMC的蛋白质表达具有差异.     

大规模蛋白质相互作用组实验技术及其应用

大规模蛋白质相互作用研究的主要实验技术包括酵母双杂交技术、串联亲和纯化技术和蛋白质芯片技术,随着这些技术的不断发展和完善,科学家们在模式生物、哺乳动物、病原微生物中展开了大规模的蛋白质相互作用组研究,并进行了药物研发方面的研究,绘制了多种生物的蛋白质相互作用连锁图,揭示了多种蛋白质的新功能,为全面研究蛋白质（群）的分子作用机制、药物研发和疾病的临床预防与治疗等提供了崭新的线索。     

科学出版社新书

蛋白质工程实验指南John M.Walker主编苏晓东等译现代蛋白质工程是将分子生物学、蛋白质结构与功能分析、理论计算,以及生物化学有机结合的学科,其目标是快速及高效率地发展和改进实用的或有价值的蛋白质。     

利用生物信息学技术研究蛋白功能的几种方法

阐明基因的功能是后基因组计划的主要任务。生物信息学为解决这一难题提供了有力手段,生物信息学是用数理和信息学的观点,理论,方法研究生命现象,组织和分析呈指数增长的生物学数据的一门新型学科,本文介绍4种应用生物信息学技术研究蛋白功能的方法。