基于单细胞ATAC测序技术对18-三体综合征染色质开放性区域转录因子的分析

18-三体综合征是常见的常染色体非整倍体疾病之一,长期以来人们对18-三体综合征疾病的临床表型(如智力障碍、心脏、肾脏异常等)发生及发展相关的基因调控知之甚少。为探索影响该疾病表型的调控因子,本研究利用单细胞ATAC测序技术,对18-三体综合征和对照组的脐带血单个核细胞的开放性染色质区域的转录因子进行分析。捕获11,611个细胞构建的单细胞文库鉴定得到7种主要免疫细胞群,细胞数量统计的结果提示18-三体综合征的免疫系统异常。通过分析开放性染色质区域,筛选得到14个转录因子(P<0.05,|FC|>1.2)。采用实时荧光定量PCR验证其中4个转录因子(TEAD1、TEAD2、TEAD4、Twist2)的相对表达量的结果符合预期。上述研究结果表明这4个转录因子可能与18-三体综合征患者心脏和骨骼发育的异常相关,为18-三体综合征表型的发生及发展的机制研究提供候选分子。     

柱前和柱后衍生高效液相色谱分析氨基酸方法进展与评述

柱前和柱后衍生高效液相色谱分析氨基酸方法进展与评述刘惠文中国林业科学研究院分析中心北京１００９１自从１９５８年Ｓｐａｃｋｍａｎｓｔｅｉｎ和Ｍｏｏｒｅ建立了最初的氨基酸分析技术以来,随着高效液相色谱的出现和发展,氨基酸分析方面的探讨也更加广泛和深入［１...     

东南极达尔克冰川-183m深处冰层融水细菌多样性研究

【目的】目前对于南极冰层微生物研究较少,而且研究手段多为纯培养和高通量测序,对于其中的微生物群落多样性仍知之甚少。本研究拟研究东南极达尔克冰川冰层中微生物群落组成。【方法】采用纯培养法、单细胞分选和高通量测序3种方法对东南极达尔克冰川冰层微生物进行研究,探究该生境中微生物的群落组成。【结果】从达尔克冰川中分离出10门19纲94属。其中,变形菌门(Proteobacteria)为优势菌门,α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)为优势纲,鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)为优势属,结果显示冰层中存在较为丰富的微生物多样性。其中,纯培养法分离出25株细菌。单细胞分选方法分离得到24株细菌。高通量测序共得到55 183条序列,聚类出116个操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)。3种研究方法得出的优势种群不尽相同。通过单细胞分选和纯培养法共获得7株细菌,它们与数据库最近源16S rRNA基因序列的相似度小于98.65%,其中有2株菌株与最近源16S rRNA基因序列的相似度小于95.00%,推测可能有2个潜在新属,5个潜在新种。【结论】本研究通过纯培养法、单细胞分选以及高通量测序3种方法对东南极达尔克冰川冰层微生物多样性进行研究发现,该生境中细菌多样性复杂。对比3种方法,其各有优势和局限性。这意味着结合使用多种研究方法研究微生物多样性,可获得更加全面的微生物群落组成。研究结果可为挖掘南极微生物资源提供数据基础。     

基于单细胞测序探索SENP2在肾细胞癌不同亚型中的作用

本研究基于单细胞测序数据探讨SENP2在肾细胞癌(renal cell carcinoma, RCC)3种不同亚型中的表达差异和作用机制。通过R语言进行UMAP降维可视化和差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)的筛选;对DEGs进行功能注释和富集分析并构建蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,通过Cytoscape软件筛选关键基因;通过分析SENP2的表达差异与3种RCC亚型患者生存预后和临床分期的关系,揭示其在不同亚型中的作用;通过分析SENP2及其互作基因的相关性,探索SENP2引起3种不同RCC亚型患者生存预后和临床分期差异性的调控机制;最后,对肾透明细胞癌(kidney renal clear cell carcinoma, KIRC)中的SENP2进行免疫组化实验。本研究结果表明,RCC 3种亚型中的基因表达具有差异性;RCC 3种亚型中差异表达基因显著富集于细胞增殖、蛋白质代谢、细胞衰老以及TP53调节等生物学过程中;筛选关键基因,锁定SENP2;生存分析和临床分期分析结果表明...     

蓖麻蚕雄蛾触角的嗅觉感受细胞对性信息素各组分的反应

本文用单个嗅觉感受细胞电反应的记录方法,测定了蓖麻蚕Philosania cvnthiaricini)雄蛾触角的毛形感器对其性信息素组分及雌蛾腹部性腺提取物的反应。发现反-4,反-6,顺-11-十六碳三烯醛和反-4,反-6,顺-11-十六碳三烯乙酸酯能引起反应。对前者发放大脉冲,对后者发放小脉冲,对雌蛾腹部提取物发放大、小两种脉冲,但以大脉冲为主。选择性适应试验表明,蓖麻蚕雄蛾触角的毛形感器中存在两种不同类型的嗅觉感受细胞。     

生态平衡分析方法的探讨：反射率气候模拟尝试

一、前言目前的研究表明,地球-大气是通过大气湍流、系统性垂直运动、蒸发、凝结和辐射等物理过程进行水汽和热量交换的,使得地区性局地气候在很大程度上带有下垫面的属性。下垫面特征的改变无疑对环境的气候变迁起着重要的作用。随着国民经济的发展,尤其工业的     

磷脂分析方法的研究进展

磷脂是细胞膜的重要结构组成成分,是许多生理活性物质的前体物质,还发挥着细胞信号传导,细胞增殖,细胞凋亡等作用。研究表明许多疾病与磷脂的代谢异常有关,对磷脂的分析有助于疾病的诊断和治疗,对磷脂的研究已经成为医学,生物和药学等众多学科的研究热点,因为磷脂结构复杂,种类繁多,对磷脂的分析一直比较困难,随着分析技术的不断进步,特别是质谱技术,文献报道应用HPLC-ESI-MS进行磷脂分析的报道也越来越多,为了更好地认识磷脂的结构,功能及其代谢过程等,本文从磷脂的提取方法,色谱分析,质谱检测方法和代谢组学研究等四个方面对对近年来针对磷脂分析的研究进展加以综述。     

人类胚胎期和成年期巨核细胞的分子特征比较

为探究人类不同发育时期巨核细胞的分子特征,基于人类胚胎期卵黄囊、胎肝和成年骨髓巨核细胞的单细胞转录组测序数据,从分子特征、基因调控网络等方面分别对其分子差异进行生物信息学分析。结果表明,胚胎期巨核细胞具有较强的增殖特征,高表达细胞增殖相关的转录因子;而成年期巨核细胞具有较强的血小板生成特征,高表达与巨核细胞分化成熟相关的转录因子。研究结果为研究不同发育阶段巨核细胞及其子代血小板的功能差异提供了理论依据。     

浅谈微生物在秸秆生物学转化中的应用

浅谈微生物在秸秆生物学转化中的应用吉海平（北京中国科技大学研究生院１０００３９）李王风斌陈金山（湖北大学生命科学系４３００６２）（山西太原工业大学化工系０３００００）（中国科学院文献情报中心１０００８０）一、前言据报道,我国年产农作物秸秆达５亿吨之多,用秸秆制作饲料和肥料,不仅可减少污染,还可变废为宝,解决目前饲料资源不足、价格昂贵等问题。另外,因为秸秆类的来源广泛,可以是玉米秆、稻草、麦...     

海藻糖分析方法的研究

对目前研究中应用的海藻糖的定性定量分析方法作了较为全面的介绍 ,并对各种方法的特点及适用性作了比较。