人类可变翻译事件的研究

可变翻译事件是基因翻译过程中的一种非常重要的机制, 它可以增加基因产物的多样性. 虽然目前报道了一些可变翻译基因, 但是这些研究提供的信息还十分有限, 并不足以推广到整个基因组水平. 已知的可变翻译的基因数目很少, 因此对可变翻译机制的了解也是非常有限的, 这就需要发现更多的可变翻译基因. 然而, 依靠传统的实验方法去发现可变翻译基因十分费时费力, 因此通过系统地研究公共数据库中的大量已测序的蛋白质序列, 并且预测了1237个蛋白质簇作为可变翻译基因. 计人类基因组中大约有8%~10% 的基因会发生可变翻译现象. 这个结果大大地提高了可变翻译基因的数量级, 意味着可变翻译在基因的翻译过程中是一个十分普遍的现象.     

拟南芥不同组织基因表达及可变剪接差异分析

可变剪接是转录后重要的基因表达调控方式,也是转录组和蛋白质组多样性的重要来源. 近年来随着拟南芥、水稻、玉米等植物转录组测序的完成,研究人员发现植物pre-mRNA可变剪接的发生与组织分化、发育等生物学过程密切相关. 本工作基于GEO数据库的RNA-seq数据,使用高通量测序数据分析常用的Trimmomatic、Salmon、DESeq2、SUPPA2等工具,识别了拟南芥的种子、根、叶、花、花梗、节间、长角果共7种组织的表达基因和可变剪接事件,以及7种组织间的差异表达基因和差异可变剪接事件,并以叶和花为例展示了相应的生物学功能分析. 该工作系统地研究了拟南芥基因表达和可变剪接发生的组织特异性,有助于进一步阐明植物基因组的基因表达调控机制.     

多聚嘧啶区结合蛋白1通过调控基因的可变剪接促进胆管癌细胞的生长、迁移及侵袭能力

胆管癌是一种起病隐匿、侵袭性强、致死率高的原发性恶性肿瘤。多聚嘧啶区结合蛋白1(polypyrimidine tract-binding protein 1, PTBP1)已被报道,在多种类型肿瘤组织中异常高表达并参与癌症进展,但其在胆管癌中的作用仍未见报道。该研究旨在探讨PTBP1在胆管癌中的生物学功能,并初步解析其分子机制。本文利用公开的癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据,分析了胆管癌及癌旁组织中的PTBP1 mRNA表达水平。结果显示,PTBP1在胆管癌组织中的表达水平显著高于癌旁组织(P < 0.05)。随后,在胆管癌细胞系RBE和HuH28中,通过CCK-8和细胞平板克隆实验,评价了PTBP1对胆管癌细胞生长能力的影响。结果显示,过表达PTBP1可显著促进胆管癌细胞的生长(P < 0.01),而敲低PTBP1显著抑制胆管癌细胞的生长(P < 0.001)。Transwell和Invasion实验结果显示,过表达PTBP1可显著促进胆管癌细胞的迁移和侵袭(P < 0.001),而敲低PTBP1显著抑制胆管癌细胞的迁移和侵袭(P < 0.001)。转录物组测序和通路富集分析结果显示,在胆管癌细胞中,敲低PTBP1后上调表达的基因显著富集于p53信号通路;而下调表达的基因显著富集于胆固醇代谢、Rho GTPase和TGF-β等信号通路。基于上述转录物组测序数据,本文还分析发现,敲低PTBP1可导致一系列基因发生异常的mRNA可变剪接事件,例如参与TGF-β调控的TGIF1及与p53活性相关的GNAS基因等。综上所述,PTBP1可能通过调控一系列基因的可变剪接而影响多个癌症相关的信号通路,从而促进胆管癌的进展。     

肌骨超声联合剪切波弹性成像对针刺阿是穴治疗梨状肌综合征疗效的评估价值

摘要 目的：探讨肌骨超声（MSKUS）联合剪切波弹性成像技术（SWE）在评估针刺阿是穴治疗梨状肌综合征（PS）疗效中的应用价值。方法：选取临床诊断单侧急性起病的PS患者40例,以患侧为治疗组,健侧为空白对照组,患侧采用阿是穴针刺,辅以梨综五针法行针刺治疗。健侧及患侧治疗前、治疗1疗程、治疗2疗程后均运用二维MSKUS及SWE技术获取梨状肌厚度、梨状肌出口处坐骨神经厚径、梨状肌弹性模量值及弹性评分,同时于上述各个时点记录患侧视觉模拟评分（VAS）及临床症状积分,对上述超声影像学指标、VAS评分、临床症状积分进行分析比较,并计算治疗有效率。结果：针刺治疗前,患侧梨状肌厚度、梨状肌出口处坐骨神经厚径、梨状肌杨氏模量值及梨状肌弹性评分与健侧相比,差异均具有统计学意义（P＜0.05）。患侧治疗2个疗程后,梨状肌出口处坐骨神经厚径、梨状肌杨氏模量值与健侧相比,差异有统计学意义（P＜0.05）。患侧于治疗前、治疗1疗程、治疗2疗程后,上述超声影像学指标均好转,且呈逐渐下降趋势,且各时间节点两两相比较,差异均具有统计学意义（P＜0.05）。针刺治疗过程中,PS患者的疼痛症状不断改善,临床症状积分与VAS评分呈不断下降趋势,整体比较差异有统计学意义（P＜0.05）,且于任意时点两两比较,差异均具有统计学意义（P＜0.05）。治疗2个疗程后,PS患者治疗总有效率达92.50%。结论：针刺阿是穴治疗对急性期PS患者的临床疗效显著,MSKUS联合SWE技术能够为针刺阿是穴治疗的疗效评价提供科学客观的超声定量依据,具有良好的应用价值及临床意义。     

基因工程抗体研究进展

基因工程抗体研究进展刘喜富,黄华梁（中国科学院遗传研究所北京１００１０１）自１９７５年Ｋｏｈｌｅｒ和Ｍｉｌｓｔｅｉｎ等创立了杂交瘤技术以来,单克隆抗体已广泛应用于临床疾病的诊断,治疗和预防以及基础理论研究等多个领域,取得了令人鼓舞的结果。但由于鼠单克隆抗体对人体具有免疫原性,不能重复使用,影响疗效,而且生产单抗的成本较高,难以普及使用,围绕如何降低鼠源单克隆抗体的免疫原性以及在大肠杆菌中表达抗体基因的问题, 基因工程抗体技术得以产生和发展。     

2019新型冠状病毒基因组的生物信息学分析

2019年12月,中国武汉报道了冠状病毒引起的肺炎,其临床症状与2003年爆发的严重急性呼吸综合征(Severe Acute Respiratory Syndrome, SARS)不同,因此推断该病毒可能是冠状病毒的一个新变种。不同于简单使用全基因组序列的其它研究,我们于2018年在国际上首次提出分子功能与进化分析相结合的研究思想,并应用于Beta冠状病毒B亚群(BB冠状病毒)基因组的研究。在这一思想指导下,本研究使用BB冠状病毒基因组中的一个互补回文序列(命名为Nankai complemented palindrome)与其所在的编码区(命名为Nankai CDS)对新发布的2019新型冠状病毒基因组(GenBank:MN908947)进行分析以期准确溯源,并对BB冠状病毒的跨物种传播和宿主适应性进行初步研究。溯源分析的结果支持2019新型冠状病毒源自蝙蝠,但与SARS冠状病毒差异巨大,这一结果与两者临床症状差异一致。本研究的最重要发现是BB冠状病毒存在大量的可变翻译,从分子水平揭示了BB冠状病毒变异快、多样性高的特点。从BB冠状病毒可变翻译中获取的信息可应用于(但不限于)其快速检测、基因分型、疫苗开发以及药物设计。另外,我们推断BB冠状病毒可能通过可变翻译以适应不同宿主。基于大量基因组数据的实证分析,本研究在国际上首次从分子水平尝试解释了BB冠状病毒变异快、宿主多且具有较强的宿主适应性的原因。     

环形RNA全长组装与定量工具的研究进展

环形RNA是一种广泛存在于真核细胞的内源性RNA,由前体RNA反向剪接而成,不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴,呈封闭环状结构。环形RNA通过miRNA海绵结合等方式参与基因表达调控等许多重要的生物学过程。环形RNA可以通过可变剪接产生不同的环形RNA转录本,因此获取环形RNA转录本内部全长序列信息以及对环形RNA内部可变剪接产物进行精确定量是揭示环形RNA调控功能的前提。生物信息学工具能够高效便捷的处理高通量测序数据,被普遍用来鉴别和分析环形RNA。本文介绍了环形RNA的产生机制以及功能特性,对环形RNA检测、全长序列组装以及定量相关计算工具进行综述。     

PCDHA基因簇及其影响神经发育的研究进展

原钙黏连素(PCDHs)家族属于Ca2+依赖的细胞黏着糖蛋白,在脑神经元网络搭建中扮演至关重要的角色.PCDHs家族在染色体上呈现簇状和非簇状分布,簇内众多可变外显子在神经元内随机表达,其丰富的蛋白变体组合锚定在神经元表面,作为特有信号"密码",识别并介导轴突或树突之间的连接.该文综述了近些年国内外的研究报道,阐述家族...     

超声剪切波成像联合白细胞介素-10及趋化因子受体7对甲状腺病变性质的评估价值

目的：探讨超声剪切波成像(2D-SWE)联合白细胞介素-10(IL-10)及趋化因子受体7(CXCR7)对甲状腺病变性质的评估价值。方法：选取2022年1月-2023年10月行甲状腺手术治疗的甲状腺患者89例,对所有患者行术前2D-SWE检查,术后病理组织IL-10及CXCR7表达检测;探讨2D-SWE杨氏模量指标E_Mean、E_Max、IL-10及CXCR7表达与甲状腺病变性质的关系。建立2D-SWE结合IL-10及CXCR7对甲状腺病变性质预测的二元Logistic回归风险评估模型,接收者工作特征曲线(ROC)分析回归模型的评估效能。结果：89个甲状腺病灶中,良性病灶54例,恶性病变35例,IL-10阳性表达33例,CXCR7阳性表达33例。以病理检查结果为金标准,根据病灶性质将病变分为良性病变组(n=54)和恶性病变组(n=35)。恶性病变组2D-SWE杨氏模量指标E_Mean、E_Max高于良性病变组,IL-10、CXCR7阳性表达率高于良性病变组(P<0.05)。E_Mean