中老缅边境蚊虫标本中Nam Dinh病毒的分离和鉴定

2012年在云南省南部中老缅边境地区采集的库蚊中分离到3株病毒(YN12039、YN12040、YN12060),该病毒只引起C6/36细胞发生病变。负染电镜观察病毒颗粒呈球形,直径60~80nm,有囊膜,表面有刺突。采用RTPCR方法对分离株的RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA-polymerase,RdRp)、HEL1(superfamily 1helicase)、S蛋白(spike protein)基因进行扩增,同源性分析显示3株云南新分离株与Nam Dinh病毒(NDiV)RdRp、HEL1、S蛋白氨基酸序列相似度最高,均为98%以上。系统进化分析结果表明,3株云南新分离株与NDiV的亲缘关系最近,处于同一进化分支。该研究结果丰富了NDiV病毒的信息,对NDiV病毒分子特征、分布区域和物种嗜性等特征提供了数据参考。     

siRNA沉默整合素beta1 基因对子宫内膜癌细胞侵袭、转移的影响

目的：探讨siRNA 沉默整合素茁1 基因对子宫内膜癌细胞侵袭、转移的影响。方法：选取子宫内膜癌ECC-1细胞系(ER阳性) 和KLE细胞系(ER阴性)，分别转染Integrin beta1 siRNA 质粒(Integrin beta1 siRNA 组)、无义序列siRNA质粒(无义序列对照组)和空载 质粒(空载对照组)，利用实时荧光定量PCR 检测各组细胞中Integrin 茁1 mRNA的表达，Western blot 检测各组细胞中Integrin beta1、 beta-catenin 和C-Myc 蛋白的表达，Transwell 小室检测各组细胞迁移和侵袭能力，MTT 法检测各组细胞的增殖情况。结果：Integrin beta1 siRNA 组ECC-1 细胞和KLE 细胞中Integrin beta1 mRNA 和蛋白相对表达量均低于无义序列对照组和空载对照组(P<0.05)； Integrin beta 1 siRNA组ECC-1 细胞和KLE细胞中beta-catenin 蛋白和C-Myc 蛋白相对表达量均低于无义序列对照组和空载对照组， 差异均有统计学意义(P<0.05)；Integrin beta1 siRNA组ECC-1 细胞和KLE 细胞中迁移细胞数和侵袭细胞数均低于无义序列对照组 和空载对照组(P<0.05)；Integrin beta1 siRNA 组ECC-1细胞和KLE 细胞的A 值均低于无义序列对照组和空载对照组(P<0.05)。结 论：特异性抑制Integrin beta1 基因可抑制子宫内膜癌细胞迁移、侵袭和增殖，可能与抑制Wnt信号传导有关。     

柯萨奇病毒B组3型基因组剪切片段的序列分析

柯萨奇病毒B组(Coxsackievirus B,CVB)感染细胞时其基因组RNA存在不稳定现象,但产生机制尚不清楚。本研究将柯萨奇病毒B组3型(CVB3)感染细胞后,利用5′ cDNA末端快速扩增技术(5′ rapid amplification of cDNA ends,5′ RACE)扩增并克隆细胞内CVB3基因组片段,并对每条序列及其5′端的二级结构进行分析。结果获得的20条CVB3基因组片段,长度为 2 067～5 547 bp,片段断端主要分布于2Apro和2C编码区。RNAfold分析显示,这些片段多数在5′断点端形成二级茎-环结构。本研究显示,CVB在宿主细胞感染时可形成大量不完整基因组RNA片段,这些片段可在5′断点端形成局部双链结构,提示片段不是随机产生,可能是RNA酶剪切产物。此发现有助于理解CVB基因组不稳定的机制。     

胃癌组织长链非编码RNA ZDHHC8P1、MEG3、TUG1表达与临床病理特征及预后的关系研究

目的:探讨胃癌组织长链非编码RNA(lncRNA)DHHC型锌指蛋白8假基因1(ZDHHC8P1)、母系表达基因3(MEG3)、牛磺酸上调基因1(TUG1)表达与临床病理特征和预后的关系。方法:选取2013年1月至2016年1月我院病理科收集的83例胃癌患者经手术切除或胃镜活检的癌组织及癌旁组织石蜡标本,检测胃癌和癌旁组织中ZDHHC8P1、MEG3、TUG1表达。分析ZDHHC8P1、MEG3、TUG1表达与胃癌临床病理特征的关系。随访所有患者,分析ZDHHC8P1、MEG3、TUG1表达与患者预后的关系。结果:胃癌组织中ZDHHC8P1、TUG1表达量均高于癌旁组织(P0.05),MEG3表达量低于癌旁组织(P0.05)。ZDHHC8P1表达与肿瘤直径、分化程度、浸润深度、TNM分期、淋巴结转移、远处转移有关(P0.05),MEG3、TUG1表达与分化程度、浸润深度、淋巴结转移有关(P0.05)。Kaplan-Meier生存曲线分析结果显示ZDHHC8P1、TUG1高表达患者无疾病进展生存(PFS)率、总生存(OS)率低于ZDHHC8P1、TUG1低表达患者(P0.05),MEG3低表达患者PFS、OS率低于MEG3高表达患者(P0.05)。Cox风险回归分析结果显示淋巴结转移、ZDHHC8P1高表达、TUG1高表达、MEG3低表达是胃癌患者不良预后的危险因素(HR=1.613、1.956、2.512、-0.824,P0.05)。结论:胃癌组织中ZDHHC8P1、TUG1呈高表达,MEG3呈低表达,ZDHHC8P1、TUG1、MEG3表达均与胃癌临床病理特征和预后有关,可作为胃癌患者预后评估的辅助指标。     

Defining endogenous barcoding sites for CRISPR/Cas9-based cell lineage tracing in zebrafish

There is a growing interest in developing experimental methods for tracking the developmental cell lineages of a complex organism.The recently developed CRISPR/Cas9-based barcoding method is,although highly promising,difficult to scale up because it relies on exogenous barcoding sequences that are engineered into the genome.In this study,we characterized 78 high-quality endogenous sites in the zebrafish genome that can be used as CRISPR/Cas9-based barcoding sites.The 78 sites are all highly expressed in most of the cell types according to single-cell RNA sequencing(scRNA-seq)data.Hence,the barcoding information of the 78 endogenous sites is recovered by the available scRNA-seq platforms,enabling simultaneous characterization of cell type and cell lineage information.     

蚊虫组学研究进展

近年来,随着高通量测序技术和生物信息学分析技术的成熟和不断革新,蚊虫基因组学、转录组学、小RNA组学也获得了快速发展。迄今为止,已有包括白纹伊蚊、埃及伊蚊、冈比按蚊在内约22种媒介蚊虫的基因组被解析报道。不同蚊种的基因组大小差异很大,且与基因组中的重复序列的多少呈正相关;蚊基因组的解析和比较基因组的分析有助于探索蚊基因组的结构和功能;转录组的研究为蚊虫嗅觉、性别决定、胚胎发育等相关基因的研究提供了有效手段;小RNA组的研究揭示了miRNA和piRNA在蚊媒抗病毒免疫通路中具有重要作用。综上所述,蚊虫组学研究为防治媒介蚊虫和蚊媒传染病病提供了理论基础和数据支撑。     

转座子来源的植物长链非编码RNA

转座子是基因组的重要组分, 影响基因组的结构与稳定。长链非编码RNA (lncRNA)在转录及转录后水平调控多个生物学过程。转座子与lncRNA是物种进化的重要驱动力。含有转座子序列的lncRNA在自然界广泛存在。该文对植物lncRNA的发掘策略和功能研究进行概述, 围绕植物转座子来源lncRNA (TE-lncRNA)的分布和功能展开综述, 并对植物TE-lncRNA的调控机制、表观修饰及育种潜势等进行探讨与展望。     

强化类球红细菌辅因子NADPH再生以提高法尼醇的产量

法尼醇(Farnesol,FOH)是由焦磷酸异戊烯基(IPP)和焦磷酸二甲基烯丙基(DMAPP)合成的法尼酰基焦磷酸盐(FPP)去焦磷酸化作用生成的。在类球红细菌中IPP和DMAPP是由MEP途径生成,而完整的MEP途径需要消耗大量的辅因子NADPH,增加胞内NADPH的量有可能强化FOH的合成。文中从增加NADPH的生成和降低NADPH的消耗这两个策略出发,分别干扰了编码6-磷酸葡萄糖异构酶基因(pgi)和谷氨酸脱氢酶基因(gdhA)的表达,同时强化了磷酸戊糖途径中6-葡萄糖磷酸脱氢酶基因(zwf)和6-葡萄糖酸磷酸脱氢酶基因(gnd)的表达。实验结果表明,经改造的菌株NADPH含量显著增加,干扰菌株中菌株RSpgii的产量较高,为3.91 mg/g,在过表达的菌株中同时过表达zwf和gnd基因的重组菌株(RSzg)的FOH产量提高到了3.43 mg/g。为了获得FOH产量更高的菌株,以RSpgii为出发菌株,分别与zwf和gnd组合调控,获得的菌株RSzgpi的产量达到了最高量为4.48 mg/g,是出发菌株RS-GY2产率的2.24倍。     

miRNA和lncRNA在动物脂肪沉积中的研究进展

微小RNA(MicroRNA,miRNA)是一类由18–25个核苷酸组成的高度保守的核苷酸序列,它可以特异性结合信使RNA (mRNA)的3′-非编码区域,进而发挥降解mRNA或阻遏mRNA翻译的负调控作用。长链非编码RNA (Long non-coding RNA,lncRNA)是一类长度超过200个核苷酸、不能编码蛋白质或只能编码蛋白质微肽的核苷酸序列,它可以在表观遗传、转录水平和转录后水平调控基因表达。脂肪作为一种重要的储能物质,在调节动物体能量平衡过程中发挥着重要的作用,并与动物产肉量、肉品质等产肉性状密切相关。而脂肪功能的紊乱可导致高血脂、Ⅱ型糖尿病以及一系列心血管疾病发生,因此动物脂肪沉积的分子调控机制备受人们关注。近年来,越来越多的研究发现miRNA和lncRNA在动物脂肪沉积中发挥重要作用。文中就现阶段miRNA和lncRNA在动物脂肪沉积中的研究进展进行综述,以期为进一步揭示动物脂肪沉积的分子调控机制提供理论指导和新思路。