基于图自编码器和协同训练预测miRNA[]与疾病的关联

近年来,越来越多的生物学实验研究表明,microRNA (miRNA)在人类复杂疾病的发展中发挥着重要作用。因此,预测miRNA与疾病之间的关联有助于疾病的准确诊断和有效治疗。由于传统的生物学实验是一种昂贵且耗时的方式,于是许多基于生物学数据的计算模型被提出来预测miRNA与疾病的关联。本研究提出了一种端到端的深度学习模型来预测miRNA-疾病关联关系,称为MDAGAC。首先,通过整合疾病语义相似性,miRNA功能相似性和高斯相互作用谱核相似性,构建miRNA和疾病的相似性图。然后,通过图自编码器和协同训练来改善标签传播的效果。该模型分别在miRNA图和疾病图上建立了两个图自编码器,并对这两个图自编码器进行了协同训练。miRNA图和疾病图上的图自编码器能够通过初始关联矩阵重构得分矩阵,这相当于在图上传播标签。miRNA-疾病关联的预测概率可以从得分矩阵得到。基于五折交叉验证的实验结果表明,MDAGAC方法可靠有效,优于现有的几种预测miRNA-疾病关联的方法。     

不同护理模式对维持性血液透析患者透析依从性与生活质量的影响

目的探讨不同护理模式对维持性血液透析患者透析治疗依从性与生活质量的影响。方法将行维持性血液透析的患者80例,根据护理模式的不同分为对照组与研究组各40例,对照组采用常规护理模式,研究组采用协同护理模式,两组均干预4个月,并对两组患者干预前后进行透析依从性量表、简明健康调查表(SF-36)、护理满意度进行问卷调查,分析干预前后两组患者透析依从性、生活质量变化及对护理满意度情况。结果与干预前比较,干预后研究组患者在透析依从性评分、SF-36评分及护理满意度方面均明显升高,差异有统计学意义(均P0.01);而且与对照组比较差异亦有显著统计学意义(均P0.01)。结论协同护理模式可显著提高维持性血液透析患者的血透治疗依从性及生活质量,提高了护理满意度,值得临床推广应用。     

协同物种形成及其生物学意义

自达尔文与华莱士以来的每位生物学家都承认种间生态学作用对进化的意义。1964年,埃利希和雷文提出了协同进化理论。它反映了生态学相关的不同物种之间的相互作用引起的相互进化。这一理论引起了研究者的广泛重视。近年来,随着进化生态研究的深入发展,学者们对进化过程的生态机制以及生态特性与生态关系进化规律、种间生态学作用引起的物种形成有了进一步的认识。本文仅从协同物种形成的概念出发,对协同物种形成的生态机制以及生物学意义作一简要概述。协同物种形成的概念进化在本质上是一种生态过程,是生物与环境、生物与生物之间相互作用的结果。种群分化的生态机制和物种形成的本质在于对生存条件的逐步适应。按照协同进化理论,物种间的相互作用引起的协同适应     

遗传学对进化论的推动

生物进化论是生命科学中的哲学,它以各个具体的生命学科的研究成果为基础,从中总结、概括而来;同时,它又从更高的角度指导着生命科学的发展。     

科学出版社新书

DNA和蛋白质序列数据分析工具(第三版)作者:薛庆中等在众多生物基因组测序项目完成之际,我们面临的最大挑战是如何对DNA和蛋白质数掘进行科学的分析和注释。《DNA和蛋白质序列数据分析工具(第三版)》分三个层次解读基因数据库和网络工具:基因组学层面重点介绍序列比对工     

三室算盘子寄主上弯头细蛾的生物学特性及花气味成分分析

【目的】为了从生物学和化学生态学角度探讨弯头细蛾Epicephala ancylopa和寄主三室算盘子Glochidion sp.间专性传粉的互利共生关系稳定性。【方法】本研究在野外观察和室内实验的基础上,对专性传粉育幼互利共生体系中三室算盘子、弯头细蛾生物学特性进行详细研究,探究互利共生双方利益得失;用动态顶空吸附法分别收集三室算盘子雄花和雌花气味物质,运用气相色谱-质谱联用技术(GC-MS)分析并鉴定其有效成分,用峰面积归一化与内标法定性定量;最后通过主成分分析法比较雄花和雌花之间气味化学成分的差异性。【结果】弯头细蛾在云南省普洱太阳河国家森林公园每年有1个世代,成虫和幼虫的活动时间分别在3-4月和8-10月。三室算盘子结实率为44.20%,被蛀食率为69.94%,平均每头幼虫消耗2.55枚种子来满足自身生长发育,寄主植物留有83.06%完好的种子,以维持互利共生关系的稳定。三室算盘子雌雄花气味中共鉴定出24种挥发物,主要以单萜类和倍半萜类物质为主,其中(Z)-罗勒烯和β-榄香烯两种萜类物质含量最高(分别为47.11%和22.72%),推测其是吸引弯头细蛾传粉的主要气味成分;雄花和雌花之间气味化学成分存在明显的差异,具有两性异型性。【结论】弯头细蛾通过以卵越夏和以蛹越冬对策,实现成虫发生期与三室算盘子花期的精准匹配。弯头细蛾成虫白天静伏,傍晚开始活动,三室算盘子花的气味物质也只在晚上才明显释放,且雌雄花气味化学成分的两性异型性有利于弯头细蛾辨别雌雄花,以完成采集花粉与传粉行为。该研究结果为头细蛾属昆虫与算盘子属植物专性传粉互利共生关系稳定性的维持机制提供了新的依据,也为深入开展通过触角电生理检测和生物行为实验来筛选吸引传粉头细蛾的活性物质提供了理论依据。     

外生菌根对植物非生物胁迫的缓解作用及作用机理研究进展

外生菌根在林木共生系统中占据重要的地位,具有提高宿主植物抗逆性的作用.在菌根学领域中,外生菌根与非生物胁迫互作的研究要远少于其他类型的菌根,尤其是缺乏综合、全面的总结性评述.文中总结了近5年来的相关研究,阐述了非生物胁迫(干旱、寒冷、高温、盐碱、重金属和有毒物质)下菌根共生体与植物抗逆性的关系,其他因子与外生菌根协同提...     

他汀类药物治疗真菌感染研究进展CSCD

近年来,由于广谱抗生素、免疫抑制剂等广泛应用以及肿瘤放化疗、艾滋病等免疫功能低下患者增多,深部真菌感染发生率逐年上升,据统计,全球每年约有150万例致命真菌感染,远高于疟疾、乳腺癌或前列腺癌[1-2]。在我国,白念珠菌(Candida albicans)是引起深部真菌感染最主要的条件致病菌,经抗真菌药物治疗后,死亡率仍高达40%至50%[3]。目前常用的抗真菌药物主要有三类:抑制甾醇合成(氮唑类和烯丙胺类),影响细胞壁(两性霉素和棘白菌素类)和抑制DNA合成(氟胞嘧啶)[4]。     

白蚁与动物及微生物的共生类型及其机制

综述了白蚁螱客的主要种类、共生关系及相关机制的研究进展。白蚁螱客中,已报道的动物种类达170种。在与动物的共生关系中存在偏利共生（宾主共栖和异种共栖）、互利共生和无关共生三种;在与微生物的共生关系中,存在与内生菌（原生动物、细菌、真菌和放线菌）和外生菌（蚁巢伞菌等）间的互利关系。指出了白蚁与螱客研究中存在的问题,给出了解决方案,并提出了今后可能的研究热点或方向,为白蚁的综合利用（如纤维素酶）及今后研究物种间的协同进化提供了基础资料。     

闽三角城市群生态系统服务权衡的时空动态与情景模拟

闽三角城市群由厦门、泉州和漳州3个城市组成,是我国沿海开放地区之一。21世纪以来,快速的城镇化过程严重影响了该区域的生态安全以及生态系统服务功能,制约了当地的经济社会可持续发展。因此,研究闽三角城市群的生态系统服务权衡协同关系,对该区域的生态安全协同联动管理以及社会经济可持续发展具有重要意义。估算了闽三角城市群的保水服务、保土服务、NPP和食物供给4种生态系统服务功能,使用空间分析和空间统计等方法分析其时空动态变化和相互之间的权衡协同关系,并在不同情景下模拟了2030年的生态系统服务空间分布和权衡关系。结果表明:2005—2015年来,闽三角城市群的保水服务、保土服务、NPP和食物供给四种生态系统服务功能均呈下降趋势;在2005—2015年间,闽三角城市群的保水、NPP与保土3种服务之间呈现协同关系,食物供给服务与其他三种服务均呈权衡关系,虽四种服务的权衡协同关系未变,但权衡协同程度发生了复杂的变化;在空间分布特征上,晋江流域的生态系统服务权衡协同程度均高于九龙江流域,闽三角3个城市的生态系统服务权衡协同关系统一呈现厦门市泉州市漳州市;在不同情境设置中,自然情景下4种生态系统服务出现大幅降低,协同关系主要呈降低趋势,而权衡关系加剧,与规划情景相比,保护情景下的协同关系更高,权衡关系更低。