“电子”cDNA文库筛选指导基因的全长cDNA克隆

“电子”ｃＤＮＡ库筛选主要是指通过采用生物信息学的方法延伸表达序列标签（ＥＳＴ）序列,以获得基因的部分及至全长ｃＤＮＡ序列,避免或部分避免构建与筛选ｃＤＮＡ库等烦琐的实验室工作。该方法具体体现了ＥＳＴ数据库的迅速扩张已导致识别与克隆新基因的策略发生革命性的变化。ＥＳＴ序列ＺＡ７３为本实验室克隆到的可能参与辐射致气管上皮细胞恶性转化过程的基因片段,本研究采用“电子”ｃＤＮＡ库筛选的方法对其可能     

蚯蚓纤溶酶新基因EfP-0的电子克隆及其编码区序列RT-PCR验证

利用生物信息学手段,以期获得蚯蚓纤溶酶F-Ⅰ-0组分的基因。根据从粉正蚓（Lumbricus rubellus）中分离的FⅠ0组分的N端氨基酸序列VVGGSDTTIGQYPHQL,利用DNAMAN软件通过电子克隆方法,从Lumbricidae 的dbEST中获得该组分的核酸序列信息,设计特异引物, 经过RT-PCR,成功地从赤子爱胜蚓（Eisenia foetida）中克隆到一条蚯蚓纤溶酶新基因,命名为EfP-0。EfP-0基因全长678bp, 编码225个氨基酸的成熟肽,属丝氨酸蛋白酶,胰蛋白酶家族,与F-Ⅰ-0组分的氨基酸组成非常接近。BLAST证明,EfP-0与已报道的蚯蚓纤溶酶基因之间的相似性均低于40％,因此为蚯蚓纤溶酶中的一个新基因,GenBank 登录号为DQ836917。构建的pMAL-c2x-EfP-0重组质粒,在大肠杆菌TB1中获得融合蛋白MBP-EfP-0的可溶性表达,表达产物有酪蛋白平板溶解活性。     

基于 RS与 GIS的区域景观镶嵌结构研究

以兰州市西固区为区域背景,以RS和GIS为技术手段,按照地貌特征将研究区划分为四个分区,运用多样指数、优势度、破碎度、分离度等指标研究区域景观镶嵌结构的数量特征;运用分形理论建立各种景观类型形态的分形结构模型,以分维数为依据分析各种景观形态的复杂性;探讨控制和影响区域景观格局的主要因素。     

站点CERES-Rice模型区域应用效果和误差来源

作物区域模拟是利用有限的空间数据,最大限度地反映出生育期、产量等作物性状的时空变化规律.由于目前的作物模型大多是田间尺度的站点模型,把它运用到区域水平的效果如何研究甚少.文章利用CERES-Rice模型,对作物模型在我国的区域应用效果进行了分析.首先利用田间观测数据在各实验点上对模型进行了详细的站点校准,以验证模型在我国的模拟能力;然后以我国水稻生态区(精确到亚区)为单位,运用均方根差(RMSE)法进行了区域校准和验证;最后利用区域校准后的CERES-Rice模型,模拟了1980～2000年的网格(50km×50km)水稻产量,并与同期农调队调查产量进行统计比较,以验证区域应用的效果,为区域模拟的推广和应用提供参考.结果表明:经过空间校准后的CERES-Rice模型,在水稻的主产区1～4区(占种植面积的95%)模拟的平均产量与调查产量相对均方根差在22%以内,两者的符合度也较好,个别区域(5、6) RMSE%在24%～30%之间;1980～2000年水稻各产区模拟的平均产量与调查产量随时间变化趋势也具有一定的一致性;全国1896个网格中,大部分网格(71.01%)模拟的21年水稻年产量与调查产量的RMSE%在30%之内,且大部分分布在水稻主产区,考虑到水稻种植面积的权重后,认为利用区域校准和验证后的CERES-Rice模型进行水稻区域模拟,可以反映出产量的时空分布特征,能够为宏观决策提供相应的信息.但目前区域模拟中还存在着一定的误差,有待今后进一步研究.     

一种改进后的重叠延伸PCR法对被孢霉重组载体的构建

为了提高DNA大片段的拼接效率,通过引入逐次退火的PCR的方法,改良了传统的重叠延伸PCR方法。逐次退火PCR法,一方面延长了重叠区的PCR引物长度;另一方面把原来在1个循环中1个退火温度改成若干个,逐次降低退火温度,适用于Tm值相差比较大的引物;相邻的退火温度之间相差3-6℃。结果显示,通过此种方法成功拼接了ω3(2)和HCT两个大片段;PCR产物电泳条带单一,克隆测序证实序列完全正确,可以直接应用于后续试验。这种改进后的方法可以有效减少非特异性扩增,提高灵敏度,把这种方法称之为逐次退火重叠延伸PCR。     

PCR技术研究进展

PCR（Polymerase chain reaction)在生命科学研究及相关诸多领域已经得到了广泛应用。本文对PCR技术的是新进展作一简要综述,包括：热循环仪的改进,引物的软件设计及网络设计,各种DNA聚合酶体系及其特性,多种PCR（Multiplex PCR),DNAshuffling,PCR芯片,固相PCR和电子PCR（Electronic PCR)的原理和应用。     

世界红树植物分布区域间种类组成的相似性研究

以集合论为基础Ｊａｃｃａｒｄ相似性指数,定交了两个植物分布区域间种类组成的相似度和相异度,分析了世界个结树植物分布区域间的相似性。结果认为,在６个分布区域中,与东岸最相似的区域是大洋洲沿岸,与亚洲沿岸及东太平洋群岛之间最相似的区域也是玉平洋洲沿岸,与美洲西岸最相似的区域是非洲西岸,与非洲西岸最相似的区域是美洲东岸。     

周边区域景观破碎对铜鼓岭国家级自然保护区的压力分析

以铜鼓岭自然保护区及其周边地区为研究对象,基于2004年的SPOT-5卫星遥感数据,应用ERDAS、ArcGIS等遥感和GIS软件提取出研究区的景观要素分类信息,并选用斑块密度(PD)、最大斑块指数(LPI)、面积加权平均形状指数(AWMSI)、面积加权平均斑块分维数(AWMPFD)、斑块面积变异系数(PSCOV)等景观指数和ArcGIS空间分析功能对保护区及其周边区域(缓冲区)进行景观指数分析。结果表明,铜鼓岭地区景观破碎化趋于严重,在保护区外1 km的范围内,海防林破坏,红树林锐减,生态压力大;高位养虾池的大量建造是威胁保护区生态健康的主要因素。     

棉铃虫中肠P450CYP6B6基因5'上游序列的克隆及序列分析

已证实2-十三烷酮等植物次生物质的胁迫会诱导棉铃虫(Helicoverpa armigera)CYP6B6基因的过量表达[1].为探明棉铃虫P450 CYP6B6基因的表达调控机制,根据棉铃虫中肠P450 CYP6B6基因cDNA序列(GenBank登录号:AY950636),运用基因组步移的方法获得其5'上游区的序列,用启动子区的分析软件进行比对分析,结果得到棉铃虫P450CYP6B6基因5'上游区域1 333 bp的基因片段.分别运用NNPPv.2.2和TRANSFAC v.6.0预测转录起始位点及分析了转录因子结合位点,结果显示,该序列不仅包括TATA盒等这一类核心结构序列,还含有多个转录因子的结合位点,如GATA-1、Dfd、C/EBP、HSF、cytR和AhR(芳香烃受体化合物应答元件)等.该结果为深入研究棉铃虫P450 CYP6B6的表达调控机制及其参与杀虫剂抗性的研究奠定分子基础.     

向日葵异戊烯焦磷酸异构酶基因(ipi)的电子克隆和生物信息学分析

用电子克隆方法获得向日葵异戊烯焦磷酸异构酶（IPI）基因,并用生物信息学方法对此基因编码产物从氨基酸组成、理化性质、二级和三级结构以及功能进行预测和分析的结果表明,向日葵IPI为亲水性α/β蛋白,含有IPP异构酶结构域,其与其他植物的IPI在序列组成、结构及活性位点均有高度的相似性。