群体感应系统核心调控子对副溶血弧菌mshH基因的调控研究

【目的】探究副溶血弧菌群体感应(quorum sensing,QS)系统核心调控子AphA和OpaR对mshH基因的转录调控。【方法】提取特定条件下副溶血弧菌野生株(wild-type,WT)和调控子基因突变株(ΔaphA和ΔopaR)的总RNA,采用实时定量PCR (quantitative real-time PCR,qPCR)研究AphA和OpaR对mshH基因的转录调控关系以及mshH基因的时相依赖性表达特性;将mshH启动子区DNA序列克隆入pHRP309质粒β-半乳糖苷酶基因的上游,构建LacZ重组质粒,并将其转入WT、ΔaphA和ΔopaR中,获得LacZ实验菌株,再通过LacZ报告基因融合实验研究AphA和OpaR对mshH基因的调控关系以及mshH基因的时相依赖性表达特性;PCR扩增mshH上游启动子区DNA序列,并纯化His-AphA和His-OpaR蛋白,通过凝胶阻滞实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)和DNase I足迹实验,研究体外条件下His-AphA和His-OpaR对靶基因启动子区DNA片段是否具有直...     

贵州剑河寒武系甲劳组复州虫(Fuchouia)研究*

三叶虫Fuchouia长期被作为贵州寒武系甲劳组生物地层划分和对比的重要依据,但关于Fuchouia和Parafuchouia的系统分类位置一直存在争议。主要有以下三个观点: Parafuchouia是Fuchouia的亚属、Parafuchouia是Fuchouia的晚出异名以及Parafuchouia可提升为一个单独的属。本文根据在剑河八郎甲劳组采集的Fuchouia [过去被报道为Parafuchouia或Fuchouia (Parafuchouia)]标本和前人报道的Fuchouia、Parafuchouia标本, 基于线性测量的几何形态测量方法, 对Parafuchouia和Fuchouia的头部形态特征进行分析研究, 结果显示Parafuchouia是Fuchouia的晚出异名, 其区别于Fuchouia的特征可作为种间差异的判定依据。这样, 剑河甲劳组可能是目前全球Fuchouia的最低产出层位之一。尽管Fuchouia在中国、朝鲜、印度—喜马拉雅、澳大利亚、哈萨克斯坦等地广泛分布, 但已报道的产出层位多从鼓山阶Ptychagnostus atavus带至古丈阶Lejopyge laevigata带, 延限跨度较大, 很难用Fuchouia这一属级单位来进行生物地层对比。因此贵州寒武系甲劳组目前已建立的Fuchouia生物地层带还需进一步商榷, 需具体到种一级别或另选其他对比分子才能与寒武系华南斜坡相区或华北台地相区进行更好的同期地层对比。     

不同遗传背景下QsvR调控副溶血弧菌基因表达的转录组分析

【背景】OpaR是副溶血弧菌群体感应系统的核心调控因子;QsvR是AraC家族转录调控因子,与OpaR之间具有相互调控作用;此外,QsvR对基因表达的调控作用受OpaR的影响,但是影响程度并未完全阐明。【目的】探究在野生株(wild-type,WT)和opaR基因突变株(ΔopaR)的遗传背景下QsvR的转录调控元,分析Opa R对QsvR基因表达调控的影响。【方法】分别以WT和ΔopaR为参照,采用Illumina HiSeq测序平台进行比较转录组学研究,分析生物膜形成条件下qsv R基因突变株(Δqsv R)和Δqsv RΔopaR的基因表达情况。【结果】在WT遗传背景下,QsvR共调控1735个基因的转录(调控元1),其中被激活的基因有855个,被抑制的基因有880个;在ΔopaR遗传背景下,QsvR共调控1 187个基因的转录(调控元2),其中被激活的基因有533个,被抑制的基因有654个。调控元1和调控元2之间共有517个重叠基因,且QsvR对绝大多数重叠基因的调控关系相反。基因属性分类(gene ontology, GO)数据库富集分析结果显示,调控元1和调控元2中分别有4...     

基于高通量共聚焦激光扫描显微镜方法定量分析副溶血性弧菌生物被膜结构

【目的】副溶血性弧菌是水产品中常见的食源性致病菌,生物被膜的形成对副溶血性弧菌的环境生存和传播至关重要。这项工作的目的是评估临床和环境中分离出的44株副溶血性弧菌菌株形成的生物被膜的结构多样性。【方法】该研究基于共聚焦激光扫描显微镜的高通量方法,使用与高分辨率成像兼容的96孔微量滴定板,结合结构分析软件ISA-2来研究生物被膜形成和结构,分析22株食品与22株临床来源的副溶血性弧菌菌株形成的生物被膜结构参数(生物体积、平均厚度、粗糙系数)。【结果】CLSM图像显示,44株副溶血性弧菌菌株在培养48h后能够形成3D结构,进一步比较分析了临床来源菌株与环境来源菌株形成的生物被膜结构异同,发现临床菌株生物被膜的变异系数比环境菌株生物被膜的变异系数小,且同时携带tdh和trh两种毒力因子的菌株生物被膜变异性最小。凝聚层次聚类分析结果显示,副溶血性弧菌生物被膜可以分为致密且表面光滑(39%)、斑驳且表面粗糙(27%)、疏松且表面坑洼(34%),临床菌株易形成致密且表面光滑和斑驳且表面粗糙的生物被膜,而环境菌株易形成致密且表面光滑和疏松且表面坑洼的生物被膜。【结论】该研究深入了解了副溶血性弧菌生物...     

副溶血弧菌拟核相关蛋白H-NS间接抑制VP1687-1686的启动子区转录

为了探讨副溶血性弧菌拟核相关蛋白H-NS对Ⅲ型分泌系统(T3SS) VP1687-1686基因位点的转录调控,本研究提取副溶血弧菌hns突变株(Δhns)和野生株(WT)的总RNA,采用引物延伸实验研究靶基因的转录起始位点,并根据产物的丰度判断H-NS对靶基因的调控关系;采用实时定量RT-PCR研究靶基因mRNA在WT和Δhns中转录丰度,以判定H-NS对靶基因的转录调控关系;将靶基因启动子区域DNA序列克隆至lacZ基因上游,将重组质粒转入WT和Δhns中,得到相应的LacZ菌株,通过LacZ报告基因融合实验研究H-NS对靶基因的调控关系;用PCR扩增靶基因的启动子区DNA序列,并纯化His-H-NS蛋白,通过凝胶阻滞实验(EMSA)研究His-H-NS是否对靶基因启动子区具有直接的结合作用。研究结果显示,T3SS的VP1687-1686只含有一个转录起始位点,位于翻译起始位点上游82 bp处,且H-NS能够抑制其转录活性,但不能直接结合到VP1687-1686区的启动子区。另外,H-NS对calR的转录无调控作用,His-H-NS也不能结合到其启动子区。本研究的结果初步说明,H-NS能够间接抑制VP1687-1686的转录,该抑制机制与CalR无关联。     

西欧晚泥盆世法门期早期石燕贝类腕足动物

比利时新基尔里斯(Senzeilles)地区是西欧晚泥盆世地层研究的一个经典地区,也是法门期石燕贝类腕足动物的重要比产区。然而针对本区弓石燕类的现代研究却较为匮乏，此外,早期的分类工作已难以满足现代专题性的课题资料要求（即层位清楚、鉴定准确的系统分类工作）,因此对比利时地区法门期的“弓石燕属”足动物进行系统古生物学研究及对比具有重要意义。当前研究在华南现有成果的基础上,通过对壳面特征(贝体大小、基面特征、微细纹饰特征、中槽壳褶发生方式)及内部构造(齿板特征、内窗板特征等)的系统研究及对比,拓展了Plicapustula属的定义,即:褶上和褶间均发育微瘤纹饰。欧洲的Plicapustula属分子褶间均发育放射状细瘤微细纹饰,而华南的该属分子褶间均缺失微瘤纹饰。由于该特征存在明显的地域性,因此当前研究以此为依据建立了Paraplicapustula亚属,并将欧洲的标本归入该亚属。此外,本文还首次识别并描述了欧洲的Sinospirifer属。大部分西欧Sinospirifer属和Plicapustula属与华南地区相比,在种级组成上存在明显的差异,包括标本大小、齿板是否增厚、壳褶数目及分枝情...