分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究.数值分类结果表明,在84%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅲ为未知菌群,群Ⅰ为慢生菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌群.从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看,在70%相似性水平上,所有的菌株可分为5个系统发育分支:分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株,为未知分支;分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Mesorhizobium,分支Ⅳ为Bradyrhizobium.数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致,有2株茵与A.tumefaciens IAM13129T聚在一起.     

由微分方程所描述的微生物连续培养动力系统(II)

该文为论文 [1 ]的继续 ,主要介绍具有时间滞后的微生物连续培养模型     

RNAi沉默淀粉分支酶基因SBEI对玉米直链淀粉合成的影响

淀粉分支酶(SBE)是淀粉合成的限速酶。为了研究SBEI沉默对直链淀粉合成的影响, 克隆了玉米(Zea mays)淀粉分支酶SBEI基因片段, 构建了SBEI的RNAi表达载体pBAC418, 用基因枪将其导入玉米自交系幼胚愈伤组织, 经木糖筛选获得了7株转化再生植株。利用FAD2 intron和xylA基因探针对T₀代再生玉米植株进行DNA dot blot和PCR-Southern检测, 证实5株为阳性植株, 其中4株正常结实。SBEI基因沉默对阳性再生玉米株系籽粒的含油量没有显著影响; 蛋白质含量显著高于受体对照; 总淀粉含量与对照相比无显著差异, 转基因株系直链淀粉含量平均提高了9.8%。     

不同来源的谷氨酸棒杆菌氨基脱氧分支酸合成酶的活性分析

分别以高产L-丝氨酸的谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum)SYPS-062与模式菌株谷氨酸棒杆菌(Corynebacterium glutamicum) ATCC 13032的基因组DNA为模板,运用PCR技术扩增出氨基脱氧分支酸合成酶(ADC synthase)的编码基因pabAB。实验结果表明：来源于SYPS-062和ATCC 13032的pabAB片段全长均为1863bp,编码620个氨基酸。两片段存在16个碱基的差异,引起了7个氨基酸的突变。将pabAB连接表达载体pET-28a(+),构建表达质粒pET-28a-pabAB,并转化E.coli BL21(DE3),在IPTG诱导下,E.coli BL21(DE3)(pET-28a-pabAB)高效表达分子量约为67kDa的可溶性蛋白。表达产物带有His-tag标记,选用Ni柱对表达产物进行纯化,纯化后酶活测定结果表明,来源于SYPS-062氨基脱氧分支酸合成酶的比酶活低于ATCC 13032达46.6%。     

以礼草属系统发育的分析

基于分支系统学的原理和方法。对禾本科以礼草属进行了系统发育分析,以礼草属是个单系在群,它的３２个外部性状选作极性分析。鹅观草属中的肃草作为外类群,采用ＰＡＵＰ程序对矩阵进行运算,获得了１个最简约的谱系分支图。在分支图上,以民礼草属２６个种可以归为３个组,但不适合于划分系,３个组中各组包含的种数分别与传统分类的３个组基本吻合,从而支持了传统分类的结果。同时,分支图还展示了各个类群间的亲缘演化关系,其     

脓肿分支枝杆菌embB基因耐乙胺丁醇的分析

目的 分析脓肿分支枝杆菌的embB基因,以探讨其耐乙胺丁醇的分子机制.方法 用16S rRNA基因序列分析法鉴定5株脓肿分枝杆菌临床株,测定乙胺丁醇对临床株及标准株( ATCC 19977)的最低抑菌浓度(MIC).PCR扩增embB基因的全序列,将所测序列进行生物信息学分析.结果 乙胺丁醇对5株脓肿分支杆菌标准株和临床株的MIC均为128μg/mL.,属高度耐药.从脓肿分支枝杆菌的标准株和临床株均扩增出约3200 bp片段,与GenBank中脓肿分支枝杆菌标准株的embB基因大小一致.5株临床株与标准株比较,其核苷酸序列存在9个点突变,在突变位点所编码的氨基酸序列中,仅第18位、87位、770位密码子编码与标准株不同的氨基酸.6株脓肿分支枝杆菌的embB基因与对EMB敏感的结核分支杆菌标准株(H37RV)的相应基因序列比较,第303-305位密码子的核苷酸序列存在差异,但仅第303、304位核苷酸编码的氨基酸序列不同,第306位密码子的核苷酸序列无差异.结论 脓肿分支杆菌对乙胺丁醇的耐药并非embB基因的突变所致,为embB基因天然存在结构的不同,属于天然耐药.结构的差异与第306位密码子无关,可能与第303、304密码子有关.     

杉科植物的系统发育分析

本文以形态学为依据,参考其他学科的研究成果,用分支分类方法并结合表征分类方法探讨了杉科植物的系统演化关系,提出了新的分类系统。在分支分类中,金松科被选作外类群。主要根据外类群比较原则、化石原则和一般的演化规律,确定了性状的祖征和衍征,采用最大同步法、综合分析法、演化极端结合法及最小平行进化法共四种方法进行分支分析,选择最简约的分支图作为本文讨论基础。在表征分类中,选取59个性状,利用距离系数和类平均法,对金松属和杉科各属进行了聚类运算,得出表征图。综合两种分析结果,主要结论如下:(1)属间关系:柳杉属是现存杉科植物中最原始的类群。水松属和落羽杉属关系密切,二者与柳杉属近缘。巨杉属和北美红杉属关系密切,是中级进化水平的类群。水杉属与巨杉属和北美红杉属的亲缘关系相对较近。杉木属、密叶杉属和台湾杉属关系密切,是杉科植物中的高级进化类群,其中又以台湾杉属演化水平最高。(2)系统排列:支持金松科的成立,将杉科分成5族,即柳杉族(仅含柳杉属)、落羽杉族(含水松属、落羽杉属)、北美红杉族(含巨杉属、北美红杉属)、水杉族(仅含水杉属)和杉木族(含杉木属、密叶杉属及台湾杉属)。     

一类具有时滞的强身型捕食模型的稳定性与Hopf分支

研究一类具有时滞和阶段结构的捕食模型.分析了正平衡点的稳定性和Hopf分支的存在性.应用中心流形定理和规范型理论,得到了确定Hopf分支方向和分支周期解稳定性的计算公式.     

演化极端结合分支分类方法

从生物演化的逆方向考虑,提出一种聚合的分支分类运算方法,称为演化极端结合分支分类法。文章阐明其设计思路、演算步骤,并以实例具体说明其演算过程。最后以演化长度系数、合理解与合理方法等概念,对演化极端结合法进行评价。     

计算机辅助分支分析：方法和程序

数量分类学和分支分类学理论建立与发展为生物分类学提供了新的方法论基础。目前,这两种分类手段都已渗透到众多的研究领域中,并且两者间也逐渐产生了相互结合的趋势,即不断发展的数量分支分类学(numerical cladistic taxonomy)方法。事